二月初三日，核定江宁七属扬州、仪征等处盐务章程。初九日，席宝田收复金溪县城。十二日，驰摺奏金陵官军攻克钟山伪城，遂合城围，贼之外援将绝，粮米无多，唯是围师不满五万，分布九十馀里，而贼众数十万，深有穷寇奔突之虞。附片奏浙境股匪觅食偷生，锐意上窜，绝不返顾，势将蔓延江西腹地，窥伺抚、建两郡。溧阳老巢新为苏军所破，其党归并湖州。目下湖州贼数极多，若窜江西，毫无阻隔，防兵单薄，势实可虞。又片奏：臣所部各军，添募益多，将材益少，类皆朴谨自守之员，实乏统率一路之选。其都兴阿所部一军，请特简大员接统。其水师红单船等，即由臣兼辖，酌量裁撤，以节糜费。十五日，乔公松年至安庆见公，接授巡抚关防，出防临淮。贼退出广德州城，并入湖州。鲍公超进军攻句容。江西之贼窜扰抚、建各属邑。十八日，席宝田破贼于建昌城外。十九日，李世忠委其部将王廷瑞、陈自明二员，到安庆禀请交出各城，遣散所部，以三月为期。公奖慰而遣之。二十七日，具摺奏筹议江苏、安徽等省绿营额兵，经乱之后散亡殆尽。已溃之卒不准收伍，孱弱之兵即予裁撤，弁目出缺，停缓叙补，统俟军事大定，乃复旧制。庶几兵归实用，饷不虚糜。又摺奏湖北防务正殷，提督江长贵请饬赴本任。附片奏：金陵城贼放出老弱妇女万馀人，为节省米粮之计；湖州群匪集，皆思上犯江西，以觅生路；江西抚、建股匪人数实众。请饬下闽、粤、两湖一体严防，免致变成流寇，又烦兵力。江忠义旧部，交江忠朝统带。又片遵旨提讯江西知县石昌猷一案，派委刑部郎中孙尚绂会审。又片奏保道员忠廉署理两淮盐运使，堪以胜任。又片奏李世忠呈请刻期遣散滁州等处兵勇，酌留千馀人，交总兵陈自明统带。又与沈公葆桢会奏查参江西金委员万永熙革职。是月，李公鸿章分军克溧阳县城，又克浙江嘉兴府城。程忠烈公学启受伤，旋卒于苏州。程公初陷贼中，投诚后，经公弟国荃拔擢立功，苏省之复，战功为多。左公宗棠攻克杭州省城，馀杭县城贼并入湖州，踞守不下。都兴阿公领马队北上。
富明阿公署江宁将军，接办扬州防务，派军渡江，会冯子材之军进攻丹阳。
三月初五日，鲍公超攻破三坌贼卡。初七日，克句容县城。初九日，克宝堰贼垒五座。周宽世军中营官杨复成侵吞军饷。公亲提讯得实，于军前斩之。江西贼势日众，沈公葆桢奏请截留江西金，专充本省之饷，户部议准。公接户部咨文，深忧之。十二日，驰摺奏：江西牙，仍应归臣处经收，以竟金陵将蒇之功。
附片奏报军情：金陵城贼坚忍不下，句容克复，贼之外援将尽；江西之贼，扰犯南丰、新城、广昌之境。又摺奏结水师巡江酿命一案。又奏采访忠义第十八案。
十三日，浙江之贼，续窜徽州，唐义训、毛有铭击贼小挫。十四日，贼扑徽州城，官军击却之。十五日，奉到上谕：“协办大学士两江总督曾国藩督军剿贼，节制东南数省，尽心区画，地方以次削平，举贤任能，克资群力，著交部从优议叙。”
钦此。是岁京察行省督抚奉优叙之旨者，曰官文公，曰骆公秉章，曰左公宗棠，曰李公鸿章。凡五人。十七日，唐义训、毛有铭两军击贼于杨村，官军大挫。贼势日炽，大股窜婺源，入江西境。公调朱品隆军驰援徽州，调鲍超军回东坝，调周宽世、金国琛两军渡江进驻饶州之境。二十日，鲍公超收复金坛县城。公既上江西牙一疏，词气抗厉，于是沈公葆桢亦奏请开缺，诏慰留之。户部议以江西牙厘之半拨归金陵皖南大营，以其半留供本省之饷。公以是时金陵未克，江西流寇复盛，统军甚多，需饷甚巨，既恐饷匮以致军事决裂，又以握兵符掌利权为时所忌，遂有功遂身退之志矣。二十五日，驰摺奏鲍超一军，克句容县，生擒二酋，毁五贼垒。