建文帝朱允炆在洪武三十一年（1398年）登基，即“授遗诏止诸王会葬。诏下，诸王不悦，谓此齐尚书疏闻也”。同年六月，户部侍郎卓敬密奏裁抑宗藩，建文帝虽未批复奏疏，但消息已泄露出去，燕、周、齐、湘、代、岷等诸王即相互煽动，流言四起。在这种形势下，建文帝的亲信大臣齐泰、黄子澄建议先进攻几个势力较弱的藩王周、齐、湘、代、岷。朱棣是要对付的主要目标，因为周王是燕王的同母弟，削周是剪燕之手足。
于是，从洪武三十一年（1398年）七月至第二年六月不到一年的时间里，周、湘、齐、代、岷五王先后被夺去爵位，废为庶民。其中周王迁云南，齐王锢京师，代王幽大同，岷王徙漳州，湘王则合室俱焚。建文帝对北平的控制也在削贬诸王的同时加强。洪武三十一年（1398年）十二月，建文帝命工部侍郎张昺为北平布政使，指挥佥事谢贵、张信掌北平都指挥使司，他们还肩负着严密监视燕王行动的使命。建文元年春，又以防边为名，派都督宋忠、徐凯、耿谳分别率兵屯驻开平、临清、山海关，而调北平原驻防军——永清左右二卫于彰德（河南安阳）、顺德（河北邢台）。刑部尚书暴昭、户部侍郎夏原吉等14人受命以采访使身份巡天下。
在燕王已高度警惕悄悄备兵的时刻，朝廷才开始按部就班地解决燕王的问题。先是将燕王的护卫以防边之名调往开平，再将重兵部署在北平周围的临清、山海关等地。建文元年（1399年）七月，北平布政使张昺、都指挥使谢贵领兵围住燕府；都指挥使张信受朱允炆密令逮捕燕王。张信与燕王暗通，乘妇人之车混入燕府，和盘托出朝廷计划。朱棣将计就计，用计将张昺、谢贵诱入燕府杀死。
府外军士四散而逃。燕王派张玉领兵夜出，夺取京师九门，黎明时分，只有西直门未下，张玉派人以朝廷已允许燕王专制一方为名劝降。众兵士都四散开了，燕王军队遂控制了北平城，正式誓师起兵。
靖难之役
朱棣先将北平附近州县攻克，次第出兵通州、蓟州，乘夜克遵化，拔居庸关，守将弃关逃到了怀来，朱棣率兵八千赶至怀来。怀来兵士家眷多在北平，守将宋中为稳定军心，称朱棣已将他们的家眷杀害了。然而朱棣却令其家人为先锋，使将士军心大散，宋中力战仍被朱棣攻克城池。夺下怀来，附近的开平、龙门、上谷、云中守将均不战而降。
经过朱元璋大肆杀戮功臣之后，劲卒宿将已殆尽，致使满朝文武之中竟没有一人能为朱允炆领兵作战。朱允炆只好任命幸存的老将耿炳文为大将军，率军十三万伐燕王。建文元年八月，军队到了真定，在滹沱河被燕军打败，只好退保真定，坚守不出。朱允炆听到耿炳文兵败，又临阵易将，用李文忠之子李景隆替下了耿炳文。燕王得知朝廷易将，大喜，说道：“李景隆膏粱子弟，不习战阵，朝廷这是坑了自己啊。”
九月，李景隆至德州，收集耿炳文溃散士卒，并调各路军马共五十万，进抵河间驻扎。李景隆军中的一些措施布置被燕王侦知后，他笑着说：“兵法有五败，景隆都犯了。为将政令不修，上下异心，这是第一；北平早寒，南卒皆穿布衣，不能披冒霜雪，而且军无余粮，马无足草，这是第二；不量险易，深入趋利，这是第三；庸碌贪婪，气盛而刚愎，仁勇俱无，威令不行，三军易挠，这是第四；部曲喧哗，金鼓无节，喜欢阿谀奉承之辈，专任小人，这是第五。他五败全犯，还能胜我吗？”为了引诱李景隆深入，朱棣就叫姚广孝协助世子朱高炽防守北平。
大部分军队被带走援救永平，攻围永平的江阴侯吴高见燕王兵到，退保山海关，永平解围，燕王顺路兵趋大宁。宁王一直管辖着大宁，所属朵颜诸卫，多为蒙古骑兵，骁勇善战。朱棣起兵后，就想把它合并过来，扩大自己的军事力量。
