镰仓末期到室町初期的一段是南北朝时代，日本同时有两个朝廷，两个天皇，即经常说的“天下二分，两统迭立”的时代。在多年的混战中，它只为日本带来了动乱，而室町幕府却见证了以后那200多年的动乱与不安。
（第一节） 外戚专权与武士势力的登台
大化改新颁布实施的班田制，有利于政府对班田农民的控制，保证政府财源的稳定，促进了社会生产力的发展。但到8世纪初，却难以继续推行下去。日本政府便于723年颁布了“三世一身法”，743年颁布“垦地永世私有令”，使私有土地得到了法律的承认。
私有土地的出现导致了班田制日趋崩溃。9世纪以后，以开垦荒田为基础建立起来的庄园，通过相互兼并和买卖转让等手段有了新的发展。当时的庄园中，只有寺田、神田等一类庄园具有不纳租税的特权，后来拥有地位和权力的王公贵族经朝廷批准，也拥有不纳租税的特权，称“官省符庄”。此后，他们又获得了拒绝国司派遣官吏进入庄园干预庄务的“不入权”。这种具有“不输权”、“不入权”的庄园，标志着庄园制的彻底形成。但它却影响了政府的赋税收入。为此，朝廷从902—1069年共发布过四次整顿庄园令。地方官国司通过没收非法庄园，壮大了自己的实力，成为大庄园主。
与此同时，地方上势力弱小的庄园主为对抗国司兼并，往往将自己的庄园奉献给权门势家，通过书面或口头形式订立契约，以获得政治上的庇护和经济利益的保障。权门贵族便以“领主”、“领家”身份掌握了庄园的所有权。原来的庄园主则成了“领主”或“领家”所委任的庄官，负责管理庄园。如果权门贵族还觉得自己势力尚不足以对抗国司，就分出自己的部分土地寄进给比他更有权势的人，奉为“本家”（也称“本所”）。这样，土地就更集中在少数权门贵族手里。庄园的建立和发展，导致了天皇制中央集权统治的衰落，也就孕育了一个新的统治阶级——武士。
统治阶级内部因占有土地的多寡、亲疏关系及政治利益的需要，形成了不同的政治集团。其中藤原氏外戚集团就逐渐控制了天皇，成为实际的最高统治者。藤原氏的始祖是大化改新中建有功勋的中臣镰足，他受天智天皇赐姓藤原。此后，中臣镰足之子藤原不比等及孙子辈“藤原四家”（南家、北家、式家、京家），都成为朝廷重臣。
藤原氏阴谋篡权，起于842年由藤原良房策划的“承和之变”。他立亲外甥道康亲王为皇太子，以便为控制皇权奠定基础。850年，道康亲王即位为文德天皇时，又立外甥惟仁亲王为皇太子。858年文德天皇突然病故，惟仁亲王即位为清和天皇。藤原良房以太政大臣身份为天皇“摄政”。他为排斥异己，策划了火光冲天的火烧应天门事件。藤原良房养子藤原基经胁迫清和天皇退位，拥立阳成天皇，并以外舅身份“摄政”。此后，藤原基经又废黜阳成天皇，另立光孝天皇，自己成为天皇“关白”（先于天皇，浏览奏章，并统率百官，执掌国政）。
藤原良房、藤原基经父子操纵天皇废立，先后取得“摄政”、“关白”职位。特别是到了l0世纪后半期，经过藤原道长、藤原赖通父子两代，长达70年之久的藤原氏专权达到极盛。是时，藤原氏的私邸成为国家权力的中心，朝廷只是举行仪式的场所。藤原道长曾踌躇满志地吟咏道：“斯世我所有，一如我所思，皎皎十五夜，满圆无缺时。”
藤原氏以摄政、关白身份，凌驾于天皇之上，其专权形成了日本史上特有的政治体制，史称“摄关政治”。它标志着大化改新以来的天皇制中央集权的瓦解。
以摄政、关白职位专权的藤原氏，又称“摄关家”。这当然会遭到皇室的怨恨和不满。1068年，在以往一个世纪里唯一与藤原氏没有联姻关系的天皇——后三条天皇即位后，企图通过整理庄园来削弱藤原氏势力。但若按当时摄关政治体制，天皇是无法实施这个计划的。因此，后三条天皇在位4年后就让位给白河皇子。
1086年，白河天皇也让位于年仅8岁的堀河天皇，自称“上皇”（出家后称“法皇”）。他在自己居住的宫殿里设立院厅，由他的近臣担任处理院厅事务的各种官职。如出身于皇室乳母家庭的叶室显隆与上皇交往甚密，经常在夜间与上皇谈论国事，故有“夜关白”之称。白河上皇组织武士力量担任院厅的保卫工作，规定院厅所发布的“院宣”、“院厅下文”，其权威性高于天皇诏书，原属太政官的政务最后的抉择权归上皇，朝廷官吏的任免也握在上皇手里。上皇权力高于一切。这种由上皇设置院厅的政治体制，史称“法王执天下政”的院政。
