公既奏定专办十三府州，扼要驻军，不事驰逐。其用湘、淮各军火器饷需，由水道转运，以江南为根本，以清江为枢纽，溯淮、颍而上者达于临淮关、周家囗，溯运河而上者达于徐州、济宁州。治军转饷之规，与前此北方官军迥殊矣。札撤徐州镇总兵詹启纶一军，遣散回籍。出示晓谕淮北民圩，严辑奸匪。二十日，刘松山军到清江浦。二十一日，驰摺奏：群贼全萃皖境，英翰突出重围以求援。寿春镇总兵易开俊目疾增剧，拟亲率湘军赴临淮驻扎，就近调度。派刘松山兼统易开俊之军。臣初奏四省十三府州之地，安徽以临淮为老营，河南以周家囗为老营，江苏以徐州为老营，山东以济宁为老营，各驻重兵，多储粮械，一处有急，三处往援，有首尾相应之象，无疲于奔命之虞，或可以速补迟，徐图功效。至于目前诸将，刘铭传、潘鼎新均可独当一面，张树声、周盛波两军合当一面，刘松山、易开俊合当一面。另派郎中李昭庆训练马队，合以亲王旧部，同为游击之师。又摺奏派委浙江运司李榕前赴济宁，承领国瑞交代事件，并迎提亲王旧部军马，赴徐州调遣。饬潘鼎新一军移驻济宁，会同李榕料理接管。附片奏：钦奉寄谕，陈国瑞、刘铭传曾有互斗之案，饬臣斟酌，妥为调派。现在刘铭传援剿皖北，应令陈国瑞暂驻河南境，不宜共事一处，以杜诸军内讧之渐。又片奏总兵陈国瑞优劣事迹，请旨饬归河南巡抚节制调遣。是日前摺递回，奉到上谕：“曾国藩因节制三省，任大责重，复恳请收回成命，具见谦抑之忱。第贼氛猖獗，时事孔艰，事权不专，则一切调度事宜，深恐呼应不灵。该大臣惟当力任艰巨，与三省督抚和衷筹画，将此股贼众克期殄灭。彼时三省军务既平，自可毋庸该督节制。既为其实，毋避其名，万不可稍存过虑之心，再有渎请。”钦此。二十二日，公由清江登舟换用淮船。二十六日，渡洪泽湖。二十八日，舟泊五河。驰摺奏皖境一片逆氛，非马队不足以制胜。请将寄谕拨交河南之马队，一起凡四百九十六员名，调赴皖北助剿。附片申陈：精力衰颓，军势单弱，尚未开总督两江之缺，而更增节制三省之名，耿耿寸衷，如负重疚。恳收回成命，但责臣以会办剿捻，自当通力合作，不敢稍分畛域。如不蒙俞允，更当累疏渎陈，不辞严谴。二十九日，公舟抵临淮关驻营。是月，安徽雉河集解围，贼窜河南许州境。湖北蒋凝学一军奉调赴甘肃，行至襄阳哗溃。六月初六日，批总兵陈国瑞禀牍凡二千馀言，称其所能，而历数其过失。申明禁约，凡三条：一曰不扰民，二曰不私斗，三曰不梗令。词旨严切。陈国瑞复禀，未能遵公约束也。初八日，乔公松年来见公。初十日，出示晓谕：“亳州、蒙城、宿州、永城四属民圩，分别良莠，擒送捻匪赴军营者，重赏。并委员会同州县严拿匪徒，就地惩办。十二日，与乔公松年驰摺会奏援军大捷，雉河解围。附片专奏陈州府库存银二十万两，拟与江苏、安徽、河南分拨各五万两，给付军营，其李鸿章应得之饷，即就近拨发刘铭传等军用饷。十三日，公移驻陆营。时淮水盛涨，各营多移淮南岸以避水。公营在北岸，筑堤以捍之。
