1637年8月，就在《方法谈》一书出版时，笛卡尔携埃莱娜和假扮成他侄女的法兰星来到靠近哈勒姆的荷兰海岸，他在这里一直呆到1639年底。或许这是笛卡尔一生中最幸福的一段时光。笛卡尔表现出对自己的仪表以及健康的极大关注。起初，他用了大量时间来处理信件，主要是应对《方法谈》一书的反对意见。他也经常到一个牧草园里从事耕作，解剖动物尸体，对他的著作进行评注，对诸如滑轮、杠杆以及齿轮等各个简单机械的物理原理做出解释等等。
大约在1638年，笛卡尔开始《第一哲学的沉思》的写作，这是他的一部主要著作。关于这部著作，他在1641年1月28日给挚友梅森的信中是这样说的：我可以告诉你（仅限于你我之间），这六篇沉思包含了我的物理学的全部基础。其实也没有必要那样说，如果你乐意的话，可以说是因为这些沉思会使那些喜欢用亚里士多德来证明它们的人们感觉困难更大一些。我希望那些阅读了这些沉思的人们，能够逐渐地使自己习惯于我的原则。并希望他们能在注意到这些原则破坏了亚里士多德的原则之前，就认识到其中存在的真理。《沉思录》使得笛卡尔的物理学具有了形而上学和认识论基础。很明显，笛卡尔希望教会能够支持他的工作。首先，我们从书名以及包含感谢索邦神学院神学系的前言中，可以看到这一点。著作的全称是“第一哲学沉思录——关于上帝的存在和人的灵魂与肉体区别的证明”。其次，笛卡尔的物理学隐含着地球不是太阳系的静止中心的观点，但他并未对此做出明确陈述。笛卡尔在出版这部著作时，表现出了一种革新思想。他将那个时代最主要的思想家的反驳文章以及他自己的答复都同时出版。1642年的第二版包括了七组反驳文章和笛卡尔本人的答复。
笛卡尔个人的幸福时光于1640年9月戛然而止，因为他的女儿法兰星死于热病。笛卡尔说，女儿的死是“他一生中经历的最大不幸”。
三、成熟时期
女儿死后，笛卡尔的生活进入另一个阶段。我们没有听到更多关于埃莱娜的消息。笛卡尔移居靠近莱顿的一座城堡，而且开始喜欢上一种与过去相比稍有点放纵的生活。这一时期，笛卡尔陷入一场不受欢迎的宗教争论，这场争论是在他与乌德勒支大学神学教授沃埃特之间展开的。很显然，笛卡尔所关心的是他的著作是否被人们所接受。也许为了有助于获得信任，他才出版了《沉思录》的反驳文章以及他自己的答复。不过，为避免麻烦缠身，这部著作是用拉丁文出版的。但是，笛卡尔的追随者勒卢阿却不如笛卡尔那么谨慎。1640年，勒卢阿将笛卡尔哲学的一些命题公诸于众，进行公开讨论。笛卡尔试图表明他的哲学是可以与正统思想相协调的，但却卷入一场与乌德勒支大学神学教授沃埃特的争论。结果，1643年6月乌德勒支法庭指控笛卡尔犯有诽谤神职人员罪。指控虽然被证明是错误的，但却使得笛卡尔在荷兰的生活变得步履维艰。
这场激烈争论耗费了笛卡尔大量精力。他在1643年5月所写的一封题为“关于与沃埃特争论及笛卡尔的辩护说明”的公开信，竟然长达200页。这一事件一定打断了笛卡尔自1641年就已经开始的《哲学原理》一书的写作。同时，也有可能正是在这一时期，笛卡尔从事着未完成的对话录《真理的探求》的写作，这部著作保存下来的仅有一部分。尽管出现了这些中断，但到1644年时，《哲学原理》一书已经做好了出版准备。这部著作包括四个部分，是笛卡尔自然哲学和形而上学的完整阐述。而且，这部著作采用的是与当时标准版本不同的教科书形式。请不要忘记笛卡尔那部关于物理学的主要著作《论世界》，在他的有生之年这部著作并没有公开出版。尽管《哲学原理》一书具有很强的综合性，但是，该部著作的第五、第六两部分（据说是涉及生命存在物和人等内容的），却没有完成。
这一时期，笛卡尔开始与波希米亚伊利莎白公主交往。伊利莎白公主一家1620年被流放到荷兰，那时她才两岁。她的家庭并不富裕，家里人想为她找到一个政治上门当户对的婚姻，但最终失败了。因此，伊利莎白公主终生未婚。她是一个求知欲很强的人，大约从1643年5月前后开始，她一直与笛卡尔保持着联系，当然，大多数是书信往来。也许，笛卡尔深深地爱上了这个将他视为精神和知识导师的年轻公主。他在写给她的信中有时流露出让人吃惊的亲密。不管怎样，她改变了他的生活。
四、后来的日子
大约在1645年，笛卡尔与伊利莎白公主的联系在中断了一段时间后又得以恢复，他对情感的兴趣进一步增加。正是伊利莎白促使笛卡尔更多地思考他的身心关系观点的实际意义。他将更多的兴趣集中于心灵对肉体的影响，而不是肉体对心灵的影响。换言之，他对感情的思考少了一些生理因素，而多了一些人本主义因素。他的《论情感》一书就有可能写于1645年到1646年间。
