明朝在萨尔浒战役中遭到惨败，迫使它从战略进攻转为防御，直至退却，但退到辽西地区，就不想再退了。整个辽沈地区被熊廷弼称为“神京左臂”，京师、山海关、辽沈，形势完整，臂指相连。辽沈失掉后，辽西首当其冲；辽西不保，山海关即失；山海关一失，京城就暴露于敌前，其危亡必在旦夕之间。因此，明廷采纳孙承宗、袁崇焕等人的意见，在辽西地区派重兵镇守，双方在这一地区进行了长达十几年的拉锯战，激烈争夺每一个屯堡、军事要塞和城镇。
天聪元年（1627年）五月，皇太极首次率大军征明，开始了与明朝争夺辽西的拉锯战。
当时，皇太极派遣征朝鲜的大军刚刚回到沈阳，他便得到一个重要情报：明军正在加紧修筑锦州、大凌河、小凌河诸城，在其周围屯田耕种。这些城的修筑工程是明军积极防御策略的一部分，由宁远巡抚袁崇焕独创部署。袁崇焕总结交战以来的经验教训，筑起了一道宁锦防线。他认为“恢复之计”在于“以辽人守辽土、以辽土养辽人，守为正着，战为奇着”。依靠当地人民守卫自己的土地，依靠这里的肥沃土地来维持人民连军队在内的生计；军事上，防御为主，出战、进攻为其次。这一方针完全符合当时当地的实际情况，是阻挡后金的攻势，渐图恢复的有效措施。
皇太极意识到，这些地处辽西前锋的军事要地一旦修缮完整，会给他的进军造成巨大的障碍。他果断命令将士们连续作战，力图抢在这些城池完工之前，一举攻克，以使袁氏的防御体系付诸东流。
六日，皇太极留下贝勒杜度、阿巴泰守沈阳，自率大军朝锦州进发。十一日兵临锦州城下，对锦州形成包围之势，企图迫使明守军不战而降。明平辽总兵赵率教和副将左辅、朱梅等坚守不屈，皇太极的如意算盘落了空。
皇太极下令攻城，战斗进行了一整天，后金伤亡惨重，而锦州城却安然无恙。继续又攻十几天，还是没有攻下来。几次劝降信用箭射到城里，也没有回音；诱使出城会战，明兵凭坚城据守不出。
皇太极无计可施，只得留部分兵力围攻锦州，自率主力转攻宁远（今辽宁兴城县城）。
坐镇宁远的正是名将袁崇焕，他已向朝廷请来各路援兵，出动水师在海上遥相控制，再派部将尤世录、祖大寿率精兵4000增援锦州，他们刚要出发，后金兵突然来到，就在城外二里安营，列枪炮，严阵以待。皇太极督代善、阿敏等领兵进击。袁崇焕坐镇指挥，放射大炮，后金兵一排排倒下，明兵也死伤大半，满桂身中数箭。这一战役延续到第二天，明兵发挥枪炮的威力，使后金继续遭受重大损失，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死，贝勒济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达都受了伤。
宁远不下，皇太极又返回锦州，再次攻城，已是六月四日。时值暑天，将士中暑很多，士气、战斗力都在下降。皇太极知不可久留，决定班师。第二天，大军开始从锦州撤退，整整持续了一夜，至次日黎明，经小凌河城，把明兵已修好的城墙和工事全部毁掉，然后挥军引去。
此战明军防守成功，时称“宁锦大捷”。“宁锦大捷”的取得，除了顽强的抵抗，主要还是袁崇焕的战略发挥了决定性的作用。袁崇焕正确估量了敌我形势：明兵不利于野战，和擅长骑射的后金兵是无法较量的。只有高筑城墙，深挖城壕，坚守城池，用大炮轰击，以制敌取胜。此种战略，正好限制了后金兵发挥优势。
宁锦之战的失利，使皇太极意识到明军的防守仍有巨大力量，在短时期内，他是无法攻克辽西的，但不能攻取辽西，便进不了山海关，更别提夺取北京了。在辽西受阻之后，皇太极决定改变进攻路线，首先扫清前进路上的障碍——蒙古。
