加盟是介于单体运作和直营发展之间的一种模式，正因为是一个杂交品种，所以就有杂交的特有优势。
加盟之所以会蓬勃发展，是因为对加盟店而言，总部提供了一整套经营模式、人员培训、商标和商誉、广告及商品供应、降低时间与资金成本并迅速提高和扩大了知名度。消费趋势的掌握和新产品的研发都由总部负责，快捷地掌握行业信息和销售信息，降低了风险，提高了成功概率。
对总部而言，帮助个体老板实践事业理想，在减少资金和人力开拓市场的同时，有更多更快的机会拓展业务。利用滚雪球的方式，越做越大，而并不承担太多风险。
对消费者而言，加盟连锁药店提供了品质标准化、价格大众化的商品和服务，获得真正的实惠。
一种事物对各方面有利，才可能是有可持续的生命力，才能长久生存发展下去。
连锁加盟经营概括起来有如下几点优势：
1高成功率。经过世界范围内的统计，90%以上的客户在加盟连锁体系后获得成功。因为降低了采购成本、销售成本、管理成本的同时，提高了企业的品牌形象和信誉，降低了竞争风险，因此成功率高。我曾调研过复星大药房300多家加盟店，95%以上的都赢利，只有小于5%的药店亏损。
2.较短的学习曲线。由于先进入者已经成功地把经营模式总结出来，所以加盟者可以用很短的时间，很少的代价学习到成功的管理经验与知识，少走很多弯路，少付很多隐性的学费。
3.品牌优势。加盟者可以用很小的代价分享授权者经过长期努力形成的著名品牌和信誉，从而有利地促进销售，并极大地扩展自己的业务范围。
4.规模采购优势。统一采购和进货可以使连锁经营企业享受大批量购买的优惠，增强与供应商的合作力度，扩大采购规模，提高支付和销售的速度，降低采购成本，大大节约采购费用。
5.共同的广告和促销。连锁总部可以集中资源用于广告促销宣传，降低单位销售的广告成本，有利于树立品牌形象。
6专业的管理改进。连锁总部输出先进管理模式和经验，帮助加盟药店改进管理，提高效率，降低管理成本。某些连锁的一套ERP系统就要200多万元，这不是哪一家加盟单店能承受的。
7.培训。加盟者将经常得到来自授权者的有针对性的培训和指导，不断提高自己的经营能力。
8.服务支持。加盟药店可以不断获得总部的各种服务支持、质量管理、信息管理、售后服务等，连锁总部的长期积累使服务更加专业化。
药店加盟之不足
加盟有那么多优势，但劣势同样存在。
相比直营门店，加盟店最大的问题是难以控制，虽然双方有协议，但同床异梦不可避免，不但不可避免，而且肯定存在。连锁药店总部希望加盟店能安分守己，能严把质量，能做到六个统一、甚至十个统一，而加盟商虽然加盟了，但身在曹营心在汉，基本上还是我行我素，“今朝有钱今朝赚”，表面上应付一下总部的管理，暗地里不知道在动什么花花肠子。
由于药品是特殊商品，药店受到的监管远比其他行业要多，药监局、医保局的监管连续不断。媒体对于药店也特别关照，三天两头让其曝光于光天化日之下。时不时在报纸上、在电视中、在广播里有药店的质量事件，往往曝光出来的就是那些加盟药店，因为加盟老板平时疏于管理，卖错药、价格没有及时调整、服务态度不好等时有发生，虽然有时候都是小问题，但对于连锁药店品牌的影响非常严重。奥运前夕，兴奋剂相关药品需要严格管理，连锁药店中的直营店恨不得把店关门，也不要受到药监部门的查处。而那些加盟店照常经营兴奋剂药品，还不按照政府部门的要求严格执行，胆大妄为，唯利是图，虽然他们是加盟店，但药监部门不管你直营加盟，一视同仁，都认为是某一品牌旗下的药店，都会怪罪到连锁总部。上海某中药特色的连锁品牌药店被曝光没有凭处方卖处方药给患者，最后患者不治身亡。虽然最终调查结果显示患者的死亡与药品无关，但是这件事的曝光给该品牌连锁造成了比较大的恶劣影响。
第二个问题是加盟药店不稳定。刚开始死缠烂打地要加盟进来，托关系、找后门，仿佛他不加盟这里就没法经营了。等你网开一面让其加盟，他加盟期还没到时间，他又会寻死觅活地吵着要离开这里，解除加盟协议。不排除有忠诚不二的加盟商，他们一旦选定东家，就不会轻易改变。虽然你有这样那样的毛病，但在他们看来，哪个公司没有问题，这些毛病都是发展中必然产生的。有问题没关系，知错就改就是好公司，只要能不断学习和优化，大家共同成长是最好的合作方式。而那些朝三暮四的加盟老板就不这样考虑了，为了一分钱的商品成本就要转换门庭，他们根本无法与您同甘共苦，根本无法与您一起成长。当你需要他们时，他们不知所“踪”；当你不需要他们时，却撵也撵不走。加盟数量少的时候，药店进进出出就已经不容易管理，当门店数上百上千以后，虽然只有那么少数的比例来折腾，但就够你受的了，既增加公司的管理难度和成本，还影响规模的稳定性，随之而来的是采购量的不稳定。
