第二天达尔文访问了西岛，这里的植物要比其他岛屿上的植物更加茂盛。在这里的干燥的陆地上，到处都可以看到一种吃食椰子的陆地椰蟹。达尔文根据当地一位居民的话，对蟹如何吃食椰子的情况作了记录，他还观察了两种蓝绿色的鱼经常咬破珊瑚并以吃珊瑚为生的情况，以及许多生活在珊瑚礁中的无脊椎动物。
4月12日，他们离开了礁湖。在这一天的笔记中，有他关于珊瑚礁和环形珊瑚岛起源的著名理论的初稿。
他写道：“我很高兴我们访问了这些岛屿：这些形成物无疑是自然界最稀有的现象。这并不是一下子就能够使我们的肉眼感到惊讶的奇迹，而倒是在经过了一定的思考之后才使我们的理智为之惊讶的奇迹。
当旅行家们告诉我们某些古迹的伟大结构和庞大体积时，我们是感到惊奇的，但是那些古迹中即使是最大的古迹，如果同这里的由各种最小的动物尸体堆积起来的物质相比的话，那它们就微不足道的了。在这些面积广大的岛屿上，每一个原子组成部分，不管是从哪里弄来的，是最小的微粒还是巨大的岩石碎块，都常有曾经遭受过有机物方面的力量作用的痕迹，费茨·罗伊舰长在离海岸1海里远的地方，用7000英尺长的一根绳索，测量了海的深度，但没有测到底。因此，我们应当把这个岛，看作是一座陡峭的高山的顶峰。至于珊瑚虫工作的结果延伸到何种深度或厚度，这是根本无法知道的。
有一种意见认为，制造岩礁的水螅虫是随着岛的基底在火山力量的作用下，经过一定的时间逐渐下沉的、不断向上加高自己的建筑物。如果认为这种意见是正确的话，那就可以认为，珊瑚石灰石一定有很大的厚度。
在太平洋里，我们看到一些为珊瑚礁所包围的岛屿，而许多海峡和静水区，把这些珊瑚礁同海岸远远隔开。各种各样的原因都可能阻碍那些最能在这种条件下发生作用的珊瑚岩的增长。因此，如果我们设想：“这样的岛屿经过很长时期之后，要像南美大陆那样，不过是向相反的方向下沉若干英尺的话，那么珊瑚将从周围珊瑚礁的底部继续向上生长起来。将来中间的陆地将被海水所淹没。而珊瑚则将完成它那围墙式的建筑。那时我们不是将会得到一个环形的珊瑚岛吗？从这个观点来看，我们应当把环形珊瑚岛，看作是由无数的建筑师建筑起来的一座纪念碑，它标明从前的陆地是在什么地方被淹没在海洋深处的。”
4月29日早晨，“贝格尔”号绕过了毛里求斯岛的北端。沿岸是一片逐渐倾斜的平原，平原上有一些碧绿的甘蔗种植园，种植园的后面是一些稀稀落落的小房子。岛中心耸立着几座高山，尖尖的山顶，山上长满了树木，白云在山顶缭绕。风景非常和谐协调。第二天，达尔文访问了一个城市，这个城市给达尔文留下了良好的印象，它是一个文化中心，具有鲜明的法国特色。歌剧院、大书店--这一切都使达尔文很感兴趣。在路易港这个城市的大街上，有很多从印度流放来的印度人。
5月2日，达尔文登上了城外的拇指山，山高750米。5月3日，达尔文同斯托克斯一块去劳合大尉的别墅，别墅离城市有3海里，那里是一个富丽堂皇的地方，他们在那里住了两天。有一段路他们是骑着大尉的象走过的。据达尔文说，象在走路时一点声音都没有，这使他感到惊讶。
“贝格尔”号从南边绕过马达加斯加后，在纳塔尔附近驶抵非洲海岸，接着在非洲海岸附近的颇为辽阔的海域航行。3月31日，“贝格尔”号停泊于四蒙士湾。次日，达尔文到了离四蒙士湾20海里的卡普什塔德特。在距离卡普什塔德特7海里的地方，有许多幼小的苏格兰云杉林和低矮的叶子发黄的橡树林，这些云杉林和橡树林“散发着一阵阵秋天英国树林的气味”，这些树林使怀念祖国的达尔文感到特别诱人。在卡普什塔德特一个“位于住有各族人的大路上的很大的旅馆兼饭店”里，达尔文费了很大力气才在一所公寓里找了一个房间。
