那是在王室复辟之前十几年的事情，大学完全受到国会议员所控制，巴罗那时就被归属为非主流分子，而他又勇于发表政治观点，遂不受学校当局欢迎，全靠他的学术天分救了他，让他好几回得以免于被起诉。他对于培根、伽桑狄、笛卡儿等人的著作很感兴趣，虽然他在学术上的进展比不上牛顿后来所达到的境界，毕竟他还是个聪明能干的数学家兼哲学家。
巴罗的性格也和牛顿迥异，他还蛮喜欢教书的，作为一位年轻的教师，他授课的方式机智而风趣——至少以当时的标准而言是如此。牛顿却完全相反，据他的助手汉弗莱·牛顿（与我们的大科学家牛顿无亲戚关系）所说，他只见他的老板笑过一次，他说：“有一回他借一本欧几里得的著作给朋友看，他问那位朋友看了多少？喜不喜欢那作者？朋友反过来用自己的问题去回答：‘学这样的东西对我的一生有什么好处和用处？’牛顿听了开心地笑起来。”
巴罗烟抽得厉害，非常不修边幅，这点又和牛顿很不一样。还有他喜欢听自己的声音，他后来在1669年担任查理二世的王室教堂主牧的时候，据说有一回他的说教竟然长达3个半小时。
另外，巴罗又喜欢到各地旅行。早在1655年他获得三一学院的研究员资格之后不久，就发觉他那些不受欢迎的政治宗教观点可能会影响他的学术研究，于是向三一学院申请到三年的旅行补助，每年16英镑，就立即出发去欧洲旅行了四年。大概就在那次旅行途中，巴罗第一次接触到炼金术，以后这就成为他一生断断续续追求的兴趣目标。日后他与牛顿成为同事，把这些知识和他认识的这方面朋友都介绍给了牛顿。
在国内，由于1660年查理二世加冕，巴罗发觉三一学院的政治气氛变得有利于他了。一些关于他在国外历险的故事，在他回来之前即已经传遍校园，包括他亲手搏斗击败一个与他争执的土耳其人，以及他在巴黎以雄辩压倒一群耶稣会教士，这些新闻使他在大学里被捧为英雄。很快地巴罗被选为三一学院的希腊文钦定讲座教授，1662年改任为伦敦的几何学格雷沙姆讲座教授，并且在皇家学会创会会员名单中列名（虽然他不曾担任什么活跃的角色，也极少出席会议）。
两年之后的1664年，巴罗再度获得一个新设的讲座教席。有一位圣约翰大学的研究员兼该校行政会议议员卢卡斯，经英王查理二世批准，顺利地在剑桥大学设立讲座，正式名衔为卢卡斯数学讲座教授。卢卡斯本人希望把这教席授予真正有学问之士，那时巴罗被认为是大学中最有学术成就的人，就毫无困难地得到了这一职位。今天这个教席仍然存在，担任这项职务的是霍金教授。
这一职务有最丰厚的待遇和最轻的教学责任，每年薪金为100英镑，但是，担任这教席就不可以兼任其他任何学术职务了。起先巴罗还觉得适合，他对教学任务作了万全的准备，包括一整年的讲授课程，以及每年提供大学图书馆最少10份授课的文字内容。事实上，他教的是一门必修课，但大多数时候教室里却没有一个学生，可能是因为他的教材太深，学生的程度太低，听不懂巴罗教授的讲解。他主要教的是他最感兴趣的题材，包括数学和光学。而那些东西对于被宠坏了的富家子弟来说，是太过深奥了一点，何况他们进大学所希冀的不过是安然取得一个学位，然后寻觅一条障碍最少的人生途径，或许到一个安静的乡镇担任教区牧师的职务，或者经营家庭事业什么的。
巴罗运气还算不错，当时学校对于他那职位的规定没有严格监督遵行。他很少给学生提供自己已写好的讲义，反而因常被学生冷落而感到泄气，一年三个学期中他只有勇气教一个学期的课。
担任过王室教堂主牧的圣职之后，巴罗于1672年至1677年这5年间，担任三一学院的院长，而在壮年时瘁死于任上。在院长任内，他几乎单打独斗地启动了建造三一学院的图书馆，这座图书馆是由他的朋友雷恩设计的。巴罗被后世评为复辟时期三一学院的最佳院长之一，然而他在历史上留名无疑是因为他和牛顿的关系。
