2侵染途径和危害特征：病原细菌一般是从食用菌组织表面上的伤口侵入危害的。这些伤口有的是机械损伤，如采摘子实体时留下的伤口，昆虫咬啮的伤口，线虫钻蛀留下的伤口等。病原细菌一般不穿过寄主细胞，常在胞间组织繁殖。传染途径主要是通过喷水、雨水滴溅、昆虫媒介、栽培者衣物、手及操作工具、培养料、覆土等进行传播。
3防治方法：防止菇房内湿度过高，特别当气温高时，不要使菇房长期处于高湿状态。经常通风和清扫栽培场脏物、床面，特别注意清除采摘子实体时留下的残蒂，综合防治食用菌害虫。栽培时，培养料用0.2%多菌灵拌料对防治细菌有效。当病害发生严重时，可向菇床表面喷1800倍漂白粉清溶液（清液）。
3、病毒病
病毒是一类无细胞形态的微小生物，在显微镜下放大数万倍才能见到。
受病毒侵染的菌种菌丝生长缓慢、稀疏.颜色变黄，在试管中还可观察到没有菌丝体生长的光秃斑块。栽培过程中受病毒侵染的子实体原基形成迟缓，菌柄细长，菇形矮化，子实体畸形。
病毒病症容易和环境因子引起的生理性病害相混淆。应在病因鉴别时注意。
防治方法：预防为主，目前尚无治疗菇类病毒病的药剂。预防措施主要是老菇房、菇场，特别是发现病毒侵染的菇房要彻底清扫、消毒，防止病菇残留组织传播病毒。切断菌种、昆虫、带病孢子传播途径，选育抗病品种。
（二）非侵染性病害（生理性病害）
当环境条件中某一因子的质和量的变化超过食用菌所能适应的范围，食用菌的正常生理活动就会受到阻碍甚至遭到破坏而发生病害。这种由于环境条件不良，引起生长发育障碍而非生物范畴的病害，一般称之为非侵染性病害。非侵染性病害一般不传染。
1、病因
常见食用菌非侵染性病害的病因有如下九大类：营养物质缺乏；水分失调；高温、高湿；冻害；光照低于或高于耐受值；有害气体或化学物质（如二氧化碳、二氧化硫等）浓度过高；不适当使用农药等。
2、症状
非侵染性病害常见的症状是畸形。如：
（1）二氧化碳浓度过高引起平菇形成柄细长，盖薄小的“钉菇”蘑菇子实体畸形则柄长，盖歪或呈不规则组织团块。
（2）在完全无光的山洞、地下室栽培香菇则不长菇，只长菌丝因为香菇在有散射光下才能形成子实体。
（3）农药使用不当，浓度太高引起不出菇或畸形菇等。非侵染性（生理性）病害的主要特点是在覆土、菌丝体、畸形子实体上没有任何致病生物体，因而不褐变，不腐烂，环境条件适宜时即可恢复正常生长。
3.防治方法
对症预防和治疗，如覆土受农药污染，可试用换土方法治疗，以早换为好。二氧化碳中毒，应加强通风换气等。
三、食用菌虫害
食用菌栽培常受到害虫侵袭造成减产，甚至绝收。目前已记载的食用菌害虫种类最少有50种以上，能成灾或引起局部减产的种类在15种左右。这些害虫分属于昆虫类、螨类、软体动物类。
（一）昆虫类害虫
危害食用菌的昆虫类害虫主要有眼菌蚊、瘿蚊类、蚤蝇类、果蝇类、跳虫等。
1、眼菌蚊
又名尖眼菌蚊，俗称小黑蚊子，小苍蝇。属双翅目，蚊类昆虫其危害蘑菇、平菇等所有菇类。
（l）形态识别：成虫体小，长2—3毫米，黑色，有典型细长直触角，在菌床上爬得极快。卵圆形，白色透明至乳白色.单生或成堆生，产于低洼潮湿处，有培养料时产在培养料缝隙表面，少数产在菇体上。幼虫细长，白色透明至乳白色，头黑色，骨质化，喜食腐殖质。常危害原基及菇蕾，幼虫也在菌褶内危害。
