“官官相护”之恶习必终致“官民对立”。另外，还有广东守将童政的案件。童政剿平盗匪无功，却在收复的城市里屠杀数千百姓。但是别的同僚对朝廷的报告中竟说他保卫城池有功，把他说成平贼的英雄。还有温果杀害百姓19人，仅仅记一小过，便算了事。另外有一个小军官，打算报称杀贼立功，竟闯入民家，在青天白日之下杀害妇女五六人，带着砍下的人头回去，说是斩杀贼匪的人头。这件事实在惨无人道，遮掩不了。在朝廷派人调查时，那个军官辩称，在交战之时，他不能看清是男是女，因而误杀。这些都是当时的虐政。苏东坡对这些事，实在不能默尔而息。
最重要的案子，惹得众怨沸腾的，就是周撞一案。对这件案子，苏东坡实在无法克制自己了。王安石的余党暂时失势，现在都在偏远的外地为官，竟想卷土重来。那些魁首如吕惠卿、李定、蔡确等人已遭罢黜，但是他们的好多朋友还都在京为官。为了试探朝廷对他们的态度，他们找了一个默默无名的书院教师周穗试上一表，表中提请将王安石的灵牌安置在太庙中神宗皇帝的神牌之下，好能共享祭祖。如果太后准其所请，那些阴谋小人就可以看做是个分明的信号，他们又可以出来公开活动了。
苏东坡看出他们如此试探的企图，立即对这些唯功名利禄是求的投机分子大施挞伐。他举出他们16个人的名字，责骂他们是“机虱”、“蝇蛆”、“佞奸小人”、“国之巨蠢”。这一次他对王安石不再婉转其词，而几乎公然以诈伪骗子称之。他向皇太后说，如果富弼、韩琦、司马光有一人尚在，这些鼠辈决不敢露面。他说，如果对这些阴谋小人不予以当头棒喝，则“惠卿、蔡确之流何忧不用！青苗市易等法何愁不复哉！”据他自己观察，他深信此种情形必会出现。实际上，他已萌去朝之志，他说君子如膨凤，难求而不易留养；小人则“易进如蛆蝇，腥膻所在，瞬息千万。”其理至明，人若不愿与蝇蛆为伍，只有远避。
自从到了显赫位置，苏东坡一直以其强烈的名士本色做事，公正无私，坦直无畏，这必然会得罪很多人，包括一些有分量的人物。除了王安石的余党，还有不少人都视苏东坡为眼中钉、肉中刺！这帮人不将苏东坡弄下台，感到没有出头之日，于是弹劾他的表章不断到达皇帝和太后手中。
【东坡名诗】
江边石壁高无路，上有黄牛不服箱。
庙前行客拜且舞，击鼓吹箫屠白羊。
山下耕牛苦硗确，两角磨崖四蹄湿。
青刍半束长苦饥，仰看黄牛安可及。
——《黄牛庙》
4．不因失去光鲜的位置而消极
苏东坡起草任用吕大防的圣旨，圣旨上赞美吕大防勇于任事，屹立不移，又说在王安石时百姓饱受压迫，人心消沉，王即去位，“民亦劳止，汔可小休。”这句话是引自《诗经》，苏东坡没有想到，原诗乃讽刺暴君，现在自己从中引一句，在恨他的人眼里，这是故意将神宗比作周厉王。对手们终于抓到了最有力的证据，对苏东坡扣上毁谤先王的帽子！
皇太后本来是相信苏东坡的，一直保护着他，到此时也不好替他说话了。苏东坡一夜间丢掉了高位，外放杭州，任太守，这等于又回到了以前的位置。
元祐四年（1089）七月，苏东坡到达杭州，时年52岁。他没有因失去皇帝身边光鲜的位置而难过，反而如出笼的鸟儿一样，感到了身心的解放。
苏东坡一到杭州就投身到工作之中。在短短的一年半之间，他给全城实现了公共卫生方案，包括一个清洁供水系统和一座医院，他又疏浚了盐道，修建西湖，稳定了谷价，不惜与朝廷及浙西邻省官员意见相左，以“虽千万人吾往矣”的精神，只身展开救济饥馑的工作。
