一、远离纷争
孔子回到鲁国时，国内关于是否接纳鲁昭公回国的斗争已经平息，但国外以及昭公携带的一伙人中围绕这个问题的斗争仍在继续，并时时牵动着鲁国政局。
在以晋国为盟主的诸侯国中，宋、卫等国支持鲁昭公返鲁，晋、齐二国则持反对态度；在晋、齐内部，晋顷公、齐景公同情鲁昭公的遭遇，但他们的一些大臣，如晋卿范献子、齐侯宠臣梁丘据，则持消极态度，认为昭公罪有应得；在昭公流亡集团中，原鲁大夫子家子劝说昭公要审时度势，尽早回国，其他人则提出一些不切实际的要求，从中阻挠。这些错综复杂的关系，使昭公复国问题一直悬而未决。这位流亡君主终于在他出走以后的第七年（鲁昭公32年），饮恨病死于晋国乾侯。
昭公死后，季氏废置昭公诸子，改立昭公之弟公子宋为君，是为定公。不久，昭公遗体运回鲁国，季平子打算把他埋葬在鲁公墓（国君墓地）一旁，中间挖一条沟，将其墓区与鲁先君墓分割开，由于鲁大夫荣成伯反对而没有这样做；又打算给昭公一个坏谥号，也因荣成伯反对而取消此念；最后，他把昭公葬在鲁公墓道南，同道北的鲁先君墓相隔较远。
孔子回国后，对国内外围绕鲁昭公问题展开的上述冲突保持沉默。为昭公问题所困扰的季氏等鲁国当权者也无心顾及孔子。在这场历时七、八年之久并波及诸侯各国的政治大冲突中，朝野之间，各派力量之间的明争暗斗和各种复杂关系使孔子不快。他深感世乱已久，自周人东迁以来，王室衰微，诸侯攻伐，大夫僭越，苛政如虎，民无宁日。动乱的时局以及他在齐国遭受的挫折使他不愿卷入眼前斗争的漩涡中去。在无力从政的情况下，他深居简出，集中精力从事思想文化研究和越来越繁重的教学活动，希望从诗书礼乐中寻求救世治国之道。鲁定公即位之初，有人问孔子为什么不参与政治，他针对相互倾轧的政治现象，回答说：
“用自己的行动，把上讲的孝顺父母、友爱兄弟的风气影响到政治生活中去，这就是参与政治呀！为什么一定要做官才算参与政治呢？”
在这段长达14年的岁月里，孔子甘心过普通人的清贫生活：吃粗粮，喝凉水，弯起胳膊当枕头而自得其乐。有一次，他的爱犬死了，按当时的习俗，应该拿一张车伞盖把尸体包裹起来，可是他穷得连一张旧伞盖也没有，只好用一条旧席子卷起来埋掉。他忍受着经济上的困乏和政治上的寂寞，把全部热情倾注在文化教育事业上，从中寻求一种平凡而崇高的精神生活。他向人们谈到自己的实际感受时，说：学而时习之，不亦说乎？有朋（门弟子）自远方来，不亦乐乎？人不知而不愠，不亦君子乎？学问上不断进取，得天下英才而教，乃人生一大乐事。精神上的充实远比物资上的享受更使人愉悦，即使旁人不了解自己，那又何必烦恼？
二、钻研礼乐
孔子结束在杞国的考察之后，便全面进入对夏、商、周三代礼乐文化的比较研究，并由此得出后世之礼损益前世之礼的文化进步观。
中国古代礼乐文化是在原始宗教礼乐的基础上发展起来的早期国家的文化形态。其基本特征是融宗教、伦理、文娱（诗歌、音乐、舞蹈）为一体。其内容形式的演变，自夏而商、而周，经历了由神鬼崇拜而逐步增强道德理性、由粗鄙而日趋文雅、由不完备到完备的渐进过程。相传周公姬旦“制礼作乐”而礼乐大备。经周公及其后继者制作的周代礼乐无疑是对夏商二代礼乐的进一步完善和提高。
