明朝末年，以皇帝、太监、王公、勋戚、权臣为代表的大地主集团，已成为统治阶级内部最腐朽最反动的集团。另一部分中下级官员、中小地主和地主阶级知识分子，在政治上受到排斥，他们看到当时政治腐败，将要导致明朝的灭亡。为了改革弊政，缓和矛盾，也形成一股政治力量，和大地主集团进行了斗争。这个大地主集团，后来被称为阉党，反对阉党的人被称为“东林党”。
1594年（万历二十二年），吏部郎中顾宪成因和神宗意见相忤，被革职，回到家乡江苏无锡，和原任行人高攀龙、御史钱一本、太仆少卿史孟麟等讲学于无锡东林书院。顾宪成认为士大夫要关心朝廷，关心民生，关心世道。他们在讲学中，往往议论朝政，抨击一些失职的大官僚和为非作歹的太监等，因此得到社会上对现实不满的地主、官僚、知识分子和商人等的拥护，也得到朝中一些正直官员如吏部郎中赵南星等人的支持。他们互通声气，志同道合，使东林书院成为一个社会舆论的中心。东林党就是由于东林书院而得名的。
“东林党”的政治主张主要是通过个人的活动而表现出来的，综括起来看，大致有以下几点：1.主张拥立朱常洛第一章第一章为太子
神宗皇后无子，王贵妃生子常洛（即光宗），郑贵妃生子常洵（即福王），常洛是长子。按照儒家礼法，“有嫡立嫡，无嫡立长”的原则，应立常洛为太子。但神宗宠爱郑贵妃，想立常洵为太子。许多朝臣争请立常洛为太子，这就是后来所说的“国本”之争。围绕这个问题，又产生了所谓三王并封之争，福王就国之争，“三案”之争等。拥立常洛为帝的朝臣最后虽然胜利，但光宗即位后不久就病死了，使他们又失去了靠山。后来阉党把由于拥立常洛而产生的这些斗争，算作“东林党”的一项罪名。2.主张重用李三才
李三才，顺天通州人，从户部主事，历官至户部尚书。在他任右金都御史总督漕运、巡抚凤阳诸府期间，主张改革弊政，停征商税，反对矿监、税使，并且惩治了税使陈增部下的程守训。他还修治河道，发放赈粮，是一个有才能、得民心的官员。顾宪成等和他友好，曾写信给大学士叶向高，推荐李三才为人廉直，应入阁为相。但忌妒他的人很多，群起反对，有人甚至攻击他曾私用皇木、营建私第，因此落职为民。“东林党”人想任用贤能，澄清吏治的主张也破产了。
3.反对横征暴敛
东林党主张减轻人民负担，主张“惠商”，简化征税手续，减少滥征滥派，减轻江南织造的供应，减轻人民负担最重的“解役”等。其目的是为了维持农民的最低生活生产条件，以便保障封建统治阶级的剥削收入。但是，就是这样的建议也没有被皇室大地主集团所接受。
4.反对太监为非作歹
熹宗天启时（公元1621~1627），统治阶级内部的斗争愈来愈激烈了。最初，“东林党”人叶向高、邹元标、杨涟、赵南星等人得到执政的机会，反对“东林党”的人暂时销声匿迹。他们幻想能够依靠皇帝和几个贤能的官员，对为非作歹的太监加以约束，就能改良政治、安定民生。但是大地主集团的既得利益决定了他们必须继续进行勾结，保持他们的腐朽统治。太监魏忠贤纠合了“东林党”以外的浙、齐、楚等党派中的一些大官僚，互相勾结，对“东林党”人进行迫害。他们编制了东林《同志录》、《点将录》等，把他们想要打击的人编入册内，又将东林党人加以《水浒》中为他们所蔑视的农民起义领袖的绰号，如托塔天王李三才、及时雨叶向高、大刀杨涟、智多星缪昌期、神机军师顾大章等，制造压制他们的舆论。
1624年（天启四年）4月，阉党给事中傅堪开始向东林党人开刀，奏劾和逮捕了与东林党人关系较密的汪文言。阉党叫汪文言诬陷左光斗、魏大中等人，汪文言不屈，被击毙狱中。同年6月，左副都御史杨涟上疏弹劾魏忠贤24条罪状，其中有：1.自行拟旨，擅权乱政；2.斥逐直臣，重用私党；3.亲属滥加恩荫，甚至小孩子也做了高官；4.利用东厂特务机关，陷害好人；5.穷奢极侈，生活腐化等。左金都御史左光斗也写成了奏劾魏忠贤的奏疏，魏忠贤听说了，不等他奏上，就把他削籍为民。给事中魏大中也与同官奏劾魏忠贤擅权结党，孤立皇帝。接着上疏弹劾魏忠贤的还有黄尊素、袁化中、李应升、周宗建、万燝等70余人。
这一年，又发生了两淮巡盐御史崔呈秀贪污受贿的事。左都御史高攀龙揭发此事，吏部尚书赵南星奏请将崔呈秀遣戍。崔呈秀连夜跑到魏忠贤的家中，叩头哀告说：“高攀龙、赵南星都是东林党人，如果不去掉他们，我辈不知死到哪里？”
崔呈秀还请魏忠贤收留自己为养子。专权的太监和无耻的官僚进一步结合起来，对他们所憎恨的官员开始下毒手了。他们用廷杖打死万燝，指使阉党奏幼并罢免了高攀龙、赵南星、杨涟、左光斗、周宗建、李应升、黄尊素、魏大中等人。接着，又派锦衣卫堤骑到他们家中去逮捕。顾大章因受刑不过自缢身死，杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞五人都被阉党使用各种酷刑致死。死后还诬陷他们贪赃，株连家室亲朋。周宗建、李应升、黄尊素等也相继惨死狱中。高攀龙被迫在家中投池自杀。赵南星死于戍所。曾经在东北抵御满族入侵的熊廷弼也被杀害。凡是他们认为是东林党人或和东林党人关系较近的人都被免官、放逐或杀戮。李三才由于已在1623年（天启三年）病死，只好把他削籍为民，夺去朝廷给他的封浩。1625年8月，御史张纳奏请拆毁天下所有的书院，停止讲学，以压制在野官员和知识分子对时政的议论。
当锦衣卫堤骑（特务人员）在苏州逮捕周顺昌时，苏州人民纷起反对，当场打死缇骑一人，其他缇骑受伤逃跑，周顺昌自投监狱后被打死。巡抚毛一鹭逮捕了居民颜佩韦等五人，并把他们杀死。苏州人民为了纪念他们，把他们葬于虎丘，题墓碑为“五人之墓”。前往浙江逮捕黄尊素的缇骑，行至苏州，也被人民打散。经过这次教训，缇骑再也不敢到外地去任意捕人了。这说明“东林党”人反对阉党的斗争是正义的行动，他们的某些主张是得到人民的拥护的。
魏忠贤等阉党在镇压了大批反对派以后，更肆无忌惮地专权腐化，和人民的矛盾日益尖锐起来。
1627年（天启七年）8月，熹宗病死，崇祯帝朱由检继位，才把魏忠贤等人除掉，为“东林党”的官员恢复名誉。但是，一些阉党残余分子继续为恶，在东北抵御满族入侵的袁崇焕也被他们害死。这样的斗争一直继续到明朝灭亡。