苏东坡发现杭州城有许多需要改善的地方，例如有好多百年的老房子，军人住的营房漏雨，军火库更是破烂不堪，城门楼上的房顶都露出一片片的天光。以前的几任太守曾经自筑官舍，如中和堂、有美堂等新宅第，把旧房子弃置不顾。苏东坡在杭州主政时期，曾有一栋坍塌，二人惨遭压毙，另一栋倒塌时，一家四口全死在其中。苏东坡又利用自己与皇太后的关系，他上表请求拨款四万贯修缮官舍、城门、城门楼、27座谷仓。
当时杭州城有50万人，是一座大型城市，这么多人生活，最令人头痛的是居民的用水问题，因为由于通过杭州城的运河充塞淤泥，给居民用造成了困难。苏东坡决定治理运河，他专门请教了一些专家，将运河的高度测量之后，拟定了一项计划，其要点是防止淤泥沉淀，保持运河地区的清洁。问题是，两条运河需要海水才能保持运河上的交通，而海水则带进淤泥。在仔细研究之后，苏东坡确定的是：盐桥河通过市区，必须保持清洁，但海水可设法使之从别处流入茅山运河，因茅山运河是流经人口稀少的城东郊区。另在钱塘江南部建水闸，海潮高时将闸关起，潮低时再放水。两条运河在城北相会。等钱塘湾的水经过郊区的运河之后，已经流过了三四里，泥沙当然已沉淀下。盐桥河必须保持清洁，此河面比另外那条运河水面低四尺，所以郊区那条运河的水可以供给城市中的运河一部分水，那水也几乎很干净了。为保持城内运河的水位，他又在城北余杭门外开了一条新运河，与西湖相通。这样，水之供给不虞匮——疏浚城内盐桥河的花费与麻烦也就可以避免了。
这是他在杭州第一次的工程，始于他到任后三个月，第二年四月就竣工了。这工程非常有效，运河的水深到8尺，城中父老高兴地说，这么深的水，以前从未有过的，交通方便多了。
接下来，苏东坡开始着手治理西湖。我们先来读一读他的《饮湖上初晴后雨》：
水光潋滟晴方好，山色空蒙雨亦奇。
欲把西湖比西子，淡妆浓抹总相宜。
西湖使杭州有人间天堂之称，而西湖也是人工创造下美得无以复加的艺术品。唐代大诗人白居易与西湖有不解之缘，现在苏东坡也来与西湖建立情感了。往后的历史，西湖与苏东坡密不可分了。
苏东坡在湖上动工之前，西湖一直在日渐缩小，湖面蔓草丛生，日形繁殖。18年前，他任杭州通判时，野草遮盖了十分之二三的湖面。现在，他重回杭州，发现野草已经将湖面遮盖了一半，不由得很难过。据地方志记载，在唐朝白居易的时代，西湖水灌溉了杭州大部分的稻田，落一寸水足可以灌溉25亩田，每24小时，西湖可以供水8亩。可眼前，白居易的工程差不多已被毁坏。
在别人看来，治理西湖很简单，清除水草而已，但实际上并不容易。苏东坡在元祐五年（1090年）四月，给太后上了一道表章，简述他疏浚西湖的计划和理由。在五月，他又上书给门下、尚书各省。他说若不急行设法，20余年之后，湖面将全被野草遮蔽，杭州居民将必失去淡水的来源。西湖水用途多，如灌溉稻田、供水给运河、供给好水以便造酒，此与朝廷税收有关。他提出要清理遮蔽湖面的水草250方丈，或是11方里。此项工作需要20万天的人工，按一天人工清除1方丈左右计算，每一工55个钱，加上3升米，全部计划需要340贯，他已然筹得一半，请太后再拨给他170贯。
朝廷批准了此项工程，苏东坡和数千工人和船夫一起活动起来，费时四个月，工程完毕。现在的问题是如何处理堆积如山的水草和淤泥。苏东坡计上心来，即建筑湖上的长堤。那时湖滨已密密地围起来，全是富户的庭园别墅。由南岸步行到北岸的人必须顺着蜿蜒的湖边走大约二里之遥。一条湖上的直堤，除去可以供人步行外，也可以增加湖面的美丽，巳大为缩短往返的距离。