它使后金“某一宗我国行得，某一宗我国行不得，参汉酌金，渐就中国之制，日后得了蛮子（指汉明王朝）地方，不至于手忙脚乱”。同时，它的设置，又使后金政权在封建化过程中前进了一大步。
六部设立以后，皇太极的权威仍没有完全凌驾于诸贝勒之上，一些权势很大的贝勒仍旧视君权于不顾，甚至有所挑衅。为了进一步加强君权，巩固后金统治，皇太极又开始了旨在削除异己、摧毁三大贝勒的改革。
削除异已
被禁锢的功臣
明崇祯二年、后金天聪三年（1629年）十二月十七日，皇太极亲率八旗和蒙古联军十余万兵出关内，直扑北京城。结果在永定门外遭到了大同总兵满桂的重创，只得大肆掠夺一番后班师返回关外，于天聪四年三月初二，抵达盛京。
但放弃关外、偏安辽东又岂是皇太极的心愿？一次的挫折算不了什么，壮大自己的实力，伺机而动才是王道。于是，他派二贝勒阿敏、贝勒阿巴泰、济尔哈朗等人率领5000八旗军驻守在关内的滦州、迁安、永平、遵化四座军事重镇。
此时的明廷辽东经略一职再度起用孙承宗。在孙、袁二人的部属下，明军开始由战略防御转变为集中优势兵力收复辽东失地。他们首先要收复的，当属永平四镇。
率先迎来明军攻势的是滦州。然而作为此地的最高军事长官，阿敏却对滦州的被动无动于衷，拒不发援。滦州为明军所收复。
这时候的阿敏犯了一个更大的错误：他将降金的汉将、并且是由皇太极钦定的永平巡抚白养粹处死，在永平城中大开杀戒，屠戮无数，紧接着趁着夜色弃城出关，逃亡关外。
身在盛京的皇太极对阿敏在永平城里的作为毫不知情。得知永平四镇被明军所攻打的战报之后，忙派贝勒杜度星夜率兵驰援永平，同时让杜度带去一张敕令，告诫阿敏要对城中官民加以善抚，不得胡作非为。为了保住永平四镇，他甚至已经做好了亲征的准备。
然而阿敏弃城出逃的行径彻底将皇太极的战略计划打乱，屠城的暴行也对皇太极的权威造成了严重的不利影响。永平保卫战之前，皇太极刚颁布一项厚待俘虏的上谕，结果阿敏就将之糟践得体无完肤，不但投降的汉人心寒如冰霜，就连皇太极费尽心思在关内布下的“棋子”也被轻易葬送。这怎能不让皇太极怒火中烧？
阿敏辗转逃回盛京，盛怒之下的皇太极拒绝放他入城。六月初七，皇太极召集诸贝勒大臣，议定阿敏之罪。议毕，命岳托当众宣布，历数其十六大罪状，遂命夺其人口、财物给其弟济尔哈朗，只留庄园八所，将阿敏“送高墙禁锢，永不叙用”。
皇太极为何要除掉功臣阿敏永平四城的失守，其实只不过是皇太极欲除掉阿敏这个隐患的导火线。
当年努尔哈赤尸骨未寒之时，阿敏便向皇太极提出了一个拥立他为嗣位之人的条件：“我与诸贝勒议立尔为主，尔即位后，使我出居外藩可也。”分裂之心昭然若揭。后来皇太极回忆说：“若令其出居外藩则两红、两白、正蓝等旗亦宜出居于外藩，朕统率何人，何以为主乎。”
尽管他在支持皇太极继承汗位的过程中起过积极作用，但实质上是不赞同，并放言“谁畏谁，谁奈谁何”。先汗病死，对于后金是何等危急时刻，而阿敏的三位福晋却“盛装列坐”。
出征朝鲜时，岳托等劝阿敏班师，阿敏却说羡慕明朝皇帝及朝鲜王宫，一定要到王京去看看，还有“屯种以居”的话语。皇太极发现阿敏“颇怀异志”，却隐忍不发。这一招正是帝王常用的手段，要令对方欲加张狂，以便处之有道。
天聪三年十月，皇太极统兵扰明，阿敏留守沈阳。次年春，岳托、豪格率军先还。阿敏出迎，居中而坐，令留守诸臣坐于两侧，“俨如国君”。