随摺奏保总兵冯标、谭胜达、唐仁廉等二十员，阵亡知府田芬、参将阳茂泰等六员请恤。附片奏徽州军败，遍地贼氛，前队已窜江西，续至者络绎不绝。金陵围师，责成曾国荃经理，傥坚城幸克，即由曾国荃、彭玉麟、杨岳斌三衔驰奏大概，以慰圣怀。陕西汉中发、捻各匪窜犯鄂豫之境，图解金陵之围。江面上下，皆宜筹防。又片奏身患呕吐眩晕之症，请假一月，在营调理。又片奏降补藩司唐训方请假回籍省墓。又片奏浙江盐运使李榕暂缓赴任，留营剿贼。又奏杨复成正法一摺。二十七日，专摺奏谢京察优叙恩。是日奉到寄谕：“总理衙门奏拨轮船经费改解京师一款，为银五十万两有奇，先行拨解金陵军营，以资散放。”二十八日，核定淮北票盐章程。是月，左公宗棠克武康、德清、石门三县城。
江西官军克新城县城，贼窜入福建边境。陕西发逆合捻匪窜湖北。成大吉击贼于樊城，破之。贼窜河南境。西安将军忠勇公多隆阿卒于营次。
四月初三日，设立书局，定刊书章程。江南、浙江自宋以来，为文学之邦，士绅家多藏书，其镂板甚精致，经兵燹后，书籍荡然。公招徕剞劂之工，在安庆设局，以次刊刻经史各种，延请绩学之士汪士铎、莫友芝、刘毓松、张文虎等分任校勘。初九日，彭公玉麟过安庆见公。旋赴九江防守。十二日，驰奏徽州防军挫失，未能遏贼西窜，自请交部严加议处，唐议训、毛有铭分别革降，阵亡将弁金茂荣、李祖祥等十三员名请恤。又摺奏鲍超一军克复金坛。随摺奏保游击张遇春一员，出亡将弁鲍昌龄、宋连升、王正礼请恤。又摺奏江北一律肃清，提督李世忠遣散部众，次第交出全椒、天长、来安、滁州、六合五城，呈请开缺，回籍葬亲，恳恩准予开缺回籍，保全令名。所遗江南提督一缺，恳迅赐简放，以重职守。附片奏：接准户部文称湖北、湖南、四川、江西、广东、江苏每月协供臣营之饷，为数甚钜。查核湖南一省，除东征局半外，无有奏守协解之款。去夏奏拨江西洋税，旋即退还广东金，系臣所最抱疚之端，然本年仅解过九万两。江苏金，系臣职分应筹之饷，本年亦仅解过三万两。四川、湖北两省，则并无协解臣台之款。户部所指六省供饷，不知以何处奏咨为据，遂疑臣广揽利权，收支巨款。臣以庸愚，谬当重任，局势过大，头绪太多，论兵则已成强弩之末，论饷则久为无米之炊，万一竭蹶颠覆，亦何能当此重咎？恳恩饬将皖北军饷，责成乔松年、吴棠、富明阿共筹之，其萧庆衍、毛有铭等数军原支鄂饷，请饬下官文、严树森一力供支，俾臣得少减谋饷忧灼之情，不胜大幸。又片奏报军情：金陵一军，开地道以攻城，伤亡弁勇近三千人，此时惟有严围猛攻，力禁接济之法；江西续窜入之贼，又将延扰腹地；发捻巨股，突过随、枣，意在假道皖鄂，东援金陵。彭玉麟现赴上游，防扼江面，惟皖北兵单，空虚可虑。又片奏江西南康知县石昌猷供词支吾，请革职以凭严讯。十四日，丹阳之贼上窜。鲍公超截击，大破之。常州之贼窜至徽州境，唐义训、毛有铭、金国琛截击破之，馀匪窜江西。十九日，奉上谕：“曾国藩奏徽军挫失，自请严议之处，著加恩宽免。”钦此。又奉上谕：“江南提督，著李朝斌补授。江南水师提督，著黄翼升补授。江南淮扬镇总兵员缺，著阳利见补授。”钦此。二十七日，驰摺奏报鲍超截击丹阳之贼大胜。又奏苏贼续窜徽州，官军击剿获胜，擒斩解散过其大半。附片奏称：苏浙群贼由徽上窜者，约分六起：第一起现踞江西之南丰，分窜福建汀州之境；第二起延于铅山、湖坊等处；第三起攻扑抚州，退据许湾；第四起则为徽军所败，入江境者人数无多，而广德、湖州各贼酋尚有二起，图犯徽境，并入江西。目下军情，以江西为最重。