公弟国荃奉旨授山西巡抚。二十四日，奉到上谕：“曾国荃已简授山西巡抚，曾国藩当嘱该抚勉图报效，作速赴任，勿以病辞。”钦此。是月，贼西窜南阳、襄、陕一带。
七月初八日，驰奏钦奉谕旨复陈一摺。奏称雉河解围以后，贼分两路西窜。
檄调刘铭传全军驰赴周家囗，添调马队以助之。山东拨交马队二起，系曹南新挫之馀，人马俱疲，必须在徐州大加整理。细观贼情，已成流寇，若贼流，而官兵。
与之俱流，则节节尾追，著著落后。臣坚持初议，以有定之兵，制无定之寇。令刘铭传驻周家囗，张树声驻徐州，刘松山驻临淮，潘鼎新驻济宁，贼至则迎头击之。请敕下河南、湖北督抚，于豫之巩、洛、宛、邓，楚之随、枣、黄、麻，各驻劲兵一枝，专重迎剿，不事尾追，庶几渐有归宿。且此贼有不甚似流寇者，蒙、亳老巢田庐尚在，贼尚眷恋，既设法以遏其流，又拟查办民圩，以清其源。谨将告示一道，抄呈御览。又摺奏徽、休防军索饷哗噪，已饬查拿侵饷之营官、倡乱之勇丁，认真严办。请将唐义训、金国琛交部议处。皖南道张风翥措置不善，先行撤任。并奏自请交部议处。附片奏委吴坤修署皖南道缺。又摺奏扬防凯撤，借用漕折银两，目前无款归还，请旨敕部暂缓催提。又奏谢弟国荃授山西巡抚恩，并陈明近日病状，未知现在是否痊愈，已恭录谕旨，驰函家中，嘱其勉图报效。
十五日，奉到上谕：“曾国藩身任统帅，责无旁贷。前经迭谕该大臣筹拨一军，兼顾晋省。并令刘铭传等军驰赴豫省北路，绕出贼前，防贼窜越秦恶之路。又令派拨马队驰赴豫境助剿，复以贼去徐郡甚远，令该大臣酌量前进驻扎。乃该大臣日久迄无奏报，于近来皖豫军情及各路如何布置情形，均未陈奏，历次所奉谕旨，亦未答复，实属疲玩因循。若欲借此获咎，冀卸节制三省仔肩，何以仰副朝廷倚任之重？该大臣公忠体国之心，何忍出此”等因。钦此。十八日，公渡淮按视刘松山老湘营。二十三日，巡视凤阳府城，行诣明陵。二十四日，驰奏钦奉谕旨复陈一摺。奏称：周家囗八面受敌，最为扼要。刘铭传将略较优，人数较多，故以周家囗重任付之。至秦晋边防五百馀里，实非该军所能遍防，若令其西去，则无益于晋，而有损于豫。且湘淮各军不惯面食，军火炮械，挽运维艰。今河南等省用兵，全不讲求转运，粮械缺乏，莫肯尽力。顷在临淮檄委编修张锡嵘招募淮勇，专取能食麦面杂粮之人，冀备他日征剿西北之用。至于节制三省之命，臣已三疏固辞。自念赋性颛愚，即一省已难专任，然受恩深重，虽数省亦当通筹。计捻匪可到之处，约有八省，皇上饬臣兼顾晋省，已在节制三省之外，而外间之责望尚不止此，臣何以堪此重任？又何能当此重咎？恳敕下九卿科道、八省督抚，会议剿捻事宜，各抒所见，恭请宸断，定一不可改易之策，大局幸甚！至臣之不轻奏报，曾于同治元年具奏陈明，迄今不改此度。若欲因此获咎以谢仔肩，则生平所志所学，断不肯如此取巧。又摺奏徐州镇总兵詹启纶、寿春镇总兵易开俊均因病开缺，请旨简放，以重职守。又摺奏总兵陈国瑞与已革总兵郭宝昌，同为亲王军翼长，曹南之役，未能救护主将，该总兵同罪异罚，补行纠参，请撤去帮办军务，革去黄马褂，责令戴罪立功，以示薄惩而观后效。附片密陈前月给予陈国端批牍及陈国瑞禀复之词，尚无诚心悔过之意，原牍均抄送军机处备查。又片奏保总兵董凤高、李祥和二员，请补徐州、寿春两缺。是日公拜摺后，登舟启行赴徐州。
