鱼病的诊断工作是鱼病防治工作的关键，鱼发病的共同特征主要表现在活动，体色和吃食等几方面，健康的鱼体色正常，通常群游，动作灵活自如，食欲旺盛，而病鱼则相反。由于引起鱼类发病的原因是多方面的，要做出正确判断就必须对饲养管理、有关环境因子以及发病情况等进行调查和访问，对病鱼进行检查，根据情况进行综合做出诊断。
现场调查
鱼病的发生除了病原体直接感染和侵袭外，还应考虑池塘周围环境和水体物理、化学状况对鱼类发病的影响。发病鱼塘现场调查可为全面查清发病原因、及时发现和正确诊断鱼病提供依据。
一、现场观察
1、鱼体色及活动状况
鱼发病的共同特征主要表现在活动、体色和吃食等方面。健康鱼常群游，活动灵活。病鱼在水中表现出各种异常现象，如体色发黑、离群独游或时游时停、活动缓慢、甚至停留在水面不游，或在气候等一切正常的情况下，鱼的摄食量突然急剧下降等现象。
鱼病发生往往有急性型和慢性型。急性型鱼病，鱼一般在体色、外观和体质上与正常鱼差别不大，仅病变部位稍有变化，但一经出现死亡，死亡率急剧上升。慢性型鱼病，则往往体质消瘦、活动缓慢、体色发黑、离群独游，死亡率一般呈缓慢上升趋势。
鱼类受到寄生虫侵袭时，往往出现焦躁不安。如鱼鲺侵袭，鱼的体色等变化不大，但鱼出现上跳下窜，阵性狂游。当鲢碘泡虫侵袭白鲢时，鱼的尾部上翘露出水面，在水中狂游乱窜打圈子。当农药或工业污水排放造成鱼类中毒时，鱼会出现跳跃和冲撞现象，一般在较短时间内就转入麻痹甚至死亡。由寄生虫引起的死亡，一般是缓慢的逐渐增加，除集约化养殖发现指环虫、三代虫的侵袭在短时期内造成大批死亡外，池塘养鱼死亡率一般不会太大；可是若遇鱼类中毒，则往往在极短的时间内，出现大批量鱼类死亡，而且不分品种，四大家鱼、野杂鱼、泥鳅都毫无例外地死亡。因此，及时到现场观察鱼的活动情况对鱼病的及时诊断和处理具有至关重要的意义。
2、养殖水体的颜色
观察水的颜色，对水质情况也可作大致了解。水中腐殖质多时，水呈褐色；水中含钙质多时，呈现天蓝色；微囊藻大量繁殖时，水呈铜绿色；城市排出的生活污水，一般呈黑色；当水源被污染时，因污水种类和性质不同而出现不同的颜色，如红、黑、灰白色等，透明度也会随之大大降低。
二、发病情况调查
采用问诊和记录发病季节、时间、发病鱼的品种、来源、数量、范围、规格、潜伏期和病程长短、主要症状、发病率、死亡率、病史，本次发病前后的防疫措施，尤其用药种类、方式、计量及效果。
三、养殖环境因素调查
主要调查养殖池塘的大小、位置、水源、进排水设施，水深、水温、水色、溶解氧、透明度、pH值、底质状况，水中混养鱼类种类、大小、密度、水中浮游动植物种类和数量，周围可能存在的污染源等。
1、水温
水温与鱼病的流行有密切的关系，各种病原体都有其繁殖生长的最佳温度范围。一般细菌性鱼病和病毒性鱼病，在水温25～28℃时，毒力最大，水温在32℃以上和18℃以下时，则毒力减弱，使病情减弱或停止。斜管虫适宜在水温12～15℃时大量繁殖。小瓜虫生长和繁殖的水温，一般在15～25℃，当水温低于10℃以下或高于26℃时，则停止发育。暴发性鱼病需要的水温更高些，流行时间也更长些。
