当肉眼不能正确诊断或症状不明显的鱼病，一般要用显微镜或解剖镜对病鱼作进一步的检查。同时，鱼病情况错综复杂，有时出现几种病并发，要诊断其中哪种病是主要的，单凭目检是不够的，也需要用显微镜进行观察。镜检一般先在目检所确定下的病变部位进行，然后在进行全面检查，着重检查黏液、鳍条、鳃、肠道、肝脏几部分。
1、黏液、鳍条
在鱼的体表黏液中、鳍条上，除了肉眼可见的较大型的寄生虫和病症外，往往有许多肉眼看不见的病原体，如颤动隐鞭虫、口丝虫、车轮虫以及吸虫囊蚴等，粘孢子虫和小瓜虫的胞囊肉眼也不易区分。在检查时，先用解剖刀刮取鱼体表的黏液，然后按照镜检方法将黏液放到显微镜或解剖镜下观察。
2、鳃
检查鳃，可先用剪刀剪取一小片鳃组织，放在载玻片上，滴入适量的清水，盖上盖玻片在显微镜下观察，然后刮取鳃片上的黏液或可疑物，同样按上述方法进行检查。鱼鳃是特别容易被病原体侵袭寄生的部位，细菌或寄生虫性烂鳃、鳃霉、鳃隐鞭虫、粘孢子虫、微孢子虫、肤孢虫、车轮虫、斜管虫、小瓜虫、舌杯虫、毛管虫等原生动物，指环虫、三代虫、双身虫等单殖吸虫，复殖吸虫囊蚴，软体动物的幼虫以及鳋类等，在鳃上往往都会寄生。为了检查的准确性，每边的鳃至少要检查两片以上，取鳃组织时，最好从每一边鳃的第一片鳃片接近两端的位置剪取一小块，寄生虫大多在鳃小片的这两个位置上有寄生。
3、肠道
检查肠道，首先应把肠道外壁上所有的脂肪组织尽量去除干净，否则在检查时，脂肪进入肠道内的检查物，不易进行观察。脂肪去除后，一般是将肠道分为前肠、中肠和后肠3段，分别进行检查。肠道也是最容易受细菌和寄生虫侵袭的地方。除了引起肠炎的细菌外，其他很多寄生虫如鞭毛虫、变形虫、粘孢子虫、微孢子虫、球虫等原生动物以及复殖吸虫、线虫、棘头虫、绦虫等都可经常发现，有时数量还相当大。复殖吸虫、绦虫、线虫和棘头虫，通常寄生在前肠(胃)或中肠；六鞭毛虫、变形虫、肠袋虫等，一般寄生在后肠近肛门3～6厘米的地方。检查时除了注意发现较大型的寄生虫和在肠液中生活的寄生虫外，还应注意肠内壁上有无白色点状物或瘤状物，有无溃烂发红发紫的现象。如果有小白点，压破其孢囊，往往可以看到大量的粘孢子虫，有时也会是微孢子虫。青鱼肠里溃烂或有白色瘤状物，往往是球虫的大量寄生。如果发红发紫，则一般是细菌性肠炎。
4、肝脏
检查肝脏，从肝上取少许组织，放在载玻片上，盖上盖玻片，轻轻压平，先在低倍镜下观察，然后再用高倍镜观察，通常在病鱼肝脏上可发现粘孢子虫等的孢子或孢囊，有时还有吸虫的囊蚴。
三、镜检方法及注意事项
1、镜检方法
（1）载玻片法
适用于低倍镜或高倍显微镜检查。方法是取下一小块病灶组织或一小滴内含物，放在干净的载玻片上，滴入一小滴清水或食盐水，盖上盖玻片，轻轻地压平，先在低倍显微镜下检查；分辨不清或可疑的，可再用高倍镜检查。
（2）玻片压缩法
用一片厚度约为3～4毫米，大小约6厘米×12厘米的玻片，先将要检查的组织或者是器官的一部分以及黏液等，放在玻片上，滴上适量的清水或盐水(注意体表部分或黏液用普通水，体内器官或组织用0.7%～0.9%的生理盐水)，用盖玻片将其压成透明的薄层，即可放到解剖镜或低倍显微镜下检查。