明末清初，蒙古分成三大部落：漠北蒙古即外蒙古、漠南蒙古即内蒙古、漠西蒙古即厄鲁特蒙古。漠南蒙古位于明朝和后金的中间，曾经和明朝签订一同抵御后金的盟约。漠南蒙古察哈尔部的林丹汗是元太祖成吉思汗的后裔，每年接受明朝廷给的大量“岁赏”，同后金对抗。皇太极在对付蒙古问题上要有所进展，必须制服这个劲敌。后金天聪二年（1628年），皇太极亲率大军进攻林丹汗，俘获11000余人，追到兴安岭。这次出征，后金既打击了大敌察哈尔，也进一步巩固了对已归服的蒙古诸部的统治。更重要的是，皇太极在辽西受阻之后，又通过征服蒙古，找到了进攻明朝的新路线。
反间计除袁崇焕
袁崇焕驰卫北京
袁崇焕击败皇太极，获得宁锦大捷后，上奏崇祯帝，说山海关一带防务巩固，已不足虑，但蓟门单弱，须防敌人从西路进攻。朝廷没有多加理会，他再上第二道、第三道奏章。
崇祯下旨交由部科商议办理，但始终迁延不行。天聪三年（1629年）十月，清兵果然大举从西路入犯，避开山海关，绕道内蒙古，进攻北京城，这一切都在袁崇焕料中。
明朝初年为防备蒙古人，对北方边防全力注意，修筑长城，设立辽东、蓟州、宣府、大同、太原、陕西、延绥、宁夏、甘肃九大边防军区，即所谓“九边”。东起鸭绿江，西至酒泉，绵延数千里中，一堡一寨都分兵驻守。但后来注意力集中于辽东，其他八镇的防务就废弛了。明太祖本来建都南京，成祖因为在北京起家，将都城迁过去。在中国整个地形上，北京偏于东北，和财赋来源的东南相距甚远。最不利的是，北京离长城只有100多里，敌军一破长城，快马半天，就兵临城下。金元两朝以北京为首都，因为它们是来自北方的游牧民族，不敢深入中原，如果有变，就可以立刻转身逃回本土。明朝的情况却不一样。
明成祖对蒙古采取攻势，建都北京就是为了便于进攻，后来明朝中后期，兵力衰弱，北京地势上的弱点马上暴露无遗。
袁崇焕于十月二十八日得讯，立即兵分两路，北路派镇守山海关的赵率教带骑兵4000西上堵截。他自己率同祖大寿、何可纲等大将从南路西去保卫北京。沿途所经抚宁、永平、迁安、丰润、玉田诸地，都留兵布防，准备截断清兵的归路。崇祯正在惶急万状之际，听得袁崇焕来援，自然是喜从天降，急令袁崇焕作各路援军总司令。袁崇焕部十一月初赶到蓟州，十一、十二、十三三天与清兵在马升桥等要隘遭遇，每一仗都胜了，清军半夜里退兵。但北路援军却遭到了重大挫败。赵率教急驰西援，在遵化城外大战，被清军阿济格所部的左路军包围歼灭，赵率教中箭阵亡。遵化陷落，巡抚王元雅自杀。清军越三河，略顺义，至通州，渡河，进军牧马厂，攻向北京。袁崇焕两日两夜急行军300余里，比清军早到两天，驻军于北京广渠门外。袁崇焕一到，崇祯立即召见，大加慰劳，袁崇焕以士马疲劳，要求入城休息。但崇祯心中颇有疑忌，不许部队入城。袁崇焕要求屯兵外城，崇祯也不准，一定要他们在城外野战。清兵东攻，在高密店侦知袁军已到，大惊失色，想不到袁崇焕如此神速。
二十日，两军在广渠门外大战。袁崇焕亲自上阵督战。从上午八时打到下午四时，恶斗8小时，胜负不决。打到傍晚，清兵终于不支败退，退了10余里。袁军直追杀到运河边上。这场血战，清军劲旅阿巴泰、阿济格、思格尔三部都被击溃。袁崇焕也中箭受伤，中箭的甲胄，像刺猬似的。袁崇焕连获广渠门和左安门两捷，京师转危为安。
袁崇焕知道这是侥幸获胜，在军事上并不可取，尤其在京城外打仗，更不能侥幸。他对部属说：“按照兵法，侥幸得胜，比打败仗还要不好。”崇祯见清兵没有远退，不断催促袁崇焕出战。袁崇焕说，估计关宁步兵全军于十二月初三、初四可到。一等大军到达，就可决战。袁崇焕的意思是，大军在城外坚守，派游军截断清兵粮道，焚烧清兵粮草，再派兵占领长城各处要隘，使清兵没有退路，然后与清兵持久对抗。这是一条非常正确的战略。
