攻陷京都之后，北条氏将包括后鸟羽上皇在内的三位上皇流放孤岛，并处死处罚了参与讨幕的贵族与武士，没收这些人的领地达3000余处，将其划拨为幕府的直辖领地，作为恩赏赐给有功之臣，称为“新补低头”。为了能监控皇室的一举一动，北条义时将原京都的六波罗馆改为六波罗府，任命北条泰时为六波罗探题，其权力仅次于执权。
“承久之乱”之后，皇室丧失了军权，皇位也由幕府一手操控，由此幕府逐渐取代皇室占据了国家权力的中心位置。
1260年，忽必烈在开平称蒙古大汗，建年号为中统，1271年，大蒙古国改国号为元，忽必烈自立为大元皇帝。三年后，忽必烈命使者携国书赴日，要求日本效法高丽来中国“通好”，但是被镰仓幕府以“书辞无理”为由拒绝，此后，忽必烈又两次遣使要求日本称臣朝贡，并以武力相威胁，同样遭到镰仓幕府拒绝。
1274年，忽必烈决定远征日本。他任命忻都为征东都元帅、洪荼丘为右副帅、刘复亨为左副帅，统率蒙汉军2万人，加上金方庆统领的高丽军12000余人东征日本，这场战争在日本历史上称之为“文永之役”。
10月3日，元、高丽联军分乘900余艘战船，从高丽合浦出发，三天后登陆对马岛。经过半个月的激战，到了21日清晨，除留在志贺岛的一艘战船外，元、高丽的船只全部消失。“文永之役”就这样喜剧性地结束了。
据史料记载，元军的战船在当天夜里遇到了强大的台风，刮沉了200余艘船，剩下的船只得返航。日本朝野对突如其来的台风赶走元军十分惊喜，在全国范围内展开了大规模拜神活动，称为“神风”。
第二年，忽必烈再次派遣使者，欲与日本交好。此次派出的官员是礼部侍郎杜世忠、兵部郎中何文着等人。没想到日本全然没有“两军交战，不斩来使”的观念，竟将杜世忠等30多人斩首于镰仓龙口。迟迟没有等到使者的回信，忽必烈再次派遣周福、栾忠等人出使日本，这些人也没能避免身首异处的惨运，1276年，周福等人在博多被斩首。消息传到元大都，忽必烈震怒，下令立即攻打日本。
1281年，由忻都、洪茶丘和金方庆统率4万人为东路军，由范文虎统率10万人为南路军，分别由高丽和宁波两地出发。待到两军会合后，诸将决定进攻太宰府。然而就在这时，戏剧性的一幕再次登场，又一场突如其来的台风让两路人马顿时陷入了绝境。这场持续了两天的台风摧毁了元军大部分的船只，“士卒十丧六七”。据日本《八幡愚童训》记载，当时海里死者相叠似岛屿一般，可在上面行走。
主帅范文虎在初五“独帆走高丽”，导致10万江南军群龙无首，数万士兵被俘，只有3个士兵弄了条小船才得以命归故里。这次战役在日本历史上被称为“弘安之役”。
虽然跟元朝的作战中镰仓幕府取得了成功，却也使镰仓幕府的军事力量和财政能力走向了衰落的边缘。
1284年4月第八代执权北条时宗去世，14岁的北条贞时继任执政为契机，第二年，分别以御家人势力代表、北条贞时的外祖父安达泰盛和御内人势力代表、得宗内管领平赖纲为首的双方，于11月发生了武力争斗，史称“霜月骚动”。经过一番激战，安达氏一族除了安达泰盛的弟弟安达显盛幸免于难外，几乎灭绝，幕府政治开始进入平赖纲专权时代。但是好景不长，由于平赖纲专横跋扈，北条贞时于1293年4月将其一族90余人分别处刑，史称“平禅门之乱”。
到了镰仓时代末期，反北条氏的氛围已经笼罩朝野。1333年，镰仓幕府的御家人足利尊氏在各地反幕府的动乱中迅速崛起，很快成为讨幕中坚，最终与各地豪强一起迫使北条氏一族全部自杀，镰仓幕府就此完结。
（第三节） 南北朝内乱
1331年6月，在足利尊氏与地方豪族推翻镰仓幕府的统治后，因多次谋划倒幕行动而被北条氏流放到隐歧岛的后醍醐天皇返回京都，废除了由镰仓幕府扶持的光严天皇，再次登基，重新掌控了朝政。
后醍醐天皇回到京都后，开始实施新政。因后醍醐天皇复位的第二年改元“建武”，所以史称“建武中兴”。在天皇亲政下，确立以朝廷为中心的政治体制。中央机构有重新恢复的最高决策机关“记录所”；有新设的诉讼机关“杂诉决断所”，军事警察机关“武者所”和论功行赏机关“恩赏方”。地方则保留了原有的国司和守护制度。中央和地方的官吏在公家、武家中选拔任命，但以公家为主。天皇将北条氏领地优先分给后宫和贵族，恢复贵族、寺社的庄园治权，但对武士的土地要求却未予满足，从而引起绝大多数武士的不满，另一方面天皇大兴土木，修筑宫殿，大大增加了农民的经济和劳力负担，也导致了农民的不满。