自庄园整顿和设置院厅后，藤原氏势力遭受很大打击。藤原氏所属庄园，相当一部分被停止和没收，使不少豪强脱离藤原氏而投靠皇室，藤原氏在朝廷的势力受到排挤。在后三条天皇时，中央24位公卿中藤原氏竟占到十四五人，到1103年，中央公卿中属皇室的源氏已超过半数，远远压倒了藤原氏势力。皇室与摄关家的斗争，院政势力压倒了藤原氏，但后者始终没有放弃挽回局势的念头，加上院政上皇也是腐化堕落、追求享受，导致社会矛盾和阶级关系更为尖锐复杂，终于发生了保元之乱和平治之乱。
藤原氏专权、皇室与摄关家的斗争都跟庄园制的形成和发展相关联。与此同时，一股新的社会力量——新兴武士，开始登上政治舞台。随着庄园的普遍建立，庄园之间的矛盾和斗争日益增多，庄园主为扩大领地，经常组织自己的庄民到别人的庄园去开垦种地，而被侵蚀的庄园领主为了抵御，便将自己的部分庄民进行武装，彼此付诸武力。这些被武装的庄民起初仍以农为主，兼以为武，后来逐渐变成专门从事保卫庄园和对外斗争的武装力量。可以说，庄园就是武士诞生的摇篮。
庄园武士的出现，对地方统治者构成威胁。为维护地方秩序、保护自身利益，地方上的国司、郡司也着手组织由当地富豪所组成的“郎党”、“郎从”的武装力量。11世纪初，逐渐形成超越庄园范围的地区性武装集团，由无数分散的武士聚集在这一地区势力最强的豪族的旗帜下，并接受其指挥，形成了武士团。他们是按宗族关系和以主人和从者关系的主从结合组织起来的，规定从者必须有效忠主人的献身精神。在武士团之间也常有竞争和冲突发生，弱肉强食，出现了大武士团，他们的首领被称为“武士的栋梁”。这些大武士团的首领，往往是皇族和名门贵族出身。
在众多的大武士团中，势力最大的是源氏和平氏，他们都卷入了当时社会和阶级矛盾的漩涡中。在1156（保元一年）年，发生皇室内部争夺皇位及藤原氏内部矛盾交织一起的“保元之乱”，后白河天皇利用平民、源氏势力击败崇德上皇。无论皇室还是外戚，要战胜对方都得依靠新兴的武士力量。所以，皇室内部的斗争与藤原氏内部矛盾交合的保元之乱，恰恰给武士阶层登上政治舞台提供了机会，而且使武士成为斗争的真正胜利者。
在平定“保元之乱”中立有大功的源义朝未被天皇重用，而战功比他小的平清盛却获要职，因而加深了皇室、外戚之间错综复杂的矛盾。1159年12月，源义朝等趁平清盛一族前往熊野神宫参拜之机发动政变。平清盛得知政变消息，即率兵返归京都进行讨伐。结果，不仅源义朝被斩，源氏一家几乎全被株连。源义朝之子、年仅13岁的源赖朝虽幸免于死，却被流放到伊豆蛭岛。
取得胜利的平清盛，为巩固自己的地位，采取联姻办法与天皇、上皇、摄关家结成亲密关系，安插亲信，控制中央和地方政权；扩大庄园和垄断海外贸易，终于担任了太政大臣职位。1180年又以天皇的外祖父身份控制朝廷大权，建立了平氏独裁统治。因平清盛的官邸在京都六波罗，故称“六波罗政权”。
平氏因生活骄奢淫逸，引起臣民普遍不满。后白河上皇聚集摄关家、贵族和寺院等力量谋划打倒平氏，后白河上皇的皇子以仁王发布征讨平氏的令旨，被流放在伊豆的源赖朝举兵发难。1181年，焦头烂额的平清盛突然患病，一病不起，内乱遍及全国。1185年，源赖朝以800艘战船在本州与九州之间的坛浦海面（今下关海峡）进攻平氏。平氏以500艘战船防守。平氏的水军将卒多被击沉海底，陆地也遭包围。总指挥平知盛命家人挟持安德天皇随同象征天皇正统的神器一起淹没于海中。平知盛等遵照平清盛遗嘱，先后投海自尽。坛浦决战的结局，拉开了日本历史发展新的一幕——武家政治和幕府统治。
（第二节） 镰仓幕府的统治