2、pH值
池塘有机质多而水质发臭的水，一般pH值偏低，适宜鳃霉的大量繁殖，引起鳃霉病的流行。酸性水常引起嗜酸性卵甲藻病的暴发。pH值较高的盐碱池塘，易使小三毛金藻大量繁殖，分泌毒素，造成鱼类中毒死亡。
3、溶解氧
水中溶解氧、硫化氢、pH值、氯化物、硫化物等与鱼病流行的关系密切。有的鱼池数年不清塘，有的网箱长年摆设于一个地方，鱼的粪便和残饵大量沉淀，在高温季节容易发酵分解而消耗水中大量氧气，使溶解氧迅速降低。同时厌气微生物发酵分解有机质产生硫化氢、甲烷等有害气体，不仅容易使鱼类中毒，而且更加剧了溶氧的缺乏，造成鱼类浮头或窒息死亡。目前，网箱养鱼在寒冷的冬季常发生大批死鱼，多数是因水温高于气温，底层水温高于表层水温，养殖区域存在上下水对流，造成缺氧。
4、污染源
了解周围的环境中是否存在污染源或流行病的传播源，鱼池周围的环境卫生，家畜、家禽、螺蚌及其敌害动物在渔场内的数量和活动情况等，特别对一些急剧大量死鱼现象，尤其需要了解附近农田施药情况和附近厂矿排放污水情况，在工业污水和农药中，尤其以酚、重金属盐类、氰化物、酸、碱、有机磷农药、有机砷等对鱼类危害较大。一旦确诊为中毒死亡，应迅速了解施药的种类或污水中的主要致死化学成分，以便采取应急措施。
四、饲养管理情况调查
1、放养品种、规格和放养密度
了解发病池塘主养品种、套养品种的规格及数量，如放养密度过大、鱼摄食不足，就会出现生长不良的现象，鱼体对疾病的抵抗力降低，容易引起疾病。
2、投饵和施肥
投喂酸败饲料和腐败变质的饲料，容易引发鱼的的瘦背病和死亡。投饵量过多，容易引起水质恶化，形成缺氧，影响鱼的生长，同时给病原体生物创造条件，引起鱼的大批死亡。夏天在池塘内施用不经发酵的有机肥，易使水质恶化、缺氧，促使致病菌和寄生虫大量繁殖。
3、生产操作
在养鱼生产过程中往往由于放养鱼种、运输和拉网时操作不慎，造成鱼体受伤、鳞片脱落，使细菌、真菌和寄生虫等病原体趁机侵入伤口，引发多种鱼病，如赤皮病、白皮病、白头白嘴病、水霉病等。
鱼病检查
一般常见鱼病发病部位主要集中在体表、鳃、和肠道。必须取将死或死了不久的新鲜病鱼来检查，否则，病鱼组织腐烂、炎症消退、病原解体，就难以诊断。
一、肉眼检查
鱼体的肉眼检查，简称目检。目前，我国农村养殖场和养鱼户，主要是根据疾病表现的症状和眼睛所能看到的寄生虫进行检查鱼病。一般病毒性和细菌性鱼病，通常表现出充血、发炎、腐烂、脓肿、蛀鳍、竖鳞等病症。鱼类致病病毒和致病菌的确定，需要较为复杂的设备和专业技术的人员鉴定。同时，致病菌的培养和鉴定也需要较长的时间，因此在生产实际中，通常是排除寄生虫类鱼病后，根据病鱼表现出的症状，大致确定为某种类型的鱼病。寄生虫引起的鱼病，常表现出黏液过多、出血、羽点状或块状的胞囊等，根据寄生部位和所引起的症状不同，有的凭肉眼即可作出较为准确的诊断。
