明治政府的另一大实绩是着重发展了近代高等教育。1873年工部省的工学校开学，专门培养高级科技人才，1877年改称工部大学校。同在1877年，对幕府留下的朱子学和洋学的教育、研究机构进行改组，创办了近代综合性的东京大学，后称东京帝国大学，设法、理、文、医、工艺等部。文部省把教育经费的大部分给了东京大学，从欧美聘请专家、购买图书设备，大力引进欧美先进的科技文化。东京大学是为国家输送官员和其他高级人才的最高学府。1897年后，又相继设立京都帝国大学、东北帝国大学（在仙台）、九州帝国大学（在福冈）。此外还有私立大学，如福泽谕吉创办的庆应义塾大学、大隈重信创办的早稻田大学。到1918年，全国共有大学、专门院校118所。
大学教育和出国留学快速而显着地增强了日本的科技力量，有力地推动了经济发展。如1879年开工的京都至大津的铁路、1880年下水的军舰“盘城”号、1885—1890年的琵琶湖水利工程和水力发电厂，都是日本人自行设计、建造的。80年代后半期，大企业已普遍聘用大学工科毕业者担任技术人员，他们一般都曾赴英留学、考察，外国的或工匠出身的技术人员被逐步取代。
新的教育制度刚刚建立不久，政府为了适应其推行的专制主义的需要，颁布了《教育敕语》，企图一方面引进西方“修学习业”的道德规范和学校制度，一方面改造传统儒学的道德教育。比如于1879年制定《教育令》，提出天皇的《教育大旨》，1886年发布《教科书检定条例》，实行中小学和师范学校教科书国定制，1890年又以天皇名义颁发的《教育敕语》，以儒学的忠孝观为基准，来规范国民道德教育，以适应其确立天皇制教育的需要。由此，日本在教育思想上就产生了“开化”与“复古”的矛盾，并压抑着现代教育的新思想的发展。在第一高等中学传达《教育敕语》的时候，当时作为讲师的内村鉴三拒绝行致敬礼，被以对天皇不敬为由，遭到追究并最终被解雇。东京大学国史系主任教授久米邦武因在一篇论文中提出“《太平记》于史学无益，神道乃祭天之古俗”而被辞退。所以日本学者认为“《教育敕语》也是一把两刃的剑”。
20世纪上半叶大正时代初期，要求进行民主改革的“大正民主运动”兴起的同时，要求改革教育的呼声也高涨起来。一些有志于教育改革者，包括教育家和艺术家，积极介绍欧美新教育运动及其理论，并创刊《自由教育研究》、《艺术教育自由》等刊物，设立“教育改造节”，推动新教育运动，首先冲破统治者对教育的控制，批判单纯灌输知识的教育，成立私立学校，实施自由教育。京都大学校长泽柳政太郎主张：“学问的独立是大学的精神，也是生命”，他在大学改革受阻后，辞去京大校长一职，开办私立成城学校，实行尊重个性的教育和以科学研究为基础的教育。其他私立学校，比如由自由主义知识分子和艺术家主办的自由学园、文化学院等，排除文部省的束缚，独自制定教育课程，重视个性教育。随后，市民、工农也积极参与自由教育运动，他们批判官办教育和学问的中央集权制，要求将接受教育的机会扩大到广大民众。自由教育运动由此在教育界风靡一时。
与此同时，以大学为人文、社会、自然各学科研究中心的教育科研体制，已满足不了产业和科技发展的需要，产业界对科技和教育的研究的要求和教育界对教育的改革呼声结合起来。尤其在自然科学研究方面，明治时代随着现代工业发展的需要，以官立大学为中心，先后增设物理学、地球物理学、化学、农学、医学、海洋学等诸多课程，并且成立各自然学科的研究所。1918年颁布《大学令》，除官立大学之外，还承认开设公立、私立大学，同时延长义务教育的年限，各类各级学校和学生人数激增。《大学令》虽然规定大学目的是“研究学术、陶冶人格”，在某种程度上容许大学的自治和学术的自由，但同时又规定“培养国家思想”，为其后推行国家主义教育作了法律上的规定。30年代始，日本资本主义矛盾加深，帝国主义抬头，官立大学的自由教育已不复存在。文部省实施统制教育，新教育就此夭折了。
