「乙丑」同治四年，公五十五岁。
正月，金陵昭忠祠成。初十日，公率僚属致祭。
十四日，具摺奏两淮运使忠廉因病出缺，拣委道员李宗羲署理，请旨简放。
附片奏江南乡试新中举人来江宁请咨者，随时通融，缮给咨文，以凭迅速起程会试，请敕礼部查照。又片奏寿春镇总兵易开俊调援皖北就近赴任。又奏采访忠义第二十案。附片奏石埭县训导朱彦升请恤，并其家属二十人。二十日，设粥厂，令湘勇煮粥，以食饥民。二十一日，拜摺专奏恭谢年终恩赏。又奏循例密陈文武考语一摺，三省学政声名一片。又奏采访忠义第二十一案。
二月初三日，作《江忠烈公神道碑》。初八日，道饬委员籴买积谷以备荒。
十四日，具摺奏易开俊、刘松山两军坚守宁国、泾县出力员弁，开单请奖，并陈明应保之案，久未奏保，自请交部议处。又汇案奏参藐法滋事之将弁江发云等，请革职讯办。又摺奏上年奉拨轮船经费银五十一万馀两，全数解清，汇入军饷案内报部。二十日，核定收养贫民章程，议挑补绿营弁兵章程。二十三日，前云贵总督潘忠毅公铎之柩自云南还葬，过金陵，公遣弁护送回籍。二十七日，专摺奏营中欠饷，遵照部议新章，发给饷票，准照实银报捐请奖。又奏酌度江宁现在情形，城外龙江关、西新关两处，暂缓开关征税，俟商民复业，再行奏复旧制。附片奏江、安两省武营遗缺，请通融借补。札委工程局员修葺江南钟山书院、尊经书院。是月奉上谕：“上年江宁克复后，曾国荃因病陈请开缺回籍，当经降旨，令该抚病痊即行来京陛见。迄今已及半载，该抚病体当可渐次就愈。朝廷以该抚功绩昭著，且年力盛强，正强借资倚任。著曾国藩传知曾国荃，如病已就痊，即行来京陛见。现当勤求治理需才孔亟之时，该抚慎勿遽萌功成身退之志，以副期望。”钦此。彭公玉麟奉旨署漕运总督，吴公棠署两广总督，李公瀚章援湖南巡抚。李公鸿章派提督郭松林等军，由海道赴福建厦门助剿漳州之贼。杨公岳斌募湘勇五千成军，由长沙启行赴甘肃。公方议裁撤湖南东征局，于是杨公奏请改为西征局，充甘肃军饷。贵州巡抚张公亮基，亦请以东征局饷协解黔中。
三月十五日，奏通筹滇黔大局一摺。奏称：行军之道不一，而进兵必有根本之地，筹饷必有责成之人。谋滇者当以蜀为根本，即以饷事责之四川总督；谋黔者当以湘为根本，即以饷事责之湖南巡抚。湘蜀两省物力有限，倘任滇黔之饷，则甘肃之饷，应责之江浙等省，不敢有所推诿。又奏福建汀漳道彭毓橘因病未能赴任，请开缺。附片李世忠前后捐助军饷银十五万九千馀两，请并入河南捐款，为将来加广中额之地。又附片奏：湖南设立东征局，当时实由黄冕主持，因此大招物议。上年金陵幸克，臣即议定期裁撤东征局。湘中商民，人咸知之。今杨岳斌请改供西征之饷，滇黔各省，亦指请协解。臣既奏停江广金，而于桑梓独食其言，且令黄冕专受其谤，有甚不安于心者，谨先事沥陈。俟四月间，即专摺奏请裁停东征局务，另由江南筹解甘饷，俾湘民沾高厚之恩，臣亦稍释隐微之疚。
又片奏称：新疆之地，大漠苦寒，艰险异常，鲍超威严有馀，恩信不足。倘出关以后，部曲离怨，必为回众所轻。一有挫失，全局震动，后人更视关外为畏途矣。
且甘肃未平，遽谋新疆，则后路之根本不稳。鲍超历年苦战，臣岂忍忘其大功而摘其小过？惟有仰恳圣慈，饬令鲍超随同都兴阿、杨岳斌先清内地，再行出关，不宜轻于一发。不独鲍超一军为然，自古有事塞外者，未有不慎于始谋者也。又片奏：臣弟国荃病尚未痊愈。钦奉寄谕，已恭录传知。时有御史朱镇奏参湖南兵勇在江南骚扰情形，请即遣散回籍。公于是札饬各军，大加裁撤，在金陵者，仅存四营而已。
二十五日，具摺奏续保攻克金陵水师员弁，开单请奖。附片奏彭玉麟固辞署漕运总督之任，并陈明捻匪飙忽，恐南入江境，调张树声一军驻清江浦，调刘铭传、周盛波两军由六安移防徐、宿。时彭公玉麟已专奏力辞新任，而捻匪窜山东境，蔓延曹州、济宁一带，徐州清江皆防窜越。吴公棠亦以防务留清江，未赴两广之任。二十七日，公登舟出江泊瓜洲。二十八日，登焦山，彭公玉麟从。二十九日，渡江登北固山，览京囗形势。旋登金山，回瓜洲，查阅盐河工程。