（2）生活史。
（3）危害症状：幼虫取食菌丝造成菌丝萎缩、退菌，菇蕾枯萎死亡，蛀食子实体，使其布满幼虫，蛀成孔道，发生腐烂或失去商品价值。
（4）防治方法：
（1）培养料在栽培前进行处理。对培养料进行后发酵或用石灰水浸泡，可杀死料中虫卵。对幼虫如在出菇前发生，可用敌敌畏等熏蒸。子实体形成后，可喷洒1：150—200倍液体除虫菊或0.1%的鱼藤精。床面无菇时，用0.2%乐果乳剂。
（2）利用成虫的趋光性进行诱杀。在菇房内挂几个黑光灯或普通灯，灯下放一个盆，盆内水中适量加洗衣粉及农药，引诱成虫投入水盆内。诱杀中密闭门窗，防止外边成虫飞入。
（3）菇防进料前进行彻底消毒处理。
（4）保持菇房内、外清洁卫生，门、窗及通风口安装纱窗，防止成虫飞人。
（5）利用药物进行防治。
2.瘿蚁类
别名瘿蝇、小红蛆、菇蝇。属双翅目，瘿蚊科害虫。种类很多，其主要危害蘑菇、平菇、银耳、木耳、香菇等。
（1）形态：成虫体细弱，微小。体长0.9—1.3毫米，翅展1.8—2.3毫米，小蝇状，淡褐色（或黄或茶红色）。幼虫蛆形。初孵幼虫白色，体长0.28—0.30毫米。老熟幼虫米黄色或桔红色，体长2.9毫米左右。
（2）生活史。
（3）危害症状：幼虫在培养料和覆土中繁殖危害，直接取食菌丝及幼小菇蕾，使菌丝衰退，菇蕾死亡。幼虫到子实体上取食菌皮，造成明显的伤痕及斑块。菌柄与菌盖的连接处，菇根上常聚集大量幼虫。子实体因带虫及虫伤.使品质下降。
（4）防治方法：同眼菌蚊的防治方法基本相同。此外，要筛选抗虫性强的菌株；适当控制培养料含水量，保持料面干燥；幼虫耐药较强，敌敌畏、杀灭菊脂正常浓度下不能杀灭，要抓好早期防治。成虫有很强的趋光性，不耐药，很多农药都可杀灭它。
3.蚤蝇类
别名厩蝇、粪蝇、菇蝇。属双翅目蚤蝇科害虫，种类很多，主要危害蘑菇、平菇、银耳、黑木耳等。
（l）形态：成虫小蝇状、体黑色或褐色，卵椭圆形，白色。幼虫蛆形，白色无足，体长约4毫米。成虫喜在长有幼嫩菌丝的培养料上产卵。
（2）危害症状；幼虫常集中在菇蕾附近取食菌丝，引起菌丝衰退而使菇蕾萎缩，主要蛀食子实体，造成子实体变褐色、枯萎、腐烂。长大的子实体常因被钻蛀成孔洞，降低或失去商品价值。蚤绳的大量发生常常招致青霉、木霉的污染。
（3）防治方法：与眼菌蚊防治方法基本一致。
4.果蝇类
属双翅目果蝇科，危害食用菌的主要有食菌大果蝇、布氏果蝇、两点果蝇。其危害蘑菇、平菇、银耳、木耳、毛木耳等所有食用菌。
（1）形态：成虫淡黄色，体长3一4毫米，展翅7—9毫米。成虫具有趋光性，对糖醋液也有趋性。卵椭圆形，白色至淡黄色。幼虫为蛆形。初期白色透明，老熟幼虫体黄色。
（2）危害症状：幼虫取食菌丝，造成菌丝退缩、消失。使培养料呈黑色。蛀食子实体或耳片，造成子实体萎缩、腐烂或使菇内带虫。失去商品性。
（3）防治方法：与眼菌蚊防治方法基本相同。另外，利用果蝇成虫对糖醋液有趋性的特点，可用酒：糖：醋：水=1：2：3：4配成混合液，加几滴敌敌畏，置于灯下诱杀成虫。
5.跳虫
别名烟灰虫。属弹尾目，是小型低等昆虫。本目危害食用菌的主要跳虫有角跳虫、黑扁跳虫、紫跳虫、黑角跳虫和菇疣跳虫。其危害蘑菇、平菇、香菇、草菇、银耳等多种食用菌。
