康熙自己也承认，在他后期的帝王生涯中，大臣中已经很难找到廉洁奉公之辈，朝廷中遍布贿赂、贪污、舞弊等陋习。为了惩治腐败，在全国大规模清欠的同时，雍正还推行养廉银制度和取缔陋规等工作，以整顿吏治。
其实，前几年的清查亏空、耗羡归公中也都牵涉到这一点。如，为了使得清欠政策很好地落实，雍正特意交代允祥彻查：“尔若不能清查，朕必另遣大臣，若大臣再不能清查，朕必亲自查。”由此可见雍正整治贪污的决心。允祥在清欠的过程中，难免得罪一些贵族和权臣，允祥毫不留情地贯彻雍正的政策，被人们骂苛刻、残忍，雍正知道后，告诉人们这不关允祥的事，是朕自己的旨意。他这种主动揽责的行为令反对的达官贵人收敛了很多，从中央到地方舞弊现象也因此得到了一定程度的遏制。
清欠和耗羡归公主要是为了收拾康熙在经济方面的烂摊子，对于贪官污吏有所涉及，但没有针对性的整治。养廉银制度、取缔陋规的政策，就是雍正专门为整顿吏治而特定的政策。
康熙晚年，对吏治奉行“多一事不如少一事”的政策，政宽事省，各级官吏贿赂成风，买官卖官盛行，内外官吏根据酬贿之轻重补授好坏之官缺。同时，下级官吏为了凑够贿赂“资本”，克扣百姓，或虚名冒饷，吏治败坏。
“吏治不清，民何由安？”这是雍正对吏治的看法，为此，他在全国大力提倡“廉洁爱民，奉公尽职”的廉政建设。
雍正首先严惩了一批贪污的官员，他曾经最宠爱的大臣年羹尧就在其中。
年羹尧在朝中炙手可热时，人人都想通过他获得提拔，谁想获得高官，就向他行贿，有的人一次送银就多达二万余两，仅仅靠人事安排一项，年羹尧最多的一次就收受了四十多万两白银。当时一品大员年俸禄才一百八十两银子，这笔贿赂都抵得上两千多个一品大员一年的收入了！年羹尧贪赃受贿、侵蚀钱粮，累计达百万两，雍正查清楚后，毫不留情地对年羹尧严惩。撇开其他政治因素，仅这一次惩治也能起到给其他官员敲警钟的作用。
如果说严惩贪官是直接的杀伐，那么养廉银制度的实行，就是一项富国安民的长远政策。
耗羡归公以后，亏空慢慢被补足了，雍正就将部分多余的耗羡银转到了地方官员的养廉银上，这部分钱被用来给官员生活、办公的补助费，解决他们在办公的过程中可能遇到的物质麻烦。
当时，在京的官员每年俸禄，一品官180两，二品官150两，三品官130两，四品官105两，五品官80两，六品官60两，七品官45两，八品官40两，正九品官33两l钱，从九品官31两5钱，除此之外，每两俸银给禄米一斛。在京城之外的文官，俸银同于在京文官，武官只及在京武官的一半，封疆大吏一年的俸禄也才只有180两。总体来说，官员的俸禄都比较少，不足以维持他们正常的生活，这才因此造成了地方官吏私征耗羡、徇私舞弊、吏治败坏等腐败现象。
康熙不是没意识到这个问题，但他说：“所谓廉吏者，亦非一文不取之谓，若纤毫无所资给，则居常日用及家人胥役何以为生。”因此，在整个康熙年间，耗羡私征是地方官吏的另一额外财源，是一种半合法的灰色收入。
雍正在全国推行耗羡归公后，地方官员的一切财路都被切断了，如果此时他们的俸禄没有增加，同时还要做到勤政爱民，这种空着肚子办公的事恐怕没有人愿意做。鉴于此，雍正决定把收取的耗羡一部分拿出来，定期为大家发放一定量养廉银，用来提高他们的生活水平，使得他们有合乎自己身份地位的经济收入。——这样看来，雍正并非不近人情，反而为臣子们想的很周到，从现实情况设身处地地为臣子打算，这也算是他驾驭大臣的一种人性化为政风格。
到了雍正十二年（1734），各省官员的收入提高了百十倍。如原总督的薪俸仅为180两左右，养廉银可高达15000～18000两之间。连七品的知县，养廉银多的有2000～3000两，少的也有500～600两。很明显，养廉银大大增加了官吏们的收入。
