第二天，将近200个当地人划着小船把“贝格尔”号包围起来，并且登上甲板要作买卖。早饭后，达尔文到近处的高达600~800米的陡峭的山上去游览，从那里可以清楚地看到邻近的一个被暗礁所包围起来的爱米奥岛。
当达尔文从山上下来时，一位当地人迎接了他，并用香蕉、菠萝、嫩椰子汁来招待他，这种椰子汁真使在炎热的太阳下游玩之后的达尔文十分解渴。达尔文同他约好，第二天由塔希提人带他沿提阿乌拉河谷往上走到这个岛的最高的地方去，提阿乌拉河在离金星角不远的地方入海。在生长茂密的各种各样植物之间，有一条深深的峡谷，峡谷之间是一条河床，道路就顺着河床向前延伸，路上风景美丽如画。几位向导带了一个挂在铁环上面的小鱼网，潜入河水深处，“真像水獭那样，瞪大眼睛，窥视着各个角落和穴洞中的鱼，就这样来捉鱼”。后来，当这条河流在上游分成几条小支流，像瀑布一样降落下来时，塔希提人和达尔文便开始沿着几乎是陡直的斜坡上那些稍稍突出的部分往上爬，要不是各种植物遮住了他们脚下的那些深不可测的山谷的话，达尔文未必会在这里向上攀登。
在河岸上挂满熟香蕉的香蕉林里，塔希提人用一些竹竿、树皮和香蕉叶，很快造成了一个小屋子来过夜，而用枯萎的树叶当被褥。塔希提人把一根木棍的一端在另一根木棍的孔眼里转上几圈，很快就取得了火，把篝火点燃起来；他们用篝火把一些石头烧热，然后把用叶子包起来的牛肉块、鱼肉块、香蕉和欧芋头放在这些石头上面，并全部盖上土。25分钟之后，晚饭就非常理想地烤制完成了。第二天凌晨，下了一阵暴雨，但是由于这几个行路人躲在用芭蕉叶盖的屋顶下，所以没有被淋透。他们沿着原来陡峭的山坡往下走，20日中午时分回到了马塔凡。
十三、新的胜利
第二天，费茨·罗伊命令起锚，“贝格尔”号开往新西兰。
在无边无际的太平洋上经过长期航行之后，12月19日达尔文及其旅伴们远远地望见了新西兰。次日，“贝格尔”号驶进北岛的群岛湾，并在这里停下来。这个外形柔和岗峦起伏的国家，被许多海湾切成一小块一小块，近处被蕨类植物所覆盖，远处则被一片片的树林所覆盖。岸上的茅舍用做传教士及其仆从和工人停留的地方。英国人住在那些粉刷得洁白的小屋子里，当地人则住在那些小窝棚里。
达尔文预定在第二天对周围地区的游览不是轻松的，因为这里长满了茂密的蕨类植物和灌木，许多小河和很深的海湾又截断了道路。这里无论在什么地方，而尤其是在丘陵地带，到处都可以看到过去构筑的工事、台阶、台地和堑壕的遗迹。在达尔文所处的时期构筑的新工事已经是另外一种情况了，它们构筑在平坦的地方，其形状是两道曲折的栅栏，栅栏外面再堆起一些土围墙。早在科尔舰长航行时期就表现得非常英勇的新西兰人，在达尔文所处的时期还保持着这种英勇精神，并且具有残忍、粗暴和狡猾的特点。
12月23日，达尔文坐着一条小船，沿着一道小湾，在英国领事布贝和一位新西兰领袖的陪同下，到一个距离群岛湾有15海里的叫做惠马特的小地方，作了另一次短途旅行。这位新西兰的领袖是达尔文深入新西兰各村庄去旅行时的向导。这里的居民吃的是欧洲人运来的马铃薯、蕨类植物根和海滨的一些软体动物。当地人见面时要通过相互碰鼻子和握手来表示欢迎对方。他们的茅屋很像肮脏的露天牛棚，这种茅屋有一堵隔墙把一间用来睡觉和保存财物的小屋隔开。
这里土地肥沃，属于火山土壤。覆盖在土地上面的蕨类植物，在那些从前长着树木、后来被烧光并加以开垦的地方，长得非常茂密。在树林里，达尔文观赏了那些高大的贝壳杉松，这种松树的根部，周围约有10米长。树干高达25英尺，树干上没有树枝，是一种光滑的圆柱，上下粗细差不多。新西兰的树林根本无法通行。树林中鸟很少，可以看到很多由英国人和法国人运进来的欧洲植物，它们已开始在有力地排挤着当地的植物。
