十三日，驰奏钦奉谕旨分条复陈一摺：其一江宁省城贼踞最久，居民流亡尚未复业，委记名臬司黄润昌赶紧兴修贡院，庶冀士子云集，商民亦可渐归。其一驻防旗营，俟贡院工竣，以次修理。旗兵现存八百馀人，俟营房粗定，再议挑补足额。其一苏皖两省疆舆跨越江淮，据御史陈廷经陈请变通画江分省。臣以为军事、吏事之兴废，视疆吏之贤否，不必轻改成宪。其一杨岳斌应赴陕西新任，江西军务，应令鲍超专顾北路，刘典、席宝田、王文瑞、江忠朝等分剿南路，不必另派督办大员。其一皖北吃紧，飞催刘连捷等渡江防剿。凡五条。附片奏委道员庞际云署江宁盐巡道缺，仍饬办善后局。又其摺奏保克复金陵陆军出力员弁，开单请奖，阵亡、伤亡、病故员弁五百一名，开单请恤。附片奏称：臣自任两江督师，东征数年，奏保积至二十二案之多，军务倥偬，未及按名注考。恳敕部将臣军保案，均照原单一体注册。又附片密奏：大功粗立，臣兄弟及前后文武各员均叨窃殊恩异数，追思昔年患难与共之人，其存者，如李元度一员，独抱向隅之感；其没者，如江忠源、何桂珍、刘腾鸿、毕金科四人，皆有私衷抱疚之端，谨略陈一二，恳请恩旨。十四日，易开俊击窜贼，破之。十六日，唐义训、金国琛击窜贼，破之，馀匪挟洪福窜入江西广信之境。浙江官军追击之。十七日，专摺进呈安徽全省地图，并《长江图说》，奏称：知府刘翰清、县丞方骏谟淹雅详慎，臣派委该二员细查详绘，装成全册，恭呈御览。贼围扑英山县，蒋凝学固守击贼破之。刘连捷、朱洪章、朱南桂领湘勇万馀人渡江而北。公调派湘勇由桐城进剿英山，调派李榕、王可升、何绍彩等军八千人，由六安进援霍山。二十七日，驰摺代奏：臣弟国荃病势日增，请开缺回籍调理。又摺奏湖州、广德败贼并犯歙南，官军截剿屡胜，阵亡参将唐远请恤。附片奏长江水师新定规模，应责成彭玉麟周历巡察，区画一切。其安庆善后事宜，札饬藩司马新贻、臬司何、总兵喻吉三会同妥办。又片奏报江西、皖北军情，调军剿办，并报定期起程，驻扎江宁旧治。又奏截停淮北饷盐规复票盐旧制一摺。是月，杨公岳斌赴赣州督师防剿，王文瑞克复雩都县城。
九月初一日，公由安庆登舟启行赴金陵。初八日，舟抵金陵，黄公润昌监修贡院工毕。初九日，公入城阅视贡院工程。初十日，入居署中，核定安徽全省丁漕征收章程。是日奉到上谕：“曾国荃督兵数载，克复江宁省城，伟绩丰功，朝廷甚资倚畀。第栉风沐雨，辛苦备尝，致病势日见增剧。若不俯如所请，不足以示体恤。已明降谕旨，准曾国荃开缺回籍，并发去人参六两，以资调理。该抚其安心静摄，善自保卫，一俟病就痊愈，即行来京陛见，以备倚任。所有江宁善后事宜，即着曾国藩驰往江宁，斟酌机宜，妥筹办理。”钦此。同日奉到上谕：“浙江巡抚，著马新贻补授。英翰著补授安徽布政使。安徽按察使，著何补授。”钦此。十一日，驰摺奏江南贡院修建工竣，已通饬各属，出示晓谕，定于十一月举行乡试。两江人士，闻风鼓舞，流亡旋归，商贾云集，请旨简放考官。附片奏札饬江西藩司赶办江南朱墨卷各一万八千套，定期解赴金陵。又片奏札调藩司万启琛回驻江守，运司忠廉由泰州移驻扬州。湖北发、捻大股围英山城。蒋凝学坚守，贼退。其一股趋太湖。刘连捷等军至太湖，贼均退回湖北蕲水、罗田之境。