（1）形态：跳虫体柔软无翅，体长1—2毫米，成虫灰色，灰紫色，幼虫白色。成虫常在培养料或子实体上迅速爬行，但通常为跳跃式前进，形态。
（2）危害症状：在20—28℃时大量发生，取食菌丝体，严重时成千成虫聚集于接种穴周围。有的直接取食子实体。跳虫还会携带病原菌及病毒而引起杂菌污染。
（3）防治方法：同眼菌蚊。
跳虫是栽培环境潮湿，卫生条件极差的指示害虫。应以预防为主，改善栽培场所卫生条件，防止栽培场所积水过湿是防治的关键。跳虫不耐高温。“也可用1：1000倍敌敌畏加少量糖蜜诱杀成虫。”
（二）螨类害虫
别名菌虱、红蜘蛛，其属蜘蛛纲，蜱螨目。螨是食用菌栽培中危害极大的一类害虫。螨类的繁殖力极强，个体微小，分散活动时很难发现，当聚集成堆时才能被人们所察觉，已对生产造成危害，使人防不胜防。螨不是昆虫，也不是蜘蛛。几乎所有食用菌的菌种都能受到螨的污染危害。栽培中常严重受害的食用菌有蘑菇、平菇、草菇、香菇、银耳、木耳等。
危害食用菌的螨类种类很多，主要为粉螨、根螨和食酪螨。
（l）形态。
（2）危害症状：螨类大量发生时，成团聚集，吃光菌丝，吃空菌柄、菌盖，菇蕾干缩萎蔫。螨如谷糠布满菇床，造成绝产。
（3）防治方法；螨类主要发生在谷物仓库、饲料间、鸡舍、糠麸、棉籽壳、稻草等中，喜栖温暖、潮湿的环境。在18—30℃条件下，栽培场所湿度大时，最易引起螨类发生。在栽培中。螨类主要通过培养料、菌种或蝇类进入菇房。因此，清洁卫生和预防性杀虫是关键（请参阅眼菌蚊防治方法）。若菇床上出现螨类危害，也可采用药剂防治。发菌期可喷洒50%氧化乐果1000倍液，出菇期可熏杀或毒耳诱杀。
（三）线形动物类害虫—线虫
目前所报导的食用菌线虫，大多数为小杆线虫。被危害的食用菌品种为蘑菇、香菇、草菇、黑木耳、平菇等。
（1）形态：线虫是一种无色的小蠕虫，形体较小，仅1mm左右，需在显微镜下观察。线虫在菇体内繁殖很快，幼虫经2—3天，就发育成熟，并再生幼虫，线虫无处不在。
（2）危害症状：受到小杆线虫侵害的一个共同特点就是子实体腐烂，形成一股特殊的腥臭味。银耳、木耳受侵害后，耳片呈流鼻涕状，最后消融。
（3）防治方法：清洁卫生，预防性杀虫，做好蚊、蝇、螨类等害虫的防治，保持培养料覆土的适宜湿度。将培养料进行后发酵可杀死休眠阶段的线虫。播种前，菇床喷洒杀线虫药物杀死线虫。
四、药剂使用原则
1、食用菌子实体因完全裸露，出菇期原则上不能使用药剂喷雾，以免子实体被农药污染。在确无它法的情况下，应在采菇后，采用高效、低毒、低残留的药剂进行防治。
2、禁止使用剧毒、残效期长、具有刺激臭味和国家明令禁止使用的其它农药。
3、尽可能采用熏蒸药剂，不直接向料面喷药，减少残毒，避免带农药的菌丝及子实体产生毒害作用。
4、选用药剂时，要先了解农药的性能，防治对象的特性，食用菌对农药的敏感性等。缺少有关资料时，可在小面积内进行试验后再使用。
5、使用药剂中，要注意不同药剂的交替使用，多种药剂的混合使用，防治害虫产生抗药性。
6、要注意保护天敌。
7、要注意影响药效的各种因素，如药剂的配制技术，喷洒技术，害虫的龄期，环境条件中的温、湿度、光照等等。
8、必须注意人畜安全。