2、镜检注意事项
（1）检查的鱼体和取出的各器官要保持湿润。
（2）检查器官用过的解剖工具，需洗净后再用。
（3）使用显微镜时，先用低倍镜后再转高倍显微镜检查。
（4）确定病原体后计数小型寄生虫数量，可以按量在高倍显微镜视野下发现1～10个虫体记“＋”，10～20个记“＋＋”，20个以上记“＋＋＋”。
（5）检查病鱼的尾数与肉眼检查相同。
鱼病诊断
一、诊断原则
鱼病诊断的基本原则：先外后内、先腔后实、先肉眼后镜检。在现场调查、目检、镜检的基础上，对鱼病的原因进行综合分析，往往才能作出最后的准确诊断。在判明鱼病的原因时，除了症状很明显的外，一般还应注意是由单一病因引起的还是由多种病因引起的，若是单纯感染，则病因明确；若是混合感染，则应根据病原体的种类、数量、部位等确定主要病因，只有找出了主要病因，有针对性地制定出有效的防治措施，对鱼病的治疗才会收到立竿见影的效果。
二、相似病症的诊断
1、病毒性出血与细菌性肠炎及鲩内变形虫病
病鱼肠管均呈红色，但病毒引起的还兼有口腔、肌肉、鳃盖、鳍条等充血现象，肠黏膜、皮肤一般不腐烂脱落，而细菌性肠炎口腔、肌肉没有充血现象，但肠黏膜往往溃烂化脓，乳黄色的腹水很多；鲩内变形虫病症状与细菌性肠炎相似，但一般表现于后肠。
2、具白点症状的鱼病
包括白皮病、打粉病、小瓜虫病及微孢子虫病。后两种的主要区别是：病鱼死后2～3小时，观察其发病部位，仍有白点的是由微孢子虫引起的，没有则是小瓜虫引起的。前两种病的区别是：背鳍、尾鳍及背部先后出现白点，但随着病情的加剧，白点数目不断增多，最终白点遍及全身，使整个体表似擦了一层白色粉末，这是打粉病；而白皮病白点只出现于背鳍基部或尾柄处，病情发展也只是白点本身的面积扩大，最终表现为以背鳍至臀鳍为界的整个后部皮肤呈白色。寄生于体表的小瓜虫与打粉病白点的主要区别，是前者细看白点间有充血的红斑。
3、鳃盖常开状鱼病
包括车轮虫病和指环虫病等。前者有典型有“白头白嘴”、鳃丝鲜红等症状，后者则鳃丝呈暗蓝色，鳃部显著浮肿。
4、肠壁膨大状鱼病
如球虫病、许氏绦虫病、九江头槽绦虫病、刺棘吻虫病、新棘吻虫病及鲤棘吻虫病等，均有不同程度的肠壁膨大或肠道堵塞等症状。侧殖吸虫病和九江头槽绦虫病分别有闭口不吃食和口常张开不吃食的显著症状，以与其他病相区别。球虫主要寄生于青鱼。许氏绦虫和鲤鱼长棘吻虫均寄生于鲤鱼，但后者一般寄生于前肠，严重时肠管发炎、肿胀、溃疡、肠壁穿孔。刺棘吻虫主要危害草鱼。
5、鳞片隆起症状病
包括竖鳞病和鲤嗜子宫线虫病。前者鳞片隆起的程度大，以鳞片竖起像松球状，鳞的基部水肿呈半透明的小囊状，挤则出水。后者用放大镜观察鳞片可见红色线虫。
6、急躁不安、狂游、跳跃现象的鱼病