四月初一日，方抵扬州。运司李宗羲禀商盐政务。设盐栈于瓜洲之新河囗，以利捆运。裁减江北卡，改定江北务章程。初三日，还金陵署。十五日，具摺奏黄翼升水师、张树声淮军已到清江防所，刘铭传、周盛波日内当抵邳、宿之境。又摺奏前漕督袁甲三先经奉旨于临淮建立专祠，旋因案撤销，请仍准建复。
附片奏皖南镇总兵唐义训开缺，以总兵刘松山、道员金国琛办理徽、宁防务。该二员蒙恩授甘肃镇道实缺，并催令赴任，请暂留皖南，仍即以刘松山调补皖南镇实缺。又片奏新授安徽臬司李宗羲暂留两淮之任，整理盐务。二十日，核定瓜洲盐栈章程。二十一日，接奉廷寄书公爵加称曰毅勇侯。鲍公超回川后，所部霆字营分为两军。其一总兵娄云庆领之入闽，其一总兵宋国永领之赴蜀，将率以出关也。入闽之军，在上杭县大哗，回向江西索饷。江西藩司孙长绂急发银六万两，迎解于军前，众稍定。入蜀一军，行至湖北金囗登岸，哗溃为乱，窜陷咸宁县，扰犯江西、湖南边境。李公瀚章调军平之。公久虑霆营之有变，至是闻警，适如前疏所虑。为之怃然，忧念不已。僧王追击捻匪至于山东，日驰百数十里不息，捻匪势亦飙忽，迭奉谕旨，以持重为戒。公亦具密疏，请令僧邸一军稍休暇以养锐，疏未上也。二十四日，忠亲王僧格林沁在曹州中伏阵亡。兖豫之间贼势益张，远近人心，为之惶骇。二十五日，公接见洋人，议江南通商事宜。是月，公与李公鸿章会奏遵旨核减苏松等属浮粮一摺。郑公敦谨奉旨授湖北巡抚，吴昌寿调河南巡抚。
五月初一日，驰摺奏迭奉谕旨，复陈大略：其一，鲍超霆营溃叛之故。固惮万里长征之苦，实由积年欠饷之多，已飞咨鲍超迅赴鄂中调停解散。檄调刘连捷等军南渡九江，咨彭玉麟调派水师扼防江西。其一，水师炮船宜用于长江大川之中，若运河水窄岸高，断难施展。黄河与大江，船式迥殊，水性亦异，宜由山东、河南抚臣另造舢板，分防黄、运两河，则畿辅永无捻患。凡二条。附片奏称：金囗霆营叛乱，容有别情，至娄云庆一军在闽鼓噪，则系因饥生变，实无他故。臣不在江西，不能筹发欠饷，又明知霆营出关，必将生变，不能及早奏请停调，至酿今日之祸，皆由臣区画不善，恩信不孚，无可辞咎。容俟查明原委，自请严处。
又代奏陕西臬司陈谢恩一摺，奏请应否陛见。初二日，奏到寄谕。令公出省至淮、徐一带，督率水陆援军，相机剿贼。初三日，公闻僧王阵亡之警。奉到上谕：“钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯国藩著即前赴山东一带，督兵剿贼，两江总督著李鸿章暂行署理，江苏巡抚着刘郇膏暂行护理。”钦此。又奉上谕“曾国藩著即携带钦差大臣关防，统领所部各军星夜出省，前赴山东督剿”等因。
钦此。初五日，奉到寄谕一道，初七日，奉到寄谕二道。皆催公迅速启程。初九日，驰摺奏遵旨前赴山东剿贼，沥陈万难迅速情形：金陵楚勇裁撤殆尽，仅存三千人，作为护卫亲兵，此外惟调刘松山宁国一军，如楚勇不愿远征，臣亦不复相强。淮勇如刘铭传等军，人数尚少，不敷分拨，当酌带将弁，另募徐州勇丁。以楚军之规制，开齐兖之风气，期以数月训练成军，此其不能迅速者一也。捻匪积年掳掠，战马极多，驰聚平原，其锋甚锐，臣不能强驱步兵，以当骑贼，亦拟在徐州添练马队，派员前赴古北囗采买战马，加以训练，此其不能迅速者二也。扼贼北窜，惟恃黄河天险，若兴办黄河水师，亦须数月乃能就绪，此其不能迅速者三也。直隶一省，宜另筹防兵分守河岸，不宜令河南之兵兼顾河北。僧格林沁剿办此贼，一年以来，周历湖北、安徽、河南、江苏、山东五省，臣接办此贼，断不能兼顾五省，不特不能至湖北也，即齐、豫、苏、皖四省，亦不能处处兼顾。