公札调朱南桂、朱洪章二军驻宿松、太湖，刘连捷一军驻安庆。二十日，公弟国荃奉旨诣明孝陵致祭。江西、浙江官军会击窜贼于广信府境，大破之。洪福遁走石城。江西东境肃清。二十五日，席宝田军追擒幼逆洪福，送南昌斩之。二十六日，设发审局。二十七日，驰摺奏报官军驱贼出境，全皖肃清。随摺奏保易开俊、唐义训、刘松山、金国琛四员。又具摺奏续保彭玉麟水军、王可陆军青阳、溧水、高淳、东坝各案，出力员弁，开单请奖。又奏续保江忠义、席保田两军青阳案内出力员弁，开单请奖。
是日，又具摺奏称：安徽界连楚北，自楚师入境，迭复郡邑，按亩捐钱，支应兵差，百姓苦之。安庆克后，停止亩捐，改办抵征。现在札饬一律开办丁漕，所有从前收过抵征项下，应专案作正报销。二十八日，札派乡试内外官员。
是月，鲍公超击贼于宁都州城外，大破之，州城解围。贼溃窜闽粤境。江西全省皆平。左公宗棠奉旨锡封一等伯爵，鲍公超一等子爵。杨公岳斌由赣州回南昌省城，奏请回湘增募陆勇赴甘肃剿办。贼之窜广东者，攻扑南雄州；其窜闽者，陷武平县城，张忠毅公运兰死之。贼遂遍扰汀州属境，陷漳州府城而踞之。湖北发、捻大股围扑蕲水官军营盘，石威毅公清吉阵亡。
十月初一日，公弟国荃登舟回湘，公送之至采石矶乃还。初四日，公还署。
初五日，专摺奏谢弟国荃开缺恩旨。又奏谢弟国华、贞干各加赏恩。初七日，考试督署书吏。李公鸿章委员解到上海协饷银十七万两，支发江皖各路湘军欠饷。
公定议撤遣湘勇，什去八九。十二日，具摺代奏提督鲍超请假六个月，驰回四川本籍，亲营葬事，兼养伤病，令其部将宋国永、娄云庆分领霆营之众。附片奏金陵遗撤勇丁，先后回籍，沿途安帖。并报皖鄂军情，檄调刘连捷等军赴鄂援剿；调易开俊一军渡江，而北与李榕、王可升等为后路策应之师。又奏采访忠义第十九案。附片奏安庆通判达凌阿在寿州殉难请恤，苏州从九品蒋映杓、训导梅振镳请恤，并其家属十一人。十三日，奉上谕：“现在江宁已臻底平，军务业经蒇事，即着曾国藩酌带所部，前赴皖鄂交界督兵剿贼，务其迅速前进，勿少延缓。李鸿章前赴江宁，暂署总督篆务。江苏巡抚，著吴棠暂行署理。”钦此。十七日，李公鸿章到金陵见公。公与商裁退楚军，进用淮勇。檄调刘铭传、李鸿章等引淮军渡江而北，上援皖鄂。十九日，奉上谕：“曾国藩奏提督鲍超遵奉前旨请假葬亲一摺，已明降谕旨，赏假两月，回籍经理葬事矣。现在甘肃军务未蒇，新疆回匪日益蔓延，非得勇略出群如鲍超者前往剿办，恐难壁垒一新。著曾国藩传旨鲍超，令其俟假期一满，即行由川起程，出关剿办回匪。其旧部兵勇及得力将弁，准其酌量奏调，随带同行。从前回疆用兵，杨遇春即系川省土著，立功边域，彪炳旗常。鲍超务当督率诸军，肃清西陲，威扬万里，以与前贤后先辉映。该提督忠勇性成，接奉此旨，必即遵行，以副朝廷委任。”钦此。二十二日，奏遵旨驰赴皖鄂交界督兵剿贼一摺。奏称：臣用兵十载，未尝亲临前敌，自揣临阵指挥，非其所长。此次拟仍驻扎安庆、六安等处，派刘连捷等入鄂，听候官文调遣。檄调淮勇两军随臣西上，更资得力。附片沥陈才力竭蹙，难胜重任，楚军出征过久，渐成强弩之末，不如淮勇之方锐。一俟皖鄂肃清，即请开缺，调理病躯，仍当效力行间，料理经手事件。