要求检查的病鱼，必须是刚死或死后不久的鲜鱼，检查数量5～10尾，检查部位主要集中在体表、鳃、内脏。
1、体表
将捞出的活病鱼或刚死不久的病鱼置于白搪瓷盘中，对头部、嘴、鳃部、鳞片、鳍条进行仔细观察。看是否有水霉、线虫、锚头鳋、鱼鲺、钩介幼虫等大型病原体。对一些肉眼看不见的小型病原体，就根据患病部位的症状来辨别，并把观察到的症状联系起来综合分析。如鱼体发黑、口腔充血、背部肌肉发红、剥皮肌肉发红、鳍基充血、肛门红肿，为病毒性出血病或肠炎；头部乌黑、鳃盖骨腐蚀成小洞或鳃丝发白腐烂，为烂鳃病；鳞片脱落、鳍条断折、体表出血、发炎，为赤皮病；尾柄及腹部两侧出现腐烂指印状红斑、由外部烂入，为打印病；病变部位发炎、脓肿、有浮肿感觉、溃疡部由肌肉内部烂出、表皮完好，为疥疮病；生有旧棉絮状白色物，为水霉；表现出眼睛混浊、有白内障，为复口吸虫病；病变部位发白，为白皮病；部分鳞片发炎红肿、呈红点、有针状虫体，为锚头鳋病；形似臭虫状的虫体则为鱼鲺；2龄青鱼腹部膨大、鳃丝发白、贫血，为球虫病；鱼体表被白色黏液包裹着，为小瓜虫病或裸甲藻病；鳙鱼腹部膨大、眼睛突出，为血居吸虫病；鱼下唇突出、无其它症状，为缺氧浮头而死；眼球突出、鳞片松立，一般为池水有毒所致。
2、鳃
鳃部的检查，重点是鳃丝。先看鳃盖是否张开，然后用剪刀小心把鳃盖剪掉，观察鳃片上鳃丝是否肿大或腐烂，鳃的颜色是否正常，黏液是否增多等。如果是细菌性烂鳃病，则鳃丝末端腐烂，严重的病鱼鳃盖内中间部分的内膜常腐蚀成一个不规则的圆形“小窗”；若是鳃霉病，则鳃片颜色发白，略带微红色小点；若是车轮虫、斜管虫、鳃隐鞭虫、指环虫、三代虫等寄生虫引起的鱼病，鳃片上则会有较多黏液；若是中华鳋、双身虫、狭腹鳋、粘孢子虫包囊等寄生虫，则常表现为鳃丝肿大，鳃盖张开等症状；小瓜虫、孢子虫大量寄生时，肉眼即可见大量的白点，因此常被称为“白点病”。
3、内脏
检查内脏时，应先把一边的腹壁剪掉，剪腹壁时注意不要损伤内脏。先观察是否有腹水或肉眼可见的较大型的寄生虫。其次是观察内脏的外表，如肝脏的颜色、胆囊是否肿大以及肠道是否正常，然后将靠近咽喉部位的前肠和靠近肛门部位的后肠剪断，取出内脏后，把肝（肝胰脏）、肠、鳔、胆等分开，再把肠分为前肠、中肠、后肠3段，轻轻去掉肠道中的食物和粪便，然后进行观察。绦虫、吸虫、线虫等比较大的寄生虫，很容易就能看到；如果是肠炎，则会发现肠壁发炎、充血；如果是球虫病和粘孢子虫病，则肠道中一般有较大型的瘤状物，切开瘤状物有乳白色浆液或者肠壁上有成片或稀散的小白点。
总之，目检要以症状为依据，但往往有这种情：一种病有几种症状同时表现出来，如肠炎病，有鳍条基部充血、烂鳍、肛门红肿、肠壁充血等症状；另一种情况为一种症状在好几种病中都同时出现，如体色变黑、鳍条基部充血、蛀鳍等，这些症状是细菌性赤皮病、疥疮、烂鳃病、肠炎病等共有的。因此，在目检中，应做到认真检查，全面分析，做好记录，为诊断鱼病提供正确的依据，也为以后的诊断工作积累资料。
二、镜检