12月25日这一天，达尔文是在纳希亚村过的圣诞节。次日，他同谢利万和布希贝一起，坐上一只小船，沿着卡瓦卡瓦河逆流而上，观赏美丽的风光。后来这三位旅游者访问了几个村庄，观看了一个地方酋长女儿的葬礼，查看了一些石灰岩之后，就于当天回到了舰上。12月30日，“贝格尔”号离开了群岛湾，驶向澳大利亚的悉尼。
“贝格尔”号于1836年1月12日抵达澳大利亚，在悉尼海湾抛了锚。由于晚上达尔文在这个城市散了步，所以感到非常高兴。在几十年中，这里真的兴起了一座崭新的城市，市内有许多宽大的正规街道，还有许多两三层楼高的石屋和商店。
像在任何地方一样，在这里达尔文也组织了一次到内地去的旅行。他雇了一名向导和两匹马，到一个叫做巴瑟斯特的村镇去，这个村镇离城大约有120海里，从前是一个大畜牧区的中心。
达尔文沿着一条非常漂亮的石子路，很快地往前走，这条路是靠放逐到澳大利亚的那些苦役犯的强迫劳动修筑起来的。它周围的风景很单调，只有一个稀疏的树林和一片细弱而泛白的绿草。因为这里树叶的侧面都是垂直地向太阳长着，所以没有荫凉，傍晚时分，达尔文遇到了二十多个澳大利亚当地人，他们的样子都很善良，并向达尔文显示了惊人的投掷镖枪的技艺。澳大利亚人的文化水平和聪敏程度要比火地人高一些，虽然他们过的是一种漂泊不定的生活方式，他们不种地，不盖房，也不牧羊。酒类的输入，欧洲人带来的各种疾病在当地人中间的传播，以及对当地人所食用的野生动物的捕杀，都使得殖民地的土著人数迅速减少。其中某些病如麻疹，对他们的危害特别大。达尔文在《考察日记》中激愤地写道：“只要欧洲人一到那里，死亡就无不立即摧残着当地的居民。”
1月17日，达尔文渡过尼比翁河，很快就到达了蓝山山脚，蓝山是超出海滨低地的砂岩高地。从高地住下看，下面是一片十分广阔的森林，风景非常美丽。尤其漂亮的一些地方，是从树林右边突然展现出的深达四百多米的那个大山谷，山谷的悬崖峭壁完全是笔直地挺立着。悬崖峭壁的底部的上地上长满了茂密的树木。
达尔文离开了高地，穿过芒特·维克托里亚通道，米到了一个树术更加稀少的树林和绿草更为茂密的地方后，在边区的一个养羊场停了下来。在这里他捕捉袋鼠，但没有捉到，而只是弄到了一只小家鼠：他观看了一些白鹦鹉和其他一些鸟，使他感到满意的是，他看到了一些一会儿在水面匕嬉戏，一会儿又潜入水中的鸭嘴兽。
达尔文躺在一个水塘的岸边，思索着澳大利亚的动物不同于世界上其他地方的动物的那种奇怪的特性。他在《航行日记》中写道：“一个什么宗教都不信仰的人，可能会感叹地说：在这里肯定有两种不同的创造者在工作；但是他们的工作对象是相同的，他们在每一场合下的目标都完全达到了。”除了澳大利亚的哺乳动物的动物群不同于世界上其他地方的动物群的这些区别以外，他还发现了一个例外的情况：他在自己的脚下看到了一个圆锥形的深坑，这是蚁狮设下的典型的陷坑，他观察了蚁狮幼虫捕捉苍蝇和蚂蚁的情况，蚁狮幼虫从陷坑的深处射出一股股沙子，迫使那些吃力地顺着沙粒流动的坑壁向外爬的昆虫流到自己跟前并成为自己的牺牲品。不过这种陷坑要比欧洲通常的陷坑小一半，可能是供当地特有的那种蚁狮用的。达尔文进一步思索：“不信教的人现在对这种情况将说些什么呢？能否认为有两个创造者，他们每一个都发明了这种如此美观、如此简单、同时又如此精巧的装置呢？不可能这样认为。无疑，创造世界的是用一只手。也许地质学家会说出一种推测，说什么创造的时期是各不相同的，这些时期在时间上彼此距离很远，并且创造者在其工作中有所间断。”
