在立李治的过程中，长孙无忌起到了重要作用。他为可如此积极地支持晋王李治？其原因有二。其一，长孙皇后所生三子均是无忌的亲外甥，从亲情关系言，他希望他们之中的一个保住储君的位置。但是，当时这种局面已不容乐观。承乾已被废，李泰被黜，李治又仁弱，如果不把握住这次机会，将李治推向太子的座位，太宗也有可能出于立贤而改立他子。一旦如此，长孙无忌就有可能受牵连而在政治上失势。这是无忌所不愿看到的结果。其二，在李治和李泰之间，长孙无忌更积极地支持李治。（史书上没有长孙无忌支持李泰的记载。）这同长孙无忌想通过拥立太子以达到自己的政治目的有关。李治懦弱，性格温和，容易驾驭，扶植这样一个外甥做储君，有利于将来自己操纵权力。而李泰则不同，他设馆收士，又有部分朝官和贵戚子弟支持他，在其周围已形成了一股政治势力，他一旦掌握大权，长孙无忌就很难对他加以利用和控制。甚至，可能为了加强自己的权力，防止舅舅的干涉，他宁肯任用党人而不会重用无忌。因此，长孙无忌支持李治是势所必然的事情。
对唐太宗而言，他主张立李治其原因也有两点。其一，就能力而论，李泰优于李治，但是，玄武门喋血的历史事实告诉他，如果处理不好立储君的问题，宫廷流血还有可能发生。他根据当时的实际情况作出推断，认为，“泰立，承乾、晋王两不存；晋王立，泰共承乾可无恙。”为了子孙后代的生命安全，他才舍泰而立治。其二，他更关心的是如何将“贞观之治”的政策继续贯彻下去。李泰的支持者以功臣子弟为主，如柴绍之子柴令武、房玄龄之子房遗爱、杜如晦之弟杜楚客等。这些人年龄轻，职位低，阅历浅，但政治野心却不小。一旦他们掌握政权，就会把贞观时期的重臣赶下台，能否继续贯彻贞观时期的政策，就成了一个未知数。李治则有贞观重臣长孙无忌、李世积、褚遂良等人做后盾。这些人都亲自参与了贞观政策的策划、制定与推行，如果形成这样一个以太子李治为中心的政治核心，那就能保证贞观政策得到继续推行。因而，太宗最终选立李治为储君，也是势所必然的事情。
为了巩固李治的太子地位和培养他的治国能力，太宗花费了不少心血。首先是清洗了承乾和李泰的党羽，铲除了各种隐患。其次，选用一批元老重臣兼任东宫官职。史载：“东宫僚属皆盛选重臣。”如下诏以长孙无忌为太子太师，房玄龄为太子太傅，萧瑀为在太保，李世积为詹事，又以左卫大将军李大亮领右卫率，前詹事于志宁、中书侍郎马周为左庶子，吏部侍郎苏勖、中书舍人高季辅为右庶子，刑部侍郎张行成为少詹事，谏议大夫褚遂良为太子宾客。这个辅佐太子的班子阵容非常强大。太宗选用这些人，一方面是为了加强对太子的培养和教育；另一方面，也是为了树立太子的威信，培养太子与大臣间的感情，加深太子对大臣的了解。
皇太子初立，黄门侍郎刘洎以为宜尊贤重道，于是上书太宗，提出“太子宜勤学问，亲师友”，“少抑下流之爱，弘远大之规”。于是太宗命刘洎、岑文本、褚遂良、马周轮流到东宫与太了游处谈论。自魏征去世以后，刘洎、岑文本、褚遂良、马周等成为敢于直言极谏的人。太宗将这些大臣安排在太子身边，就是为了让太子访以今古，学习致治的历史经验，以提高太子的政治才能。
除选任重官辅佐太子外，太宗还亲自教诫太子，“遇物必有诲谕”。《贞观政要，教诫太子诸王》中有这样的记载，太宗见太子“临食将饭”，就讲“凡稼穑艰难，皆出人力，不夺其时，常有此饭”；“见其乘舟。则讲”舟可以比人君，水所以比黎庶，水能载舟，亦能覆舟。尔方为人主，可不畏惧！”太宗以衣食住行等平常事，引出深刻的为君治国的哲理，以小见大，就近取譬，随时教诫太子要爱惜民力，体恤民情，以使国祚长久。