二十六日，舟泊泗州。二十八日，登陆启行，宿灵壁县。三十日，宿宿州。是月，贼窜湖北境。公弟国荃具摺辞山西巡抚之命，陈入都调授山西臬司，专办防务，得专摺奏事。
八月初四日，公抵徐州府。初八日，专摺奏查明宁国府宣城县金宝圩殉难绅民，汇案开单，请分别旌恤。十六日，出城点验马队，阅视操练。十七日，驰摺奏移驻徐州，整理马队。计马队已到徐州者前后四起，饬营务处李昭庆等认真挑选，编立队伍，配齐器械，换补马匹，其老病死废者概行遣撤回旗。并奏报捻匪回窜皖境，调派各军赴颖州会剿。附片奏称此次实收到战马七百七十七匹，管解各官，异常劳瘁，应请奖叙。二十四日，按视张树声淮军营垒。二十八日，阅淮军操演阵法。是月，迭奉寄谕，令公移驻许州，节制皖、鄂、豫三省军务，居中调度。捻匪任柱、牛洪、赖文光，由颍州、陈州窜山东之曹州，张总愚一股尚留屯南阳之境。
九月初一日，驰摺奏刘铭传一军迭获胜仗，贼东窜曹州，趋重东路。调徐州全军赴山东会剿，调临淮军接防徐州，调周盛波移驻归德。惟马队无多，久未办成游击之师，自问尚无破寇之术。附片奏金国琛所部勇丁闹饷一案，尚未讯办就绪，不能赴甘肃巩秦阶道之任。又片奏湖北军务，请仍全归官文节制调遣。初三日，核定马勇营制营规及马步合队章程。十五日，贼破辛家寨，徐州戒严。十九日，驰摺奏：接奉寄谕，欲令李鸿章亲带杨鼎勋等驰赴河、洛，将豫西股匪扑灭，兼顾山、陕门户，而以吴棠署理两江总督，李宗羲、丁日昌递署漕督苏抚，饬臣函商，迅速复奏。又奉寄谕，令鲍超驰赴河南，归臣节制各等因。查近日贼势东趋，距徐城不远，当以全力专顾东路，已调郭松林、杨鼎勋两军防剿沂海一带。
若李鸿章视师河洛，别无可调之军，以带赴西路。近闻闽粤兵威大振，发逆穷蹙，若令鲍超改赴河南，实为有益于豫。至李宗羲、丁日昌权领封圻，未免嫌其过骤。
数年以来，皇上求才若渴，于疆臣保荐人员破格超迁，外间疑为非常之才，责备吹求，于是台谏弹劾生风，并归咎于原保之员。若令循资渐进，少为回翔，则刻员不至见妒于同僚，而言路亦不至仇视于疆吏，实有裨于中外和衷之道。且庙堂之黜陟赏罚，非阃外诸臣所宜干预。今以督抚要缺，谕令臣等往返函商，尤觉非宜，因不俟李鸿章、吴棠商定，直抒管见。附片奏报贼势南趋，有回雉河老巢之说，张总愚一股已近湖北之境。是时陕西巡抚刘公蓉为御史陈廷经所劾，疏词激切，获谴甚重云。是月张总愚窜湖北境，回窜河南。福建官军进克广东镇平县，贼踞嘉应州城。左公宗棠奉旨节制广东、江西各军，出境督剿，三省官军合围嘉应州。鲍公超新募湘勇一军赴江、广会剿。
十月初九日，按视李昭庆所部马队步队，饬令训练成军，以出为游击之师。
十一日，驰摺奏徐州官军击贼获胜，贼仍窜山东，潘鼎新破贼于丰县，回驻济宁。
