西南一带居住着很多少数民族，他们生活习俗不同，长期各据一方，各自为政。这些地区经济落后，与中央政府的关系也比较疏远。从元朝开始，中央政府开始以土司制管理这些地区。
土司制，即各族首领经中央政府批准后，世袭官职，管理自己地区的人民。土司有很大的权力，他们可在内部自行征纳赋役，每年向中央政府进贡少许银物；可自己制定法律，对自己的人民有生杀予夺的大权。总之，只要他们形式上向朝廷称臣，中央政府不管他们实行什么制度以及谁享有统治者的权威。由于中央政府的不过问，土司可以恣意横行，对其所属人民任意奴役和杀戮，实际上是一种奴隶制的割据势力。各土司之间还因为经常争夺土地、属民或者牲畜而世代仇杀，人民生活于水深火热之中。
明代永乐朝开始，中央政府限制了土司的武装力量，并对他们制定了各种经济义务，土司之间的争斗也必须听从朝廷的调解，土司制度相对完整起来，中央政府在一些少数民族地区也建立起了行政机构。这又造成土司与中央之间的矛盾，明朝时甚至发生过土司对中央政府的战争。清初，这一矛盾依然存在。当时，中央政府忙于国内的统一战争和抗击沙俄在北方的侵略，无力兼顾西南诸省的土司势力。到了雍正朝，国内经济经过长时期的发展，已经具有逐步解决这一矛盾的客观条件。
雍正二年（1724），广西隆州古隆地方土司王尚氏与贵州普安州地方的土司阿九争夺地盘，发生土斗。因牵涉到广西和贵州两省，地方官互相推诿，迟迟不能解决。有鉴于此司制的种种弊端，雍正决定大力改革土司制。
同年五月，雍正给四川、陕西、湖南、广东、广西、云南、贵州等省督抚谕示，提出土司制对属人的压迫：“土民受其鱼肉，敢怒而不敢言。莫非朕之赤子，天下共享乐利，而土民独使向隅？朕心深为不忍。”要求各省加强对土司的管理。
雍正三年（1725），云贵总督高其倬在长寨地方仲家族村寨建立营房时，遭到土司武力反对，迫使高其倬卸任回京。高其倬向雍正面呈了土司问题的严重性。与此同时，云南巡抚鄂尔泰也遇到了土司问题，就向雍正建议“穷究到底，杀一儆百，使不敢再犯”。
鄂尔泰针对各省各地的不同情况和土司对中央改土归流的不同态度，建议采取招降和武力两种手段，而以招降为主；分别轻重缓急，逐渐推行。雍正对鄂尔泰的建议十分欣赏，尽管朝中有一部分大臣担心此事涉及面太广，怕陷于被动，雍正还是坚决支持鄂尔泰，鼓励他放手去干。
雍正四年（1726），雍正帝授鄂尔泰云贵总督，兼管广西，加兵部尚书衔，鄂尔泰开始在其辖区执行改土归流政策。
千百年来，土司对中央朝廷的各种用兵行为已经形成了一个惯例——朝廷兵力一到就逃，逃不掉便投降。而历代的朝廷为了收买人心，也接受他们的投降，然后安抚一番便撤军。朝廷兵力一撤走，土司又故态复萌。若朝廷再派兵，土司就再逃或再投降，如此反复。来来去去，朝廷虽然屡次获得胜利，兵力也损耗不少，但始终不能解决根本问题。
鄂尔泰到任后，首先对长寨地区用兵，焚烧了土司的寨巢。长寨土司首领成功逃走，鄂尔泰便命人继续挺进，将所有抵抗的土司首领尽行镇压。鄂尔泰又在长寨地区设立保甲，设立长寨厅，巩固已获得的地盘。然后，便以长寨为据点，四处用兵，先后征服了永宁、永安、安顺生苗等1398座村寨，广顺、定番、镇宁生苗680余寨。
接着，鄂尔泰集中兵力向黔东苗岭山脉和清江、都江流域挺进。这里是苗疆，地势险峻，蜈蚣毒、蝎毒、蛊术等杀伤力大的杀人办法多，剿灭的难度比较大。但这里左有清江可达于楚，右有都江可通于粤，是巩固清政府在西南的统治与沟通南北交通的要道，地理位置重要。鄂尔泰便制定了“清理黔东南土民问题，重点在都匀府，其次是黎平府，复次为镇远”的方针。根据这个方针，雍正任命熟悉贵州地形的张广泗为贵州按察使，以武力平定了抵抗清军的苗寨，对愿意归顺的苗疆实施招抚，然后设置营汛、官厅，派出办理民政的同知，稳定了苗疆一带。
对于云南一带的土司，由于土司势力很大，鄂尔泰奏请将原属于四川省东川的乌蒙、镇雄划归云南，得到了雍正的批准。此后鄂尔泰便派总兵刘起元屯兵东川，在巧家等六营设流官管辖。雍正四年（1726）冬天，乌蒙土知府禄万钟、镇雄土司陇庆侯发动叛乱，攻掠东川府，鄂尔泰派遣刘起元、游击哈元生前去讨伐，将他们一举荡平。
此后，在雍正的大力支持下，鄂尔泰先后平定、招抚云南、广西、四川、湖南、湖北等省的土司，在原土司管辖的地界设置府厅州县制，革除土司，派驻流官，稳定政局。雍正十二年（1734），忠峒、金洞、忠路等十五家土司难以为继，自动要求改土归流，土司制度基本改流成功。
在改土归流的过程中，一些土司不甘心失败，图谋东山再起。加上清军在一些地区有抢掠行为，有的流官管理不妥，时有土司叛乱的事情发生，一些地区的改土归流，在乾隆时期才得以完成。