尽管唐太宗确立了李治的太子地位，并为他日后登上皇位作了各种努力，但是，太宗从内心来说对这个性情温和懦弱的儿子不甚满意。贞观十七年（公元643年）7月，太宗对无忌说：“公劝我立雉奴，雉奴懦，恐不能守社稷，奈何！吴王恪英果类我，我欲立之，何如？”无忌固争，以为不可。太宗说：“公以恪非已之甥耶？”无忌说：“太子仁厚，真守文良主，储副至重，岂可数易！愿陛下熟思之。”直到十八年（公元644年）的4月，太宗仍在担心李治仁弱，不能成为有作为的皇帝。他把李治同自己相比较，说：“吾如治年时，颇不能循常度。治自幼宽厚，谚曰：‘生狼，犹恐如羊。’冀其稍壮，自不同耳。”无忌则回答说：“陛下神武，乃拔乱之才；太子仁恕，实守文之德；趣尚虽异，各当其分，此乃皇天所以祚大唐而福苍生者也。”于是太宗再不提改立太子之事。
唐太宗在立太子李治的过程中，还有意识地对核心人物进行了调整。宰相房玄龄一直受到太宗的重用，尽管君臣之间也有过矛盾，玄龄也曾遭到过太宗的谴责而被罢官归第，但很快又被恢复宰相之职。玄龄对太宗也一直忠心耿耿，他“佐太宗定天下，及终相位，凡三十二年，天下号为贤相”。太宗在重用房玄龄的同时，也逐渐加强了长孙无忌的地位，特别是在房玄龄于贞观二十二年（公元648年）7月去世后，长孙无忌的地位就更为突出了。另一个被重用的人物是褚遂良。十七年（公元643年）4月，李治被立为太子，谏议大夫褚遂良被任命为太子宾客。太子宾客，正三品官，古无此官，唐时始设，掌侍从规谏之职。遂良首居此职，受到太宗的重用。十八年（公元644年）9月，褚遂良又被任命为黄门侍郎，“参谋朝政”。黄门侍郎即门下侍郎，品级不高，但他却能以侍郎之职“参谋朝政”，实际上已被任命为宰相了。贞观二十二年（公元648年）9月，褚遂良又被正式任命为中书令，成为贞观后期决策班子中的重要一员。在武将之中，太宗重用了李世积。贞观十七年4月（公元643年），李世积被任命为太子詹事并同中书门下三品。同中书门下三品的设立自世积开始，这实际上是说李世积已被任命为宰相了。太宗还对世积说：“朕求群臣可讬幼孤者，无以踰公。”贞观二13年4月，唐太宗病重，他做了最后一次人事安排。太宗对李治说：“李世积才智有余，但你对他未曾有恩，恐怕今后难以为你效力，我会把他贬黜到外地，我死之后，你再授以他仆射之职，他必会对你感恩，为你效其死力。”于是太宗将李世积黜为曡州都督。李治即皇帝位后，当月便把李世积召回，拜洛州刺史。很快又任命他为开府仪同三司，同中书门下三品，参掌机密。
太宗临终前，召长孙无忌、褚遂良入含风殿，对他们说：“我现在把后事全部托付给你们，太子生性仁厚宽孝，你们都知道，望能善加辅佐。”又对李治说：“无忌、遂良在，你勿忧天下！”太宗在去世之前，就把核心班子组建起来，使权力得到顺利移交。
李治登上皇帝宝座之后，无忌与褚遂良同心辅政，唐高宗对其二人也特别尊敬，并能听取他们的意见，“故永徽之政，百姓阜安，有贞观之遗风”。
三、兵征高丽
高丽，也叫高句丽，位于朝鲜半岛北部，都城设在平壤城。东南与新罗毗邻，南边与百济接壤，西北与唐朝以辽水（今辽河）为界，北至靺鞨。唐朝初年，其国王高建武朝贡于唐，唐高祖李渊册封他为上柱国、辽东耶王、高丽王。同时也封百济王扶余璋为带方郡王，新罗王金真平为乐浪郡王。