而朱允炆下令削除宁府的三护卫以阻止宁王与朱棣合兵，这个情况被朱棣得知后，认为这是袭取大宁的好机会，遂由刘家口直奔大宁。十月，合并了大宁宁王部属及朵颜三卫的军队，收编宁王的精锐八万人，此时才班师回营。
李景隆听到朱棣去大宁，遂率兵进攻北平。燕王为了诱敌深入，故意撤走卢沟桥守兵。十月，李景隆驱兵直抵北平城下。朱高炽布置严密，守卫严紧牢固。李景隆军队虽多，面对坚城，却无可奈何。南军中唯有都督瞿能勇敢善战，他与两个儿子率领精骑千余，杀入张掖门，其势不可抵挡。但是因为援兵不到也只好勒兵等待。李景隆又怕瞿能得了头功，派人阻止，要他等大军全到，再一起攻城。因此使燕军得到喘息的机会，连夜提水泼到城墙上，天寒结冰，南军第二天无法攀城攻击。几次攻城失利的李景隆只好屯兵于城下，在郑坝村布置军队。
十一月，朱棣回师至北平郊外，进逼李景隆军营，城内燕军亦出击，内外夹攻，李景隆率败军连夜败逃。第二天，士兵听说主帅李景隆已逃，乃弃兵粮南奔。李景隆兵败的消息传到南京，朱允炆问黄子澄，黄子澄却隐瞒实情，谎称：交战屡胜，因天寒，暂回德州，等来春进发。黄子澄还派人告诉李景隆隐瞒战败情况，不要上奏。朱允炆被这些臣僚蒙蔽，加李景隆为太子太师，予以奖励。建文二年（1400年）四月，李景隆会武定侯郭英及安陆侯吴杰等合军六十万，号称百万，进抵白沟河，都督平安率精兵万骑为前锋。燕军方面，朱棣令张玉领中军，朱能领左军，陈亨领右军，为先锋，丘福领步骑继之，马步十余万，双方在白沟河对阵。燕兵被前锋平安和都督瞿能父子率军击败，右军主将陈亨被平安所斩。但南军没有抓住大好形势，兵虽多于燕兵数倍，但将帅不专，政令不一，不能在有利时扩大战机；在遇到挫败时，又不能及时部署兵力阻遏燕军的攻势。所以在南军主将瞿能父子战死、平安所部被燕军朱能打败之后，便溃散得不成军队。燕兵又乘风纵火，烧其营垒，郭英、李景隆等溃逃。数十万将士被斩或溺死，尸横万里。李景隆只单骑逃往德州。五月，李景隆又自德州逃到济南，燕军追到济南，将李景隆的十余万部队击败。朱允炆到这时才觉察出李景隆的无能，便以盛庸代李景隆为大将军，擢升铁铉为兵部尚书，赞理大将军军事。
建文二年（1400年），朱允炆又命盛庸率军北伐，以副将军吴杰进兵定州，都督徐凯等屯沧州。十月，燕军破沧州，徐凯等人被俘。十二月，燕军进入山东，至临清、馆陶、大名、汶上、济宁。南军主将盛庸与铁铉于东昌誓师励众，检阅精锐，背城而战。这时，屡战轻敌的燕军在东昌大败，朱棣的亲信将领张玉死于战阵，自己也被围困，后来朱能率援军赶到才得以突围。建文三年（1401年）二月，朱棣又率军出击，先后于滹沱河、夹河、真定等地败盛庸、吴杰、平安的军队，随后又攻下了顺德、广平、大名等地，占领了河北大部分郡县。建文四年正月，燕军进入山东。济南为铁铉驻守，城坚难破，燕军只好绕过济南，连破东河、汶上、邹县，直至沛县、徐州。四月，燕军到了宿州，平安率军跟踪至肥河，袭击燕军。总兵何福以十余里的列阵，沿河向东挺进，徐辉祖又率军前来支援，与燕军在齐眉山大战一番。结果燕军损失惨重，骁将王真、陈文、李斌以及都督韩贵都战死了。燕军士兵不习惯连绵的暑雨和泥泞的道路，并且又有疾病流行，处于极为不利的形势之中。当时两军对峙于肥河两岸，朱允炆错误地认为燕军就要北归，京城不可无良将，在双方决战的关键时刻，竟撤回了徐辉祖所统的军队，致使前线的军事力量大大削弱。燕军抓住战机，全力进攻何福军，破灵璧，南军大败。何福单骑逃走，平安及陈晖、马溥、徐真等37人都被抓获。