由于加盟药店大部分是个体性质，所以并没有强烈的事业心，并没有高度的社会责任意识。他们仅以盈利为目的，注重短期收益，忽视长远利益，违反劳动合同法、非法用工是常事，不聘请执业药师，仅仅是挂挂名而已，诸如此类经常发生，表面来看增加了赢利，长期来看整个连锁的品牌被毁。
加盟药店心不往一处想，力不往一处使，各打各的小九九，所以相比直营连锁药店，步调经常不一致，形象不统一，品牌影响力就被削弱。
以上这些是站在连锁药店总部来思考的，而对于加盟商来说，也有几本难念的经。
进货渠道控制，不够灵活。加盟一家大的医药连锁公司确实能受益于其品牌价值，能在短期内带动客流和销售业绩，但为之付出的就是严格的进货渠道。如果连锁总部实力强大，采购门路广，供应价格不黑心，那还问题不大。而如果连锁药店总部采购能力差，又想多赚利润，那加盟的药店就苦不堪言。眼睁睁看着其他供应商的商品便宜很多，也不能伸出手去。
协议版本都由连锁总部提供，加盟商都是被动接受，所以大部分条款都有利于连锁公司而非有利于加盟药商个体。一旦有什么纠纷，往往是加盟商倒霉，既要赔钱，还理亏，真是哑巴吃黄连有苦说不出。
很多连锁药店在加盟前说得花好稻好，希望更多的加盟商前来，但加盟以后就变了一副嘴脸，服务方面全然不是之前所说的那样，并不优秀、名不符实。
有问题没关系，只要能认识到，只要愿意去克服。这么多问题需要双方的共同努力才能解决，如果彼此尊重、彼此理解、彼此信任，那一切将迎刃而解，将加盟这种形式发挥到价值最大化。
连锁药店可发展加盟
发展连锁药店有直营和加盟两种模式，既然有那么多公司会去选择加盟而非直营，肯定有其内在价值。
根据《中国药店》杂志的统计，截止到2008年底，中国医药零售企业中门店数最多的两家分别为重庆桐君阁大药房、湖北同济堂大药房。仔细分析发现，这两大连锁的门店主要都为加盟店。重庆桐君阁有加盟店5260家，直营店只有750家；湖北同济堂有加盟店4241家，直营店只有177家。而海王星辰的门店数只能排在第三位，全部都是直营店，2709家。
看来，中国的连锁药店是加盟和直营齐头并进，不像国外的Walgreen、CVS、RiteAid都为直营模式。当然，在美国，我们熟知的美信也是加盟性质。
从回报的直接性、可控性等角度来看，加盟远比不上直营，那加盟的价值是什么呢？
首先，每一家加盟店就像一块路牌一样矗立在大街小巷，起到非常大的宣传效果。一块路牌广告的价值是可以衡量的，在好一点的地段要上百万元一年，即使地段偏远一点也需要几万元或几十万元。而一家药店所占的街边展示面积要远大于一块路牌的面积，况且药店能吸引特定人群的关注，不像路牌那样没有明确价值，除了广告以外。重庆桐君阁有5260家加盟店，仅按路牌广告价值计算，至少有上亿元。这是无形的资产，这是无形的价值，但对有形的发展有极大的推动作用。如果不发展加盟店，仅仅依靠其可控的750家直营店，那品牌价值就大打折扣。如果连锁总部有广告媒介意识的话，利用好加盟药店的橱窗资源，收取供应商的宣传费用，那又是一笔数目不菲的收入。
其次，连锁总部输出管理，赚取特许加盟费和管理费。并非每一个连锁总部都财大气粗，都能有充足的现金流去扩张门店。很多连锁总部经过长年的积累，获得了丰富的药店管理经验，这些经验仅用于少量直营店，产出的价值不大。因此就可寻求管理的输出来获得回报。资本是资源，知识同样是资源，输出资本是投资，输出知识是发展，是不需要有形资源投入的投资。当今时代，已不再只是资本家的时代，更是知本家时代。资金会被偷走、会流失，而知识具有不可偷盗、不可灭失的特征，越用不会越少，反而会越多。管理的输出是在帮助个体老板们发财，帮助他们成功。这世界上有什么事能比帮助他人成功更快乐的呢？在帮助他人的同时，自己获得拓展，自己谋得利益，一举两得，何乐而不为呢？假设没有加盟形式，想开药店的个体户只能从头至尾自我摸索，浪费时间和金钱不说，风险还很大。连锁总部输出的很多无形资源都有巨大价值，商号名称的特许授权、开店的流程和管理方式、营销活动的策划和帮助组织、人员的培训和素质提升，种种的输出都能对加盟商起到很大的作用，避免走很多的弯路。
