郑和远航盛极一时，但究竟郑和和明王朝为什么要进行这场声势浩大的远洋航行呢？尽管所有中国人都知道郑和的伟大航行，然而，究竟为什么要进行这次远航却没有多少人能回答的清楚无误——这颇令人费解，如此劳师动众的远航竟然目的不明！因此，后人不得不为这次远航做出种种猜测。
归结起来，大致有三种看法，即郑和是负有三种使命，一，寻找明建文帝，因为这在中国被视为对新统治者最大的政权威胁；二，新建立的明帝国需要对外昭示威德，建立新的世界秩序，确立明帝国的世界核心地位；三，联合印度，共同抗击对明和印度都构成威胁的贴木儿帝国。这三种看法有人认为是单独执行其中某一个，而更多人的相信郑和同时肩负多种使命，这三种很可能都在其内。
对第一种看法，也许有，也许没有，但似乎无论从哪方面能量都不可能是作为主要目的，仅仅作为次要目的还可以接受，因为如此大张旗鼓地去寻找一个失势皇帝显然是用倾国之力去追打一个乞丐，毫不必要。第二个看法是最令人接受的了，也是最合理的解释，但在西方人看来就显得有些不可思议了，在今天普遍接受西方熏陶的中国人看来也有些国家阿Q精神，然而，这在清帝国之前的中国历史中往往如此，因为东方倾向建立一种“德威秩序”，而西方更看中“武力秩序”，这是东西方在19世纪之前，在国际秩序方面最根本的不同。而第三个，则是带有明显政治出访性质的，只是这样庞大规模的政治访问以及联盟会谈如同身披盛装的部落酋长带着炫耀的大船队去访问另一个同盟伙伴，会让任何一个同盟伙伴感到惊愕不已的，但郑和负有一些现实的政治使命也是真实的。因而，应该说，郑和远航负有一个主要使命和多个次要使命——除寻找建文帝和与印度建立联盟外，应该还有诸多其他次要使命，如建立海洋贸易、勘察世界、勘探海洋地理、打击海盗等，总之，郑和不可能为了单一的某一个目的三番五次地远航——因为每一次远航实际上都是一次豪华旅行，其费用相当昂贵，如果就某一个单一目的，显然不值得如此耗费，况且，明帝国从建立的第一天起就一直受到北方和西方蒙古势力的战争威胁，不可能花费巨大财力而不顾北方威胁，巨大的军费已经让明帝国感到吃力。
而且，实际上明帝国进行这样大的远航也有着深刻的各种现实原因，并非仅仅为了炫耀德威那么简单。洪武十三年，胡惟庸案发生。胡惟庸及其党徒为了颠覆朱明政权，不仅与蒙私通，而且通倭，企图“借兵助已”，（《明史》卷三二二，日本传）发动一场里应外合的政变。
胡惟庸案在海外也产生了很大影响，胡惟庸案导致了当时明帝国威信在东南亚一带的低落，这里原本恭顺的各国现在对明帝国使节颇为怠慢，或者干脆欺骗、利用，显然根本没有再把明帝国的威信当作一回事，为什么？因为他们发现，即使违背明帝国，大明“天子亦不能问罪”（“胡惟庸谋乱，三佛齐遂生异心，绐我信使，肆行巧诈”，而大明“天子亦不能问罪”《明史》卷三二四，三佛齐传）。明朝在海外的影响因此一落千丈。到洪武末年，中国与东南亚及南亚沿岸30国“商旅阻遏，诸国之意不通”，以至明朝政府颇有“诸番久缺贡”之感。（《明史》卷三二四，三佛齐传）。建文四年（1402年）九月，明帝国使节从东南亚返回南京，向建文帝汇报了当时东南亚一带的情况，他告诉这位皇帝，东南亚各国大多数属于群岛国家，而这些国家中许多都与当时对抗大明帝国的中国海盗或者倭寇有着密切联系。（“使臣有还自东南夷者言，诸番夷多遁居海岛，中国军民无赖者潜与相结为寇”（《明太宗实录》卷一二），同时，社会上又传“传言建文帝蹈海去”（《明史》卷一六九），这不能不使朱棣担忧。