五月，燕军收降泗水。南军进抵淮河岸边，盛庸列阵南岸。燕王设计突袭南军，主将何福弃众先逃，南军弃甲而走，燕军遂顺利渡淮，直趋扬州。扬州不战而降，接着高邮也来降伏。燕军破仪真，京师人心被燕军往来于长江之上的船只所震慑，大臣多为自全之计，求出守城，城中空虚。六月，燕军誓师渡江，盛庸率兵列阵沿江二里抵御，但是面对数百燕军，盛庸士兵都不作抵抗，燕军又乘势夺取镇江。京中听说后，乱作一团。方孝孺献计，言城中尚有兵二十万，可据城死守，命城外百姓入城。在兵士的驱赶下，城外百姓不分昼夜，拆屋运木入城，劳苦饥渴，死了很多人，老百姓怨声载道。又令诸王分守城门，以割地为条件向燕王讲和。诸臣声称在外募兵，静观战局，无人肯募兵勤王。谷王穗与李景隆开金川门降于兵至城下的燕王。宫中火起，建文帝朱允炆下落不明。不久，朱棣在南京登基，是为明成祖，年号“永乐”。这就是明史上的“靖难之役”。
本来，朱允炆采取的削藩政策是有利于中央集权的统治的，但他所重用的齐泰、黄子澄、方孝孺等人，是一群既不懂军事，也不会打仗的文弱书生。他们虽高喊“削藩”，但没有相应的军事部署来与之响应，当耿炳文受挫折时，却用了李景隆去统率大军，以致几十万军队在不到一年的时间内被李景隆断送。而朱棣久经沙场，军事经验丰富，他所统率的军队愈战愈强，为以后的战争胜利打下了基础。
名家回眸
文学家李洁非先生曾说过：专制政体第一脆弱之处，是权力继承环节。此环节尤其在作为政权创立者的第一代君主死亡以后，与作为继承人的第二代君主确立之间，普遍演变为严重危机。
其实历朝历代建国初年的危机也并不是什么巧合，有各方面的原因。每个朝代都上演的这些争斗，看来很平常，可这就像每个朝代的“瓶颈”，经此一乱之后，天下太平无事，几乎都有盛世或国家最强盛的局面出现。这样看来，绝对是不寻常的事情。
明王朝也是如此，朱棣作为一代雄主，不仅有争夺皇位的能力，还有治理国家的雄心，在他的手里，大明朝终于呈现出开国以来的大气派，其“远迈汉唐”的气象使后人不断追忆，虽然它相比于汉唐天朝大国局面，是那么的内敛！
永乐大帝的丰功伟绩
后世史学家提起这位永乐皇帝朱棣，都是褒过于贬，虽然他也承袭了其父亲阴狠的一面。毕竟凡事还得用事实说话，说朱棣英明，首先得从他的治国政策谈起。在文治这一方面，他一生中有三件辉煌的大事可向后人炫耀：一是迁都北京，二是编《永乐大典》，三是遣郑和下西洋。
迁都北京
先谈迁都北京。这是朱棣当朝最大的政绩之一，其作用绝非三言两语可以道尽。其实早在太祖时，已有迁都的念头，他认为南京为六朝金粉之地，脂粉气太浓，而且都是短命王朝，再者北部边患严重。他考虑再三，最终没有实行。朱棣继位，他着实不喜欢南京。皇袍加身后，他让太子朱留在南京监国，自己仍回到北京住下来。当时的情况是南京仍作为首都，而北京成为行都。六部等中央机构在北京也成立了一套，称为“行宫”。尽管这样，在第二年，朱棣就开始了北京的建都工作，现在的故宫和天坛在成祖时己初具规模，并最终在永乐十九年（1421年）迁都成功。
文学家熊召政分析过朱棣迁都的原因，认为他主要有两方面的考虑：