如军饷之报销，撤勇之欠饷，安置降将部众，区画长江水师营汛，皆分内应了之事也。又摺奏请于江宁省城，建立昭忠祠，汇祀湘军阵亡病故将士。附片奏广东、江西金全归本省经收，唯留饶州、景德镇厘金之半，拨解祁门粮台，以充皖南五军之饷。二十五日，作《修治金陵城垣缺囗碑记》一篇，立石于龙膊子山下官军攻入之处。二十七日，奏报淮南征收盐课第一案。是月，僧王军击贼，大破之。官文公、乔公松年调派各军，防剿招抚数万人，馀贼窜德安。广东贼陷嘉应州城、大埔县城，与闽省汀、漳之贼延扰凡数百里。左公宗棠移驻衢州，调派刘典等军分道入闽进剿。钦命刘琨典试江南，以平步青副之。
十一月初一日，委员择地修建昭忠祠、靖毅公祠。设工程局委员监督工役，次第修复学宫及群祀祠宇。初三日，交卸总督关防。初五日，奉到上谕：“皖省一律肃清，楚境馀贼由黄、孝窜德安一带，逆数无多，楚军可敷剿办。曾国藩无庸前赴安庆，亦无须交卸督篆，仍驻扎金陵，妥筹调度。李鸿章现在入闱监临，俟出闱后，仍回江苏巡抚本任。”钦此。初六日，诣贡院迎主考官入闱。初八日，得前总督陆公建瀛遗骸，改棺重殓，公出城吊而祭之。初十日，作《家训四条》。
十七日，李公鸿章派弁送还总督关防，公接印回任。十八日，驰摺奏交卸督篆遵旨仍回本任日期。奏称：鄂、豫、皖三省，均捻匪往来熟径，刘连捷等军宜以黄州上巴河为老营，派吴坤修料理营务；刘铭传等军宜以三河尖固始为老营，派李鹤章料理营务。又摺奏续保克复金陵水陆各军随营筹饷各员弁，汇单请奖。又片奏请敕部添铸淮扬镇总兵新印，颁发来营。又片奏国子监典籍钱继文，前在金陵殉难请恤。二十二日，会考江南拨贡、优贡。
十二月初三日，马公新贻过金陵见公。旋赴浙江任。初六日，李公鸿章还苏州。十三日，奏迭奉谕旨分条复陈一摺：其一，前明孝陵勘估工程，目下无此巨款，应稍缓筹办；其一，李秀成供词，前有删节之处，补钞进呈；其一，张国梁忠骸，访求未得；其一，江北粮台，每月收银不过五万两，酌解甘省及留供皖军之数；其一，池州知府范先谟调省察看。凡五条。附片奏保四品京堂胡大任，请旨简用。又片奏云南东道黄冕请开缺。又片奏知府范泰亨、主事柯钺均在营积劳病故，请恤。是日，又奏复御史刘毓楠条陈淮北盐务一摺，附请展缓江南武乡试一片。十五日，乡试揭晓，公入闱钤榜，取士二百七十三名。二十八日，奏迭奉谕旨分条复陈一摺：其一，剿办捻匪，宜用淮勇，人地相宜，淮军所用火器，须由水路运送河南，以周家囗为都会；其一，西路军务，宜先清甘肃，次及关外，楚勇离甘太远，不如川勇较近，宜用川北保宁、龙安两府之人，与甘肃风气不甚相远，臣处饷项奇绌，不能协济鲍军；其一，楚勇必须多撤，金陵守兵，已裁去七千人，朱品隆、唐义训、刘连捷等军应即先撤，庶腾出有用之饷，以济西征之师。凡三条。附片奏陈何桂珍、刘腾鸿、毕金科三员忠绩，请赐谥以表示来兹。
是日，又具摺奏请蠲免安徽州县钱粮杂税，并将各州县克复年月、被扰轻重，分别开单呈览。附片奏金坛、溧阳、丹阳、宜兴、荆溪五县被贼蹂躏最甚，请豁免两年钱漕。又片奏递进江南乡试题名录。是冬，捻匪由湖北襄阳窜扰河南之境，僧王督师追击，连获胜仗，而贼势飙忽不可制。福建之贼踞漳州，左公宗棠督师入闽攻剿。