一、隐居与矛盾
笛卡尔是一位不愿公开露面、行为隐密、喜欢隐居的人，其座右铭是“隐居得越深，生活得越好”。为了把自己更好地隐藏起来，笛卡尔成年时期在荷兰生活期间曾多次更换寓所。1629年，在概括自己的生活时，他这样写到，“为了探听人们正在谈论的话题，我决意过一种隐居生活”。1619至1620年，是笛卡尔一生比较重要的一段时期，他在私人笔记中这样写道：演员们带着面罩，他们受到的教育是不得将难堪流露在面部。我要做同样的事情。到目前为止，我一直是世界这个大舞台上的观众，但是，现在我要带着面具登上这个舞台了。然而，在后来的生活中，他却身陷各种纠纷之中。诚然，笛卡尔有许多自相矛盾的观点，但他仍然吸引了那些喜好高谈阔论的学生们，这些学生比他本人更为直言不讳。同样，虽然他是一个天主教教徒，却选择在信封新教的荷兰和瑞典生活。然而在这方面，笛卡尔的生活是成功的。尽管笛卡尔的观点比被判有罪的伽利略的观点更有争议，但在有生之年，他却尽力避免与天主教会发生大的冲突。1663年，教会将笛卡尔的著作列入禁书黑名单。也正是在这一年，他的物理学在欧洲大部分地区被接受。笛卡尔所希望的是，他的物理学或者自然哲学能够在不招致教会愤怒的情况下为人们所接受。
笛卡尔在1596年3月31日出生的那一天就差点儿死掉。他母亲的肺结核遗传给了他。这个新生儿咳嗽得很厉害，医生说他已经没有存活的希望了。在他出生14个月以后，他母亲不幸去世。笛卡尔的父亲是地区议会的一名顾问，他在笛卡尔母亲去世后移居雷恩，并于1600年再婚。笛卡尔是由外祖母带大的。在1610年外祖母去世后，除了与姐姐让娜有联系以外，笛卡尔就很少与他的家人有联系了。10岁时，即1606年，他开始寄宿在耶稣会贵族学校拉弗莱舍学校。这所贵族学校是由亨利四世赞助创办的。在学校里由于要受许多规章的约束，寄宿者很少有机会到学校外面去。
1614年笛卡尔离开拉弗莱舍。他有可能在巴黎附近的圣日尔曼市独自生活了一年。值得一提的是，地方皇家花园里有许多洞穴和喷泉，那些喷泉中有依靠水压推动的各种移动造型。这有可能是激励笛卡尔在《人论》中对各种装置进行描述的因素。
1615年，笛卡尔进入普瓦蒂埃大学学习法律。从他的毕业论文献辞中，我们可以瞥见他的性格。根据这篇献辞来看，他“渴望最热烈的、湍流般的雄辩。但是，当这些雄辩之流使一个人渴望获得更多的知识而不是压制这种渴望时，它们却丝毫不能使我得到满足。”似乎此时笛卡尔对自己的职业取向还是模糊的。在尚未完全放弃获得一份合法职业的想法下，他在1618年加入了荷兰军队，成为一名绅士士兵。根据笛卡尔自己的叙述，他很懒惰，而且“处在骚动不安且没有受过教育的士兵们中间”，毫无幸福可言。
驻扎布雷达期间，笛卡尔在1618年11月10日与艾萨克·比克曼相遇。比克曼改变了笛卡尔的生活。二人的相遇很偶然，在观看公告栏的数学问题时，笛卡尔请比克曼为他翻译佛莱芒语。他们很快就发现了二人在数学上的共同兴趣。在第二天的日记中，比克曼写下了这样一句话：“物理—数学家是非常少见的。”他们两人都从未碰到其他能以如此精确的方式将物理学和数学结合在一起的人。当时，比克曼正在从事粒子物理学的研究，他成为笛卡尔的导师。稍后（1619年3月23日）笛卡尔在给比克曼的信中说：事实上你是将我从冷漠中唤醒的人……当我的心正在偏离重大问题时，正是你将我引入正途。在1618年11月至1619年1月这段日子里，两人开始在落体和流体静力学等项目上进行合作。由比克曼提出问题和思路，笛卡尔进行解答。1619年1月，笛卡尔将其《音乐提要》的手稿献给比克曼。这本书的主要内容是将音程看成数学上的比例，以数学方法来解决音程问题。它最值得称道的地方或许在于展示了使音量明显增加时的音质状况。
1619年3月，为加入巴伐利亚马克西米连公爵的军队，笛卡尔来到德国。他经常与比克曼通信，3月26日他写到，经过6天的紧张工作，他在数学上有了四个重大发现。