1646年8月，笛卡尔最后一次拜访伊利莎白公主。在公主的哥哥杀死了一名法国官员之后，她们一家已经离开了荷兰。公主的搬迁使笛卡尔心绪不宁。1647年5月10日，笛卡尔游历到法国，在给伊利莎白的信中，他写道：收到殿下（指公主）的信，我心中燃起了希望，我总以为你会在夏季结束时回到海牙。事实上，我可以坦白，这是我宁愿生活在这个国家而不是其他国家的主要原因……一群神学家，经院哲学的追随者们，似乎已经结成了联盟，企图使我屈从于他们的诽谤。当笛卡尔与沃埃特之间的争论结束时，莱顿大学又发生了一场新争论。笛卡尔的一个追随者已经开始讲授他的哲学，这招致了神学教授们的批判，这些神学教授对笛卡尔提出了种种指控。
这一时期，笛卡尔又恢复了对解剖学的兴趣。他从事解剖工作，并写了一篇题为《人体描述》的短论。1648年，笛卡尔发表了《反对一项计划的笔记》。早些时候，也就是在1645年，笛卡尔的追随者勒卢阿把自己所著的一本物理学书送给笛卡尔。笛卡尔认为，这本书中有许多严重错误。然而，勒卢阿没有听从笛卡尔的建议，于1646年出版该书。于是，笛卡尔在随后的一年里，在《哲学原理》一书的法文版前言中声称：“我不得不彻底否定他的著作。”写作《反对一项计划的笔记》的目的，就是要揭露勒卢阿方法上的错误，即离开合适的形而上学基础从事自然哲学研究。1648年4月，一个名叫弗朗斯·比尔曼的年仅20岁的学生与笛卡尔一同进餐并与他进行了谈话。虽然这次谈话的记录不得而知，而且在大约250年的时间里没有公开发表，但却成为笛卡尔的哲学遗产的组成部分之一。
这段时间，笛卡尔越来越清楚地意识到，伊丽莎白不会再回到荷兰了。于是，他开始考虑移居法国。1648年5月，他再次访问巴黎。但此时的巴黎正处于叛乱之中，笛卡尔不得不离开。他决定移居瑞典。1645年，笛卡尔的一个朋友兼崇拜者沙尼，出任法国驻瑞典的联络官，后来又成为大使。在瑞典女王克里斯蒂娜的王宫里，沙尼在女王和笛卡尔两人之间进行了斡旋。到1646年时，笛卡尔感到，他在荷兰所遭受的迫害足以糟糕到使他不得不考虑寻求瑞典女王的庇护。或许笛卡尔认为，他能在瑞典获得属于他的荣誉。起初，笛卡尔还在犹豫。但最终，他还是接受了邀请，克里斯蒂娜女王派遣一艘战舰和一位海军上将去接他。1649年10月1日，笛卡尔到达瑞典。女王打算册封笛卡尔为王宫里的一名瑞典贵族。开始，笛卡尔几乎没有什么工作可做。他不得不对尚未完成的一些资料进行整理，并着手组建瑞典皇家学者研究院。然而，1650年1月，他开始给女王讲授哲学，每周三次，共五个小时，从早晨5点开始讲授。多少年来，笛卡尔已经养成了床上晨读和写作的习惯。而如今，他需要在早晨4点半乘马车到达王宫。而且，瑞典的冬季又特别寒冷。沙尼得了肺炎，笛卡尔帮忙照料他。不幸的是，笛卡尔自己也在2月1日染上肺炎。1650年2月11日，笛卡尔离开了人世。即使在其死后，笛卡尔仍然受到人们的非议，原因是克里斯蒂娜女王在1652年改奉了天主教。笛卡尔和沙尼均遭到瑞典路德会教友的指控，罪名为企图改变女王的信仰。
这里有一份笛卡尔主要著作的清单：《指导心智的规则》（1629年）、《论世界》（1634年）、《方法谈》（1637年）、《第一哲学的沉思》（1641年，包括六篇反驳和答复）、《哲学原理》（1644年）、《反对一项计划的笔记》（1647年）、《人体描述》（1648年）、《灵魂的激情》（1649年）等。对于这份清单，我们还应加上笛卡尔没有完成的对话录《真理的探求》，这篇对话录在他死后出版。同时还有1648年比尔曼与笛卡尔的谈话笔记，名为《对话》。当然，还应把笛卡尔倾毕生精力所写的有关哲学问题的许多书信加入其中。
纵观笛卡尔的一生，我们可以将他的知识旅程划分为四个重要阶段：作为一个年轻人，他把更多兴趣集中在我们现在称之为应用数学的学科方面，他掌握了数学问题的解决方法。他在很小的时候就已形成这样的思想，即他的新数学方法可以应用到其他知识领域，而且全部科学应当统一起来。大约在1629年前后，他开始潜心投入科学或自然哲学工作，这是他第二阶段的生活的开端。这一时期，他主要从事《论世界》的写作。1633年伽利略被判有罪也许导致了下一阶段即第三阶段的到来。在这一阶段，笛卡尔更积极地把兴趣集中在阐述其自然哲学的形而上学基础上。这一时期，他写了《方法谈》、《沉思录》以及《哲学原理》等著作。大约在1644年前后，笛卡尔进入了他知识生涯的最后阶段，即第四个阶段。在这一阶段，他更为关注的是其哲学在人类生活及伦理学方面的应用。尽管他思考的着重点发生了某些变化，在一些重要细节上也存在着差别，但是，他的著作在多大程度上是一个连续的整体，仍然是非常重要的问题。我们可以在他早期的笔记中找到他在后来的著作中所阐述的关于情感问题的线索。正如整个鲜花都包含在种子中一样。