然而，正当明帝国的航海猛然跃升到全球的最高点水平的时候，这个帝国突然之间又几乎停止了一切航海活动，而且这种瞬间的大转折作的相当彻底，那就是从国家政策的高度进行海禁，也就是说，突然之间关闭了所有的海上大门，而仅仅留下了一些官方的航海贸易，对民间而言，海洋这条财富之路被严严实实地堵死了。
中国历史上的政权往往这样：突然之间从一个极端轻易地地就走向另一个极端。
自然，当明帝国突然做出海禁的决定后，民间强大贸易需求却不可能适应——事实上永远也不可能适应，因为中国和当时的欧洲一样，都在事实上进入了大航海时代，海洋已经是社会经济中的一个重要部分，任何政治权力都无法真正阻止的部分。海禁的结果理所当然地引起反对，而当正当途经的申诉被喝止后，海盗就出现在海平面上。中国的海盗出现得比西方国家晚，因为中国的海上航行也较为迟到，公元前30世纪古埃及出现了最早的帆船，但是中国到殷商时代才出现木板船。显然，因为东方在远古时代土地肥沃、气候适宜，并不太需要海洋。海禁政策等于是切断了民间利益，因此很多人就不得不从合法的航海活动转向非法的航海活动，这就成了海盗。在中国历史上出现得最早的关于海盗的记载出现在《三国志》里面，孙坚智取一位名叫胡玉的海盗，书中有记载：（孙坚）年十七，与父共载船至钱唐，会海贼胡玉等从匏里上掠取贾人财物，方於岸上分之，行旅皆住，船不敢进。坚谓父曰：“此贼可击，请讨之。”父曰：“非尔所图也。”坚行操刀上岸，以手东西指麾，若分部人兵以罗遮贼状。贼望见，以为官兵捕之，即委财物散走。坚追，斩得一级以还；父大惊。由是显闻，府召署假尉。
到明朝的时候，海禁的国家政策促使海盗的活动达到一个鼎盛的时代。
我们总是对明帝国这一大角度的急剧转变感到好奇，这究竟是为什么？帝国的海洋政策从一个极端走向另一个极端？实际上，海禁并非明帝国郑和之后才出现，而是源于名太祖朱元璋的政治理念，明太祖是中国历史上惟一出身赤贫的皇帝，他想恢复一种“鸡犬声相闻，老死不相往来”的简朴的农业社会——实际上，这是一种经典的农民式的思想，一种一亩三分地式国家政策。在这种政治理念的驱使下，明太祖甚至一度连国内贸易都想要禁止，更不用说对外贸易。防御倭寇不过是实行海禁的一个很好的借口——而倭寇的出现实际上正是由于海禁，这显然是在本末倒置。1371年（洪武四年），他颁布诏令“濒海民不得私自出海”，强行命令东南海上的岛屿居民迁徙，而且将他们的故土夷为废墟。
张燮在《东西洋考·卷七·饷税考》中提到：“海滨一带，田尽斥卤，耕者无所望岁，只有视渊若陵，久成习惯……一旦戒严，不得下水，断其生活，若辈悉健有力，势不肯搏（缚）手困穷，于是所在连结为乱，溃裂以出。”顾炎武在《天下郡国利病书。卷九五。福建五》中提到：“滨海民众，生理无路，兼以饥谨荐臻，穷民往往入海从盗，啸集亡命。”《明史·武备志·海防七》中提到：“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也”，“福建边海贫民以海为生，禁海绝其生路，故越禁越乱。”
从这些典籍中我们可以看出，正是海禁政策的颁布才导致明朝海盗的猖獗，之后又屡禁不止，这和明朝这项错误的国策是分不开的。而海禁政策极大地打击了中国的对外贸易，眼中阻碍了中国经济的发展。
东南海的居民一直是以海为田，明朝政府的这一举措，引起了人们的强大不满。在这种背景之下，许多居民都铤而走险，违背了海禁的政策，私自出海，慢慢地就形成了数量庞大的海盗集团。当时，在明朝的钦州出现了一伙生命力极久的海盗，一开始是由一个名叫阮瑶的率领的。他当时率领船队攻打长垫与林虚巡司，烧杀抢劫，将当地的村寨一一尽毁，然后扬长而去。这伙海盗甚至一代代繁衍下去，从来没有停止过跟官府的对抗，令人吃惊的是，就是这同一个海盗集团，竟然坚持与官府对抗了长达280年，直到清朝康熙二十九年（公元1690年），才被最终彻底消灭。而这群海盗则成就了一段海盗神话，成为历史上首屈一指的海盗世家。
而以海禁为出发点的海防方略，根本就不能解决海盗问题。特别是到了明朝中期，海军的战船数量奇缺，士兵缺少战斗力，而且大都是老弱残疾之辈，自然就不能担任起剿灭海盗的大任。在这种情况之下，海盗的活动更加自由，他们几乎可以无视海军的存在，随意登陆，抢劫一番之后便自由离去。
海禁界碑