1335年7月，北条高时的遗孤北条时行举兵攻入镰仓，杀了护良亲王，将良成亲王送回京都，镰仓的足利直义逃往三河。8月，足利尊氏未待敕许发兵征讨，在与足利直义汇合后进入镰仓逐出北条时行。这一动乱史称“中先代之乱”。
占据镰仓后，足利尊氏并没有返回京都，而是自称征夷大将军，向后醍醐天皇竖起了反旗，这让后醍醐天皇十分恼火。11月19日，天皇任命尊良亲王、新田义贞为正副征讨将军，讨伐足利尊氏。足利尊氏与其弟率军大败天皇的军队。1336年5月，足利尊氏进入京都，拥立光严天皇的同母胞弟丰仁亲王即位，是为光明天皇。“建武中兴”由此宣告结束。
以胜利者姿态进入京都的足利尊氏很快软禁了后醍醐天皇，同年11月，后醍醐天皇被迫将象征天皇权威的三神器交给光明天皇，自己则被尊为上皇。但是后醍醐天皇并不甘心被人摆布，12月21日晚，他装扮成女性贵族，乘车逃离京都，在吉野建立了新的政权，并宣布交给光明天皇的三神器为伪造品。自此形成了与京都皇室对立的局面，日本历史上的南北朝由此形成。
1338年8月，足利尊氏正式被任命为征夷大将军。同年11月7日，足利尊氏制定和颁布了《建武式目》。《建武式目》的制定，被认为是此前已基本建立中央和地方组织的室町幕府正式建立的标志。
北朝虽然由足利尊氏拥戴建立，但其继续了前朝的传统，具有独自的统治机构，有院政、院的评定制和文殿。朝廷的记录所和检非违所依然发挥其功能。以足利尊氏为首的室町幕府的存在，也至少在形式上需要北朝的授权。
1339年8月16日，后醍醐天皇病亡，终年52岁。相传他死时，一手握着《法华经》，一手抚剑，在遗诏中说：“应生生世世勿忘者，乃尽灭朝敌，四海泰平也。朕早逝之后……纵领玉骨已埋南山，魂魄亦当常望北阙。”
后醍醐天皇死后，南朝气数渐衰，但此时北朝爆发了内乱，一时无暇他顾，留下南朝苟延残喘了几十个年头。
高师直是足利义直的家臣，深得尊氏信任，备受恩宠，然后职权越高，骄奢越重，手下部将很是不满，足利直义对此也深为愤恨，决心除掉高师直。
1350年，足利尊氏与足利直义兵戎相见，足利直义投奔南朝，并于次年大败足利尊氏统领的北朝军队。尊氏派人求和，足利直义杀死高师直，随后足利尊氏与足利直义携手言和。第二年，足利尊氏与其子一同归顺了南朝。但是兄弟俩的和睦局面并没有维系多久，不久，足利尊氏又与足利直义产生了冲突，1352年2月，足利尊氏毒死了自己的弟弟。足利直义虽死，但他的养子足利直冬率领着斯波高经、桃井直常、石堂义房、山名时氏等旧足利直义派依然与足利尊氏作战，先后数次占领过京都。
1358年4月30日，足利尊氏病故，时年54岁，埋在京都的衣笠山麓。足利尊氏死后，其子足利义诠继任将军，在执事斯波义将的辅佐下，足利义诠稳固了幕府统治，并逐步压制住了南朝势力。
1367年，年仅38岁的足利义诠病逝。1368年4月，11岁的足利义满继任大将军。足利义满长到15岁时，开始亲理政务。在他亲政后，不断地把权力回收到自己的手中，除去了拥兵自重的守护势力。
然而此时，南北朝气数已尽，都面临着最后的解体。1378年，足利义满将幕府政所迁移至京都室町新建的一所豪华府邸，大有取代朝廷之势。室町幕府之名由此产生。1392年10月，足利义满致函南朝龟山天皇，提出把象征皇位的三神器及皇位让给北朝，今后皇位由两方轮流继承，划定南北朝对各地庄园领地的管辖范围等三条件，实行南北朝统一。后龟山天皇鉴于南朝衰落，接受了三个条件，由吉野回京都将神器转让给北朝后小松天皇。长达57年之久的南北朝对峙局面宣告结束。
（第四节） 室町幕府的统治
南北统一后，足利义满的权力空前的提高。1391年3月，斯波义将因为不满足于足利义满的压制政策而辞去管领一职，并离开京都去了领国越前，足利义满于是重新启用细川赖之。当时的日本有66国中的11国发生内讧，足利义满听从细川赖之的意见，巧施连环之计让他们相互攻击，坐收渔翁之利，等到他们势力减弱之后，发兵讨伐，使山民氏经此“明德之乱”遭受重创，仅剩3个领国。之后在1398年8月，足利义满又召回了已使九州成为独立王国的九州探题今川了俊，并在1399年平定了以豪强、担任几国守护的大内义弘发动的史称“应永之乱”的谋反，扫除了建立将军专制体制的一大障碍，最终建立了将军专制体制。