另外还有提供商品的盈利。加盟模式我们可以将其看成是批发的一种。这种批发合作更加紧密。如果是为社会单体药房供货，那就要看社会单体药房的脸色，它愿意就在这里进，不愿意就转换供应商。加盟以后就不是那么随便了，所有商品必须从连锁总部采购，否则就要受到相应的处罚。在直营门店数量有限的情况下，连锁的采购量不会很大，没法获得供应商的重视并获得批量作价优惠，而当足够的加盟店进入后，采购量就极大的增长，任何一个供应商都不会再小觑连锁总部。加盟形成的集合体为每一家加盟商降低采购成本提供了帮助，随着加盟数量的增加，这一效应将愈加显现。国内的加盟连锁药店非常多，主要的赢利模式就是这个，赚取商品买卖差价，连锁总部不再是连锁的样子，而更像是批发商，这与中国批发企业众多的国情有关。何况，中国的连锁药房管理还不够先进，品牌输出和管理输出都无从谈起，那就只能选择商品输出这条路了。
在全球具有知名度的7‐11，在加盟运营方面深有心得，7‐11在全球有超过2万家店面，其绝大部分门店为加盟性质的。
位于日本的总部具有强大的管理能力，输出管理帮助门店赢利，在国内加入7‐11需要支付30万元左右的加盟费，而加盟快客的费用为每年几千元，所以初期投资相比，加盟7‐11至少需要60万元，而加盟国内这些便利店只需十多万元，其中的差异就在于品牌的管理能力的溢价。
由于加盟费收取较多，所以在商品差价方面7‐11并不十分贪心，一般收取15%的物流费用，以解决总部的采购成本和物流成本，并不像国内那些药店总部至少赚取4~5个百分点的毛利。这就像国内的咨询公司收取的咨询费用一般都要与客户最终的业绩挂钩，而国外的大咨询公司都只收取固定的高额费用。这是基于对自己执行能力的自信，是对客户的负责。
加盟是一种赢利模式，并非如很多人认为是鸡肋，做好了会有很大的发展前景。
条件成熟发展加盟
天时、地利、人和是战争成功的条件，缺一不可，而要将加盟发展好，同样需要一些条件。
从外部来讲，如果宏观经济发展良好，一派风调雨顺、国家兴旺的景象，这样的条件当然是发展各项事业的良好条件。如果经济周期步入衰退，消费能力下降，那条件就不适合发展加盟了，能将原有的业务保持下去就是万幸了。有多少大企业在风浪中被湮灭，何况并不是很大的中国医药连锁企业。
当个体老板们资金充裕，都有跃跃欲试加入连锁药店行业的条件下，比较适合发展加盟药店。因为这些闲散资金不汇聚起来难以形成合力，一旦汇聚就力大无穷。拳头只有握紧了打出去才有力，而握紧拳头的工作需要连锁医药企业来完成。
从内部环境来看，首先需要连锁医药公司有很强的管理能力。这种能力不仅在于管理好直营店，还能将自己所掌握的管理知识和经验毫无保留的传授给加盟者，只有每一家加盟店都做到很出色，这个连锁公司才会出色。如果只会自己做，没有能力教会他人，那是不适合发展加盟的。
其次需要有上下游的丰富资源。与上游供应商有良好合作关系和基础，所采购商品质优价廉，让每一个门店的商品有品位和价位上的双重优势，对下游消费者了如指掌，能将不同类别消费者的需求进行分门别类的分析，并有办法去满足他们的需求。
最后需要良好的风险控制能力。从财务角度讲，加盟拓张模式是轻资产模式，轻资产在顺风顺水的时候发展迅速、乘风破浪，但在逆风的时候风险就会很大，难以支撑住各种危机的影响。轻资产代表了高杠杆，也就是高风险，这就像融资融券推出后，100万元的资本金可以做1千万元的投资，那风险肯定增大；从运营角度讲，那么多加盟店分散于各地，一个总部面对不是一条心的那么多药店，随时都有可能出什么娄子，让辛辛苦苦建立起来的良好品牌顷刻之间倒台。看看土家烧饼，烧了一年都不到，就匆匆退出人们视线，就是因为那么多的烧饼摊子，品质容易出问题，数量太庞大以后难免鱼龙混杂，还会有假冒的“李鬼”混入其中。没有总部的掌控力，这些问题都将是致命的因素。