池塘及其他养殖水体是鱼类生活栖息的地方，也是鱼类病原体滋生及贮藏的场所。水体环境的优劣，直接影响鱼类的生长和健康，所以一定要重视清塘工作。清塘消毒包括两个内容：
1、修整池塘
鱼池经过一段时间养鱼后，淤泥逐渐堆积，如果淤泥过多，不但影响容水量，而且会影响水质使病原体的孽生、繁衍。近年来，由于不少养殖场及养鱼户忽视了淤泥的清除工作，因此鱼病蔓延迅速，造成较大损失。目前排除淤泥的方法，通常有人力挖挑和运用机械排除。一般均在秋冬季进行，先将池水排干，然后再进行清除。排淤后的池塘不必急于注水，最好让日光曝晒、严寒冰冻一段时期，以利于杀灭越冬病原。
湖泊水库等大水面中围栏养鱼或网箱养鱼的区域，在有条件的情况下，最好也能定期作一些清淤工作。至少也须每年对围栏和网箱区进行一次清污工作。
2、药物清塘
塘底是很多鱼类致病菌和寄生虫的温床，所以药物清塘是清除野杂鱼和消灭病原体的重要措施之一。生产上常用的，效果较好的有：
（1）生石灰清塘
方法有两种，一是干池清塘，另一种是带水清塘。
干池清塘：先将塘水排干或在池底留有5～10厘米的水，并在池底挖几个小坑，将生石灰放入坑中，待生石灰溶化后向四周均匀泼洒，用量为50～60公斤/亩。清塘后一般经7～10天药力消失，即可放鱼。生石灰清塘后，经数小时能杀灭野杂鱼、蝌蚪、水生昆虫、椎实螺、病菌、寄生虫及虫卵等。
带水清塘：将生石灰在水中溶化后全池均匀泼洒。带水清塘可避免清塘后加水时又将病原体及有害生物随水带入池中，效果较好，更适合于水源较缺乏的养殖池塘。带水清塘法，生石灰的用量较大，一般水深1米用量为130～150公斤/亩。清池后7～10天药性消失后即可放入养殖动物。生石灰清塘不仅可杀灭病原体和有害生物，还能释放底泥中的营养元素，具有改良池塘环境和增肥的作用。
注意事项：①选择块状、较轻的生石灰，效果较好；潮解、粉末状或未烧透的生石灰效果较差。一次未用完的生石灰要用塑料包严，防治潮解失效。②无论干塘或带水清塘生石灰必须溶化后全池泼洒，一是保证有效地杀死池塘内病菌；二是避免生石灰聚堆、不溶解，不但起不到杀菌作用，而且在抽水拉网时生石灰在小水体中溶解，短时间内pH值上升，损伤、致死鱼类。③碱度较高或碱性石灰底质的湖底池塘，慎用生石灰清塘。
（2）漂白粉清塘
用适量的水将漂白粉（有效氯30％）充分溶解后，全池均匀泼洒。平均1米水深用量为12～15 公斤/亩 。清池后3～4天药性消失，即可放入养殖鱼类。漂白粉杀灭病原体和有害生物的效果与生石灰相似，而且有用药量少，药性消失快等优点，但没有改良水质和增肥的效果。
注意事项：漂白粉潮解后会失效。
总之，药物清塘后的鱼池，在放鱼前特别要注意，无论使用哪一种药物清塘消毒的鱼池，在鱼苗、鱼种下塘前，都应先放“试水鱼”，即在施药的池塘放入几条小鱼，24小时后，试水鱼安全了，方可放鱼。做到安全生产，防止发生死鱼事故。
三、鱼体消毒
病原体无处不在，传播性很强。即使健壮的苗种、亲本，也难免有一些病原体，因此消毒后的池塘，如放入未经消毒处理的鱼类苗种或亲本，就又把病原体带入，一旦条件适宜，便大量繁殖而引起发疾病。从预防为主出发，切断传染途径，在分塘换池及放养前都应该进行鱼体消毒，预防疾病发生。鱼体消毒采用药浴和药液全池泼洒。针对病原体的不同种类，选择适当药物进行消毒处理。常用的有：
1、高锰酸钾药浴
浓度为10～20克/立方米的高锰酸钾水溶液药浴10～30分钟可杀灭体表及鳃上的细菌、原虫（形成胞囊的及孢子虫除外）和单殖吸虫等。高锰酸钾是一种氧化剂，应现配现用，且药浴用水应选择有机质较少的清水（否则药液浓度提高），背光进行。鲢、鳙鱼尽量避免使用高锰酸钾药浴，因鲢、鳙鱼的鳃对高锰酸钾刺激耐受性较差，高浓度浸浴后容易损伤。
2、食盐水消毒
食盐水是较方便、安全的鱼体消毒药物。即可杀菌、又可杀虫。淡水鱼类用2％～3％盐水药浴5～10分钟可杀灭体表及鳃上的细菌、原虫（形成胞囊的及孢子虫除外）。
3、硫酸铜或硫酸铜及硫酸亚铁合剂（5︰2）药浴
浓度8克/立方水体硫酸铜及硫酸亚铁合剂（5︰2）水溶液药浴10～30分钟，可杀灭体表及鳃上的细菌、原虫（形成胞囊的及孢子虫除外）。
此外，用敌百虫、漂白粉、漂白粉和硫酸铜合剂药浴，也可杀灭有关病原体。