6月2日，达尔文和通常一样，登上了邻近的一座山，以便观察这个城市和它那些笔直的两旁栽有树林的街道。这座城市不久前还由荷兰人管辖，现在却越来越带有英国的特点。城里除了英国人和荷兰人以外，还有很多法国人和戴着圆锥帽或红头巾的马来亚人、黑人和果天托特人。引人注目的是有许多一前一后两个一列地套着12对犍牛的四轮车。很少看到也是一前一后四个一列、六个一列和八个一列地套着犍牛的四轮车。紧靠城外有一座高2000米的桌子山，风景很独特。
6月4日，达尔文到内地作了一次路途更长的旅行，他雇了两匹马和一个年轻的果天托特人做向导。这次旅行使达尔文了解了非洲南部的植物、土壤、地质构造和动物化石群的某些标本。下一周达尔文是在卡普什塔德特度过的，在这里他结识了一些英国人，使他感到非常满意的是，他结识了约翰·赫瑟尔，因为约翰·赫瑟尔的著作在他少年时代就给他留下了深刻的印象。
6月18日，“贝格尔”号驶离四蒙士湾向大海航行。7月8日，“贝格尔”号到达圣赫勒拿岛。这个岛“好像一座巨大的黑色城堡一样，陡峭地耸立着”。
达尔文住在距拿破仑墓不远的一个城市里，但他住在这里“并不是出于对这位伟大统帅感兴趣，也不是出于对他的敬仰”，而是由于“这个地方正处在岛的中心，从这里出发到任何地方去游览都方便”。在他住宿的2000英尺高的地方，气候寒冷而且有暴风雨，经常下着大雨。他写信给亨斯罗说：“这里出现的是真正的暴风骤雨，如果拿破仑的灵魂在他被俘的那个可悲的地方游荡的话，那么这种情况对他那徘徊游荡着的灵魂来说，倒的确是个十分合适的夜晚。”他在信中表现出对祖国的深切怀念。5年的航海生活使所有的人都疲劳过度了，因此他们都期待着能回到英国去，然而这一天他们还没有等到。他请亨斯罗在塞治威克的帮助下，能使他成为地质学会的会员，并请亨斯罗先为此事采取一些措施。
在圣赫勒拿岛停留的4天中，达尔文每天从早到晚都在岛上漫游，研究这个岛的地质构造。为他当向导的是一个上了年纪的头发斑白的混血种人，从前是个奴隶，和一切黑人一样，他也是在圣赫勒拿岛从东印度公司转归英国过程中，从奴隶制下获得解放的。达尔文即使在这里也注意到，这里十分之九以上的植物都是从英国运来的。这里的鸟和昆虫少得很。英国人只运进了一些鹧鸪和野鸡。达尔文愤怒地指出，关于保护野鸟的法令没有考虑到当地穷人的利益。他们常常从悬崖峭壁上采集一种草，把这种草燃烧后从草灰中提取苏打。可是这种副业却遭到禁止，其借口是：那样的话，鹧鸪就要没有地方筑巢了！
这里曾经生长过的森林被16世纪初运到这个岛上来的，并且繁殖得很快的山羊和野猪彻底毁灭了。这种情况也影响到了陆生软体动物，达尔文发现有八种陆生软体动物只剩下了空壳埋藏在土壤中；这种活的软体动物已经看不到了，它们是同森林的被毁灭而一起被灭绝的。
达尔文本来很想到圣赫勒拿岛的各个山上和悬崖峭壁处去漫游一番，由于“贝格尔”号又要向前开动了，他不得不在7月14日回到舰上，这使他很不愉快。
7月19日，“贝格尔”号到达亚森松岛。在那高低不平的黑色熔岩的表面上，耸立着一个个鲜红色的被切断的圆锥形山丘，这些山丘围绕着一个中心，即一个最大的“绿色”山丘。达尔文第二天早晨的第一个行动，就是登上这个海拔800米的山丘。在所有这些荒漠的山丘上，只有个别地方长了点青草，一些绵羊、山羊、牛和马便在这些青草上放牧。达尔文注意到，这里有很多家鼠，它们比普通的家鼠要小一些。为了消灭各种老鼠，这里运来了一些猫，但是由于它们繁殖得太快，本身反而成了一种真正的灾祸。
