明代的乡村组织与元代一样，南北两地仍有很大的不同。北方的乡村可分为三级：最大的叫做乡，其次是社，最小的是村。乡与唐宋元以来的乡一样，仍是乡村组织中最大的单位，但已渐失其重要性。社在元代，由50户所组成；到了明代，则不在遵守50户的原则。一般而言，明代的社都超过了50户的原则。村是比社还小的组织。在南方，乡村的组织比较复杂，大致可分为四级：乡、保、村、里。乡是最大的村落，南方与北方皆然。保是由宋代的都保制而来，故在明代，南方的保也称都保。村的组织南北皆有，是很普遍的村落名称。里并非里甲制的里，而是原有自然乡村的名称，也是南方最小的村落。此外，在南方的乡村中，又有“区”及“图”的名称。总而言之，明代的乡村组织具有两种不同的特色：在北方的乡村保有金、元以来乡里制及社制的色彩，而南方则深受宋代都保制的影响。
明太祖统一天下后，为了黄册之编造及赋役征收上的便利，在洪武十四年（1381年）设立了里甲制。据《明太祖实录》记载说：
是月，命天下郡县编赋役黄册。其法以一百一十户为里。一里中，推丁粮多者十人为之长，余百户为10甲。甲凡十人，岁役里长一人，甲首十人，管摄一里之事。城中曰坊，近城曰厢，乡都曰里。凡十年一周，先后则各以丁粮多寡为次，每里编为一册，册之首总为一图。其里中鳏寡孤独不任役者，则带管于百一十户之外，而列于图后，名曰畸零。成为四本，一以进户部，其三则布政司、府、县各留一马。
由这个记载中可以看出，每里有110户，由百十户中选出丁粮多的10户为里长，每人在10年中皆有充当一次里长的机会。剩下的100户则组成10甲，每甲10户，每户在10年内轮充一次甲首，除了10户的里长户之外，其他的百户皆有当甲首的机会。如果村落中有鳏寡孤独不当力役者，则放于110户之外，而列入畸零户。当然，畸零户也可能再列入里甲户，例如孤儿长大成年后，自然列入里甲户内了。
设立里甲制之后，为了辅助它的运行，明太祖先后设立了两个制度：一个是黄册制度，一个是鱼鳞图册。黄册制度是一种户口的记录册，对于里甲制之组成有莫大的帮助。明代户口的整理，是每10年一编审。每逢黄册编审时，地方州县官把官方的格式分级各户，各户将本户人丁田产依式填写，填写完竣再交给甲首；甲首将本甲10户所填写的表格比照查看之后，再交给州县官。在编造黄册时，原来里甲的数目，以及后来增加及减少的数目也都必须详载。更重要的是成年的男丁，因为必须服劳役，故也很详细地列入黄册之中。所以黄册制度提供了每一户人力的重要情报，作为劳役分派的准绳。鱼鳞图册是在洪武二十年（1387年）设立。其作用在弥补黄册之缺失，因为黄册仅记载户口而不记载田土，人民多有虚报之事，如把旧耕地虚报成新开垦地，或把良田报成山坡地，或以大报小等等，结果田地的地点及大小皆无法辨认。鱼鳞图册把田土的大小、好坏及田主的姓名一一详列，正可以改正虚报伪造的缺点。所以鱼鳞图册提供了每一户田土的消息，可作为征收税粮的参考。