卧薪尝胆的源赖朝（1147—1199年），在一片反平氏声浪中举兵，他于1192年获“征夷大将军”称号，正式建立镰仓幕府。这是日本历史上第一个武士政权。镰仓政权对原有机构进行整顿，中央设政所（行政机关）、问注所（司法机关）、侍所（军事机关），分别掌管财政、庶务、地头、御家人领地诉讼、军事等；地方上设置守护、地头职，前者是幕府派到各地的地方官、军警头目，后者是幕府派驻庄园的政治代表；在天皇朝廷所在地京都，设“京都守护”，监视皇室活动；在边远地区设有镇西奉行，陆奥总奉行（本州东北部）。无论中央或地方均统辖于称为“镰仓殿”的源赖朝。
源赖朝能建立镰仓幕府政权的重要原因是有御家人制度。与源赖朝有主从关系的地方豪强称为“御家人”。以封建道德的忠、信为基础，御家人对将军尽“忠”，无条件地服从将军；将军对御家人讲“信”，保护他们的领地和财产，并按功绩赐以新的领地。所以，御家人成为镰仓幕府的阶级基础。没收皇室赐给平氏所属的庄园、将军的知行国和御家人管理的庄园，是幕府经济的主要来源。庄园制仍是幕府的经济基础。
以武士为基础的镰仓幕府政权和以天皇为中心的皇室朝廷并存。尽管朝廷受幕府操纵，但天皇依旧发布诏书，幕府将军还得由天皇任命。这种既有天皇朝廷存在，又有实际统治全国的幕府中央机构的二元政治体制，称为双轨制政治。“挟天皇而令天下”的军事封建主掌握政权的幕府体制，不仅是日本封建社会特有的政治体制，而且对日本近现代历史发展有着深刻影响。
1199年，源赖朝去世，长子源赖家继承将军位。当时源赖家只有18岁，缺少其父的政治才能，缺乏对御家人的统御能力。为了巩固自己的地位，树立权威，源赖家排挤幕府元老，倚重自己的母家，这引起了以北条氏为首的御家人的极度不满，为争夺实际控制权，御家人内部也各起纷乱，镰仓幕府的统治岌岌可危。
为了维系和巩固镰仓幕府的统治，在幕府统治发生动摇的最危难时刻，源赖朝之妻北条政子与父亲北条时政重新制定了由13名幕府元老共同裁决的集体合议制度，使动荡不安的幕府暂时得到了稳定。但是在安定政局的同时，幕府的实权却也落到了北条氏的手中。
北条时政原是伊豆国土豪，人称“北条四郎”。在源赖朝起兵时，他作为源赖朝的得力部将参与天下的平定，后将女儿政子嫁与源赖朝，获得他的极度信任，镰仓幕府建立后任京都守护。
1203年8月，北条时政废黜了源赖家，立源实朝为幕府将军，北条时政担任执权。不久，北条时政杀害了源赖家，又欲废黜源实朝，被其女儿政子阻止。迫于压力，他引退于伊豆，其子北条义时继任执权之职。为了扩大自己的权力，北条义时杀死了侍所别当和田义盛，正式确立了北条氏的霸权。
1219年正月，北条义时暗杀了源实朝，镰仓幕府的开创者源赖朝的正统血脉至此完全断绝，北条氏掌握了幕府的最高权力。源氏血脉的断绝使专权的北条义时面临将军无人继任的问题，为了稳固自己篡夺的地位，北条义时希望在皇族中挑选一人继任“征夷大将军”之位。但是以后鸟羽上皇为首的院厅拒绝了北条义时的要求，于是北条义时率千骑人马入京，要求自己选定的皇族将军东下，院厅再次拒绝了他的请求。北条义时只得改迎与源氏有血缘关系的两岁的藤原赖经为将军。
虽然镰仓幕府依然有将军之名，但此时的“将军”已经成了虚职，北条义时以“执权”的名义牢牢把控着镰仓幕府的实权，并世代承袭“执权”之职。在幕府将军继任问题上的冲突，导致幕府与皇室的对立更为激烈。励精图治、力图重新挽回皇族权力的后鸟羽上皇通过恩赐土地的方式收买和拉拢了对北条氏不满的御家人，不断壮大自己的势力，他于1221年5月集合了北面、西面武士，并向各地武士发布了讨伐北条氏的院宣，正式举兵讨伐北条氏及其控制下的镰仓幕府。这年为承久三年，故而称为“承久之乱”。
后鸟羽上皇虽然发布了讨伐北条氏的院宣，但是应者寥寥，而人称“尼姑将军”的北条政子则集合御家人，颂扬源赖朝给武士们带来的安定富足的生活，也讲述了在源赖朝之前武士们悲惨低贱的生活。
在北条政子的鼓动下，御家人重新集结在幕府旗下。1221年6月15日，在北条义时之子北条泰时、其弟北条时房的率领下，从镰仓出发，兵分三路挺向京都，不到一个月，便以绝对优势的兵力打败了皇室军队，结束了“承久之乱”。