次年，阿敏受命驻守永平后，对皇太极委任的城中汉族降官、招徕的乡民其为反感，任意杀害。又擅自在明军将至之时弃城逃回沈阳。
皇太极先拿堂兄开刀，采取故意放纵的策略，不动声色地除掉三大贝勒之一，又使其余诸人无法反对，高明之至。削夺二贝勒之举自然引起了另外两大贝勒的警惕，尤其三贝勒莽古尔泰，对皇太极的做法大为不满。
莽古尔泰的悲剧
莽古尔泰性格鲁莽、暴躁，因为心有怨言，自然在行为举止上表现出来。这正是皇太极所希望的。
天聪五年（1631年）皇太极统军进行了大凌河之役。一天，皇太极到岳托营巡视。莽古尔泰与岳托一同上奏说：“昨日之战，我旗中将领受伤者较多，我旗下的士兵，有的跟着阿山出哨去了，有在达尔汉额附的营中当差者，能不能让我把他们收回来？”
皇太极故意用怒气的语调说：“我听说你所率领的部队，凡是被差遣到外面去的，都是违反军令的。”
莽古尔泰不服气，道：“我的部队哪里曾违反了军令？”
皇太极回答说：“果然，是别人的诬告；我回去后亲自追究诬告者的责任。”
莽古尔泰一时按捺不住，愤怒地说：“大汗你应当公正处事，为什么非要与我为难？我出于考虑到大汗的颜面，无论什么命令都完全服从，你们不肯放过我，难道还想要置我于死地不成？”并伸手将佩刀拔出刀鞘五寸许，用眼斜睨着皇太极。
当时莽古尔泰的弟弟德格勒也在场。德格勒劝阻他，不听；挥拳殴打他，他仍怒骂不止。事情发生后的第二天，莽古尔泰以“饮酒过度狂态失言”为辞，向皇太极叩头请罪。
众贝勒大臣议论说，莽古尔泰拔刀露刃，“欲犯上，大不敬”。皇太极遂降其秩（降和硕贝勒，秩同诸贝勒），罚银万两及马匹甲胄。
同年十二月，礼部参政李伯龙奏定朝仪说，诸贝勒皆言莽古尔泰不当与皇太极并坐。
皇太极说：“从前跟诸位平起平坐，今天却不是这样，要是让外人知道，会怀疑我怠慢了各位兄长。”
代善主动说：“我们既然已经拥立大汗为君，再与大汗平起平坐，恐怕会遭到国人的议论，说我们已经奉大汗为君，还与大汗平起平坐，于礼不合。如果仍像以前那样，必定会受到上天的惩罚。所以自今以后，大汗在南面中间坐，我与莽古尔泰在侧面陪坐，其余蒙古诸贝勒等人，就坐在我和莽古尔泰的下面。”
这种座位的变易，不只是表示朝仪的形式，也是后金内部渐趋统一的明证。
次年，三贝勒莽古尔泰在忧郁中死去，又一大贝勒的势力被皇太极轻易削除了。
完全掌握大权
削除阿敏、莽古尔泰十分容易，二人一个有不臣之心，一个性如烈火，容易做出授皇太极以口实的事，而削除大贝勒代善就比较困难了。代善素无异心，且性格平和，并曾力主拥立皇太极，想将他削除，必须找到理由。而代善此时已是权力仅次于皇太极的人物，若不削除他，皇太极之前的努力等同于徒劳。
天聪九年（1635年）十月，大贝勒代善盛情款待了三贝勒莽古尔泰的妹妹哈达公主莽古济格格。皇太极对莽古济格格成见本来就很深，见代善宴请她大为震怒，声称“正红旗的诸贝勒轻视我”。不久，皇太极历数代善不遵旨令、悖乱多端等罪，但这些罪名不足以作为削除代善的借口，因此皇太极声言“别举一强有力者为君”，从此杜门不出。众贝勒大臣闻讯人人惶恐，到朝门外跪请皇太极出朝听政，还哀告说：“大小纲纪，俱听睿裁。”从此，大贝勒代善几乎被削夺了大贝勒的名号，其子贝勒岳托、萨哈廉也因此受到牵连，俱同时获罪任罚。