包括疯狂病、中华鳋病、鲺病、锚头蚤病及复口吸虫病。疯狂病和鲢中华鳋病均是危害鲢、鳙鱼的疾病，但前者病鱼脊柱向背部弯曲，整个尾部极度上翘而露出水面，呈波浪形旋转运动，时而沉入水底，时而露出水面。后者脊柱上弯，尾鳍仅上叶露出水面（又称翘尾病），病鱼仅在水体表面打转或狂游。大中华鳋病与鲢中华鳋病的主要区别：前者只寄生于草鱼、青鱼的鳃部，而后者只寄生于鲢鱼、鳙鱼鳃部；前者病鱼有跳跃不安现象，后者病鱼一般不跳跃。大中华鳋病、鲺病均有跳跃现象，但只要掀开鳃盖观察，就可发现鳃丝末端挂有许多白色的小蛆，因此，又称“鳃蛆病”，后者鳃上没有这种现象。另外锚头鳋病与复口吸虫病鱼也呈现急躁不安现象，前者一般肉眼可见呈“Y”形（寄生于鲤鱼）、“T”形（寄生于鲢鱼、鳙鱼）或“H”形（寄生于草鱼）的虫体挂于体表。大量寄生时，鱼像穿了蓑衣一样。因此，该病又称“蓑衣病”或“针虫病”。复口吸虫病不仅表现为不安地挣扎，还有头朝下、尾朝上的显著症状，易于判断。
7、鱼在池边聚集周游或撞岸边
这可能是跑马病、泛池或由三毛金藻引起的鱼类中毒。前者仅是绕池周游，驱之难散；而后两者一般发生在清晨，一般有头向岸边，静止不动的现象，但泛池往往还有大部分鱼类狂游乱窜，或横卧水面，呈现奄奄一息状态。三毛金藻中毒一般是鱼游四隅集中，驱之即散，有时还窜到岸上。
8、乌头瘟
包括青鱼、草鱼肠炎和细菌性烂鳃病。其共同症状是体色发黑，头部特别乌黑。前者病鱼腹部常肿胀且有红斑，手摸有柔软感，肛门红肿，轻压腹部有乳黄色的黏液流出；后者鳃盖内表皮往往充血。这两种病常常在同一鱼体上并发。
三、鱼病诊断新技术
1、荧光抗体法
（1）制备荧光抗体。用荧光色素标记家兔嗜水气单胞菌抗血清的球蛋白。
（2）制备病鱼的病变组织压印片，干燥后，通过火焰3次固定。
（3）将荧光抗体滴加在压印片上，放密闭湿盒内，37℃恒温30～60分钟，然后用pH值为7.2的磷酸盐缓冲液轻轻地充分洗涤，冷风吹干。
（4）加1滴缓冲甘油，盖上盖玻片封片。
（5）在荧光显微镜下观察，如出现荧光，即可确诊疾病。如打印病、鳗赤鳍病等可以用此法诊断。
2、酶免疫测定法
在载玻片上先涂上少许甘油蛋白，然后用镊子取病变部位的组织或黏液进行涂片，干后用丙酮固定5分钟，再放入0.1MpH值7.4的磷酸盐缓冲液（PBS-T）中浸数分钟，用滤纸吸取载玻片上的液体，在涂菌区敷贴小块擦镜纸，加上已用PBS-T稀释1︰100～1︰200的特异抗血清，置于湿盒内，在37℃下温育30分钟，然后镊去擦镜纸，用PBS-T搅拌洗涤3次，每次20分钟，浸入新鲜配置的显色液（40毫升0.05MpH值7.6的TrisHCL缓冲液中加入20毫克3,3’-二氨基联苯）中，在25℃的黑暗处放置10分钟，取出载玻片，放入16滴H2O2，再把载玻片放入，在25℃的黑暗处放置20分钟，然后在流水中冲洗15分钟，再放入蒸馏水中，按常规用酒精脱水、二甲苯透明、中性树胶封片。用光学显微镜检查，有棕色杆菌，即为阳性反应。次法可以检查诊断细菌性烂鳃、白皮病。
3、细菌出血性败血病的诊断技术
将待检细菌培养无菌上清、病鱼内脏组织匀浆上清及阳性和阴性对照各2毫升，滴加入硝酸纤维素的光面，37℃烘干后，置封闭液中封闭1小时，洗涤液洗涤5次，每次2分钟。在稀释好的毒素抗血清中37℃作用1小时，用上述方法洗涤。然后置于过氧化物酶标记葡萄球菌A蛋白溶液中37℃作用1小时，同法洗涤后，于酶基质液中显色，待斑点明显后，用去离子水洗涤，终止显色，观察结果。