1月20日，达尔文继续前进，这一天非常闷热，从沙漠里刮来的风吹得尘土飞扬。他到达了旅行的目的地--巴瑟斯特。当时很干旱，草地变成了褐色，河流完全干涸，很多幼小的果树和葡萄树都已死去。归来的路上没有什么特别的东西。
1月30日，“贝格尔”号驶向塔斯马尼亚，于2月3日到达那里。塔斯马尼亚的当地人曾经对英国人进行过拼命的抵抗，这时已经被征服了，并被迁移到一个孤岛上，接着他们在那里就很快地死光了。
在塔斯马尼亚停留的10天中，达尔文经常出去游览，主要从事地质学的研究。他在自己的笔记中提到，他曾在这里登上了一座不高的惠灵顿山，山上长满了茂密美丽的植物，要穿过这些植物是极其困难的。除了高大的桉树外，这里长得非常茂密的像树一样的蕨类植物尤其使达尔文感到惊讶。
3月6日，“贝格尔”号驶抵澳大利亚最西南角的乔治亚湾。在这里“贝格尔”号只停了八天，达尔文认为，在旅行期间他从来没有这样无聊过。因为这里的植物单调而贫乏，在这里任何有意义的观察都没有，这就使得达尔文不想再到附近去考察。只有当地人举行的那种粗鲁的但却并非寻常的“柯罗别利”舞会，还使人感到有某种民族文化习俗的趣味。
“贝格尔”号离开澳大利亚继续航行。4月3日，达尔文和费茨·罗伊访问了马来亚人的一个村子，这个村子坐落在一个岛屿的一角。他们在那里观看了一种在死人墓上跳的“木勺舞”，这是在望月时举行的一种半崇拜偶像的仪式。
4月6日，他同费茨·罗伊访问了紧靠礁湖入口处的一个岛屿，并观看了居民们是怎样坐着两只小船捕捉海龟的情况。达尔文对猛烈的海水激浪在迎风的岸边碰得粉碎的情况为之惊讶。这位年轻的博物学家当时情感上非常激动，他在日记中谈论这一印象时用那些富于表情的话写道：“……我很难解释，为什么这些珊瑚岛的外侧海岸的景象总是使我感到极其伟大。在这类似壁垒的岸边，在这绿色的灌木丛和高大的椰子树的边缘，在那大片紧实的、到处都散布着巨大碎块的死珊瑚岩上，最后还有在那从四面八方袭击的波涛汹涌的巨浪中，包含有多少纯朴之处。大洋把自己的波浪抛送到宽阔的珊瑚礁之外，好像是一个不可战胜的、强大无比的敌人似的；可是我们看到，仍旧可以用一种方法去抵挡它，甚至去进攻它。虽然这种方法初看起来好像是软弱无力而又不中用似的。大洋并不宽恕珊瑚岩，因为这些散布在珊瑚礁上面、而且堆积在这条生长着高大椰子树的海岸上的巨大碎块，清楚地表明了波浪威力。海洋从来没有过一段安静的时间。在广大的海洋表面上，永远吹拂着同一方向的风；这种微弱但却不停的信风所引起的巨大海浪，能够产生出一种十分强大的波涛，其力量几乎等于温带地区的一阵大风暴所发生的力量，而且这种波涛还是在永不停息地咆哮着，在看到这些波涛时，你会不得不相信：假定一个岛是由最坚硬的岩石构成的，譬如说是由斑岩、花岗岩或者石英石构成的，那它终究也是要被这种难以抵抗的力量所征服和毁灭的。可是这些低矮而微小的珊瑚小岛却依然站在那里，而且成为斗争中的胜利者，因为出现了另外一种对抗的力量在斗争中帮助了它们。一些有机体的力量从波涛汹涌、泡沫飞溅的波浪里，不断地分离出碳酸钙的原子来，而这种原子又逐渐地结合成一种对称的结构。让飓风把它们撕裂成千万块碎片好了，因为如果同无数个建筑师夜以继日、成年累月所积累的劳动总量比较起来，这又有什么意义呢？我们从而看到，一个水螅虫的柔软而有粘液的身体，依靠生命规律的作用，正在战胜大洋波涛的巨大的机械力量，而这种力量，既不是人的技能，也不是自然界任何无生命的创造力所能制服得了的。”