十一月，莽古济家仆冷僧机，忽然到刑部自首，告发正蓝旗主莽古尔泰、德格勒生前曾与莽古济、索诺木（原蒙古敖汉部长，归附后金后，娶莽古济公主为妻）屯布禄、爱巴礼等跪焚誓词，结党为乱，图谋不轨，于是构成惊动一时的大案。在抄没莽古尔泰的家时，果然查获“所造木牌印十六枚，视其文，皆曰：‘金国皇帝之印’”。皇太极于是严厉镇压参与其事者。莽古济及其夫索诺木以“谋危社稷”“逆迹彰着”的罪名被处死。屯布禄、爱巴礼及其亲支兄弟子侄俱磔于市。莽古尔泰有两个儿子被杀，其余六子同德格勒之子皆废为庶人。正蓝旗附入皇太极旗，被吞并。皇太极长子豪格由两黄旗分出，专门主管重新编制的正蓝旗。
天聪末年，皇太极实际上已经控制了两黄、两蓝、两白六族，势力还渗入到镶红旗，结束了“八和硕贝勒共理朝政”的局面，开始“制令统于所尊”。后金的朝政大权完全掌握在了他的手中。
民族政策的调整
四伏的危机
皇太极雄才大略，不满足做个守成之君，决心要开创崭新的局面。这位从小就在开国创业中成长起来的政治家冷静沉着，并有远大的抱负，他想君临全中国，使其父子群臣艰难创立的国家由后世子孙永久统治下去。他很讲究实际，不仅懂得治国之道，也懂得人君之道。他说：“若治国之道，如筑室然，基础坚固，庀材精良者，必不致速毁，世世子孙可以久居。其或苟且成工者，则不久圮坏，梓材作诰，古人所以谆谆垂诫也。”一切都不能简单从事，建造房屋就是如此，“惟筑地坚固，叠石为基，经营构造，方堪久远。”
皇太极即位之初，面临许多重大的问题：阶级矛盾尤其是民族矛盾相当尖锐；汉族奴隶大量逃亡，满族人不断遭到汉人的袭击；更为严重的是，武装暴动震憾着后金在辽东的统治。到了努尔哈赤晚年，这种反抗斗争日见激烈。这一严重的局势，是努尔哈赤进入辽东地区后实行错误政策带来的直接后果。他在进驻辽沈后，推行民族歧视与压迫的政策，对辽东地区的人民主要是汉人肆意屠杀与奴役。
经济状况同样很糟糕。经过战争蹂躏的辽沈地区，经济惨遭破坏，没有得到充分的恢复。由于后金实行屠杀与奴役的政策，人口大量逃亡，壮丁锐减，田园荒废，加上天灾接踵而来，经济情况更加恶化。清太宗即位才半年，即第二年春就遇到了大荒年，“国中大饥”，粮食奇缺，物价飞涨，社会秩序混乱，盗窃盛行，牛马成了盗窃的主要对象，凶杀、抢劫到处发生。皇太极叹息说：“民将饿死，是以为盗耳。”可以说，经济已到了破产的地步。
军事上的连遭挫折更是雪上加霜，使整个局势充满危机。天命十一年，后金军在宁远城下遭明兵重创，这是努尔哈赤兴兵以来第一次大失利。从根本上说，这是他的失策。明将利用汉人和蒙古人对后金的仇恨心理，晓以民族大义，故能众志成城，击败后金兵的强大攻势。
面对如此危局，皇太极毅然决定实行改革。他不囿于祖宗之法和传统习惯，对父亲的遗策作了全面调整，有继承，有发展，也有改变，展现了一位杰出政治家的雄才大略。
政策的调整
首先，皇太极知道，汉官汉民备受虐待是祸乱之源，因此对努尔哈赤歧视汉人、压迫汉人、杀害汉人的措施适时做出调整，提出“治国之要，莫先安民”。他宣布，凡国内汉官汉民即使从前想逃跑的及“奸细”往来的，事属已往，不再追究，结果“逃者皆止，奸细绝迹”。他强调“满、汉之人，均属一体，凡审拟罪犯、差徭公务，毋致异同”，“满洲、蒙古、汉人视同一体”，“譬诸五味，调剂贵得其宜。若满洲庇护满洲，蒙古庇护蒙古，汉官庇护汉人，是犹成苦酸辛之不得其和。”他采取具体步骤，从多方面来改善汉人的政治、经济状况，调和满、汉之间的矛盾。他将汉人的壮丁分屯别居，把汉族的降人编为民户，放宽对逃跑人员的惩治，于是“民皆大悦，逃者皆止”。此外，皇太极优待汉官，笼络汉族士人，说“士为秀民，士心得，则民心得矣”，下令对汉儒实行两次考试，选拔428名秀才，发挥他们作用，起用一部分人到文馆中工作。皇太极这样调整政策的结果，“民心大悦，仁声远播”。这些调整政策，顺应民心，得到了汉族人民的认同。