他们两人可能不是很好的朋友，但是彼此尊重。若牛顿第一次见巴罗就显得不懂基础数学的那个故事具有一点真实性，那么这坏印象不久也就被忘记了。巴罗在那次首度的冷漠会面之后，不过短短的5年半光景，就把卢卡斯数学讲座的职位传给了牛顿，可说令人相当惊讶。犹如这位巴罗前辈在1659年回到剑桥成为一个饱经风霜的漂泊英雄后不久，就深受学校当局赏识一样，牛顿也是如此，他在1667年自伍尔索普家中知识漫游归来，很快就获得了巴罗的赏识。
尽管牛顿天性不爱世俗的交游，但毫无疑问他还是聪明地维持了一些人际关系，然而他所依赖的不是讨人喜欢的性格，而是仅靠令人印象深刻的智慧力量。巴宾顿是个关键人物，他使牛顿顺利地从一个伍尔索普的乡下少年摇身变为三一学院的研究员。摩耳也提供了学术上的帮助，他与巴宾顿两人都和巴罗相熟。所以他们只稍再花了点工夫，这位卢卡斯讲座教授就引领牛顿通向了接触剑桥学术系统的更高层。
到了1667年春天，牛顿失去对数学的兴趣，逐渐喜欢上炼金术。据知摩耳、巴宾顿和巴罗都对此术有兴趣，而当代最伟大的实验家波义耳也早已研习这门不公开的学问了。牛顿在私下读过波义耳的文章之后，也打算用科学的观点去探讨炼金术。他一向渴望将不同的研究领域整合起来，而他从炼金术中找到了一些诱发灵感的自然来源。少年时期的牛顿曾在药店里制造过颜料和秘方药品，做过一些实验，然而这些只是预备课程罢了。
牛顿被遴选为研究员之后，巴罗相信他在伍尔索普两年期间，确实已经获得一些科学结论，但是，巴罗同时也发觉牛顿十分不愿意把自己的研究结果与尚待整理的构思公开。从这里我们看出，牛顿的学术进展到这个阶段，仍然深深抱着一种怀疑别人的态度，惟恐他的新发现被人窃取。他似乎相信，只有在研究充分发展之后才能公布结果。长时间以来，牛顿对于许多人用自己不成熟的见解去混淆前贤的理论，觉得十分难以接受，所以他也不愿意让别人把自己看成那样，这可以由他不满于笛卡儿所深信的旋涡理论看出来：17世纪60年代的中期，牛顿深感笛卡儿的理论模糊不清，而且根本不能验证，因此指出他自己做研究的原则，“我不杜撰假说”。
这种态度正说明了，为何牛顿在领悟出基本重力观念之后20年，才写出《原理》一书来。他从来不会发表那些半生不熟的概念，也不愿提出尚未能用数学表达或以实验具体化的想法。当他仍住在伍尔索普的时候，心里就明白他已经发现一些重要的东西了，尽管如此，他那时以为自己可能只是抓破问题的表皮而已。但另一方面，巴罗则是深信将研究成果发表的必要性，或者至少也要在科学界和别人共同讨论才是。
终于，有一个机会使牛顿相信应该可以发表研究成果了。1668年9月，巴罗一位住在伦敦的数学家朋友，约翰·柯林斯（1625~1683），他是皇家学会院士，积极推动了欧洲各地的科学家用信函和发表论文的方式联系起来。一回他寄给巴罗一本由丹麦数学家墨卡托写的一本书，题目叫做《对数的技巧》，内容是讨论计算对数的一种新方法。巴罗把这本书交给牛顿，他知道这位高足早于两年前在伍尔索普就研究过比这更高深的数学了，或者在更早的1665年离开剑桥之前即已涉猎。
可以想像牛顿看了墨卡托的论文之后大为震惊，立刻写了一篇短论文，将他早些时候研究数学时在这方面的心得作一概述，结果成功写了一篇著名的论文《无限级数的分析》。但是，他那时仍不愿意让巴罗通过柯林斯或任何人发表这篇论文。
巴罗在回复柯林斯的第一封信中说：“我这儿有一位朋友对这方面的研究极具天分，前些天他交给我一篇论文，他在里面写下了计算数值大小的方法，和墨卡托先生关于双曲线的计算相似，不过我看来十分通用。”一个月之后，显然是巴罗劝告牛顿的结果，后者将《无限级数的分析》寄给了柯林斯。不过，巴罗仍然不得提起作者的姓名：我信守诺言将我朋友的论文寄上给您，深信它必定令您满意。我希望您觉得它好而加以精读，读后请即寄还，那是我向作者要求寄给您时所答应他的条件。又请您在收到后尽快给我回音……因为我害怕邮寄的风险。柯林斯当然希望发表这篇《无限级数的分析》，可是他们无论怎样都说服不了这位青年才俊。然而在巴罗坚持之下，牛顿终于勉为其难地答应巴罗将他的名字透露给柯林斯：“我很高兴我朋友的论文令您满意，他的名字叫做牛顿，是本校的研究员，而且非常年轻……但他在数学方面具有不凡的天分及才能。”