1619年冬季，笛卡尔是在德国的乌尔姆度过的。1619年11月10日，笛卡尔产生了一系列幻觉或梦幻，这些幻觉或梦幻有助于他明确自己的生活和工作。对此，我们将在下一章详述。这一事件标志着笛卡尔作为一位知名思想家工作的开端。他指出，在这一天，他找到了“关于奇妙的发现的基本规则”。1619年11月之前，笛卡尔的兴趣主要集中在数学方面，而且他对有关普遍的数学方法的观念没有给予足够的重视。而此后，他则致力于为全部科学找到解决问题的方法。有关这方面的详细情况，将在下一章介绍。
为方便起见，笔者将笛卡尔以后的生活划分为五个时期：
自从那次产生幻觉或做梦之后，也就是在1620年间，笛卡尔开始投入更多的精力撰写《指导心智的规则》一书。17世纪20年代早期，笛卡尔曾去过德国、荷兰、意大利和法国，在游历上消磨了大量时光。1625年下半年以后，他居住在巴黎，一直到1628年至1629年间的冬季，这期间他过着一种绅士般的社交生活。在巴黎逗留的这段时光是非常重要的，因为笛卡尔开始结识其他进步思想家，并成为梅森和米多热的挚友。这两个人都是数学家，而且都曾是拉弗莱舍公学的学生。可能正是在这段时间里，笛卡尔开始对光学产生兴趣，而且发现了折射规律。大约在1627年，在友人梅森的影响下笛卡尔恢复了对物理机械的兴趣，他重新开始《指导心智的规则》一书的撰写工作。但到此时，笛卡尔对数学的兴趣正在消失。1628年10月，笛卡尔拜访了老朋友比克曼，说他自己“在算术和几何方面没有更多的发现”。他放弃了《指导心智的规则》一书的写作而开始了一项更为雄心勃勃的计划。
二、在荷兰的幸福时光
1629年初，笛卡尔移居荷兰，据说他喜欢这里的气候，喜欢这里比较安静和与世隔绝的生活。在巴黎，要想拥有不被打扰的生活是很困难的。很显然，他在巴黎获得了一定的名望，曾有很多人去拜访他。从他做梦到现在已经过去10年了，而他尚未兑现创立自己的科学和哲学方法的承诺。在开始几个其他小型研究项目之后，笛卡尔在1630年4月写信给梅森：你可能会对我没有坚持在巴黎时即已开始的那本论文集的写作感到奇怪。原因是……我不得不开始一个新的项目，它比第一个更为宏大。这一项目指的就是后来成为笛卡尔经典著作的《论世界》一书，这是一本在物理学方面涉猎广泛而颇具前瞻性的著作。尽管笛卡尔在荷兰有许多朋友，但他仍然不愿让包括米多热在内的许多人知道他的住所。对于笛卡尔来说，这是一段繁忙时期。他每周要花一天时间写信，借此来引发哲学讨论。他把主要精力花费在光学和生理学试验方面，很少有时间去读书。据说，当有人问及他的图书馆时，笛卡尔曾用手指向他买来用于解剖的尸体。伴随着《论世界》诞生的是有关解剖学和生理学的名为《人论》的论文集。然而，就在这本书于1633年出版前不久，笛卡尔得知伽利略被宗教法庭判罪的消息。由于害怕与伽利略一样遭到教会的谴责，他极其谨慎地隐瞒着自己的真实思想。
这是笛卡尔生活中的一个转折点。在伽利略遭教会谴责以后的日子里，虽然笛卡尔的观点总是包含着形而上学的东西，但是，他还是越来越多地看到了给予其自然哲学一种形而上学基础的必要性。此时，笛卡尔还有两本主要著作没有完成和出版。为了向公众提出他的物理学，笛卡尔开始着手写作一篇有关气象学的论文。另外，他还决定将现有有关光学的一些资料整理成论文。1635年，他的朋友勒内利开始在乌德勒支大学讲授笛卡尔的自然哲学。也许，这一事实激励笛卡尔带有更大紧迫感去完成他早期一些资料的修订工作。1636年春，也许是担心法国数学家费马抢在他之前出版相关成果的缘故，笛卡尔决定整理一篇有关代数和几何的论文。与此同时，在1635年至1636年的冬季，笛卡尔决定发表一篇介绍性论文，以此来对其他专业著作进行补充。这篇论文的全名就叫《谈正确地运用自己的理性在各门学问里寻求真理的方法》，简称《方法谈》。这是一篇自传体论文。笛卡尔之所以选择这种写作手法，一方面是因为其他人有可能“模仿他们认为有价值的东西”。另一方面在于，笛卡尔希望他的著作能够被人们广泛接受。为此，他没有使用那时人们通常使用的拉丁语，而专门使用法语进行写作。
1634年10月15日，笛卡尔忙于与另一个法国人的交往。这一时期，他寄宿于阿姆斯特丹法语学校教师托马斯·萨金特那里。就在前面提到的那个周末的夜晚，笛卡尔爱上了少女埃莱娜。1635年7月19日，他们的女儿法兰星来到人世。