1398年，幕府确定“三管领”、“四职”之制，即规定次于将军的要职“管领”由出身足利一族、拥有实力的守护大名细川、田山、斯波三家轮流担任，即所谓三管领；次于管领的要职“侍所”长官“所司”由京极、一色、山名、赤松四家交替担当，即所谓“四职”。此举无疑是为防止强大的守护大名世袭权力的发生并使他们互相牵制，以便使室町幕府在守护大名永处均势下保持自己为首地位。但它的地位并不稳定，即使在义满统治期室町幕府也始终没有达到像镰仓幕府那样的集权程度。
室町前期日本经济有显着发展。农业生产方面，农具继续得到改良，生产技术不断提高，按成熟期先后水稻已有早、中、晚稻之别。1403年，到日本的朝鲜通信使在其回国报告书中，曾对日本农民利用水力推转水车引水灌田的方法表示羡赏。由于灌田技术的改进，连某些经济落后地区也实行了稻麦复种。1402年，至日本的朝鲜回礼使宋希境在他的《老松堂日本行录》一书中甚至提到三季稻的事。由于这些原因，水稻单位面积产量有了显着增加，上田一反可获1石3斗至4斗收成，这和以后16世纪下半期的产量差不多。经济作物芝麻、茬（灯油原料）、蓝草（染料）在各地也开始栽培。人们懂得了适应土壤特性选定品种，所以各地出现许多特产，渔业、盐业也有发展，鱼市场在各地出现，制盐大规模利用了盐田，取代原始的燃烧海草的制盐法。
手工业生产方面，美浓、播磨、越前、但马、赞岐、大和等地的造纸业，河内、备前、尾张的制陶业，河内、大和、摄津、京都地方的酿酒业，山城的榨油业以及獭户内海沿岸的制盐业都很有名。中国地方的制漆业也很有名。以河内、大和、相模、京都等地为中心的金属铸造业和以加贺、丹后、美浓、尾张、常陆等地为中心的纺织业尤为突出。由于明代中国纺织工匠大批渡日进行技术交流，在山口、博多等新兴城市便开始了高级丝织品金缕、缎子、绉绸等的生产，产品可与中国丝织品媲美。日本的天鹅绒生产技术也很高，产品深受国际市场欢迎，如中国即有漳州的纺织业仿造日本天鹅绒的记载：“天鹅绒本出倭国，今漳州以绒织之，置铁绒其中，织机割出，机织云燕，殆夺天工。”
足利义满统一日本后，为满足日商恢复对明贸易要求和日本上层阶级对明代商品嗜爱，同时为利用对明贸易充实幕府财政，政治上借助明帝国的声势巩固将军地位，决心恢复对明邦交。于是下令九州探题取缔倭寇，并于1401年5月以博多商人肥宫及僧人祖阿为使臣赴南京，致书惠帝，表明恢复邦交意愿。1404年，明成祖允许日本以朝贡形式同明贸易，并为防止倭寇浑水摸鱼，规定“勘合之制”，也就是所谓《永乐勘合贸易条约》。
以朝贡形式进行的勘合贸易对日方非常有利。明政府对此种贸易不只减免关税，且承担“日本国王”使节及其众多随员（实际是商人）在明期间全部食宿费用，发给衣服，免费供应他们归途一个月的海上旅程用粮。部分贸易品是以足利将军向明帝贡献方物、明帝回赠“颁赐物”的方式进行交易的，一般说来，回赠品的价值大大超过贡献方物的价值。绝大部分贸易品交易采取明政府给价和自由交易方式。
足利义满对自己一手创立起来的日明贸易很觉满意，凡明使到日，他总是去兵库迎接。应永十五年（1408年）足利义满死，其子足利义持继任将军后，立即改变对明的外交贸易政策，中断日明关系。此后倭寇劫掠明沿海的活动又继猖獗。一直到义教恢复日明关系的19年间，倭寇侵扰达17次之多。正长元年（1428年）义持死，新任将军义教决心恢复日明邦交，永享四年（1432年）任命入日明僧龙室道渊为正使，携带国书赴明。次年（1433年）5月龙室到北京，向宣宗献方物和国书，在北京签订《宣德贸易条约》，以代替《永乐条约》条约规定10年一贡，贡船不超过3艘，人员不超过300人，刀剑不超过3000件。同时以宣德勘合代替永乐勘合。此后日明贸易正常进行，至公元1547年，日本派出贸易团11次，时间持续百年以上。