四月初二日，张公运兰等军克旌德县城。初四日，公驰摺奏水陆各军克复北岸巢县、含山、和州三城，夺铜城闸、雍家镇、裕溪囗、西梁山四要隘。随摺奏保李成谋、李朝斌、刘连捷、张胜禄等二十四员。又摺奏官军击败大股贼众于三山夹，乘胜攻克繁昌县城。随摺奏保曾正明、黄润昌等七员。附片奏报：南陵克服，统计沿江南岸克城池九座、关隘五处，并报庐州、宁国、湖州等处军情。又驰摺奏鲍超一军连破贼垒，克复石埭、太平、泾县三城，阵亡将弁刘兰桂等二十四员名请恤。又奏遵查闽浙总督庆端事迹一摺。初五日，水师进攻金柱关。初六日，公出阅湘勇操演。初七日，巡视谷米局、火药局。十五日，驰摺奏水陆各军会克鲁港，陆师攻克南陵县城，彭玉麟驰赴下游铜陵、西梁山一带察看进兵形势。
又奏报徽州防军克复旌德县城一摺。又奏江南乡试现难举行仍请展缓酌办一摺。
附片请开复余述祖革职处分。多隆阿公攻克庐州府城，贼溃走寿州，多公追击，大破之。贼酋陈玉成自投寿州，苗沛霖缚献胜保公军前斩之。二十日，公弟国荃引军渡江南岸，会合水陆各军，克太平府城。二十一日，攻克金柱关、东梁山贼寨。二十二日，克复芜湖县城，水师进攻江岸贼垒，下抵大胜关。公核定赈厂章程，给与饥民钱米，毋或不均。出示晓谕城厢内外居民，绥辑约束。李公鸿章会洋兵收复青浦、奉贤二城。三十日，奉到上谕：“该大臣调度有方，深堪嘉尚。
曾国荃等宣力戎行，连克要隘，洵足以褫贼魄而快人心。若不量予恩施，将何以昭激劝？头品顶戴江苏布政使曾国荃，著交部从优议叙。候选同知直隶州知州曾贞干，著赏给迅勇巴图鲁名号，以示鼓励。朝廷赏功罚罪，一秉大公，非独有厚于该大臣也。该大臣惟当督饬曾国荃等乘胜进攻，尽歼丑类，同膺懋赏，毋再固辞。“钦此。是日都兴阿公军破贼于扬州，李世忠追击窜贼，破之。江北肃清。
浙江官军收复台州府城，上海洋兵由海道收复宁波府城，浙东之贼少衰。皖北之贼由河南窜入陕西境。陕中乱作，回民交讧。诏多隆阿移军入秦。公与官文公商留多公部将石清吉等十营防守庐州。
五月初三日，公驰摺奏水陆各军克复太平府城、芜湖县城、金柱关、东梁山要隘，开单奏保王明山、李成谋、李朝斌等二十七员。附片奏保道员黄冕、李瀚章、赵焕联等九员，前往广东随同晏端书办理分卡，抽收金。又附片复奏奉旨筹议江苏巡抚宜驻镇江，居适中之地。扼形胜之区，责成新任巡抚李鸿章办理。
又片奏结莫祥芝参案，留营差委。是日，又具密摺复陈胜保、袁甲三办理军务优劣情形，请责成李续宜专办安徽军务。其时曾奉密谕，饬公筹议也。湖州失守，赵忠节公景贤被执不屈，其后死于苏州。公弟国荃攻克大胜头、秣陵关、三汊河贼垒，会合水师攻克头关、江心洲、蒲包洲贼垒，遂进军金陵城外，驻营雨花台。
