「壬戌」同治元年，公五十二岁。
正月，公在安庆。初一日，内阁奉上谕：“曾国藩著以两江总督协办大学士。”
钦此。又奉上谕：“曾国藩节制四省，昨又简授协办大学士，其敷乃腹心，弼予郅治，朕实有厚望焉。”钦此。初十日，奏遵旨保皖抚大员一摺。又奏再陈下情力辞节制浙江军务一摺。奏称：图浙之道，必以广信为运粮之路，以严州为进兵之路。现在惟左宗棠一军不能遽达于严州，必俟蒋益沣之军到衢州后，两路并进，取势渐紧。所以规复浙江者在此，所以保全江西、皖南者亦在此，至臣所以再三渎陈不愿节制四省者，非因浙事既已决裂有诿过之意，实因权位太重，恐开斯世争权竞势之风，兼防他日外重内轻之渐。机话甚微，关系甚大。又奏遵旨保举李朝斌、喻俊明、任星元、丁泗滨四员堪胜水师总兵之任。附片奏前浙江巡抚罗遵殿殉难杭州，已奉旨赐恤，旋经御史高延祜奏请撤销恤典。苛刻之论，殊欠公允。
仍请从优赐恤，并将随同殉难之家属等一并旌恤，以彰忠节。王有龄以粮尽援绝，见危授命。其在任时，迭被参劾，难保无身后之訾议，请并从优议恤，以为以死勤事者劝。又片奏参安徽巡抚翁同书酿成苗逆之祸，两次失守，不能殉节。请旨革职议罪，不敢因其门第鼎盛，稍为迁就。又片奏报徽郡解围及各路军情大概。
是日，奉到谕旨，李续宜调安徽巡抚，严树森调湖北巡抚。钦颁令箭、令旗、王命旗牌到营。十一日，批饬江西藩司停止州县吏摊捐之案。公谓地方亲民之官，必须令其旷然无累，然后可责之以民事，不至苛取民财也。十七日，公奉到协办大学士之旨。公弟国荃授江浙臬司，蒋益沣授浙江藩司，陈士杰授江苏臬司。鲍超补浙江提督，并赏穿黄马褂。从公奏也。二十日，左公宗棠击贼于开化县，破之。二十一日，新购外洋火轮船一号到安庆。公出阅视，派委员弁管带，配以兵勇，于江西试行之。二十二日，拜摺恭谢天恩。附片奏称：自去秋以来，臣一门之内迭荷殊恩，感激之馀，继以悚惧。恳求于金陵未克以前，不再加恩于臣家，庶可以保全功名，永承圣眷。前此迭奉保荐督抚大员之旨。封疆将帅，乃朝廷举措之大权，岂敢干预？疆臣既有征伐之权，不当更分黜陟之柄，不特臣一人为然。
凡为督抚者，辨之不可不早，所以预防外重内轻之渐，兼杜植私树党之端。庶几纪纲弥肃，朝廷愈尊矣。贼窜吴淞囗，上海告急。镇江府城屡被贼攻扑。又分股渡江，扑江浦、浦囗官军营盘。赵公景贤坚守湖州府城一年有馀，粮援俱断，文报亦梗阻不得达。大学士翁公心存奏苏中士民结团抗贼，望曾国藩如慈父母，请饬该大臣派一素能办贼之员，驰往援剿。侍郎宋公晋条陈恢复江南大略。是时公屡奉筹画全局派援江浙之旨，于是日具奏：浙江之事，必俟左宗棠进攻严州，蒋益沣进驻衢州，鲍超进抵宁国，乃有下手之处。江苏之事，必先清江北，次乃江南。现催李鸿章募练淮勇，酌拨湘军数营，驶赴下游，察看情形，再行驰奏。江浙贼势浩大，尽占富庶之区，财力与人数皆数倍于官军，不敢过求速效，以至偾事。又奏徽州官军胜仗郡城解围一摺，随摺奏保张运桂、朱品隆、唐义训、刘松山等十三员，阵亡参将黄和鸣等四十六员名，开单请恤。附片奏鲍超一军，在青阳大获胜仗，阵亡弁勇唐泗和等十一名请恤。又片奏江苏绅士议借洋兵剿贼之事：上海本通商之地，借洋兵以保守人财则可，若令攻剿苏州、金陵代复中国之疆土则不可。盖以现在攻城，我无助剿之师，将来克城，又无防守之师，专恃洋兵，洋人或见德而生怨望，不可不虑。维时上海已设立公局，会同洋人防守。公咨商巡抚薛焕，言苏州、金陵非可以幸袭而得，目前权宜之计，只可借兵防守沪城，尤当坦然以至诚相与，不可稍涉猜疑，致碍大局。其函致苏州绅士，言之尤详。
二十四日，奉到上谕：“贼氛日炽，而该大臣等章奏寥寥，南服怀，殊深廑念。