但是崇祯是个十分急躁的青年，那时还没满19岁，一见袁崇焕按兵不动，不耐烦起来，催他出战。袁崇焕一再说，要等步兵全军到达才可进攻，现在只有9000骑兵，和敌兵10余万决战，难求必胜。崇祯却怀疑起来了：“你不肯出战，到底是什么居心？想篡位吗？想胁迫我答应议和吗？你从前不断和皇太极书信往来，到底有什么密谋？你为什么一早就料到金兵要从西路来攻北京？”崇祯的性格本来就十分多疑，现在兵临城下，更是又惊又怕。
皇太极借刀杀人
清兵于十一月二十七日退到南海子，溃败后，心中不忿，便在北京郊外大举烧杀。北京城里居民的心理和皇帝一样，听信谣言，说袁崇焕不肯出战，别有用心。许多人说清兵是他引来的，目的在“胁和”，使皇帝不得不接受他一向所主张的和议。于是有人在城头向城下的袁部骑兵抛掷石头，骂他们是“汉奸兵”。石头砸死几名兵士。
就在这时候，清兵捉到两名明官派在城外负责养马的太监，一个叫杨春，一个叫王成德。皇太极心生一计，派副将高鸿中、参将鲍承先、宁完我、巴克甚、达海等人监守。俘虏了两名小小太监，为什么还要派五名将领来监守呢？皇太极一生都很爱看《三国演义》，周瑜利用蒋干盗书使曹操中反间计的手法，皇太极非常清楚，他要设计陷害袁崇焕。这一计策，《清史稿·鲍承先传》记载：“翌日，上诫诸军勿进攻，召承先及副将高鸿中授以秘计，使近阵获明内监系所并坐，故相耳语云：‘今日撤兵，乃上计也。顷见上单骑向敌，有二人自敌中来，见上，语良久乃去。意袁经略有密约，此事可立就矣。’内监杨某佯卧窃听。越日，纵之归，以告明帝，遂杀崇焕。”
高、鲍、宁三人是投降满清的汉人。到了晚上，鲍承先与宁完我二人依照皇太极所授的密计，大声“耳语”，互相说道：“这次撤兵，并不是我们打了败仗，那是皇上的妙计。
皇上单独骑了马逼近敌人，敌人军中有两名军官过来，参见皇上，商量了好久，那两名军官就回去了。皇上和袁督师已有密约，大事不久就可成功。”
这两名太监睡在旁边，将两人的话都听得清清楚楚。十一月三十日，皇太极命看守者假意疏忽，让杨春逃回北京。杨春将听到的话一五一十地禀报崇祯。先前有民谣：“投了袁崇焕，鞑子跑一半。”（文秉《烈皇小识》）民众竟然认为要赶跑满兵，必须先逮捕（“投”）袁崇焕。这些舆论，自然传到了崇祯耳里，现在，太监们的话更加深了他的疑虑。
第二天，十二月初一，崇祯中了皇太极的“反间计”，以议军饷为名，命袁崇焕到紫禁城。当时，北京城戒严，九门紧闭。袁崇焕和祖大寿坐在筐里，被人吊到城上。袁崇焕到了紫禁城平台，崇祯帝并未议饷，而是下令将他逮捕，下锦衣卫狱。祖大寿眼见之下，手足无措，出北京城后等了三天，见袁崇焕没有获释，与何可纲惊怒交集，立即带部队回锦州去了。正在兼程南下赴援的袁部主力部队，在途中得悉主帅无罪被捕，当然也就掉头而回。
崇祯见祖大寿带领精兵走了，不理北京防务，忙派内阁全体大学士与九卿到狱中，要袁崇焕写信招祖大寿回来。袁崇焕心中不服，不肯写，但最后想到“以国家为重”五字，写了一封极诚恳的信，要祖大寿回兵防守北京。这时候祖大寿已冲出山海关北去，崇祯派人飞骑追去送信。追到军前，袁部将士怒不可遏，祖大寿军中喝令放箭，送信的人大叫：