初四日，鲍公超击贼于寒亭、管家轿等处，大破之。初五日，核减江西丁漕规费，永定章程。初十日，核定皖南茶引捐章程，出示晓谕茶商，期归画一。十三日，课试在皖委员。公弟国荃破贼于六郎桥。十五日，鲍公超破贼于抱龙冈，越敬亭山进攻宁国府。十七日，驰摺奏官军水陆并进，迭复秣关、江心洲等要隘六处，官军驻金陵之雨花台。附片奏报浙江、徽、宁等处军情，并称曾国荃一军进逼金陵，屯扎南面一隅，洪逆见惯不惊，无惧之意。此时宜以全力会办江南，先复财赋之区，则各省可以次剿办矣。又奏特参私行远扬之将领以肃军纪一摺：鲍超所部营官陈由立、余大胜、郑阳和均保至总镇，任意远扬，请将该员等革职。并请敕下湖南抚臣，派员押回皖南原营，通谕各路军营，不准辄留投效将弁。以惩跋扈之风，杜效尤之渐。附片密陈军营积习，设法惩究，并请将分统霆营宋国永授以总兵实缺。又片奏查复冯子材所部兵勇滋事情形。十九日，驰摺奏鲍超一军，进攻宁郡，破贼于寒亭、管家桥等处，逆垒悉平，阵亡将弁郑永福等十八员名请恤。附片奏淮扬镇总兵黄翼升统带水师战船，于本月十二日驶过金陵、前赴镇江、上海一带，请令其接署江南水师提督员缺，节制松、沪各军。又片奏参江西河囗务委员向绍先弊混巧取，请即革职。又奏遵查克复沿江两岸城隘出力员弁六案，并保开单请奖一摺。二十日，出示晓谕江西通省军民，札饬各府州县，永定征收丁漕画一章程。二十三日，杨公载福假满回营，至安庆公，寻出视水师于金陵。
李世忠降众凡数万人，不领官饷，专两淮盐利，委员至安庆请饷。公筹拨军火银米以给之，世忠感悦。二十八日，拜发万寿贺摺，又专奏代弟国荃、贞干恭谢天恩一摺。是月李公鸿章收复南汇县、川沙厅，贼大股犯青浦、嘉定，洋兵败退，上海戒严。李公鸿章击败于虹桥，大破之。松江围解，沪防亦解严。李公屡奉移驻镇江之旨。至是以上海军务吃紧，遂奏请直攻苏州，不复移军矣。
六月初三日，公与彭公玉麟修元臣余忠宣公墓。工毕，诣墓前致祭。时皖省印委各务悬缺以待人乏员差委。公定以每日接见州县佐杂三人，与之久谈，而训之以吏治。西洋兵既为贼所败，遂有调印度兵来沪大举会剿之说。公接总理衙门咨文，深恐江浙士民大遭蹂躏，慨然忧之。初六日，具摺复奏：请勿裁撤南洋通商大臣之缺，改为长江通商大臣，专办濒江四省中外交涉事件。所有广东、闽、浙三省，即由监督道员经理。又奏拣员署理安徽各府州县之缺，开单呈览。附片奏称：安徽地方渐次克复，急须讲求吏治，请敕下吏部，于本年新进士、拔贡两班掣签分发之时，皖省多分十数员，庶几正途较盛，气象一新。又片奏上海贼氛四逼，李鸿章不能移驻镇江，多隆阿统军入陕，不克会剿金陵。并附陈鲍超、曾国荃两军大概情形。又片奏新授甘肃臬司刘于浔在江西本省防务紧要，暂难赴任。
又奏报江西绅商捐饷开单请奖一摺。公弟国荃击援贼却之。初十日，金陵大营营官张壮勇公胜禄击贼阵亡。十五日，鲍公超攻克宁国府城。贼目洪容海以宁国县城归顺，鲍公抚纳之，因其众收复广德州城。公饬鲍超选留降众二千人，其馀设法遣散。十六日，金陵贼大股扑营，公弟国荃击退之。公咨复总理衙门，力陈借印度兵助剿之为害，宜设辞以谢之。二十二日，具摺奏称：洋人有另调印度兵来秋间大举之说，臣以此事函商左宗棠、李鸿章二人，皆称洋人未必果有其事。