药浴的注意事项：一是每次药浴的鱼类数量不易过多；二是使用时，要准确计算用量。三是药浴时间长短与水温、水质及鱼类的种类有关，要灵活掌握，第一次使用时最好先小批量的试一下，既要达到杀灭病原体的目的，又要保证鱼类的安全；四是药水配制后只能药浴一批动物，否则药液稀释，影响效果；五是不能用金属容器。
四、饲料消毒
病原体往往能随饵料带入，投喂的饲料应清洁、新鲜、最好能经过消毒处理。颗粒饲料一般不进行消毒。一般植物性饲料，如水草应选用每立方水6克的漂白粉浸洗20～30分钟；动物性饲料，如螺蛳等一般活的或新鲜的洗净即可；肥料，如粪肥500公斤用120克漂白粉消毒处理后投放鱼池。
五、工具消毒
养殖的各种工具，往往成为传播疾病的媒介，因此发病池塘所用工具，应与其它池塘使用的工具分开，避免将病原体从一个池塘带入另一个池塘。如工具缺乏，应将发病池用过的工具消毒处理后再使用。一般网具可用每立方水10克的硫酸铜水溶液、每立方水50克的高锰酸钾水溶液或5％的食盐水等浸泡0.5小时，木制或塑料工具可用5％的漂白粉水溶液消毒，然后用清水洗净再使用。
六、食场消毒
食场内常有残余饵料，腐败后为病原体的繁殖提供有利条件，在水温较高、疾病流行季节最易发生。在疾病流行季节，除了注意投饵量适当，每天捞除剩饲及清洗食场外，定期在食场周围遍洒漂白粉、硫酸铜、敌百虫等进行杀菌、杀虫。用量根据食场的大小、水深及当时的水质和水温而定。
七、疾病流行季节前的药物预防
大多数疾病的发生都有一定的季节性，多数疾病在4～10月份流行。因此，掌握发病规律，及时有计划的在疾病流行季节前进行药物预防，是补充平时预防不足的有效措施。
1、体外疾病的药物预防
疾病流行季节采取投料台挂袋或定期泼洒杀虫药、杀菌药可有效预防寄生虫病、细菌性鱼病。投料台挂袋适用于大水面养殖、流水养鱼和网箱养鱼；全池泼洒适用于面积较小的池塘。
投料台挂袋法：即药物装在有微孔的容器中，悬挂于食场周围，使其在水中缓缓溶解，达到消毒目的。目前可用于投料台挂袋药物主要有漂白粉、硫酸铜、敌百虫三种。悬挂的容器有竹篓、布袋、塑料袋、泡沫塑料块等。塑料袋装药后，需用针在周围扎小孔，孔的大小和数目灵活掌握，以药物能在5小时以上溶解完，而且在悬挂周围达到一定浓度为依据。泡沫塑料块法即将药物溶解后，以泡沫塑料吸附后挂入食场，或将两块泡沫塑料的一面中央剪去一块后，在中间放置药物，再用绳将两塑料块捆扎后挂入食场中。投料台挂袋法通常在喂食时应用，悬挂的数量可视鱼是否愿意进入食场为度。
投料台挂袋消毒法的优点是使用方便，用药量少，不会出事故，副作用较小，并可用于疾病早期防治。但要达到预期的效果，必须注意以下几点：
（1）食场周围的药物浓度应达到有效治疗浓度，又不能影响鱼类摄食。
（2）食场周围的药物的浓度应保持4小时以上。
（3）必须连续挂袋或泼药5～6天。
（4）为保证鱼类在挂药时来吃食，在挂药前应停止投饲一天，使鱼处于饥饿状态，并在挂药期间选择鱼类最喜吃的饲料，投饲量比平时略少些，以保证第二天仍来吃食。
2、体内疾病的药物预防
体内疾病的药物预防一般采用口服法，将药物拌在饵料中制成颗粒药饵投喂，用药的种类随各种疾病而不同，尽量多用中药，以免产生耐药性。药饵的制作法有下列几种：
（1）颗粒药饵
将药物、鱼饵（商品饵料）以及粘合剂（面粉、榆树粉等）按比例混各，用手工或机械制成药面或颗粒饵料。药饵的大小应根据鱼体大小确定。
（2）拌和药饵
在商品饵料中，均匀地拌入药物，然后加水调和成适口性饵料，直接放在食台上。
（3）药物草料
将药物混和在已调稀的粘合剂中使成糊状，涂洒在草料上，略干后投喂。
目前常用的口服药物有各种商品渔药、大蒜素、大黄粉等。不论何种药物，在发病季节，应每10～20天左右投喂药饵一个疗程，每个疗程3天。
用药注意事项：
（1）饲料必须选择鱼类喜吃、营养全面的。
（2）颗粒饲料在水中的稳定性要好，一般能在水中1小时左右不散开，而鱼类摄入后又能很快消化吸收。
（3）药饵的大小适口。
（4）药量计算应把吃该种颗粒饲料的鱼类体重都算入。
（5）投饲量应比平时减少2～3成，以保证天天能来吃药饵，一般连续投喂3～5天。
八、控制或消灭其他有害生物
有些病原体的生活史较为复杂，其寄主可能有几个，水产养殖动物仅是其中的一个，控制或消灭其他的寄主，切断生活史，也可控制病原体的繁殖，预防疾病的发生。