如以徐州为老营，则山东只能办兖、沂、曹、济四郡，河南只能办归、陈两郡，江苏只能办淮、徐、海三郡，安徽只能办庐、凤、颍、泗四郡。此十三府州者，纵横千里，捻匪出没最熟之区。以此责臣督办，而以其馀责成本省督抚，则汛地各有专属，军务渐有归宿。此贼已成流寇，飘忽靡常，宜各练有定之兵，乃可制无定之贼。方今贤帅新陨，剧寇方张，臣不能速援山东，不能兼顾畿辅，为谋迂缓，骇人听闻，殆不免物议纷腾，交章责备。然筹思累日，计必出此，谨直陈刍荛，以备采择。附片奏称：精力日衰，不任艰钜，更事愈久，心胆愈小。疏中所陈专力十三府州者，自问能言之而不能行之。恳恩另简知兵大员，督办北路军务，稍宽臣之责任，臣仍当以闲散人员效力行间。又摺奏保张树声补徐海道缺，吴世熊补淮扬道缺。僧王没后，将军国瑞革职留营，接护其军，并护钦差大臣关防，军心不固。公亟调刘铭传一军赴济宁以助之，李公鸿章调派道员潘鼎新领淮勇五千人，由轮船航海赴天津，以卫畿辅。是日，奉到上谕：“钦差大臣协办大学士两江总督一等毅勇侯曾国藩，现赴山东一带督师剿贼，所有直隶、山东、河南三省旗绿各营及地方文武员弁，均著归曾国藩节制调遣，如该地方文武不遵调度者，即由该大臣指名严参。”钦此。寻又奉督率亲军轻骑就道兼程北上之旨。于时公定计撤退湘军，进用淮军。酌留金陵湘勇四营，增募千人，凡六营，委道员罗麓森等领之，以为亲兵，随同北征。其馀湘军在江南者，全行撤遣回籍。十三日，驰奏钦奉谕旨谨陈筹办情形并请收回成命一摺。奏称：潘鼎新一军，由轮船驰赴天津，可以壮畿辅之威，可以补臣迂缓之过，目前局势似可无虞。至于节制三省，臣实不能肩此巨任；即才力十倍于臣者，亦不必有节制三省之名。并称河北宜责成直隶总督另筹防兵，不宜调南岸之师，往来渡黄，疲于奔命。各省巡抚，亦宜另筹防兵，不可使剿捻之师追逐千里，永无归宿。反复申明前疏之说。附片奏潘鼎新、刘铭传、张树声、周盛波等四军皆系淮勇，经李鸿章兄弟苦心训练而成者。
已调甘凉道李鸿章办理行营营务处，请旨准开甘凉道缺。并令李鸿章之季弟李昭庆赴营差遣。又片奏镇江、扬州水陆防军撤遣已竣，所有原设粮台，一并裁撤，另设报销局，造册报销。又片奏咸丰三年，江宁城陷，将军祥厚等殉难，布政使祁宿藻先在围城中积劳病故，已奉旨优恤，仍请将祁宿藻附祀祥厚专祠。二十一日，公诣晋臣卞忠贞公祠，祠新葺成也。二十二日，李公鸿章至金陵，公交卸总督关防。二十三日，奉到上谕：“曾国藩恳辞节制三省之命，具见谦抑为怀，不自满假。该大臣更事既多，成效夙著，若非节制直、东、豫三省，恐呼应未能灵通，勿再固辞。”钦此。二十四日，驰摺奏报交卸督篆带兵出省日期，并报捻匪回窜皖、豫、山东，情形渐松，当无渡河北犯之虑。又摺奏保肃清皖南出力员弁，开单请奖。附片奏：本年二月，提督鲍超委员赴囗外采办战马八百匹。今鲍超出关之行，已因兵变而中止。应请敕下兵部，令此项马匹径赴山东，解臣行营，俾资练习。又片奏裁撤湖南东征局，其湖南协甘之饷，由抚臣李瀚章酌筹协解。又具摺奏报淮南盐课收数第二案。附片奏：两淮盐课拨解京饷之银五万两，请改解臣营，以应急需。又奏查得已故两江总督陆建瀛遗骸，护送回籍。二十五日，公由金陵登舟，饬北征六营湘军即日拔队启行。其所撤遣各湘勇，委员押令，悉数溯江西上，毋得停留。二十八日，公舟解缆渡江，彭公玉麟从。公与彭公核定长江水师章程。是月，唐义川、金国琛所部徽州防军索饷鼓噪。刘公长佑驻军开州，督造防河战船。左公宗棠克漳州府城。苏省所派郭松林等军克漳浦县城。福建全省皆平，贼窜广东之境。刘公坤一奉旨授江西巡抚。
闰五月初一日，公舟泊瓜洲。初三日，泊扬州。札委知府彭嘉玉办理江宁粮台。初八日，抵清江浦。十一日，驰摺奏捻匪南趋安徽，藩司英翰在雉河集被围，调水师入洪泽湖，以达临淮；调刘铭传、周盛波回援皖北。又片奏道员罗麓森委办营务处。又片奏力辞节制三省，恳请收回成命。十二日，札委淮扬道吴世熊办理转运粮台。维时捻酋四人，曰张总愚、曰任柱、曰牛洪、曰赖文光，赖逆则粤匪之党也。四股匪徒数十万，马数万匹，分合不常，往来飙忽。官军追逐，或求一战而不可得，甚或委弃军火粟马以资贼。大河以南，淮、汉以北，蹂躏数千里。