然既有所闻，宜由总理衙门与在京公使查询确实，然后申大义以谢之，陈利害以劝之。如其不见听，则须申明前议，进攻无助剿之师，克城无防守之卒。吾方以全力与粤匪相持，不宜再树大敌，惟当以谦退忠信相与，不事猜疑，免生枝节，庶有忍有济也。附片奏报宁国克复及各路军情。又片奏浙江失守，降贼之员林福祥、刘齐昂、米兴朝请由左宗棠讯明正法。又片奏提督江长贵请假回籍葬亲，所部各营暂令唐义训兼辖，酌量遣撤，以节饷需。又奏采访忠义第七案一摺。附片奏阳湖、休宁等县绅士杨锡嘉、汪念祖、胡泽顺等殉难情形，汇入第七案，分别请赐旌恤。是月公次子纪鸿以县试案首入学。
七月初二日，驰摺奏金陵陆军屡却悍贼，阵亡总兵张胜禄，请从优议恤，将弁刘永祥、鄢兰亭二员请恤。又奏鲍超一军围攻宁国克复府城详细情形，出力员弁开单请奖，阵亡将弁马胜奎、楚训武等十二员名请恤。附片奏贼目洪容海投诚，酌筹招纳。又具摺奏查明江西被害州县蠲免钱粮分数。附片奏请恩旨豁免江西各州县历年摊捐之款，俾州县无赔累之虞，而民间无科勒之苦，吏治可臻上理。又附奏奉谕旨择保西北各省藩臬人员一片。又请暂缓江南、江西三省军政一片。初四日，查阅轮船机器。初六日，李公续宜闻讣丁忧，公兼署安徽巡抚印务。李公以所部成大吉、萧庆衍、蒋凝学、毛有铭等军归公调度。初十日，公驰摺奏安徽抚臣李续宜闻讣丁忧，请按照胡林翼丁忧之例，赏假数月，仍令回皖署理抚篆。
附片奏报近日军情梗概。又奏采访忠义第八案。又奏请暂缓江南武闱乡试。又片奏杨载福更名岳斌。夏秋之间，署雨失时，疾疫大作，各路军营多染疾病。皖南诸军为最甚，死亡甚多，浙江大营次之，金陵大营亦染疫病。皆暂事休息，未遑攻剿也。十七日，左公宗棠击贼于油埠破之。袁公甲三告病卸任。奉旨授李续宜为钦差大臣，督办安徽全省军务。二十一日，公具摺代李续宜奏陈请假回籍治丧，仍请仿胡林翼之例。袁甲三、李续宜驻扎之处，路近而较速；臣奏报往返，取道湖北、河南，道梗而较迟。兹开呈前三次拜发摺片，以备查核有无疏失之处，并陈明各路军营疾病过多，未能进剿情形。袁公甲三委员押解已草盐运使金安清等至安庆，归公讯办。其李世忠全军，归公节制调遣。李公续宜奏报丁忧之疏未入，接奉督师之旨，李公病已逾月矣。是月奉上谕：“该抚现丁母忧，着即在军营穿孝，改为署理巡抚，毋庸赏假回籍”钦此。又奉上谕“钦差大臣科尔沁博多勒噶台亲王僧格林沁著统辖山东、河南全省军务，并调度直隶、山西两省防兵。所有剿匪事宜，即著会商钦差大臣李续宜妥为筹办”等因。钦此。又奉上谕：“胜保著以钦差大臣，督办陕西军务。”钦此。于是多隆阿公一军，有旨令公酌量调度江北里下河一带，镇江冯子材一军，皆有旨令公统筹兼顾矣。李公鸿章克青浦城，分军会洋兵渡海入浙江境，收复余姚县。蒋公益沣领湘勇五千人，由长沙启行，取道江西以赴浙。
