六月初八日，复讯周汝筠、石昌猷一案。十二日，驰摺奏称：旬日以来历奉寄谕，殷殷指示，不外迅剿金陵及皖北、江西两路军务。所有近日筹办情形，分条详复：其一，李鸿章平日任事最勇，进兵最速，此次会攻金陵，稍涉迟滞，盖无避嫌之意，殆有让功之心；其一，中外匪徒，仍有偷济贼粮军火之事，自合围以来，搜查防范，何敢信其绝无疏漏？唯当谆饬各营，加意严防而已；其一，发、捻东趋，窜入英山境内，调派江南岸各军驰赴皖北，目下不能速到；其一，安庆人心震动，未可轻离，俟皖北稍安，即当前赴金陵，会商剿办。凡四条。十六日，金陵官军治地道成，轰陷城垣二十馀丈。公弟国荃督领将弁冲杀入城，围攻伪宫城。即日由驿八百里驰报金陵克复大概情形。是夜攻克内城，搜杀三日夜。十九日，擒贼酋李秀成、洪仁达。贼党死者十馀万人。公闻捷后，喜极而悲者，良久乃已。二十三日，会衔由驿六百里加紧驰奏克复金陵全股悍贼尽数歼灭详细情形一摺。奏称：金陵一军，围攻二载有奇，前后死于疾疫者万馀人，死于战阵者八、九千人，令人悲涕，不堪回首。臣等忝窃兵符，遭逢际会，既恸我文宗不及目睹献<酋或>告成之日，又念生灵涂炭，为时过久。惟当始终慎勉，扫荡馀匪，以苏孑遗之困，而分宵旰之忧。此次应奖应恤人员，另缮清单，吁恳恩施。二十四日，公由安庆登舟，由火轮船驶赴下游，泊采石矶。二十五日，抵金陵大营，见诸将领慰劳之，亲讯贼酋李秀成，札委员弁访求咸丰三年城陷时殉难员绅遗骨。二十六日，奉到上谕：“杨岳斌、彭玉麟、曾国荃驰奏克复金陵大概情形一摺。逆首洪秀全等以数十万逆众久踞金陵，负隅死守。曾国荃等督兵围攻，所部不满五万，两载以来，将城外贼垒悉数扫荡。兹复于炎风烈日之中，伤亡枕藉之馀，并力猛攻，克拔坚城，非曾国藩调度有方，曾国荃及各将士踊跃用命，不能建此奇勋。
披览之馀，曷胜欣慰。此次立功诸臣，将伪城攻破，巨憝就擒，即行渥沛恩施，同膺懋赏。“钦此。二十七日，公巡视金陵城垣地道攻入之处，按行城外各军营垒。二十八日，军士将洪秀全逆尸舁之江干，公亲验而焚之。二十九日，奉上谕”本日官文、曾国藩由六百里加紧红旗奏捷克复江宁省城一摺，览奏之馀，实与天下臣民同深嘉悦。此次洪逆倡乱粤西，于今十有五年，窃据江宁亦十二年，蹂躏十数省，沦陷数百城，卒能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备尝，允宜特沛殊恩，用酬劳勋。钦差大臣协办大学士两江总督曾国藩，自咸丰三年在湖南首倡团练，创立舟师，与塔齐布、罗泽南等屡建殊功，保全湖南郡县，克复武汉等城，肃清江西全境。东征以来，由宿松克潜山、太湖，进驻祁门，迭复徽州郡县，遂拔安庆省城，以为根本，分檄水陆将士规复下游州郡。兹幸大功告蒇，逆首诛锄，实由该大臣筹策无遗，谋勇兼备，知人善任，调度得宜。曾国藩着加恩赏加太子太保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，并赏戴双眼花翎。浙江巡抚曾国荃以诸生从戎，随同曾国藩剿贼数省，功绩颇著。咸丰十年，由湘募勇，克复安庆省城；同治元、二年，连克巢县、含山、和州等处，率水陆各营进逼金陵，驻扎雨花台，攻拔伪城，贼众围营，苦守数月，奋力击退；本年正月，克钟山石垒，遂合江宁之围，督率将士鏖战，开挖地道，躬冒矢石，半月之久，未经撤队。克复全城，殄除首恶，实属坚忍耐劳，公忠体国。曾国荃著赏加太子少保衔，锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎“等因。钦此。其同案奉旨锡封者：提督李臣典一等子爵，萧孚泗一等男爵，均赏戴双眼花翎；提督黄翼升、张诗日等，总兵朱洪章、熊登武等，按察使刘连捷等，凡百二十馀员，均奉旨奖叙。其阵亡总兵郭鹏程、王绍羲、副将陈万胜等十六员，奉旨优恤。皆公前疏所请也。同日又奉上谕：”粤逆久踞江宁，负隅抗拒，实为从来未有之悍寇。此次水陆各军于溽暑炎蒸之际，猛力环攻，迅克坚城，悍党悉除，渠魁就缚，非曾国藩运筹决策督率有方，曾国荃等躬冒矢石鼓勇先登，末由建此奇功，成乃丕绩。朝廷嘉悦之怀，实难尽述。除曾国藩等已加恩锡封外，其出力员弁兵勇，并著查明保奏，候旨施恩。发去银牌四百面，著曾国藩、曾国荃等择其功绩最著者，先行颁给，以励戎行。“钦此。同日又奉旨赏赍东南各路统兵大帅及封疆大臣，普加异数。钦差大臣僧王、官文公、李公鸿章、杨公岳斌、彭公玉麟、骆公秉章、鲍公超等各有差。