除明帝国内部的危机外，明帝国在海洋上也同样遇到不小的麻烦。
唐天宝十年（751年），唐帝国在与阿拉伯帝国争夺中亚控制权的战役中失利，这场战役的失败对唐帝国和阿拉伯帝国本身来说无关紧要，因为双方当时都处于盛世，谁也无法彻底击败对方，也都没有这样的战略意图。但对唐帝国来说却有一个重大的转变，那就是因为丝绸之路因这场战争而受到阻断，唐帝国的对外陆路交通受阻，陆地对外贸易也因此低落，于是海上交通就取而代之，逐渐蓬勃发展。唐代著名的地理学家贾耽就记载了从广州经由东南亚，直至波斯湾、红海的海上交通线。（《新唐书》，卷四三下，地理志，广泛通海夷道。）至明初洪武、建文时期及永乐初年，中国的沿海地区及在中国与周边海外国家的关系上出现了历史上从未有过的“多事之秋”。在西南沿海，由于安南黎氏政权对占城和中国肆无忌惮地侵略扩张，“占管人民，杀虏男女”（《明太宗实录》卷四六）。不仅是明帝国与安南刀兵相见，明帝国还有不计其数的海盗忧患。从洪武元年（1368年）开始，浙江昌国县兰秀山反明武装集团屡次叛乱，这支叛军一路攻入象山县，抓获了县官，并且对象山进行了大肆劫掠（“入象山县，执县官，劫掠居民”，《明太祖实录》卷三二），失败后余党又以高丽等海外国家为避难之所。又有方国珍、张士诚的余党及与之有着千丝万缕联系的豪强地主，这一部分反明势力，人数不多，能量很大，“往往纠岛入寇”（《明史》卷三二二，日本传），渡海攻城劫掠，在沿海地区骚扰捣乱；或与其他反明集团或团伙串通一气，以沿海岛屿或南海诸岛为据点，“私自下番，交通外国”（《明太宗实录》卷一0）。
为了解决种种来自海上的威胁，明太祖朱元璋采取了一些对策。洪武三年，明朝刑部遵照朱元璋的旨意审决了自高丽引渡回的兰秀山叛民陈君祥等，给予逃往海外的反明势力一定的打击。洪武四年十二月七日，朱元璋又命令将方国珍旧部和兰秀山无田粮而充船户的居民凡111730人分隶各卫为军，加以羁束，并籍以加强明朝海军的力量。
洪武年间，广东人陈祖义等因犯事全家逃亡海外，占据通往西洋诸国海上交通孔道的旧港，接着不断有“广东漳泉州人逃居此地”的事件发生。而陈祖义就成为这支海盗的领袖，开始对周围海域进行大肆劫掠（“充为头目，甚是豪横，凡有经过客人船只，辄便劫夺财物”，马欢《瀛涯胜览·旧港国》）。陈祖义“为盗海上”，不仅劫掠商旅，阻断中外贸易，而且劫掠西洋诸国来华使节，这导致明帝国与海外各国的贸易和政治交往大受威胁（“梗我声教”，“贡使往来者苦之”《明史》卷三二四，三佛齐传）。另外在占城沿海，还有张汝厚、林福等领导的海盗集团，他们同样为患海上（“自称元帅，劫掠海上”《明太宗实录》卷八四）。而且，这些海盗的活动不但在明帝国的海上边界附近为非作歹，而且还对国内有着很大的吸引力，由于种种原因憎恨明帝国的人因此知道了他们应该去哪里。在蓝玉案中株连被害者卢江何某，其第四子就逃亡出海，“集舶为寇”，势力甚强。（《卢江河氏家记》，《玄览堂丛书续集》第11册）
如果以现实主义看待郑和下西洋的话，他的政治使命显然不够分量。明成祖即位后就在筹备派郑和下西洋，其中的政治使命之一是关于访问日本。因为当时明帝国不但受到北方蒙古人的威胁，也受到南方沿海地区海盗的威胁，尽管海盗远不象蒙古人的威胁那样强烈，但由于明帝国的经济中心在南方，而且海洋贸易又是明帝国的重要财政收入之一，因此，海盗的干扰就成了明帝国的另一个心腹之患。而海盗所依靠的主要基地就是日本和南洋一带岛屿，日本由于地理位置而成为海盗最好的选择。因此，郑和实际上也曾访问日本。