八月初二日，出示谕乡民扑蝗。初三日，李公续宜至安庆。苗沛霖退出寿州城及正阳关，李公续宜派蒋凝学引军入守寿州。萧庆衍守霍邱县。成大吉、毛有铭两军分守三河尖及固始县。总兵王载道留守六安州城，而自扶病回省城，见公商奏，力请回籍。捻匪犯颍州境，各军连击破之。十二日，驰奏迭奉谕旨分条复陈一摺：其一，多隆阿一军，援秦之局，中变回鄂，当驻扎南阳一带，鄂、豫、秦三省交汇之处，为游击之师。其一，里下河之防，请责成都兴阿严密防堵。现商令杨岳斌亲赴下游，察看布置，又拟赶造太湖水师战船，防剿苏、松，腾出黄翼升水军，专防淮扬，以符原议。其一，李世忠军众五六万人，据有城池，自为风气，擅淮盐金之厚利，势难绳以法律。且其击退贼股，功未可没，拟姑循其旧，不设机心，不禁遏其利，不拒绝其求，但不甚资其力，亦不轻调其兵，暗销其予智自雄之气，将来或不至于决裂。其一，李鸿章不能离沪移驻镇江，应责成冯子材耐苦坚守，不作出剿之计。凡四条。附片奏称：曾国荃、鲍超、左宗棠各营，皆因患病者多，未能攻剿。李续宜患病未痊，继以哀毁，肌肉全瘦，若不令离营回籍，恐难速痊。是以该抚自奏陈情，未便劝阻。又奏筹办广德州受降事宜一摺。洪容海降众数万，但令选留三千人，编立五营，馀皆资遣回籍，请给洪容海游击虚衔，其部下头目等，请分别给予顶戴。附片奏豫省派员招募湘勇一节，请停止以节糜费。又片请旨饬江西循照前案，按月拨解漕折银四万两，协济徽、宁饷需。又奏采访忠义第九案。附奏烈妇焦王氏等汇案请旌一片。李公续宜陈情疏入，奉旨赏假百日，回籍假满，仍出督师。以唐训方署理安徽巡抚，袁公甲三仍留督防临淮。广德州降众叛乱，洪容海率其党一万人自拔奔回宁国。二十九日，公驰奏遵旨查复湖北抚臣严树森被参各款一摺，附奏尊旨查复江苏巡抚薛焕被参各款一片。又因何桂清逮讯时，呈出司道公禀请退守苏州一节。奉旨饬将薛焕、查文经等查明参办。公具摺奏称：督抚权重，由来已久，司道以下，承迎风旨，不敢违拒，若此类者，无庸深究。疆吏以城守为大节，不当以僚属一言为进止；大臣以心迹定罪状，不必以公禀有无为权衡。附片奏广德州降众复叛，现筹办理情形：贼之大股，将并窜皖南，而鲍超、张运兰、朱品隆等军疾疫大作，张运桂已病故，左宗棠军病者过半，曾国荃金陵营中染病者亦逾万数，深恐羸卒不足以当强寇，皆由臣以菲材妄窃高位，上干鬼神之谴，莫救厄运之灾，中夜以思，不胜焦灼。公每日以吏事、军事、饷事、文事分条分时，以次清理，定为日课。是日贼犯上海，李鸿章力战，破贼于七宝街。洋兵克慈溪县。浙江官军收复处州府。
左公宗棠击贼于龙游县，大破之。
闰八月初四日，定江西局章程。是时金收数渐减，公札饬各卡局委员比较每月收数，以增减为优劣。十一日，葬桐城儒士方东树、戴均衡、苏厚子等六人，皆因乱未葬者。并为立石，以表其墓。十二日，驰摺奏唐训方暂署皖抚，仍应驻扎临淮，接统袁甲三一军，使楚、皖官军联为一气。附片奏陈：大江以南，疾疫盛行，宁国境内最甚，金陵、徽州、衢州次之，水师及上海、芜湖各军亦皆厉疫繁兴，死亡相继。鲍超一军，死者数千，其猛将如黄庆、伍华瀚等先后物故，鲍超、张运兰、杨岳斌皆染病甚重。皖南道姚体备、营务处甘晋，则一病不起。