左公宗棠、沈公葆桢等也有待也。是月，左公宗棠克孝丰县城。萧公孚泗闻讣丁忧。
七月初一日，阅视金陵城北伪城伪垒及官军所开地道之处，派委员庞际云、知府李鸿裔，会讯李秀成，令其自书供词，前后凡四万馀字。初二日，李忠壮公臣典卒于军。金陵之克，以李公为战功之首，公弟国荃恸惜之。初四日，周视金陵城垣，委员修筑，定议裁撤湘勇，设善后局，抚恤难民。鲍公超击贼于抚州许湾，大破之，杀贼四万人，贼大溃。初六日，公亲讯贼供，诛李秀成、洪仁达、洪仁发三名。初七日，驰摺奏：洪秀全、李秀成二贼酋分别处治，伪幼主洪福查无实在下落。李秀成供词，谨抄送军机处，以备查考。历年以来，中外纷传逆贼之富，金银如海，乃克复老巢，而全无货财，实出意计之外。目下筹办善后事宜，需银甚急，为款甚巨，如抚恤灾民，修理城垣，驻防满营，皆善后之大端。
其馀百绪繁兴，左支右绌，欣喜之馀，翻增焦灼。金陵之克，贼所造宫殿行馆，皆为官军所毁。公乃于水西门内择房屋稍完者，委员葺治，以为衙署。幼逆洪福遁走广德，贼党争迎之。初十日，公设酒于城内，宴犒诸将领。十一日，鲍公超收复东乡、金溪两县城。十二日，江忠朝等克复崇仁、宜黄两县城，江西东路贼势稍衰。十三日，公札撤湘勇二万五千人，留万人防守金陵，留万五千人，派委刘连捷、朱洪章、朱南桂等领之，以为皖南北游击之师。咨湖北、湖南督抚筹拨撤勇欠饷。十六日，专摺奏谢天恩踢封侯爵，并赍所获伪金、玉印三方，咨送军机处。十七日，巡视江南贡院，委员修葺。出示晓谕士民复业，核定金陵房产章程。凡八条。二十日，驰摺奏福建陆路提督萧孚泗闻讣丁忧，请开缺回籍。又摺奏一等子爵李臣典病故请恤，并将李臣典战功开列清单，录呈御览，请于江西之吉安府及安庆、金陵建立专祠。附片奏李秀成业经正法，未及槛送京师；洪秀全戮尸焚化，未及传首各省。又片奏保金陵各军将领熊登武、朱南桂、张诗日、伍维寿、朱洪章皆有独当一路之才，请次第简放提镇实缺。现守宁国之总兵刘松山，足以独当一面，亦后起之将材也。又片奏：近岁以来，但见增勇，不见裁撤，无论食何省之饷，所吸者皆斯民之脂膏，所损者皆国家之元气。前此贼氛方盛，不得已而增募，以救一时之急。今幸大局粗定，因与臣弟国荃商定，将金陵全军裁撤其半；镇江冯子材之兵，全行裁撤；扬州富明阿一军，暂难遂撤。军兴日久，各有厌苦兵间之意，但使欠饷有著，当不至别生枝节。并陈明曾国荃克城之后困惫病状，姑在金陵调养，料理善后。“臣即日回安庆一次，布置上游军事。江西军事得手，即由杨岳斌主稿会奏”。公拜摺后，登舟上溯。二十五日，舟泊铜陵夹。咨广东督抚停止金，还归本省经收。札委钱鼎铭、丁日昌等办上海捐输，分拨松沪金，以济军饷。鲍公超军克复南丰县，续克新城县，招降数万人。贼党南窜，南、赣、宁都三郡戒严，浸及闽粤之境矣。二十七日，李公鸿章、左公宗棠，会克湖州府城。二十八日，公再抵安庆。二十九日，驰摺奏广东金一款：两年以来，深资馈运，私衷耿耿，如负重疚。请旨饬下广东督抚，截至本年八月止，毋庸再解。并请照一百二十万两之数，加广该省乡试文武永远中额四名，以彰粤人急公之义。附片奏称：湘勇招募之初，选择乡里农民，有业者多，无根者少，但使欠饷有著，当可安静回籍。昨奉谕旨，有挑补额兵一条，恐湖南之民，必不愿补三江绿营之额，臣以为勇则遣回籍，兵则另募土著，各返本而复始，庶经久而可行。至寄谕饬查洪福实在下落，应俟查明续奏。又片奏补送李秀成供词。又片奏报军情：江西兵威大振，无须添派援军；所虑者皖南之广德，皖北之英、霍，现在陈国瑞进剿麻城，英翰进扎商城，蒋凝学进扎英山，李榕调防桐城，布置尚密，但无大支劲旅痛加剿洗耳。是日，具摺奏结周汝筠、石昌猷一案。左公宗棠克安吉县城。浙江全省皆平。李公鸿章派刘铭传一军克复广德州城。贼党挟洪福遁走宁国山中。是月，僧王由豫入楚，击剿发、捻各匪，破之。
八月初一日，湖州、广德之贼窜徽州南境，刘松山截击破之。初三日，左公宗棠截击窜贼于昌化、淳安之境，大破之，斩贼目黄文金。初七日，唐义训、易开俊截击窜贼于歙县南境，破之。初九日，易开俊击贼大破之。