在亚森松岛，达尔文接到了由希鲁斯伯里寄来的一封家信。他的妹妹卡萨琳在信中说，有一位叫塞治威克的地质学家到了希鲁斯伯里他父亲那里。塞治威克对他父亲说，达尔文将在科学家中间占居显要的地位。达尔文并没有与塞治威克通过信，因此他不能了解，塞治威克是从哪里知道他所从事的事业和他旅行期间的工作情况的。不管怎样，像塞治威克这样一个人，这样一个大地质学家的赞扬，确使达尔文感到愉快。这时候他还相当年轻，因此在读了这封信之后，他便“跳跃着登上了亚森松岛的各座山”，而他的小锤子“也就敲打在山的峭壁上并发出了胜利的响声”。在地质的发现方面，使他特别感兴趣的是他在这里找到的大量“火山弹”和这种火山弹的多孔构造及其形成的方法。
眼看只要经过佛得角群岛就可以驶回英国了，由于在“贝格尔”号的器材中，对确定经度存在着一些矛盾，费茨·罗伊认为在回到英国之前，应该把这些矛盾弄清楚，因此下令“贝格尔”号向西、向南、向西又向巴西驶去，这无疑给渴望早日回国的达尔文和军官们泼了一瓢冷水。
8月1日，“贝格尔”号又在巴伊亚停泊下来，达尔文过去怎么也没有估计到什么时候还能再到这里来。这个美丽的城市及其近郊，在初次看到时曾使达尔文十分赞赏，而现在却完全失去其新奇的魅力了，更何况那些曾经使风景变得异常鲜艳的美丽的红树林已被砍光了。尽管如此，热带风景的那些因素依然未变，所以达尔文在巴伊亚停留的四天中，仍禁不住要把自己对热带风景的印象和感受表达出来。他在写给姐姐苏珊娜的信中说：“我反复推敲着一个又一个的形容词，我认为用这些形容词来把我所感受的愉快心情传达给那些没有到过热带的人，那它们就显得过分无力了。整个这个国家是一个巨大的、野生的、没有修整过的、五彩缤纷的暖花房，这个暖花房是大自然为自己创造的，但却被人所占有……任何一个热爱大自然的人都有一个愿望，那就是如果可能的话，想去看看另一个行星上的风景，这个愿望该是多么伟大啊！但是实际上可以这么说，对于每一个欧洲人来说，在离他的家乡只有几个经度远的地方，就有另一个世界的美丽景色。”
8月6日，“贝格尔”号向海上出发，以便直接驶向佛得角群岛，可是逆风又阻碍了它的前进。到了8月12日，“贝格尔”号驶进了伯南布哥湾，这是巴西海岸上的一个大城市，位于南纬8°处。
伯南布哥市（现名累西腓）建立在一个平坦的有沼泽的地方。当时雨季尚未结束。洪水淹没了四郊，因此达尔文想作长距离散步的一切尝试都未能顺利实现。他只限于对形成海湾的礁脉进行一些研究，在这里他指出了下面一些有生命的海洋机体活动的意义，如制造石灰质小管的软体虫、蔓脚目即带有石灰质小塔和固体海洋藻类（石珊瑚藻）的固着虾。
8月19日，“贝格尔”号终于离开了巴西。在返回英国的路途中，“贝格尔”号颠簸得很厉害，因此达尔文因晕船而痛苦得很。他唯一引以自慰的是，这是最后一次通往英国途中的漂洋过海了。
8月31日，“贝格尔”号在普拉亚港停泊。9月20日，“贝格尔”号驶抵亚速尔群岛。全体船员上岸访问了一个叫安格拉的小城市，该市坐落在捷尔谢伊尔岛上，居民达10000人。第二天，达尔文在一名向导的带领下，到这个岛的中心作了一次旅行。那里有一座山，人们把它描述成活火山。那里的风景、植物、昆虫和鸟类在达尔文看来很像威尔士山上的一个地方。达尔文观察了一个叫做火山口的地方，这里热气从裂缝中喷出并作用于周围的粗面岩和熔岩上。而地下力的活动在这里就表现为地震。
第二天，达尔文游览了普拉亚市，这个一度曾是一个大城市的地方，被地震毁灭后，变成了一个微不足道的小地方。
24日，“贝格尔”号在圣米卡埃尔的西岸停泊。1836年10月2日，“贝格尔”号在法尔茅斯抛了锚。达尔文和船员们回到了祖国。使达尔文感到惊讶和惭愧的是，英国海岸一眼看来还比不上一个微不足道的葡萄牙村庄更能使他感到温暖。当天夜里，尽管可怕的暴风雨在大施淫威，他却乘着邮政马车火速前往希鲁斯伯里。达尔文的环球旅行结束了。