（第三节） 二战后日本教育的新发展
二战后日本教育的发展大致可分为以下三个时期：
第一个时期：从1945年9月到1952年，是战后民主改革时期。
二战结束后在美军占领当局主持下实行了一系列资产阶级性质的民主化改革。其中教育改革占有十分突出的位置。1945年10月11日，占领军总司令部向币原内阁发出了实行五大改革的指令，即妇女解放、成立工会、教育的自由主义化、废除维护恐怖政治的司法制度、经济民主化。在这里，把教育改革与政治、经济改革并重，具有重要意义。半个世纪以来，“以《教育敕语》精神为中心理念的教化政策，是明治宪法体制的重要补充，起到了维护天皇制精神支柱的作用。而要瓦解天皇制，就必须打破这一教化政策”。占领军司令部于1945年10月22日发布了《关于对日本教育制度管理政策的指令》，提出了清算战时教育体制的总方针：废除军国主义、极端国家主义教育，在教师、教材、教学中确立议会政治、国际和平、资产阶级民主人权思想体系。随后，又连续发布了开除军国主义者教职、为战时受迫害教师复职的指令；关于神道与国家分离的指令；关于停开修身、日本历史、地理课的指令等。1946年11月3日公布的《日本国宪法》，以国家大法的形式确立了“主权在民”、“保障人权”、“和平主义”三大原则，规定了国民集会、结社、言论、出版、学术等方面的自由及受教育的权利。在此基础上，1947年3月以后，以《教育基本法》为主，一整套体现自由主义教育观的法律、法规相继出台，包括《学校教育法》、《教育委员会法》、《文部省设置法》、《教职员认定法》、《社会教育法》、《私立学校法》等，彻底否定了以《教育敕语》为法律依据的军国主义教育思想和教育制度。在建设民主的、和平的、文化的新日本之方针指导下，确立了资产阶级民主主义的教育思想和教育体制。
其主要内容有：（1）自由主义教育观：以“培养热爱真理与正义、尊重个人价值、重视勤劳与责任、具有自由主义精神和独立人格的和平国家的公民”为教育目的，以“尊重学问自由”、“接触实际生活”、“培养自发精神”、“发展与创造文化”等为基本方针，以义务教育、机会均等、男女共学等为基本原则。以“六、三、三、四”单轨制学校体系（小学6年、初中3年、高中3年、大学4年）取代双轨制学校体系。（2）将义务教育延长至初中，实行九年制义务教育。（3）建立社会教育体系，设基本的社会教育机构。（4）设立公民选举的地方各级教育委员会，削弱文部省的教育行政权限，建立自由主义的教育管理体制等。
战后教育改革，最终完成了日本教育的现代化，具有划时代的进步意义。后来，因美国对日政策的转变，日本教育虽出现了保守化趋势，但战后改革时确立的主要原则和制度，则基本上坚持了下来。
第二个时期：从1952年占领期结束，到1971年第三次教育改革开始。
这一时期日本政府奉行了对美协调、科技立国、抓住时机实现经济高速增长的基本国策。这一国策对教育产生了两方面的影响：
一是教育政策的右倾化。1951年9月，美日旧金山和约签订以后，日本社会上的保守势力进一步抬头。财界对教育的干预增强了。1952年7月，关西经营者协议会向东京大学等5所大学发表声明，拒绝给予参与学生运动的“赤色学生”以就职保证。1953年修改《学校教育法》等法律将教科书检定权归于文部大臣。此后，政府对教科书的检定日渐强化。1956年，强行废除教育委员公选制，确立了文部省对教育委员会的指导权等。