皇太极十分重视学习汉族文化。他认为明罗贯中所着《三国演义》含有丰富的战略、战术思想，对于指挥打仗很有借鉴作用。他命令翻译这部书为满文，使之培育了一代又一代清朝将领。大学士达海（1595~1632年）是满洲正蓝旗人，满文、汉文兼通，有“满洲圣人”之称。他受命翻译了《孟子》、《通鉴》、《六韬》。皇太极令他翻译《三国演义》，达海接受了任务，但没译完就死了。大学士范文程等受命继续翻译，直到顺治七年（1650年）才译完，并颁发全军。译者接受了鞍马、银币的奖赏。
与对待汉族不一样的是，皇太极主要着力于笼络蒙古贵族，与他们进行联姻，以达到合作结盟的政治目的。崇德元年（1636年）四月，皇太极即皇帝位，称“宽温仁圣皇帝”，定国号为大清，改元为崇德元年。七月，定五宫制，立清宁宫为中宫皇后，大福晋博尔济吉特氏正位中宫，东宫为关雎宫宸妃，次东宫为麟趾宫贵妃，西宫为衍庆宫淑妃，次西宫为永福宫庄妃。这“一后四妃”，都是蒙古族人，都姓博尔济吉特氏，分别属于蒙古察哈尔部和科尔沁部。皇太极还把次女下嫁给林丹汗的儿子额哲，命令叔父舒尔哈赤的儿子济尔哈朗娶林丹汗的遗孀苏泰太后为福晋，命令长子豪格和二兄代善、七兄阿巴泰分别和蒙古察哈尔部联姻，构成错综复杂的姻盟，以达到联合蒙古的目的。
皇太极重视农业生产，停止妨碍农业生产的建筑工程，禁止屠杀牲畜，禁止满人擅取汉人财物，禁止放鹰糟蹋庄稼，实行“三丁抽一”政策：一家三丁，一人出去打仗，两人留下从事生产，以保证劳力。这些措施，发展了农业生产，使后金经济有了很大发展。
皇太极还重视风俗习惯的改革。例如满洲有乱伦婚俗：嫁娶不择族类，父死，子可娶后母；兄死，弟娶嫂子等。皇太极下禁令，永远禁止娶继母、伯母、叔母、兄嫂、弟妇、侄妇。
失利宁锦
皇太极的最终目标是夺取明朝天下，他知道明朝虽屡败于后金，国力大为削弱，但毕竟在中原地区绵延了数百年，根基牢固，并不是轻易就可以战胜的。努尔哈赤在宁远之败不久死去，皇太极一上台，就致函宁远巡抚袁崇焕，传达了讲和的意思。袁崇焕针锋相对，回信提出了讲和的条件，要后金从占领的辽东地区退出。在讲和的问题上，双方都没有多大诚意，皇太极不过是想争取时间对朝鲜用兵，而袁崇焕也在争取时间加强防御。
后金天聪元年（1627年）正月，皇太极命大贝勒阿敏、贝勒济尔哈朗、阿济格等统率3万军队东征朝鲜，在朝鲜土地上点燃了战火。阿敏罗列朝鲜不遣使吊努尔哈赤之死等7大罪状，率兵猛攻，占领平壤。朝鲜国王李倧弃京城，带着妻子逃到了江华岛，派其弟原昌君与后金讲和。三月，阿敏和朝鲜在江华岛杀白马黑牛，焚香盟誓，定下“兄弟之盟”。后金大掠三日而返。后金对朝鲜的胜利，从纳贡和开市中获得了一定的物资利益，但更重要的是，这次胜利破坏了朝鲜与明朝的同盟关系，解除了后顾之忧。
在与朝鲜签定“兄弟之盟”后，皇太极将军事触角伸向了明朝的辽西地区，以实现他一统天下的宏图。