值得注意的是，养廉银只限于地方官吏，京官俸禄低微的问题仍然没有解决。如果京官仍然很穷，那么势必会向地方官吏索要，地方官也一定会送礼，这样就起不到养廉的作用了。考虑到这个问题，雍正六年（1728），他又给吏、户、兵、刑、工五部尚书、侍郎发双俸，新增一份“恩俸”，京官的问题也解决了。
由于耗羡银是按地定税的一定比例征收的，而地定税一般不会有太大的变化，耗羡银便因此固定了下来，养廉银也就基本固定了下来。如此地方政府的收入以及使用都比较固定，未来一年的财政计划便比较容易明确下来，相对容易维持收支平衡，政府管理逐渐向数字化靠拢，一改过去粗放式的政府管理，成为清朝防止官吏贪污的一种经济手段，这对中央、对地方、对百姓，对社会稳定，均有明显的积极意义。
整顿陈规陋习，是雍正惩治贪官的另一项重要举措。
在养廉银制度实行之前，各级官吏之间有一个不成文的规定：地方官吏中的下属，必须依照四时时节向上司送上一定数量的礼金。若上司身兼数职，那么下属就要多送几份礼金。送礼的多寡，直接决定着下属的前途。这样，下属送礼给上司，驻外人员送礼给京官，层层不落，送礼便成了官员们发财的“定规定制”，助长着一批又一批贪赃枉法的官员。
以山东巡抚黄炳为例，他每年的正项俸银只有130两，禄米130斛，但收下属礼金却多达11万两。收礼的名堂很多，什么节寿礼、两司茨余、钱粮规礼、驿道规礼、粮道规礼等等。像黄炳这样乱收礼的贪污行为，全国各处到处都是，没有人特别反对过，因为有的人可以通过这种手段升官，有的人可以通过这种行为发财，各有所得，一般不会有人愿意打破这种平衡。
但这些不成文的规定却会对当时所推行的改革造成不良影响。于是雍正于元年（1723）发出上谕，禁止各级官吏接受下级官员的馈赠。当时官员们的俸禄还都比较低，雍正的上谕起作用不大。后来，雍正在全国推行了养廉银制度，情况才慢慢好转起来，一些臣子也不再贪图下属的礼金，全力协助朝廷革除陋规。
如河南巡抚石文焯，为了防止下属送礼，明确规定：“所有司道规礼、府州县节礼，及通省上下各衙门一切节寿规礼，尽行革除”。后来的继任巡抚田文镜保留了这些规定，不但自己不收礼金，还禁止下属官员、家人差役等人收受礼金，一经发现，立即严惩。当时还有将地方特产拿来孝敬上司的做法，田文镜明确并且严厉禁止地方官向上司交纳特产。
有一些官员希望得到上司的提拔，仍然主动送礼；还有的上司习惯了收礼，也不能适应没有额外收入的情况，雍正的禁令仍然不能得到完美的贯彻。鉴于此，雍正规定：凡被参劾、查知收规礼的官员，一经查实，轻则罚款，重则罢官，这给行贿的双方沉重的打击。
根据以往惯例，在中央，户部在向地方征收钱粮时，每一千两税银中要加派余平银25两、饭银7两，这也是不成文规定，同样会滋生腐败，地方与中央之间仍然有收礼行为。雍正便下令减去余平银的十分之一，后来实施耗羡归公，允祥建议干脆完全取消余平银算了，雍正一想，这样刚好可以避免朝廷官员与地方官员私分国家钱粮，大笔一挥，准了。
此外，各衙门在向吏部陈报各项事务时，按惯例，还要缴纳一定的部费，否则吏部就不批准各衙门的事务。雍正便又谕告各省总督、巡抚、提督、总兵，坚决杜绝贿赂京官。这样从中央到地方，明令禁止送礼之风，官场的不正之风终于得到了遏制。
而对于那些滥设名目、强收杂费的贪官污吏惯用伎俩，雍正一方面下令严行查禁，另一方面又奖赏清廉刚正的官员。如田文镜铲除贪官坚决果断，树敌很多，有人便罗列罪名弹劾他。雍正查明真相之后，将那个诬告的官员治罪，给田文镜连升两级，还表扬他“为国忠诚”，好言安慰他不要计较小人的流言。浙江总督李卫以清正廉洁出名，得罪很多朝廷大员，大家串通起来向雍正弹劾他，雍正却以“朕取其操守廉洁，勇于任事。以挽回瞻顾因循，视国政为膜外之颓风耳！”将这些诬告之人打发了。