以礼而论，周礼不同于殷（商）礼、夏礼的基本精神就是它的道德理性。这种理性的创造，在周公制礼时是十分明确的。《左传》文公18年季文子引周公语云：先君周公制周礼曰：“则以观德，德以处事，亭以度功，功以食民。”则，即礼之基本原则，它是考察人们德行的标准（“则以观德”），而德行又为办事之基础条件（“德以处事”），并直接影响办事之功效和度功行赏（“事以度功，功以食民”）。遵从礼的基本原则即为有德，反之者则为无德。这样，就引德从礼，使周礼的基本原则具有指导和规范德行的道德理性。德的概念不一定是周人的独创（或以德字为周人发明，恐非，《尚书·盘庚》即有“德”字），但把德同礼这样直接联系起来确实始于周公。
具有道德理性的周礼原则是什么，周公没有明说。从周礼的基本精神来看，应为尊尊与亲亲。尊尊，即在氏族内部强调下对上的尊崇；亲亲，是在氏族内部按亲近疏远的原则做到爱有差等。尊尊与亲亲的统一，这在周人的嫡庶制、宗法分封制、宗庙制，丧服制等重要礼制中均有体现。嫡庶制即划分正妻之子与其他姬妾所生诸子在权利继承上的差异，进而建立以嫡长子世袭为中心的宗法分封制。此制于商代后期或已萌发，而其大备当在周公以后。宗法分封制一方面编制“大宗”、“小宗”，合宗族等级与政治等级为一体，在同姓贵族内部依次加强上下之间的统属关系；一方面以其血缘纽带维系彼此的团结与友爱，因而体现尊尊与亲亲相结合的原则。对异姓贵族，则以分封和联姻使他们成为宗法关系的延伸和补充。这种宗法政治模式是周人改造氏族社会结构用于国家生活的成功范例，它在历史上不仅促进了周代社会的长期稳定，而且在政治和文化心理上为后来“四海一家”的大一统观念提供了依据。
体现尊尊亲亲之义的周人嫡庶制，又影响了他们的宗庙制度和丧服制度。和殷人遍祭先公先王的做法不同，周人根据嫡传序列，天子和诸侯设始祖、高祖、曾祖、祖（祖父）、祢（先父）五庙（一说天子七庙），大夫设始祖、祖、祢三庙，其余先祖之神主一律依次迁入始祖庙，不保留专庙祭祀。从尊尊的角度看，则祖愈远愈尊，故设始祖庙，周王室以其始祖配天；从亲亲的角度看，则亲近而疏远，故“上杀、下杀、旁杀而亲毕”。为死者服丧，也因其嫡庶远近而有“五服”之别，居丧期也基于同样原因而有三年、一年、五月、三月等不同规定。所有这些，都显示了周礼讲究尊卑亲疏的道德原则。正因为如此，又因礼随着社会生活的演进而日益细密，故周人的礼则、礼仪特别丰富而具有“经礼三百，曲礼三千”的规模。
以道德理性为特征的周礼是对礼的一次变革。它的出现，表明起于神鬼祭祀的礼开始转变它的职能，从对虚幻世界的追求转向人伦日用，这对人们摆脱宗教蒙昧、发展理性活动起了促进作用。但是也要看到，这种作用也是很有限的。此时人类文明尚处于童年期，周礼中大量宗法内容的存在，说明“个人尚未成熟，尚未脱掉同其他人的自然血缘联系的脐带”，故理性原则往往表现为对宗法关系的依附，理性为血缘衣胞所包裹。在理论上对此有所突破而表现出某种个体人格的独立性，这始于孔子时代，而且是以孔子的仁学和君子人格理论的提出为标志的。这一点，我们在后面还要专门谈到。
周礼不同于夏礼、殷礼者，还表现在它的美感方面。随着物质文明的进步，西周春秋时可用于礼仪场合的各种声色手段，如乐器、乐律、乐技、舞技、服饰、诗歌创作以及其他有关礼器和道具，都比以往丰富、精巧。故表现礼仪活动的声色之美，如黼黻缕刻之文、升降进退之容、弦歌雅颂之音，都较昔日更为富丽、典雅、规范，具有过去时代所不可比拟的审美特征而给人以情性陶冶。这也是周礼和周代礼乐文化对夏、商礼乐有所发展的一个重要方面。