又摺奏请展缓江南本科乡试。附片奏陈：臣于上月请假，现已期满，病势未能遽痊。惟湖北贼势下窜，金陵围师，江西群贼，均在危疑震撼之际，已力疾强起，照常治事。是月，江西赣水以东，广信、抚州、建昌、宁都各属，贼踪遍扰，失陷十数城。江西官军、浙江援军破贼于玉山，又破之于抚州城外，又破之于弋阳、贵溪等处，而贼势未衰。张公运兰军在广东，奉旨饬赴福建臬司任，率勇至闽境防剿。李公鸿章克常州府城，杨州、镇江官军会克丹阳县城。江苏全境毕平，唯金陵未克。李公鸿章拨派刘铭传等军进守句容、东坝。公乃调鲍超一军循江而上，援剿江西。杨公岳斌奉旨督办皖南、江西军务，刘公典帮办军务。李朝斌领太湖水师攻湖州城外贼垒，破之。李公鸿章委员解到上海饷银二十二万两。公以其十三万两解付金陵大营，以五万两给付鲍超军营，以四万两留安庆粮台。贼之窜湖北者，人数极众，护军统领贞恪公舒保阵亡。僧王击贼于随州，破之。逆首洪秀全于二十七日服毒自毙，李秀成立其子福坚守金陵，秘不发丧，虽城中贼亦不知也。
五月初六日，专摺恭谢天恩宽免严议。鲍公超军由芜湖拔营，上援江西。杨公岳斌领水师陆军共万人，援江西。初十日，来安庆见公。旋赴江西督剿。公派提督黄翼升接领水军，扼攻金陵。十二日，驰摺奏：浙江提督鲍超请假四个月，回四川籍葬亲，该军将弁，即令杨岳斌统率以行，必可指挥如意。恳恩俯念鲍超苦战功多，俾得成归之礼，展乌私之谊，弥彰圣朝孝治之隆。附片奏报军情：湖州、广德尚为贼踞；江西省城戒严，调派水陆各军入省防守；鄂省发、捻下窜，距皖甚近，调李榕等军渡江北防。疏入。奉上谕“曾国藩奏带兵大员请假葬亲一摺，乃明降谕旨，命鲍超俟金陵攻克、江皖肃清，再行给假回籍，以遂孝思”等因。钦此。十四日，奉到寄谕“令李鸿章会军攻金陵”。公即日具咨李公催之。
十七日，鲍公超军至九江，寻至南昌，与沈公葆桢商度防剿，所部一军由瑞州进剿。二十二日，驰摺奏称：苏、常既克，本拟咨请李鸿章亲来金陵会剿。前接李鸿章来文，言将士太劳，宜少休息，待湖州克后，再行拨兵助攻金陵等语。不知者，谓臣弟国荃贪独得之美名，忌同列之分功，非臣兄弟区区报国之意。今幸钦奉寄谕，已恭录具咨加函催请。臣本欲前往金陵督剿，因皖中防剿吃紧，未可暂离，恳恩饬催李鸿章速赴金陵，实为至幸。二十七日，驰摺奏：续奉谕旨，飞催李鸿章会剿金陵。前此奉拨轮船经费一项，已解到银二十万两，分拨各军，转瞬已罄。不敢谓筹饷之太少，而深悔募勇之太多，惴惴焉恐生他变，或误大局。既望李鸿章统兵来助，尤望其携饷以相遗也。并奏称：杨岳斌、鲍超均赴江西，兵力极厚；改调周宽世一军，令赴皖北，以防鄂省东窜之贼；拟令陈国瑞驻扎寿州，处淮南江北适中之地，为游击之师，仍当防守要区，严扼江面，以免掣动金陵全局。附片奏：臣于前年曾请添设长江水师提提督，旋经部臣议准。此次钦奉谕旨，李朝斌补授江南提督，自系李世忠所遗之缺；黄翼升所补水师提督，当系长江新设之缺。应请敕部撰拟字样，新铸印信，颁发来南，以昭信守。又具摺奏保鲍超一军迭克东坝、句容、金坛三案出力员弁，汇单请奖。又奏保高淳、溧水各城水陆会攻克复出力员弁，汇单请奖。二十八日，核定石昌猷案卷。江西道员周汝筠禀讦石昌猷袒匪杀良一案，卷宗繁委，公亲讯数次，委藩司马新贻、臬司何、道员勒方琦与奏委之郎中孙尚绂反复研鞫。至是定案拟结。三十日，公弟国荃攻克龙膊子山阴坚垒——伪号地堡城，遂督军日夜环攻，不少休息。是月，李公鸿章克浙江长兴县城。湖北捻匪窜扰英山、霍山之境。杨公岳斌奉旨授陕甘总督。