元人入主中国之后，一切典章制度多半沿袭宋之旧制。但因南宋百余年间偏安江左，中国南北两地在政治组织上各自发展，许多方面形成南北不同的特色。元人虽统一中国，但也继承了这种南北两地长期分裂所发展出的不同的政治结构。这种南北不同的政治结构可以从乡村组织中看出来。
北方虽然历经辽、金的长期统治，但其乡村结构却继承了唐代以来的乡与里的组织。而南方的乡村组织从南宋初期起就发生了变化。乡与里的名词渐渐被都、保及图所取代。都、保之名称是王安石保甲法实施以后，逐渐习用的名词。都的名称渐渐取代了乡，而保之名称渐渐取代了里。到了后来，为了统一赋税与劳役，政府从事土地丈量而书图造账，这种图册又慢慢地代替保的名称，而成为乡村之组织单位。所以南宋末年，南方的乡村组织已经被都、图所取代了。
元代之乡村组织，南北虽有不同，但乡村组织内的服务人员，却是南北一致。府州县之城内皆设坊正，而乡村内每乡设一里正，负责调查户口、催收赋役及劝课农桑等职责。又设一主首，帮助里正处理地方事务。村社300户以上设主首4人，200户以上设主首3人，50户以上设主首2人，50户以下设主首1人。这种制度是根据金人的制度而来，也行于南方。但南方租税征收的事务繁多，里正及主首负担过大，很多担任里正及主首职役者，皆因此而倾家荡产。所以在南方特别选择家产较富者充任里正户，而以财产次多者为主首户。每年由一户担任里正户，一户担任主首户。此法首先在江西实施，后来普及于南方各地。
除了沿袭宋代以来的乡村组织之外，元人又设立了“社”的组织。“社”之名称，首先出现于《左传》鲁昭公二十五年（公元前517年），齐送一千社给鲁。杜佑在《通典》中认为是25户组成一社。隋代时，有社之设立，由25户所组成，作为土、谷神之祭祀单位。唐代时，社之功能变成赈灾之组织。到了元代，社逐渐成为一种发展农业的组织。元世祖至元二十三年（1286年），颁布社规，规定以50家立一社，户数增至百家，则增设社长1人。不满40家者，与附近之村合并成立一社。如因地远人少，不能合并者，亦可自设为一社。社中之人，推举年高通晓农事者为社长。社长专门负责劝告社民致力农耕、开发水利、设立义仓、开垦荒地及预防蝗旱灾等等。但这种社制设立后不久，就变了质。社长本为劝农而设，设立后5年，就发现社长干涉赋役之征收，甚至侵越里正、主首之职责。元朝廷虽三令五申，严禁社长担任其他工作，只能负责劝农的任务，但社长的权力日益扩大，除了劝农工作及上述诸事之外，又干涉差役之征派，甚至于婚姻家产及债务等民事纠纷也由社长来处理。不仅如此，“社”的名称本来不是乡村的行政组织，日久之后却渐渐形成了一种乡村区划，尤其是在北方更为流行。到了元末明初，很多北方的乡村组织都以“社”之名来称呼了。