途经桑尼山和阿尔卑斯山时，已经是1625年的春季。笛卡尔置身于大自然中，被自然界奇异的景象所陶醉，他忘记了旅途的劳累，全身心地投入到对自然现象的观察、研究中。他观察山体的走势、观察雷电现象、观察雪崩和旋风，他还研究高山云层的作用，夏季长于冬季的原因。这些研究为他以后气象学的研究提供了宝贵的第一手资料。笛卡尔对探索自然、与自然对话有着浓厚的兴趣，他的行为使我们想起了与他一起引领时代潮流的英国人——佛兰西斯·培根。那年（1624年）冬天，培根走到一个住所，为了调查冷冻家禽的效果而收集积雪，由于风寒而不幸去世。笛卡尔的这次实地考察，似乎是对他的前辈的纪念，他们的行动象征着经验主义和理性主义的共同之处——热爱自然、尊重事实、重视实验。
1625年夏初，笛卡尔回到了巴黎，在这里度过了3年半相对稳定的生活。
再到巴黎，笛卡尔接受过去的教训，他不想使自己陷入热闹繁杂的人事交往中，更不想被生活琐事扰乱他清静的思想氛围，为此他就借住在朋友勒瓦瑟的家里。可是好景不长，消息传出，前来拜访的人络绎不绝，有皇室官员、学者，也有的是他的门徒和崇拜者，还有当地的一些机械工程师或技术工人。因为那时的科学家与机械工人的联系也是非常紧密的，为了证明或实现某种思想必须要有先进工具，而这正是领导时代新潮流的技术工人完成的。为了躲开朋友的访问，笛卡尔悄悄地迁移到郊外的圣日耳曼隐居，新住址连他的房东也没告诉。这下可急坏了他的朋友勒瓦瑟，他到处打听笛卡尔的下落。直到有一天，他在大街上碰见了笛卡尔的仆人，强逼着仆人把他带到了笛卡尔的新住处。勒瓦瑟描述了再次见到笛卡尔时的情景：当时已经是上午11点多了，笛卡尔还躺在床上，枕旁散乱地放着一些报纸和资料。笛卡尔一会儿躺在床上沉思，一会儿又坐起来匆匆地写着什么。听见有人敲门，笛卡尔才紧张地穿上衣服，仆人从另一个房间出来，并安排笛卡尔吃早饭。勒瓦瑟见到笛卡尔后，假说妻子对笛卡尔的不辞而别很恼火，要求笛卡尔重新回去居住。笛卡尔当时就向他的妻子道了歉，然后像个外逃的孩子，收拾行囊乖乖地跟着勒瓦瑟回去了。他的宁静的生活又一次被打破，这也坚定了笛卡尔离开巴黎的决心。
1625年6月，在老朋友麦尔塞纳和米多的引荐下，笛卡尔又结识了许多新朋友，其中不乏思想界和科学界的精英人物。如数学家、军事工程师笛格尔，数学家、语言学家阿尔笛，天文学家德博纳，哲学家、神学家伽森狄等，这些朋友对他后来的学术研究有着很大的帮助。其中，麦尔塞纳是他与外界保持通信联络的纽带，米多热是数学家，他在光学方面的研究成果对笛卡尔的“屈光学”很有帮助。在光学研究方面对他提供帮助的还有工程师、镜片磨匠费里埃。伽桑狄是唯物主义哲学家，他的《对笛卡尔（沉思）的诘难》一书提出了很有价值的反驳意见。
在巴黎，笛卡尔重新开始研究几何学问题，但他的研究早已超过了几何学本身。他试图通过对几何学的研究，来寻找普遍的数学原则。前来拜访他的人一个接着一个，有的是慕名而来，有的是附庸风雅，真正能够与笛卡尔进行学术意义上交流的人并不多见。在热闹的生活中，笛卡尔的内心是如此的寂寞和孤独，他渴望清静和思考，他不愿为应酬而牺牲自己宝贵的时间，这样对他既无益处，也不能令人满意。
1627年，一场旷日持久的围城战转移了笛卡尔的视线。6月，法国新教派胡诺派在英国白金汉将军海上支援下，在西南部的拉罗歇尔举行起义，反对天主教的统治。由天主教封建显贵指挥的政府军前往镇压。8月，由于白金汉将军撤军回国参战，政府军对拉罗歇尔城堡展开猛烈的陆地和海上进攻。结果久攻不下，只好对城堡实行包围。他们用了5个月的时间，终于赶在英军再来之前完成了对拉罗歇尔城堡的包围，英军突击了15天，结果无功而返。英、法之间这场特殊战争对笛卡尔有着很强的吸引力，因为他毕竟在部队服过役，而且研究过军事工程方面的问题，他想亲自到实地考察一下军营和战地工事。1928年10月，笛卡尔前往拉罗歇尔参观，他听到的第一个消息就是白金汉将军被人暗杀，整个围城情况已有所好转。在笛沙格等友人的引导下，他饶有兴趣地参观了桥梁、军械、要塞、堤岸、海防炮台、舰艇，并对工程技术与军事国防的结合、作用等理论有了更直观的了解。为了了解敌方的情况，笛卡尔曾利用双方休战的机会到英军阵地实地考察了英国的防御工事，这时离整个战争的结束已为期不远。笛卡尔终于看到法国国王率军进入城堡的那一天，除了欢呼、激动人心的一面，更有悲壮、残酷的一面，笛卡尔对此早有感受。
巴黎似乎在有意留住它的这位精英才子，从硝烟弥漫的战场回来不久，笛卡尔又被另一件事吸引住了。笛卡尔在这件事的最初还是一名观众，后来当他卷进去参与辩论时却成了主角，他在这场思想领域的战斗中成了法国知识界真正的英雄。