其如何通筹全局，缓急兼权，著将一切机宜，随时驰奏，以纾悬系。“钦此。李公鸿章募淮勇到安庆，公为定营伍之法。器械之用、薪粮之数，悉仿湘勇章程，亦用楚军营规以训练之，拨湘勇数营以助之。两省将卒，若出于一家然，公所教也。二十六日，咨濒江各省督抚商定长江通商章程。饬善后局查办保甲。公自核定门牌团册之式。是月，李世忠收复江浦、浦囗二城。贼纠捻匪围攻颍州府，胜保公督师援之。彭公玉麟补授兵部右侍郎。
二月初二日，公拜摺奏称：忝列戎行，奏报甚少，其所以々自守者，盖亦有故：一则不轻奏谣传之言，一则不轻奏未定之事，一则不轻奏预计之说。因此三者，遂蹈迟延之咎。臣忝非常之遇，倚任弥重，延访更殷。嗣后拟十日奏事一次，有急则加班具奏。所有谕旨垂询之件，谨分条详复，其一，计曾国荃、杨载福、张运兰回营之期；其一，李鸿章募练淮勇，二月可以成军，拟由陆路驰至镇江；其一，攻捣金陵，必先清后路，脚跟已稳，而后可进；其一，李续宜筹派兵勇，援颍州之路；其一，左宗棠援剿浙江，必从衢、严之间下手；其一，上海筹借洋兵，以助防守之法。凡六条。饬安庆藩司核定金卡局支发军饷坐支章程。
初四日，阅视李公鸿章营勇及所部程学启、滕嗣林等营。多隆阿公大破贼于庐州城外，尽平贼垒。初五日，奉到上谕：“曾国藩沥陈下情遵保皖抚各摺片，具见该大臣虑远思深，实深嘉悦，已明白宣示，仍令该大臣节制四省矣。朝廷黜陟之权，原非封疆大吏所能侵越。第该大臣简任纶扉，督师江皖，膺股肱心膂之寄，朕畴咨岳牧，延访甚殷，该大臣图济时艰，不当稍有避嫌之见，方合古大臣知无不言之义。嗣后如有所知，不妨密封呈进，以备采择。”钦此。同日奉上谕：“曾国藩晓畅戎机，公忠体国，中外咸知。当此江浙军务吃紧，生民涂炭，若非曾国藩之悃忱真挚，岂能轻假事权！所有江南、安徽、江西、浙江四省巡抚提镇以下，仍归曾国藩节制。该大臣务当以军务为重，力图攻剿，以拯生民于水火之中，毋许再行固辞。”钦此。时又因三载考绩之典，奉上谕：“大学士湖广总督官文，久任封圻，虚怀延揽，于吏治戎行均能整饬，著交部从优议叙。协办大学士两江总督曾国藩，督军办贼，勤劳罔懈，于江皖地方，迭复名城，战功卓著，甄拔所部将士，贤能称职，前经简授协办大学士，仍着交部从优议叙。四川总督骆秉章，前在湖南巡抚任内，剿办贼匪，不分畛域，其所荐举人才，尤为有裨实用，自升任川督，办理丹棱股匪及整顿地方，均能妥速，著赏加太子少保衔，用示嘉奖。”
钦此。初六日，专弁入都，赍奏登极贺表。初八日，张公运兰假满还皖。初九日，李公续宜抵任来见。公派提督成大吉等进军固始，以援颍州。左公宗棠击贼于遂安县，大破之，克复县城。初十日，拜发万寿贺摺，专弁入都。又代弟国荃奏谢天恩一摺。十二日，驰摺奏安徽省城仍宜设于安庆，前此改建庐州，系一时权宜之计。安庆处滨江适中之地，足资控制。至大江水师战船千馀号，炮位三千馀尊，逐年积累，成此巨观。事定之后，江防仍不宜撤，请专设长江水师提督一员，添设将弁额缺若干，均候吏、兵二部详复议奏。附片奏：江海虽同一水面，而风涛气候各殊。楚军水勇战船，但可用之江面，未可以出重洋。臣料粤逆所掠江楚之民，必无遽能纵横海上之事。又附片奏浙江衢河浅窄，不宜水军，江西刘于浔水师专防本省汛地，不能赴浙援剿。又奏采访忠义第六案，附片奏委员王敬恩请恤。
十五日，公弟国荃至安庆，所募湘勇以次集于皖境。是日，奉到上谕：“江苏布政使著曾国荃补授，即赴新任，毋庸来京请训。该员系两江总督曾国藩之弟，例应回避，惟该省军务紧要，需员办理，著毋庸回避，以资得力。”钦此。又以李元度补援浙江臬司。二十二日，拜摺代弟国荃奏谢天恩。附片奏参新授臬司李元度请革职，交左宗棠差遣。又具摺分条奏报军情：其一曾国荃募勇已经抵皖，饬令进剿巢县、含山一带；其一，李鸿章带勇，拟会同曾国荃，攻剿江边一路，冲过贼中，以期速达镇江；其一，多隆阿进攻庐郡大捷，伤亡亦多，需稍事休息，再图进取；其一，李续宜派兵援颍情形，由李续宜具奏；其一，左宗棠剿贼大捷，克遂安城，由左宗棠详报；其一，援浙之军，必须蒋益沣到后，乃能合力兜剿；其一，湖州孤悬贼中，无路赴援，惟闻城中粮米足支数月，或可保全；其一，徽州解围后，改令朱品隆接防郡城，派张运兰老湘营为游击之师；其一，上海有高桥、萧塘之捷，当可保全，冯子材仍守镇江。凡九条。公出城巡阅新到之湘勇七营。二十四日，公弟国荃启行，督军沿江岸进剿。李公鸿章成军八千人，拟濒江而下，傍贼垒冲过，以援镇江。计未决。二十八日，上海官绅钱公鼎铭等筹银十八万两，雇洋人轮船七号，驶赴安庆，以迎李公鸿章之师。定以三次载赴上海。