第一就是西北虏患不绝，建都在北方，便于就近制御。当然，西安、开封都可选择，但朱棣在北京住了二十三年，对这里感情很深。第二，由于“靖难之役”，朱棣在南京杀人太多。建文帝的支持者多半是江南士族，朱棣对他们大开杀戒，因此结怨于江南。在江南他已经失去执政基础。因此从取得皇位的那一天起，他就有了迁都的打算。
可是迁都的过程并不顺利，这是劳民伤财的事情，毕竟国家刚刚安定。因此，这种想法一提出来，就遭到了很多大臣的反对，甚至在都城已迁往北京之后，反对之声仍不绝于耳，其中最具传奇色彩的当属永乐二十二年的一件事情。
永乐十九年四月初八日的深夜，北京城突然风雨大作，惊雷阵阵，突然一声巨响，太监忙出去查看，原来北京新宫中的奉天、谨身、华盖三大殿遭雷击起火，化为灰烬。清晨，这件事情被报告给了朱棣。
朱棣当时心中一惊：难道是上天在警示什么？不可大意。正在朱棣心中犯嘀咕的时候，礼部主事肖仪的奏本就呈到了御前。这位六品官（相当于今天的司局级）认为：奉天殿遭雷击是因为迁都的缘故。把国都从南京迁来北京，不但诸事不便，就连大明的皇脉也撂在江南，这可是大不敬。
朱棣看过奏本之后，甚是恼怒，想你小小芝麻官竟敢如此讽刺我的壮举，这才是真正的大不敬，须杀之而后快，于是没有作任何审判，这无辜的肖仪就以“谤君之罪”而被处以极刑。确实，在古代，皇帝的决定是圣旨，是天命，岂容他人随便诽谤，何况朱棣喜欢北京的心是如此溢于言表。看来这肖仪有太多文人的耿直，好犯文人死谏的毛病，他搞起政治来，真是不太合格，以致脑袋搬家，怎么说都不值得。
不过事情还没完，肖仪的观点在官员中仍有不少市场。同情他的官员多半是科道言官，这些官员很年轻，都是直言敢谏之人，且没有跟随朱棣参加靖难之役，因此也不了解这位主子的性格与手段。面对这些人，朱棣不好全部杀掉，于是心血来潮，想出一计，让这些科道言官与部院大臣一起到午门外跪下对辩。迁都究竟好不好，让双方各抒己见。
当时，正值春雨绵绵，午门外的广场上，言官与大臣分跪两边，争论得面红耳赤，即使天空中飘洒的细雨也难以给他们降温。一天无果，朱棣命令第二天继续进行。他就在城楼上不温不火地看着，像看一场拉场戏。
北京依然是都城。也算北京运气好，遇到忽必烈和朱棣这样“慧眼识才”的国君，力挺这个偏北的城市，终于经过几百年的发展，在当代呈现出令世界瞩目的帝京气象。也才有了现在这个“世界给我三十天，我还世界五千年”气势磅礴的奥运口号，可以毫不夸张地说，北京已经以压倒性优势成为中国的形象代言人。
编《永乐大典》
朱棣的文治当然不仅包括迁都北京，在永乐元年（1402年），他雄心勃勃地召集三千文士修大典，意在将中国古代典籍尽量收集齐全，成一“前无古人，后无来者”开天辟地之大部头。开始时由大才子解缙负责，一年后，典籍呈上，朱棣龙颜大悦，特赐名《文献大成》。不久，朱棣又认为其内容不够宏广，于是又命姚广孝、刘季箎与解缙等重新编辑，于永乐五年（1407年）十一月修成，改名《永乐大典》，全书共22937卷，11095册。
《永乐大典》是中国历史上规模最大的一部类书，也是迄今为止世界所公认的一部大型百科全书。
《永乐大典》的包装设计十分有特色。全书用上等宣纸印成，上面印有朱丝栏，每半页8行，大字占一行，小字钞成双行，每行28个字。端正的楷书呈墨黑色，而且有淡淡的芳香味道。里面的名物器什和山川地形，用白描手法绘就，精丽工致，形态逼真，栩栩如生，实属古代书籍插图中的佳品。所征引之书名、圈点以及版心均用红笔，十分显眼。每册书高营造尺1尺5寸6分，宽9寸3分。书面硬裱，用粗黄布连脑包过，朴实庄重。