热爱传统礼乐的孔子，对三代礼乐进行了广泛而深入地了解，不仅随时向人求教，而且先后到宋国、洛邑、杞国对殷礼、周礼和夏礼作实际考察。其考察与研究所得使他发现两点：一是认为三代礼制表现为一种渐进的历史过程，后世之礼对前世之礼做出损益而有发展；二是感到夏礼和殷礼由于时代久远、文献不足征而不知其详，唯有在夏礼和殷礼基础上发展起来的周礼丰富而多彩。他以十分惊叹的语气称赞说：周监于二代，郁郁乎文哉！吾从周。孔子称道的周代郁郁之文，不仅指周代礼乐的审美特征，而且包括它崇尚人伦道德的理性精神，以至包括具有内容美和形式美的一切物质文明和精神文明成果。它们同夏、商二代的古典文化相比，属于现代文化；同落后地区相比，则是先进文化。孔子认为，这种超越以往时代和其他民族的周文化，应该优先受到尊崇和发扬。所谓“从周”，便是他此种愿望的简要表述。在不同民族文化和三代文化并存的春秋时期，确立周文化的率先地位，对于当时正在进行的民族融合与文化交流，无疑具有积极意义。孔子37岁时自齐返鲁，又经过一段时期的研究，大约在他40岁前后，便树立“从周”之愿而终身不渝。他称自己“四十而不惑”，所不惑者，当然也包括“从周”的信仰。在建立周文化方面，周公旦有创始之功。他是制礼作乐的奠基者，是第一个把德引人礼的人。因此孔子对周公十分景仰，甚至说自己梦里也想会见他。
对以往时代和其他民族的文化，孔子也主张有选择地吸取其有益的东西。他曾举例说：行夏之时，乘殷之辂，服周之冕，乐则韶舞。夏时即夏历，以建寅之月（阴历正月）为元月，与自然季节相符，便于农业生产；殷辂，即商代马车，以木为之，不用皮革覆盖，不用玉做装饰，比较俭朴；周冕，即周代贵族用的礼帽，比较华美；韶舞，即舜时代的舞乐《韶》，它经历后世长期流传、润饰而日臻完美。在孔子看来，所有这些，以及历史上曾经有过的一切好的文化成果，都是应当吸取而不能抛弃的。
三、知天命，远鬼神
孔子称自己“五十而知天命”。知天命，是他这个时期的重要思想收获。
在孔子以前，人们对天命的认识经历了由天神崇拜转向理性探讨的渐进过程。
天命一语，源于殷人的“帝令”。“帝令”习见于殷墟卜辞。帝，以后又作“上帝”、“天帝”、“天”。令，即命。古无“命”字，以“令”作“命”。在迷信深重的古代，人们相信至上神天帝的存在，它是世界的主宰和王权保护者，天命即其意志的显现，事无巨细都要占卜吉凶，以求天意神示。殷末纣王面临全国众叛亲离的形势，说：“呜呼！我生不有命在天？”大祸临头还不相信自己受天之命的王权会出现危机。
讲究实际的周人，从殷灭亡的教训中受到启示，提出“天命靡常”、“唯德是辅”，认为天的保护作用不是绝对的。这种思想倾向在西周末年的政治动荡中，促使人们对天的信仰发生动摇，疑天、怨天的情绪普遍滋长，所谓“昊天不忠”、“其命多辟”一类的话，在《诗》之变风变雅里四处可见。
时至春秋，天命神鬼观念在两个方面受到冲击：一是由于生产与科技的进步，使人们对天象和其他自然现象的观察日益丰富，被神秘化的自然越来越多地被人们认识；二是由于人在生产领域和社会变革中的作用日益增强，使他们逐渐认识到自己的力量，从而影响了天帝神鬼在他们心目中的地位。这两种情况的结合，促进了春秋无神论的滋长，一些关于神人关系和吉凶祸福问题的新议论促人振醒：夫民，神之主也，是以圣人先成民而后致力于神。
