从唐到清初，在控制西部和北部地区的问题上，中原政权都采取利用少数民族首领控制边远地区的方法，一般不用武力占领。由于武力控制力度不足，西部地区长年缺乏制约力量，一旦少数民族首领作乱，中央政府便无法控制局势，这势必不利于多民族国家的形成和稳定。清廷已经意识到这个弊端，一直试图加强控制，这一点在雍正朝力度比康熙朝更强。
雍正即位之初，青海、西藏等西部边疆虽然已经臣服，但还有不少部落野心家仍然蠢蠢欲动。雍正由于皇位不稳，无暇顾及，导致一些部落搞分裂活动。待皇位稳定后，雍正开始平定叛乱，重新巩固边疆。
准噶尔部是最争强好胜的部落，位于青海的和硕特部次之。早在康熙年间，准噶尔汗噶尔丹在沙皇俄国怂恿支持下屡屡叛乱，康熙不得不三次亲征，才予平定。噶尔丹作乱时，他的侄子策妄阿拉布坦因为汗位之争投靠康熙，向中央政府“请安纳贡”。噶尔丹死后，康熙辅佐策妄阿拉布坦登上了汗位。策妄阿拉布坦经过多年经营，准噶尔部又强盛起来，不断吞并附近弱小部落。
康熙五十五年（1716），派其部将车凌敦多等率兵6000人偷袭西藏，藏王拉藏汗恳求康熙“速发救兵”。不久，拉藏汗战死。康熙于次年派侍卫色楞领兵救援，色楞兵败，故于五十七年任命十四阿哥胤祯为抚远大将军，统率援藏大军。这在第一章中已经说过。
青海是和硕特蒙古的驻牧地，各部首领都是最初藏王顾实汗的子孙，互不统属。其中，罗卜藏丹津因被清廷封为亲王，爵位和名望最高。清军入藏时，他和青海其他各部也参加了，他希望清军驱逐在藏准噶尔部军队后获得藏王宝座，恢复祖业。但他的愿望没有实现，心中十分不满，可是此时胤祯的重兵驻扎在西藏，他不敢轻举妄动。雍正一即位，胤祯被召回京奔丧，罗卜藏丹津就认为机会来了，又反过来勾结策妄阿拉布坦。
雍正元年（1723）夏，罗卜藏丹津胁迫青海和硕特蒙古各部落头人臣服自己，并自称达赖浑台吉，企图统治整个西藏。有些部落不肯服从，罗卜藏丹津便发兵进攻。
雍正闻讯，他一方面派驻在西宁办事的侍郎常寿向罗卜藏丹津驻地宣布谕旨，令他“罢兵和睦”，“不从则惩治之”；另一方面，他也做好了用武力解决问题的准备，派川陕总督年羹尧着手布置兵力。
常寿到罗卜藏丹津驻牧地宣布谕旨，罗卜藏丹津认为雍正刚登基，无力西顾，所以根本听不进去，反而向清廷新封为亲王的另一位部落首领察汗丹津进攻，公开叛乱。察汗丹津抵抗不住，率部逃往河州，请求中央政府援助。十月，罗卜藏丹津向西宁周围的南川申中堡、西川镇海堡与北川新城等地发动军事进攻，还勾结西宁附近塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗等人。察罕诺门汗是藏区的宗教领袖，他的参与使罗卜藏丹津如虎添翼，西部边疆战火频仍。
雍正遂调集西宁、松潘、甘州等处清军，命川陕总督年羹尧为抚远大将军，平逆将军延信，开始武力平叛。
战役一开始，清军就先声夺人，断了罗卜藏丹津的羽翼，罗卜藏丹津意识到自己军力不及，悔不当初，立即派人求和。雍正看透了罗卜藏丹津的两面嘴脸，命年羹尧无须与罗卜藏丹津讲和。
战争仅持续了数月，罗卜藏丹津的乌合之众几乎被消灭殆尽。雍正二年（1724）三月初，罗卜藏丹津母亲和妹妹以及追随者被俘获，罗卜藏丹津改穿女装只身逃亡准噶尔，战争以平叛胜利而告终。
战争胜利后，雍正根据年羹尧的《青海善后事宜十三条》和条奏《禁约青海十二事》，对青海地区的政治、经济、军事、宗教等方面都进行了改革，如进行编户齐民、定朝贡和互市制度、整饬喇嘛庙等。雍正三年（1725）改西宁卫为西宁府，下设二县一卫；并设置西宁办事大臣。这些措施加强了中央政府对青海地区的直接控制。