二是根据战后经济恢复和高速增长的需要调整教育结构。日本军国主义发动的侵略战争，不仅给亚洲人民，而且给日本人民带来了深重的灾难。到二战结束时，全国有310多万户居民住宅被毁，1500万人失去家庭和财产，粮食严重不足，广大群众处于饥饿线上。所以，尽快恢复和发展经济，是战后日本的首要任务。以1948年12月“稳定经济九原则”为标志，日本转入战后恢复时期。经过近7年的时间，到1955年，日本的主要经济指标就超过了战前的最高水平。在这么短的时间里，能迅速恢复国民经济，其重要原因之一就是战前教育的普及，使日本拥有众多的受过良好知识技能训练的劳动者。1956年7月，日本政府宣布：战后恢复时期已结束，从现在起进入经济高速发展的新时期。并确定了通过技术革命实现经济现代化的战略方针。1955—1960年，日本经济年平均增长率为9.1%。1960年，池田内阁又推出“国民收入倍增计划”（1961—1970年），这期间，日本经济以更快的速度增长，到60年代末已超过英、法、西德，成为仅次于美国的现代资本主义经济大国。在这一过程中，日本始终把开发人的能力与振兴科学技术作为重要内容，适应经济高速增长的需要，对教育结构进行了相应的调整。在高等教育中，从专业系科和招生规模方面，增大了理工科的比例。到1965年，新招大学生中，理工科学生比例已达45.3%，此外，还采取多种措施，扩充研究生院招生人数，改进育英奖学金制度等，以培养更多高层次的科技人才。在初、中等教育中，充实了实习内容和实验设备，增大了职业高中的比例。到1970年，职业高中已占各类高中学校总数的24.1%。在普通高中也增设了职业课程，以培养掌握现代技术的熟练工人。在职业教育中，从60年代初增设高等专科学校，以培养企业急需的中级技术人员；同时还在中等职业学校中增大商科和工科的比例。在企业内部也加强了对熟练技术工人和中级技术人员的培训。所有这些措施，都大大提高了劳动者的科学技术水平，从而提高了劳动生产率，使日本能在战后一片废墟上迅速崛起。
经济的发展同时也推动了教育的进一步普及。战后，日本9年制义务教育得以普及，初中毕业生升入高中的比率，1968年达80%，1972年达到90%；到1970年，25—64岁的日本国民中，受过高中以上教育者的比率已达到43%。
第三个时期：是1971年以后的时期，即第三次教育改革时期。
进入70年代以后，日本已成为资本主义世界名列第二的经济强国。也成为仅次于美国的教育大国，初中入高中的升学率达94%，高中入大学的升学率达37%，明治维新后确立的“追赶型”发展战略最终得以完成。在世界性的科技竞争和新技术革命浪潮中，日本也面临着社会信息化、人口老龄化、经济国际化等诸多社会课题，于是，“21世纪的日本向何处去”，成了许多人议论的话题。在此背景下第三次教育改革便被提上了日程。其标志是中央教育审议会于1971年6月提出的关于教育改革的咨询报告。到1984年，日本政府又设置了直接向首相负责的临时教育审议会，开始全面制定第三次教育改革的方略和政策。日本政府又一次把教育改革摆到如此突出的地位，一是希望解决近年来社会急剧变化和教育事业扩充后日本教育出现的问题，二是要根据今后社会和文化进一步变化、发展的趋向，如产业结构的变化，信息化社会的发展，人们对生涯教育的期望，各个领域的国际化趋势等，确立起与之相适应的教育。所以，这次教育改革的实质，是日本为迎接未来社会的挑战，提前从教育入手，设计21世纪的日本和日本人形象。因其具有“根本的全面改革”的性质，从而受到各界广泛关注，引发了一场持续数年的社会大讨论。尽管围绕有些问题争论得很激烈，但大部分改革措施却在逐步实施当中，如教育的国际化，生涯教育体系，教师研修制度的充实，道德教育和“爱国心”教育的强化，扩充大学研究生院和科研机构，科研领域实现产业界、政府与大学的密切合作，纠正学历主义和过热的升学竞争现象等。
就像第一次教育改革推动了日本的近代化、第二次教育改革促进了战后经济的起飞一样，目前仍在进行中的第三次教育改革也必将对未来日本社会的发展产生重大的影响。