至嘉靖末，在潭潮惠地区，海盗和山寇已经形成能够互相照应的两大类军事对抗明帝国的势力，城市乡村基本上都成为了海盗和山寇的领地，官府基本上控制不住这种“全民皆寇”的局面。实际上，当时的沿海地区已经对海盗持一种积极支持的态度，在有些地区，民间并没有把这些海盗当成过街老鼠，而更像是欢迎解放者，当时的海盗在沿海地区非常受百姓欢迎，当地商人为海盗提供仓库来囤货，还有人为他们提供各种武器弹药，另外还有人为他们提供日常生活用品。海盗们也娶了很多当地的姑娘，而姑娘的娘家甚至非常愿意把女儿嫁给海盗——这一切都是因为海盗能够为普通居民带来他们希望得到的海上贸易，居民能够从中获益，这些都是官府不能提供给他们的。
一旦获得民间的支持，官府往往就显得势单力薄，有时甚至令人感到可怜。当沿海居民以欢迎的态度对待海盗时，中国沿海就成为了海盗的天堂。不论朝廷花多大的力气来清剿海盗，都始终不能达到目的。在沿海百姓的庇护下，海盗们简直如野草一般，“春风吹又生”。另一方面，这些海盗实际上也是在同时扮演两个角色才获得这种欢迎，即亦商亦盗，他们对待官府自然是兵戎相见，而对普通人而言，他们不过是一群从事海洋贸易的商人。福建巡抚许孚远曾说过“市通则寇转而为商，市禁则商转而为寇。”另一方面，这些海盗实际上也将明帝国的对外贸易的疆土一直拓展到了东南亚，和西方的海上列强们竞争与合作，各自获得利益。他们逐渐形成了亦商亦盗的走私海盗集团。
当然，海上贸易一旦失去政府的管理，就会以一种无政府的姿态出现，有时明帝国的海盗集团与倭寇为盟，有时也会联络佛郎机、红毛夷。就这样，这些海盗们通过商业累计起大量的财富，然后建立起更庞大的舰队，这就让他们的实力日益膨胀，足以和政府相抗衡。
在明帝国时期，动乱的沿海地区备受正史责备的是一群名为“倭寇”的海盗，而“倭”一向是用来指称日本，自然，日本成了明帝国指责的主要对象，然而，事实却并非如此。
据有关资料记载：嘉靖二年（1523）六月，日本封建主大内氏使臣宗设、谦导与细川氏使臣瑞佐、宋素卿，因争夺对明贸易，在中国土地上相互撕杀。宗设格杀瑞佐，又以追逐宋素卿为名，大掠宁波、绍兴一带。杀掳明朝指挥刘锦、袁琎等，夺船出海而去，此即震动朝野的“争贡之役”。此后，明朝政府要求日方惩办宗设及倡首数人，放回被掳中国官民，缴还旧有勘合，遵守两国所订之约，如此方许换给新勘合，继续贸易。然而，日方没有答复这些要求，致使双方贸易实际中断。由是倭寇走私贸易猖獗，并伺机多方掳掠。二十一年，倭寇由瑞安入寇台州，攻杭州，侵掠浙江沿海。二十三年，许栋、汪直等导引倭寇，聚于宁波境内，潜与豪民为市，肆行劫掠。倭寇在山东、南直隶、浙江、福建、广东沿海大肆烧杀掳劫，江浙一带民众被杀者达数十万人，严重破坏了社会生产力的发展，威胁东南沿海人民生命财产的安全，激起中国朝野上下各阶级、各阶层人民的愤怒反抗。福建巡抚在谭纶、戚继光、总兵俞大猷等领导下，东南沿海军民浴血奋战，抗击倭寇。三十二年，俞大猷率精兵夜袭普陀山倭寇老营，重创倭寇，又在王江泾歼灭倭寇两千人。四十年，戚继光率戚家军等在台州九战九捷，痛歼入寇台州之敌。此后，戚、俞联合，基本肃清福建、浙江倭寇。四十四年，戚继光与俞大猷二军配合，击灭盘踞在广东、南澳的倭寇。至此，东南沿海的倭寇最后荡平。
在这段正史的记载中，有一点始终没有澄清，那就是许多人都认为所为倭寇，就是日本人，但是事实并不完全是如大部分人理解的那样。根据史书记载，他们中其实存在着许多华人海盗，甚至以其为主体，而明军在围剿的过程中则不分他们是中国的“刁民”还是日本的“真倭”，一律称他们为倭寇。《筹海图编》中提到：“今之海寇，动计数万，皆托言倭奴。而其实出于日本不下数千，其余则皆中国赤子无赖者人而附之耳。”顾炎武在《天下郡国利病书》提到：“嘉靖壬子，倭寇初犯漳泉，仅二百人，真倭十之一。余皆闽浙通番之徒……”
由此可见，其实倭寇中还是混杂着很多中国人的。福建按察使宗方城曾经给了友人一封信中，在信中他对嘉靖三十七年（1558）四月倭寇攻陷福州府福清县的事进行了详细的叙述。
倭寇
当时中国海盗派出倭人打头阵，但是当攻城成功之后，中国海盗就先把抢劫来的所有财物都席卷一空了，然后骗倭人说有个地方有非常巨大的宝藏。倭人居然相信了，结果很显然，倭人官军俘虏，而中国海盗依然逍遥法外。
当时的海盗主要是由商人和贫民组成。头目是许栋兄弟、李光头、王直、徐海、毛海峰等。而那些以抢掠为主业的“真倭”则由浪人和失业武士组成，他们很多都被中国海盗集团雇佣，就如顾炎武所说，“真倭”仅仅占倭寇的十分之一。