“我奉袁督师之命，送信来给祖总兵，不是朝廷追兵。”使者递过信去。祖大寿读后，下马捧信大哭，一军都大哭。祖大寿对母亲很孝顺，他母亲又很勇敢，儿子行军打仗，80多岁的老太太常常跟着部队。这时她劝儿子说：“本来以为督师已经死了，咱们才反出关来，谢天谢地，原来督师并没有死。你打几个胜仗，再去求皇上赦免督军，皇上就会答允。现今这样反了出去，只会加重督师的罪名。”祖大寿觉得母亲的话很对，当即回师入关，和清兵接战，收复永平、遵化一带，切断了清兵的两条重要退路。
这时祖大寿、何可纲等得到袁崇焕狱中手书，又还兵来救。皇太极对袁部毕竟忌惮，感到后路受到严重的威胁，于是并不进攻北京，反而写了两封议和的信，放在安定门和德胜门城门口，然后取道冷口而还辽东。
第二年八月十六日，一代名将袁崇焕在北京西市被凌迟处死。《明季北略》记载：袁崇焕受刑时，人们咬牙切齿，买从袁身上割下的肉就酒喝，喝一口，骂一声。这个记载，未必可靠。但说明当时京城上下都中了皇太极的“反间计”，误认为袁崇焕“通敌”。认定袁崇焕是大汉奸的明末遗民张岱在《石匮书后集》中记载了袁崇焕的悲惨下场：“遂于镇抚司绑发西市，寸寸脔割之。割肉一块，京师百姓从刽子手争取生啖之。刽子手乱扑，百姓以钱争买其肉，顷刻立尽。开腔出其肠胃，百姓群起抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流齿颊间，犹唾地骂不已。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽，止剩一首，传视九边。”
后来清兵入关以后，定鼎中原，开始修明史，到了袁崇焕的传记时，就翻出了满文档案，把这个计谋大白于天下，乾隆皇帝给袁崇焕平了反。这个反间计没有用一兵一卒，也没有放一箭一炮，就让崇祯皇帝“自毁长城”。
皇太极的反间计能够成功，也与崇祯帝的少不更事有关。当清兵围城时，19岁的崇祯张皇失措，不单表现在将袁崇焕下狱一事上。他认为兵部尚书王洽处置事情不善，将其下狱。围城时一切混乱，监狱中的囚犯乘机大举越狱，于是刑部尚书和侍郎也被下狱。崇祯又“发觉”北京的城墙不大坚固，于是将工部尚书和工部几名郎中一起在朝廷上各打80棍再下狱。三个郎中两个年老，一个体弱，都在殿上被当场活活打死了。
就这样，皇太极巧施离间计，骗得无能的崇祯帝杀了袁崇焕。《明史·袁崇焕传》说：
“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣！”
招降祖大寿
袁崇焕下狱，辽东兵溃，皇太极所率后金兵继续得以在京师附近攻掠。他们见北京不可下，便西趋良乡，克固安，然后返回，过北京近郊时得到消息，原来攻下的十余城皆叛。
天聪四年正月，皇太极亲自指挥后金兵攻下永平，迁安不战而降，滦州也降。二月皇太极率军北返，所得永平、迁安、滦州、遵化皆令贝勒大臣率满洲、蒙古八旗驻守。行前，皇太极当面训谕诸王贝勒：“宜严饬军士，毋侵害归顺之民，违者治罪。”
皇太极率大军东归不久，明朝兵部尚书、大学士孙承宗督理军务，调集各路兵马大举反攻。五月九日，他指挥数万兵马围攻滦州。阿敏等惊慌失措，没做任何抵抗，就下令撤退，弃城逃跑。逃前，下令屠城：已归降的汉官巡抚白养粹以下十余人连同全城百姓全部死于八旗兵的屠刀之下，并将城中财物抢掠一空，仓皇逃去。孙承宗只用十几天工夫，就收复了后金兵占领的永平、遵化、滦州、迁安四城，拔除插在京师脊背上的四颗钉子。孙承宗收复关内四城以后，于崇祯四年（1631年，天聪五年）正月东出巡关，准备重新整备关外的防务。
皇太极得知阿敏逃归，十分震惊。他先治诸将之罪，然后追究阿敏弃城逃跑、肆杀降民的责任。六月七日，他召集诸贝勒大臣，历数阿敏大罪，将其幽禁。这位二大贝勒至崇德五年（1640年）死于幽所。