是日，上海官绅借洋兵连破贼于浦东，贼少却。胜保公督兵援颍州解围。
三月初一日，札调张运兰扼婺源白沙关，以防贼窜江西之路。初七日，鲍公超击援贼于青阳城外，破之。初八日，李公鸿章领所部勇第一起三千人，由安庆附轮舟启行赴沪。公拜摺奏谢京察从优议叙恩。又驰报李鸿章一军改由轮船赴沪启程日期一摺。又驰摺奏称：东南寇氛，蔓延日久，生灵之涂炭深矣！臣受命两年，无一兵达于苏境，无一旅进攻宁国。左宗棠苦战衢、严，独任其难，不克分兵往助。赵景贤困守湖州，贤贞盖世，不克设法往援。徒有兼辖之名，并无统筹之实。倘蒙圣恩收回成命，俾臣稍释神魂之震惧，尤感圣慈之曲尽矣！又查广东一省，财力殷富，为东南之冠，请特派大员，驰赴广东办理金，专供苏、浙、皖三省之饷。附片奏浙江殉难提督饶廷选，请于广信府建立专祠。又附片奏报各路军情。又片奏新授河南归德总兵萧孚泗，现在曾国荃军营随同进剿；记名总兵陈由立，经河南抚臣奏调，现在鲍超军营，围剿青阳。该二员仍留原营，均未便饬赴河南。十三日，公弟贞干破贼于荻港旧县、三山夹等处，贼垒皆平。十四日，李公鸿章所部勇第二起由安庆启行。公派黄翼升附轮船赴上海，察看下游地势贼情。李公续宜赴六安州督师，以规颍寿。十五日，公弟国荃破贼于望城冈。十六日，鲍公超克复青阳县城。十八日，公弟国荃破贼于铜城闸。十九日，克雍家镇贼垒。二十日，克巢县、含山二城。二十一日，公弟贞干克复繁昌县城。二十二日，公弟国荃克复和州城。鲍公超连克石埭、太平二县城。左公宗棠剿贼于江山、常山之境，连战破之。二十三日，公弟国荃攻克裕溪囗。二十四日，攻克西梁山沿江北岸贼垒，悉破平之。公驰摺奏报青阳克复，随摺奏保娄云庆、冯标等二十七员，阵亡将弁罗春鹏、李遇春等十七员名，开单请恤。随片奏水陆各军破贼于荻港、旧县、三山等处，一律肃清，阵亡将弁刘照志、王虞廷、刘华泗三名请恤。
又片陈报皖浙各路军情。又具摺复奏：江浙绅士请借洋兵规复苏、常各属城邑，臣谬膺重寄，治军无状，致使苏省士民迫于水深火热之中，为此不择之呼吁。此皆臣之咎也。以目前之贼势，度臣处之兵力，纵使洋人转战内地，实无大枝劲旅与之会剿，尤为可愧。请饬下总理衙门照会洋人，定议于先，或不至责怨于后。
又奏拟结普承尧罪名一摺。二十七日，公弟贞干破贼于鲁港。二十八日，鲍公超克复泾县。公札饬鲍超派兵援湖州。三十日，公弟贞干克复南陵县城李鸿章全军抵上海，奉旨，署理江苏巡抚薛焕授通商大臣，专办中外交涉事件。诏以副都御史晏端书赴广东办理金税务。是日，金陵贼党渡江北窜，都兴阿等军击破之。
维时公统制各军，公弟国荃循江北岸，至于和州；公弟贞干循江南岸；至于南陵，彭公玉麟派水军中江而下助剿两岸。是为直捣金陵之师。李公鸿章领湘、淮陆勇，佐以黄翼升淮扬水师，突过贼境。是为援剿苏、沪之师。大江以北，多隆阿公为围攻庐州之师，李公续宜有派援颖州之师。大江以南，鲍公超为进攻宁国之师，张公运兰等为防剿徽州之师，左公宗棠为规复全浙之师。十道并出，皆受成于公。
公建节于安庆，居中控驭，广轮数千里。此外如袁公甲三及李世忠淮上之师，都兴阿公防江北之师，冯子材、魁玉守镇江之师，或不出自楚军，或不归公节制，均奉旨统筹兼顾。军书辐凑，英彦风驱，上而朝端倚畀之隆，下而薄海想望之切，洵千载一时矣！