附片奏：贼所以注重山东者，以运河东岸平衍富饶，不似河南之荒瘠。臣所以注重东路者，以山东北邻畿辅，天下之根本也；南邻江苏，湘淮各军之根本也。霜降以后，水落冰坚，河防尤急，请敕下直隶督臣严冬春之防，只可增兵，断难减戍。若贼回窜开封以西，当调大支游击之师赴豫会剿。附片奏保吉林协领春寿、营总穆隆阿开复处分。又奏四川训导唐焕章留营差遣。是时张总愚股匪由郏县、禹州东窜开封之境，任柱、牛洪、赖文光等股由曹州西窜，与张总愚合股，扰犯襄城、舞阳，势趋鄂境。三十日，驰摺奏捻匪西窜，周盛波在宁陵击贼获胜，刘铭传在扶沟击贼获胜。现在贼势谋扰湖北，檄饬徐州马步各军分驻周家囗，腾出刘铭传一军为游击之师，不复拘泥十三府州之说，随贼所向，跟踪追剿。李昭庆所领万人，俟鞍马齐备，即令驰赴河南，纵横追剿。附片奏资遣吉林、黑龙江、察哈尔应撤官兵九百员名，起程回旗，参领三栋阿等病故请恤。又奏抵军办捐委员前广东臬司龄椿病故请恤。又片奏预筹鲍超一军进兵之路，须以襄阳为老营，由湖北粮台照料银米军火。是月，公读《左氏传》，记录分类事目。
十一月初七日，核定长江水师永远章程及营制营规等，阅两旬核毕。徐州、铜山、沛县之境，有微山湖涸出地一区，咸丰四五年间，山东曹州之民因河水泛溢，避水南徙，占居其地，其后来者益多至数万人，占田浸广。地方官因为按亩征税充饷，号曰湖团，与沛县居民屡有争讼械斗之案。捻匪东窜之时，与湖团相勾引，沛民诣公行辕控诉。公批饬严拿通捻之团民，讯明惩治，委员赴山东察看团民原籍之地，设法资遣回籍。二十七日，驰摺奏称：捻匪全数西窜，本拟进驻周家囗，因李昭庆一军鞍马未齐，未能前进。又因铜、沛湖团一案，与剿捻之事大有关系，俟料理安插有绪，即当赴豫督剿。并奏粤中贼氛尚炽，悍党数万窜陷嘉应州，鲍超已由赣州进剿，暂难改调赴豫。又摺奏讯明徽州闹饷一案，分别拟结，并将两军十七营全行遣撤回籍。附片奏前皖南道张凤翥病故请恤，水师营官提督成发翔病故请恤。是月，张总愚窜湖北襄阳边境，任柱、牛洪等股由光、固窜安徽颍州边境，旋窜入鄂。
十二月初二日，湖北成大吉军在麻城溃叛，捻匪乘之，江汉以北贼氛肆扰，蔓延数百里。十三日，按视张锡嵘淮北新营，详定长江水师营制事宜。二十五日，公子纪泽自金陵来营省视。二十八日，驰摺奏两路捻党全萃湖北，又有叛勇之变，檄调刘铭传率军援楚。又奏会议长江水师营制事宜。凡水师事宜三十条，营制二十四条。又摺奏遵旨查明河南巡抚吴昌寿、总兵张曜等被参各款。又奏遵旨密查山东巡抚阎敬铭、藩司丁宝桢被参各款。附片密奏称：山东、河南居四战之地，阎敬铭、吴昌寿二人，军务均非所长，而情形各自不同，谨抄录河南绅士原禀呈览。是月，公批结沛县湖团各案，将安分之唐团、赵团等六团留住徐州，通捻之王团、刁团等勒限撤归本籍。出示晓谕土客各民安业。湖北襄樊之贼，张总愚一股回窜南阳。是岁郑公敦谨调户部侍郎，李公鹤年授湖北巡抚，张公树声授直隶臬司，均未赴任。张公所部树字营淮勇，以其弟总兵张树珊领之。