明永乐二年，郑和从桃花渡（今浙江宁波附近）东渡至日本，作为大明帝国的重要使节，郑和与日本政府进行了会谈，主要内容就是共同打击海盗，同时也接受了日本希望与明帝国进行贸易的要求，日本政府也接受了郑和的建议打击海盗。另外，日本也接受了明帝国“日本帝国”的封号和金印、冠服等，并遣使致谢，与永乐朝正式建立了外交关系，双方签订了“勘合贸易条约”，即“永乐条约”。这等于说日本名义上接受了明帝国的“德威秩序”，而显然，这是一个平等条约，因为日本与明帝国实际上各取所需。
对郑和下东洋一事，不论是《明史》成书的清人著作，或者是其他明朝时期的有关记载，或者日本史书的记载，都证明永乐二年郑和确实出使过日本。顾炎武在《天下郡国利书》中有专门论述：在明永乐二年四月，明帝国派出了一支由11艘船组成的一支舰队曾在穿山一带海域与海盗激战。就在这一年，明帝国派遣郑和统帅海军十万人，并且也向日本发出了共同打击海盗的信息，日本很快就会应了大明帝国的要求。（“文皇帝永乐二年四月，夷船一十一只，寇穿山，百户马兴（与战）死亡。寻寇苏松诸处。是年，上命太监郑和统督楼船水军十万诏谕海外诸番，日本首先纳款，擒献礼边倭贼二十余人。”顾炎武，《天下郡国利书》）《日本一鉴·穷诃话梅》卷六“流通”条对郑和出使日本的前因后果也作了记载：永乐二年，倭寇袭击浙江、直隶一带，明帝国派遣郑和前来日本，随后，在永乐三年，日本对海盗采取了军事打击（“永乐甲申（二年），倭寇直隶、浙江地方，遣使中官郑和往谕日本王。明年乙酉（永乐三年），其王源道义遣使献所俘倭寇尝为边患者”，《日本一鉴·穷诃话梅》卷六“流通”条）。《筹海图编》“直隶倭寇变记”中也有同样的记载（“永乐二年四月，对马（壹）歧倭寇苏松，贼掠浙江穿山而来，转掠沿海，上命太监郑和谕其国王源道义，源道义出师获魁以献。”，《筹海图编》“直隶倭寇变记”）。还有明朝人冯应京在其《皇明经世实用编》中也记述说，永乐二年，海盗袭击浙江和直隶，皇上命令郑和前往日本会晤日本国王源道义，源道义答应出兵协助，郑和也代表明帝国封其为日本国王，同时赠名日本的名山为寿安镇国山（“永乐二年，倭寇浙直，乃命太监郑和谕其国王源道义。源道义出师获渠魁以献，我于是有什物纹绣之赐，封为日本国王。名其国之山曰寿安镇国山。”，冯应京在其《皇明经世实用编》）。清人俞维麟《明书·戎马志》记载：“永乐二年，冠浙直，乃命太监郑和谕其国王源道义，源道义乃执其渠魁以献”。
然而，郑和远航不仅没有像西欧冒险家的远航那样带来巨额利润，反而使国库空虚。郑和每次出海，装载大量的金银，瓷器，丝绸，铜器，铁具等，而换来的是专供皇室和贵族官僚享用的奇珍异宝，香料，补药等各种奢侈品。当然，郑和的远洋也收到了预期的目的，那就是得到了南洋和西洋诸国的几乎一致的支持和认同——尽管在今天看来这种认同，或者说所谓的明帝国“德威秩序”的建立似乎有些一厢情愿或者干脆说是自欺欺人，但无论怎样，郑和的主要预期目的就是如此，他没有辱没使命。郑和第六次出海远航主要目之一就是护送忽鲁漠斯等16国使臣返回自己的国家，而郑和所到之处也大多受到了热情欢迎，如郑和在第六次曾到榜葛刺（今孟加拉）访问。榜葛刺国王带着官员及迎宾的礼仪用品，骑着马，排起长长的队列欢迎郑和上岸。郑和与国王一起，在身穿盔甲的军士护卫下，向王宫走去。王宫大殿前设孔雀翎伞盖百余，又有百余头大象列队，欢迎的场面降重而又热烈。郑和宣读明成祖的诏书，国王拜接，并叩头谢恩，随后国王举行盛大宴会款待郑和。