武德9年（公元626年），新罗、百济遣使向唐告高建武封锁通往唐朝的通道。后来又由于三国之间有旧仇，而互相攻击征战。贞观五年（公元631年），太宗派使者到高丽收葬隋朝征高丽时阵亡将士的骸骨，毁掉了高丽当时为炫耀武功所垒的京观（收集隋军尸体，用土封起来的高冢）。于是，高建武产生疑惧，开始以唐为敌，发动全国力量修筑长城；自扶余城（今吉林四平市西一面城）向西南延伸千余里，直至海滨，又相继构筑了一些坚固的城郭群，以备唐军。
贞观十六年（公元642年），高丽东部大人泉盖苏文发动政变杀其王高建武及大臣以下百余人，立高建武的侄子高藏为王，自为莫离支（相当于唐朝史部兼兵部尚书之职），控制前政，并联合百济，攻掠新罗，切断新罗与唐朝交往的通道，抗衡唐朝。
亳州刺史悲行庄就上奏章请求讨伐高丽，太宗表示说，山东民生凋弊，不忍谈用兵之事。
贞观十七年，太宗说：“盖苏文弑其君而独揽国政，实在令人难以容忍，以我们现在的兵力，攻占他并不困难，只是不愿劳苦百姓，我想暂时派契丹、靺鞨出兵骚扰高丽，如何？”长孙无忌说：“盖苏文自己知道罪过重大，害怕大唐去讨伐，一定会严加守备，陛下可稍稍隐忍一下，使他定下心来，一定会更加骄傲怠惰，加深他的罪恶，那时候再讨伐，也还不晚啊！”太宗采纳了他的意见，派使者册命高丽王高藏为上柱国、辽东郡王、高丽王。
不久，新罗又报称，百济攻占其国四十余城，又和高丽连兵，企图断绝新罗入贡的道路，请求派兵援助。大宗又派司农丞相里玄奖带着玺书去到高丽，要他和百济停止对新罗的进攻。不料遭到盖苏文的拒绝，并继续攻打新罗。
贞观十八年2月，太宗听了相里玄奖的报告，当即下定出兵的决心，他说：“盖苏文杀死国君，伤害大臣，残杀百姓，如今又违背我的命令，侵略邻国，不能不加讨伐。”谏议大夫褚遂良想劝阻太宗，他说：“陛下旌旗所指中原就平定了，俯瞰万里则四方夷狄宾服，声威德望高极了。现在要渡过海洋，远征小小的高丽，如果能按计划获胜，这还可以；万一失利，损伤威望，还会引起士兵的不满，如果到了这一步，安危就难以预测了。”
李世积比较能迎合皇上的意旨，他说：“前几年薛延陀来攻，陛下就准备发兵攻讨，因有魏征的劝告而停止，才使得至今仍为祸患；如果当时能用陛下的策略，北方的边境早就平定了。”
太宗说：“是啊！这实在是魏征的过失，朕不久就懊悔了，但没有说出来，因为怕因此堵塞了进献良策之道的原故。”
太宗准备亲自出征高丽。褚逐良又上书说：“天下就好像人的身体，两京如同心脏，州县就像四肢；四方各少数民族，则是身外之外。高丽罪过很大，真该加以讨伐，但只要派二三员猛将率领四五万军队，依仗陛下的神威，胜利是很容易的。现在太子刚刚封立，年龄还小，其他屏卫国家藩属的情况，陛下知道得也很清楚，一旦陛下带兵亲征，离开最安全的地区，去到辽东的险境，身为天下的君主，轻易远行征战，这些都是我们非常担扰的事情。”
当时群臣中有很多人都劝阻太宗亲征高丽，太宗都不听。他说：“八个尧帝，九个舜帝，都不能在冬天耕种；乡下人、小孩子春天播种，却能够生长谷类，这是因为符合时令的缘故。天有一定的时令，人按照时令去做，才会有成效。盖苏文对上欺凌国王，对下虐待百姓，人们都翘首待救，这正是高丽应当灭亡的时候，议论的人很多，但都没有看到这一点。”