接着巴罗又传信给柯林斯，告诉他牛顿同意将论文交给皇家学会的主席和有限的几位具备这方面专长的会员阅读。可是这已经是最大让步了，巴罗和柯林斯都无法说服牛顿将论文公开发表。事实上，这篇《无限级数的分析》一直到1711年才付印，是在《光学》出版后约7年，《原理》出版后约1/4世纪。
八、站立在学术的巅峰
也许我们可以将牛顿这种怯于发表的心理，归因于他小时候所体验到的不安全感，但是那仍然无法解释他中年以后依旧非常不喜欢发表论文的态度，也和他的过度自重想法不尽相符。那篇《无限级数的分析》并没有什么假说，也不是争议性的题材，他实在无须惧怕遭受误解，也不必担心被指控为那是无法证明或半成品的构想。
巴罗对于这种不止一人同时发现类似技巧的事实感受深刻，他眼见牛顿已引起剑桥以外的学者注意，于是自1668年至1669年间，提议由两人共同研究，让牛顿担任助理。巴罗还请牛顿为他整编自己的光学理论讲义，并且在《致读者序言》中表达谢意，称赞牛顿为“极有学问和睿智的人，他重新订正我的讲义，并指出哪些内容需要改正”。
这件事有些尴尬，牛顿看出巴罗的讲义中有些概念根本错误，当然感到棘手，而他仍然依照他这位年长伙伴的意思仅作整理之后付印。有些人认为那是牛顿不够厚道的一面，觉得他应该改正巴罗不正确的概念。可是我们以为这样批评是不公允的。今天我们很容易说牛顿是位伟大的知识巨人，但那是他在生命的后期才受到大家公认的；在牛顿替巴罗工作的时候，他只是个初出道的青年，纵然他已经为科学史中最重大的革命开启了大门，登上尚未为人所知的数学高峰，但真正说来，除了巴罗以外，只有摩耳和巴宾顿也许略知牛顿的最新成就。那些批评者指称牛顿可以暗示巴罗那讲义中有些光的性质弄错了，然后再花时间去教他，帮他把部分光学重写，这种批判是毫无道理的。
况且，牛顿还有保持沉默的进一步的理由。牛顿观察到巴罗是个很有野心的人，因为巴罗毫不隐瞒他会比一般人所想像的更早考虑放弃卢卡斯讲座教授，甚至早在1668年间，巴罗就盯上了三一学院的院长宝座。他正处于智慧的盛年，在学术承传上已经获得迅速的升迁，没有理由长期停留在这个位置上。他会尝试要改变这职位的限制，使他能兼任一些行政工作，可惜没有成功。当担任查理二世的王室教堂主牧的机会出现时，巴罗立即辨认出那是提供他猎取最终目标的捷径，同样地，牛顿也立即知道自己是卢卡斯讲座教授席位的最佳继任人选，他愿做任何事情来促成此事。
卢卡斯讲座教授的人选是由卢卡斯基金执行委员会指定的。长期以来，委员会就习惯于让巴罗决定一切学术事宜，而巴罗当然是推荐牛顿的。1669年10月29日，牛顿尚未满27岁，就成为剑桥大学第二任的卢卡斯讲座教授。以后他一直拥有这个尊位，直到1696年他离开大学时为止。
牛顿从一个大学新生到成为卢卡斯讲座教授，总共只费时8年，犹如他以无比惊人的速度攀登学术地位的阶梯，牛顿也以无比惊人的速度同时进行科学与数学的研究工作，终于使他的名字镌刻在不朽的历史丰碑上。当牛顿站立在一生的学术巅峰之时，他其他方面的智慧也陆续浮现，可是之后他所面临的，是混乱与骚动。他的研究带领他达成《原理》甚至更高境界，也促使他陷于沉溺而且濒临自毁的地步。牛顿被接纳进入科学殿堂的同时，却又扮演一个新的、口是心非的角色，不久之后，他会成为一位剑桥大学教授、东方三博士的“最后的神童”。