回过头来，再讲西藏。
西藏地处西南边陲，与新疆、青海、四川、云南等省毗连，这里是藏传佛教的圣地，有独特的风情和民风。早在南宋淳祐四年（1244），西藏佛教派别中势力最大的萨迦派就派人觐见元太宗窝阔台的第三子阔端，表示臣服蒙古帝国，从此西藏归属中国版图，藏族成为中华民族大家庭中的一个重要成员。清初皇太极时，西藏的顾实汗派人抵达盛京，觐见太宗，这是清廷与西藏地方联系的开始。顺治九年（1652）五世达赖应召入京，顺治册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并封藏王顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，各赐金册、金印，正式确立西藏对清朝的隶属关系。
康熙末年，清军把准噶尔势力驱逐出西藏后，在藏建立噶伦制度，以西藏贵族阿尔布巴、隆布鼐、康济鼐为噶伦，联合执政。他们之间出现了不和。
雍正四年（1726），雍正命康济鼐为西藏政务总理，阿尔布巴为协理，这更激化了矛盾。阿尔布巴受到七世达赖父亲索南达吉的支持。
第二年四月，雍正派内阁学士僧格和副都统马喇，前往西藏协调矛盾。
没想到，钦差的圣旨还未到，阿尔布巴已经先杀死康济鼐，造成既定事实，逼迫朝廷承认他的地位。六月，他勾结隆布鼐等人，进攻康济鼐部下颇罗鼐。
僧格在七月二十二日到达西藏，阿尔布巴派使者迎接，骗他说七月不吉利，请八月再进驻拉萨，趁此机会猛攻颇罗鼐。八月初一，僧格抵达拉萨，阿尔布巴率手下官员亲往十里外跪迎。僧格一方面询问康济鼐被杀的原因，一方面派人了解实情，了解到阿尔布巴叛乱的事实。
雍正不想纵容阿尔布巴，也不想承认既成事实，就立刻命宁远大将军岳钟琪及陕西各路及四川、云南的军队进入战备状态，做好了武力平叛的准备。至于是武力为主、招抚为辅，还是招抚为主、武力为辅，岳钟琪与云贵总督鄂尔泰态度相反，致使雍正不敢贸然出兵，只好先派人前往拉萨，密告僧格不要受阿尔布巴之惑。
阿尔布巴见雍正没有采取措施，以为中央政府已经被迫承认自己的地位，就放松了警惕。同时，他与颇罗鼐的战事也还在僵持着，没有分出胜负，于是他便奏请雍正，请清军入藏，帮助自己剿灭颇罗鼐。这对雍正来说是一个喜出望外的理由。此时恰逢准噶尔部首领策妄阿拉布坦病故，朝廷也不必担心阿尔布巴挟达赖逃亡，立即派兵入藏。结果，清军几乎没费什么力气，就平定了叛乱，阿尔布巴也被颇罗鼐擒获。
为了避免西藏地区再度出现叛乱，雍正调整了对藏政策，将西藏政务的控制和管理全部交给颇罗鼐一人总理，并封颇罗鼐为贝子，总管前后藏事务。一人治藏，使行政体制更集权化，便于朝廷的直接有效控制。
由于宗教事务在管理西藏方面意义重大，要解决西藏问题就要抓住宗教的根本，而达赖的父亲以前支持阿尔布巴，故与颇罗鼐矛盾很深。所以雍正很重视达赖喇嘛的安全，将他迁移至噶达，派兵保护。雍正六年（1728），他又下令在理塘、巴塘等地建立宣慰土司，设置维西、中甸二厅，划归云南，这样达赖所在地噶达，就成为监控西藏的一个外围哨卡。
为了保险起见，雍正还创造性地设立了驻藏大臣这一职务。驻藏大臣分正、副二人，分别驻前藏和后藏，协同颇罗鼐办理政务，同时留兵两千驻守西藏。驻藏大臣是政府的代表，是政府在西藏的办事机构，它的出现，将西藏正式拉回到中原政权之下，进一步加强了中央对西藏的控制，有利于多民族统一国家的稳定和繁荣，这一点，对整个中国历史都至关重要。
因此，提到西北和西藏的问题，后来的思想家魏源等说过：“圣祖垦之，世宗耨之，高宗获之。”这句话点名了雍正一朝对康乾盛世的承前启后作用。