事情是这样的。巴黎是个大都市，也是欧洲文化的中心，什么样的思想在巴黎都能得到很快的传播，并引起响应和反击。当时，在城里有一个叫尚多尤的炼金术士，声称他发现了一个新的哲学体系，并打着学术和科学的旗号到处宣扬，而且也吸引了不少学者和年轻人。为了进一步论证尚多尤的思想，教皇使节巴格诺邀请巴黎知名学者举办尚多尤思想研讨会。笛卡尔也在受邀之列。
尚多尤是个职业医生，对化学也非常在行，在学术方面应该说也有一定的见地。他尤其是一个演说家，他的观点经过他滔滔不绝的演讲本领的渲染，很是打动人心。在讨论会上，尚多尤宣称传统的哲学已经过时，他要为人们创造一个新的哲学体系，他的武断的否定和空洞的说教，早已被他那慷慨激昂的言辞所淹没，结果自然博得一片赞扬与喝彩。而笛卡尔对此无动于衷，他只是默默地坐着。红衣主教贝律尔把这一切都看在眼里，他走过去邀请笛卡尔发表一下自己的看法，笛卡尔谦虚地说：他的观点还不太成熟，再说，在这种场合，也不适宜发表对尚多尤的反对意见。后来，在东道主贝律尔再三鼓励下，笛卡尔终于站了起来，他在众人热切的盼望和雷鸣般掌声的鼓励下开始了精彩的演讲。
他首先赞扬了尚多尤的勇敢的批判精神和娴熟的演说技巧，他认为对经院哲学的批判有利于人们解放思想和独立思考。至于尚多尤提出的新原则和新思想，笛卡尔表示了反对意见。他不是就真理和谬误本身来看问题，而是从发现真理的方法和检验真理的标准角度来反驳尚多尤的。笛卡尔指出，看一个理论是不是真理，关键是看我们能不能通过检测，把真理和谬误区别开来。如果我们找不到一个衡量真理的标准，或者人为地、随意地制定原则，那就无所谓真理和谬误。为了让大家相信他的说法，笛卡尔当场请大家提出自认为最明显的真理和最明显的谬误，他都从反面一一加以论证，最后得出的是一个相反的结论。经过对12个问题的论证，大家都感到非常震惊。笛卡尔总结道，如果我们用一些未经证明和检测的原则来判断真假，其最后的结论必然是很难确定的。以往的旧哲学包括今天尚多尤的理论，都是建立在不真实的原则基础上的，它们只能增加我们思想的混乱，并不能为我们发现真理、区分谬误带来什么益处。
人们为笛卡尔的精辟论辩所折服，在赞叹他对一些诡辩术的揭露的同时，也急切地想知道笛卡尔在这方面的高见。笛卡尔回答说，他知道的并不比他所用的多，他希望通过普遍数学原则，运用人类的理性直观去把握那些简单的、清晰的、自明的东西。笛卡尔终于有机会把自己多年的思考表达出来，虽然这种表达并不很充分，人们当时对其中的许多东西也还不大能够理解，但红衣主教贝律尔已看出面前的这位年轻人的思想潜力，他鼓励笛卡尔，希望对其理论作进一步的丰富和论证，并通过论文或论著的形式加以发表。主人的鼓励和大家的支持给了笛卡尔以极大的信心，他似乎找到了自己生活的位置。这次讨论会也进一步奠定了笛卡尔在法国学术界的地位。
回到住所，笛卡尔还沉浸在讨论会的兴奋之中，在他的身上似乎涌动着一种表达的激情，笛卡尔觉得自己的思想似乎已经成熟，他需要把它表达出来。然而，要整理自己的思绪、要写作，就需要安静的环境。于是，他又悄悄地搬到城郊的一所无人知晓的房子里，在那里用拉丁文写成了《探求真理的指导原则》一书。原计划写36条原则，每12条为一组，但最后完成的只有21条，而且最后3条也是只有命题，没有阐述。这本书直到作者去世50年后（1701）才出版，这也多少给后人留下了一点遗憾。尽管如此，也不能磨灭该书在人类思想发展史上的地位和作用。
写完书，笛卡尔并没有使自己轻松下来，他的心里仍有许多疑团需要解决，仍有许多理论需要求证。多年的流浪漂泊，笛卡尔经历了许多重大的历史事件，交结了许多朋友，观察了许多自然现象。他像一个热心观众，怀着一颗好奇心打量着、琢磨着眼前发生的人和事。可当他终于要坐下来总结自己的思想时，他发现自己的祖国是个“不适合思考”的地方。这种顾虑一方面来自于严酷的现实：宗教战争、中央专制、无休止的应酬和干扰，另一方面来自于笛卡尔本人的性格。笛卡尔是个懦弱胆小的人，又是一个奉行教会仪式的天主教徒，为了躲避危险，也为了不使自己与教会之间有什么麻烦，笛卡尔最终还是决定离开自己的祖国，到荷兰去，没想到后来在那里一住就是20年。笛卡尔只所以选中了荷兰，不仅仅是因为那里的气候温暖、景色宜人，更主要是因为当时的荷兰已摆脱了西班牙的统治，他们的能力和重商精神使这个国家成为欧洲最富裕、最文明和最宽容的地区。可以说，17世纪的荷兰是欧洲惟一有思想自由的国度，当时欧洲许多进步思想家不是在荷兰出书，就是在荷兰避难，如霍布斯的一些书就是在荷兰刊印的，洛克、贝勒也先后在荷兰避过难，等等。但愿我们的主人公笛卡尔先生此行能有好运，并能在荷兰的国土，与盛开的郁金香一起分享那份珍贵的自由。