太宗为了发动大规模的远征，加紧进行战争准备。于这年7月命令将作大监阎立德等前往洪、饶、江三州（今江西南昌、波阳及九江），造船四百艘，以供运输军粮之用。下诏令营州都督张俭等人率领幽、营二都督府的部队和契丹、奚、靺鞨的部队一起先行进攻辽东，以观察形势。任命太常卿韦挺为馈运使，以民部侍郎崔仁师为副使，河北各州都受韦挺统辖和调度，又命令太仆少卿萧锐运载河南各州的粮食到海滨，准备海运。
11月，太宗巡行洛阳，以宰相房玄龄留守京师，右卫大将军、工部尚书李大亮为副手。
已经告老退休的前任宜州刺史郑元璹，曾经跟随隋炀帝征高丽（当时元璹任隋右武侯将军），世民把他找来，亲自询问征讨高丽的方略。郑元璹回答说：“辽东道路遥远，粮运艰难；高丽善于守城，攻城不易迅速夺取。”世民没有认真考虑郑元璹的意见，而自信地说：“今天的形势已经和隋时不同了，你就等着听好消息吧！”
11月24日，太宗委将调兵，任命刑部尚书张亮为平壤道行军大总管，左领军将军常何、泸州都督左难当为副总管，汾州刺史冉仁德、眉州刺史刘英行、抚州刺史张文斡、云麾将军庞孝泰、右骁卫将军程名振等人并为行军总管，率领江、淮、岭、峡劲卒4万，另在长安、洛阳招募士卒3000，战舰500艘，从莱州（今山东掖县）渡海直指平壤；特进、太子詹事、左卫率李世积为辽东道行军大总管，礼部尚书李道宗为副总管，前幽州都督张士贵，右领军大将军执失思力、右骁卫大将军契苾何力、右监门大将军阿史那弥射、右屯卫将军姜行本、左武卫将军麴智盛、云麾将军吴黑闼、营州都督张俭、左骁卫中侍将安县和并为行军总管，率领步骑兵6万及兰州、河州（治今甘肃临夏县）降唐的少数民族军队，从辽西走廊，渡过辽河，指向辽东（今辽宁辽阳）。两路大军，水陆并进合击高丽。
太宗派行车总管姜行本、少府少监丘行淹先行督导所有工匠到安萝山制造云梯和冲车。
当时远近的勇士都应召从军并献出攻城器械多不胜数，太宗还亲自加以选择，取其方便简易的器械。
太宗命令新罗、百济、奚、契丹兵配合诸路大军作战。又诏告天下，说明这次征讨高丽，是因为盖苏文杀死国君，虐待百姓，其情实在是忍无可忍。唐军是去辽、碣一带兴师问罪，凡所经过的地方，不可烦扰百姓。同时还说明这次征高丽与隋炀帝征高丽的情况是完全不同的。这次出征一定能打胜仗，原因有五点：一是以强大攻击弱小，二是以和顺讨伐叛逆，三是以安定乘对方的动乱，四是以逸待劳，五是以我方的团结一致去对付内部仇怨的敌军。有了这五条，何必担忧不能取胜呢？
贞观十9年2月，太宗率六军发洛阳后，下诏：“朕从定州出发后，由皇太子监国。”行前，韦挺由于没有事先勘察运浪河道，使六百多艘粮船行至卢思台（今天津东北宁河县），搁浅受阻，随被押解洛阳，革除官职，由将作少监李道裕代替。崔仁师也被免职。
这时开府仪同三司致仕的尉迟敬德，向太宗建议说：“陛下亲自征讨辽东，太子在定州，长安、洛阳心腹地带兵力空虚，恐怕会有类似隋炀帝时杨玄感反叛的事件发生，而且高丽不过是个小国，不必劳累万乘天子，希望皇上派遣偏将前往征讨，就可指日消灭他。”太宗不听，并且任命敬德为左一马军总管，跟随一起出征。
是月，李世积部到达幽州。
3月，太宗至定州（今河北定州市），又对侍臣们说：“辽东本来是中国的土地，隋朝四次出兵都未能攻下；朕如今前往征讨，是要为中原子弟报其父兄被杀之仇，也替高丽人民洗刷其君父被杀的耻辱。如今四方大体都已平定，惟独这个地方没有归顺，所以要趁朕还没衰老，利用士大夫的余力加以攻取。朕从洛阳出发后，只吃肉饭，早春的蔬菜一点也不食，就是担心太烦扰百姓的缘故。”