国将兴，听于民；将亡，听于神。
阴阳之事，非吉凶所之也，吉凶由人。
天道远，人道迩。
这些议论，不是直接论证神之有无，而是在神与人的对比中，通过降低神的地位与作用这种方式，表达出十分明显的漠视神鬼的倾向。这种表述可视为无神论在古代的一种早期形态。其中，天道这个概念的提出是值得注意的。天道的涵义，有时同作为人格神的天、天命相混，但也包涵了一些自然现象，如天体的运行规律等；有时主要指自然现象及其发展规律，但往往用以说明人事，因而也包涵了一些天人相应的神秘色彩。这种涵义上的不确定性是处于萌芽期的古代哲学脱胎于宗教神学时不可避免的现象，其结果使天的人格神原貌模糊起来，促进其概念属性由主宰之天向自然之天转化。上引“天道远，人道迩”为郑子产语，试图以天人相分打破天人相应的传统观念。与子产约略同时的老子提出“天道自然”的命题，认为“天地不仁，以万物为刍狗”（天地无所爱，让万物自然生长），这实际上否认了天作为人格神的主宰地位。所有这些都对当时无神论的发展起了重要作用，也影响了孔子天命观的形成。
孔子倡导仁学，强调人为，通晓天文历法，对子产、老子也很敬重，同老子还有过深入接触。因此，他的天命观不可能不打上时代的印记。孔子曾深有所感地对门弟子说：天何言哉？四时行焉，百物生焉。天不发号施令，而四时、百物照常运行、生长，这同老子的“天地不仁，以万物为刍狗”的意思完全一致，天具有自然的属性。出自这种自然之天的“天命”，当然不能简单地理解为天帝意志的显现，而不能不具有自然法则或事物规律性的涵义。正是从这个意义上，孔子对《诗经·大雅·蒸民》中的“有物有则”一语作了热情肯定：《诗》曰：“天生蒸民，有物有则。民之秉彝，好是懿德。”孔子曰：“为此诗者，其知道乎！故有物必有则，民之秉彝也，故好是懿德。”“《诗》曰”以下四句为原诗首章，首章后半部还有“天监有周，昭假于下。保兹天子，生仲山甫”四句，所述天之主宰作用甚明。春秋时，人们断章取义即随意摘取典籍中某章某句以申述己意而不顾及原意，是当时一种流行做法，孔子也不例外。他引述此诗首章时，取其前半而舍其后半；取其前半时又将首句“天生蒸民”这句比较粗陋的宗教信义去掉。这样一来，原诗中天作为世界主宰者的内涵便大大淡化了，突出强调的是“有物必有则”对人事的影响。则，法则，即下句“民之秉彝”的“彝”，也就是常道、规律。人们秉守常道，所以爱好美德。认识到这一点，也就是“知道”。孔子这种改造古训以表述自己重视常道即事物规律性的态度，同当时的无神论倾向是合拍的。
《论语》中，孔子还四次提到“命”。一次是“不知命，无以为君子也”。此所谓“命”，即天命。另三次是：“命矣夫，斯人也而有斯疾也”；“死生有命”；“道之将行也与，命也；道之将废也与，命也，公伯寮其如命何”。这三次所说的“命”，是从天命中派生出来的一个概念，乃专就必然性之于人事而言，今人有释之为“命运”，即天命运数者。实际生活中，常有人力所不及者，应该达到或希望达到但经过努力而未能实现的事情很多。决定世上成败得失的内在必然性，即通过许多偶然性因素而体现的必然性，是古人不易理解的。孔子把这种重要而又无以名之的隐因称之为“命”，以表示某种决定性因素对人事的制约。