洪武二十五年皇太子朱标病逝，明太祖朱元璋不得不重新考虑皇位的继承问题。当时朱元璋的皇子都已经得到分封，而且手握重兵，一旦由于争储而出现内讧，后果将非常严重。因此朱元璋只得将朱标的次子朱允炆立为皇太孙。朱允炆于1398年登基，年号“建文”。
1402年去位，在位四年。建文元年（1399年），他进行削藩，惹恼诸王，燕王朱棣以“清君侧，诛齐黄”为名，举兵南下。建文四年六月，燕军渡江，攻占京师，这就是历史上有名的靖难之役。
皇朝霸业历来只有成王败寇，而没有什么对错。朱棣以臣子的身份谋篡了侄子的皇位，从中国古代道德观念上来看，应该受到历史的谴责。但是从政治角度来讲，朱棣在位期间功勋卓着，进一步加强了中央集权统治，派遣郑和下西洋，拉开了大航海时代的序幕。经济政治中心北移到北京，对加强北方边塞的防守，巩固国家统一等方面都有深远的影响。北京从此定都500多年，从而确立了在全国的经济、政治和文化中心的地位。这次政变，对中国历史的推动作用是显而易见的。
叔侄争权
太子图谏
和历朝封建皇帝一样，明太祖朱元璋儿女众多，一生共有26个儿子，16个女儿。在朱明王朝建立和进一步发展的基础上，朱元璋开始考虑朱家如何世代统治天下的问题。他借鉴了元朝的历史经验，认定皇位继承是维持皇朝安全的根本制度，必须制定严密的法则，家族内部才不会引发争端，这个法则就是封建宗法制度下的嫡长子继承制。
朱元璋长子是朱标，生于至正十五年（1355年）。朱元璋称吴王时，立朱标为世子。洪武元年（1368年），朱元璋在南京即帝位，便把朱标立做了皇太子，他当时才13岁。
皇太子朱标由于长期接受儒家思想的教育，成年后被教养成了一个生性忠厚、温文儒雅的人物。这个时期，朱元璋开始让太子学习怎样当皇帝，进行政事实习，处理国家大事。洪武六年（1373年）九月，皇太子朱标刚满20岁，朱元璋即命诸司：“以后日常政务启奏皇太子处理，事关重大的军机才可奏闻。”洪武十年（1377年）六月，又令“自今大小政事皆启太子处分，然后奏闻”，且当面告诫皇太子：“从古开基创业的君主，经历艰难，通达人情，明白世故，办事自然妥当。守成的君主，生长于富贵，锦衣肉食，要能顺利办事必须平时学习练达。我所以要你每日和群臣见面，听断和批阅各衙门报告，学习办事，是要你记住几个原则：一是仁，能仁才不会妄施暴政；二是明，洞明才不会被奸佞迷惑；三是勤，勤勤恳恳就不会沉溺于安逸的生活中；四是断，勇于决断就不会被文法牵制。这四个字的运用，决定于心，我从做皇帝以来，从未偷过懒，一切事务，惟恐处理得有毫发不当，有负上天付托。早起晚宿地处理政务，这是你天天看见的。你能够学我，照着办，才能保得住天下。”朱元璋的谆谆教诲，无非是想让太子朱标成为一个有道的接班人，使大明王朝的统治得以维持和巩固。
但是，由于朱元璋和朱标父子俩，一个是从艰苦斗争中成长的，一个是在太平环境中成长的，所以两人的性格、思想、作风及所受的教育、生活实践的影响迥然不同。朱元璋主张以猛治国，刑用重典，运用法庭、监狱、特务和死刑来震慑官民，使人畏惧他却不知其端由。皇太子却主张周公、孔子之道，讲仁政，讲慈爱，务求治狱之平恕，杀人愈少愈好。为了加强皇权的统治，朱元璋绞尽脑汁杀戮功臣，诛除异己。皇太子却顾及将相先前的汗马功劳，照顾亲族兄弟、师生的情谊，宽大为怀。一个严酷，一个宽大，老皇帝命太子省决章奏，他更自作主张“于刑狱多所减省”。父子俩因此而产生分歧，有时甚至发生冲突。宋濂获罪时，皇太子朱标为他的老师哭救，向朱元璋求情：“臣愚憨，没有别的老师，请求陛下哀矜，免其一死。”朱元璋大怒说：“等你做了皇帝再赦他。”皇太子惶惶不知所措，想要自杀，幸亏随从相劝才免于一死。朱元璋嗔怒道：“这个痴心儿子，我杀人关你什么事！”朱元璋一直都为马皇后的死郁郁寡欢，闷闷不乐，动辄杀人。皇太子朱标心里很不是滋味，就劝谏道：“陛下杀人过滥，恐伤和气。”朱元璋听了没做声，第二天故意叫皇太子拿起一根放在地上的荆条。皇太子见荆条上都是刺，面有难色，不敢拿。朱元璋说：“你怕有刺不敢拿，我把这些刺都给去掉了，再交给你，岂不是好？为了你能当好这个家，我才清除天下这些奸险之徒。”皇太子却说：“上有尧舜之君，下有尧舜之民。”意思是说，有什么样的皇帝，就有什么样的臣民。朱元璋一听更为生气，举起椅子就朝太子砸过来，皇太子只好逃走。还有个传说讲朱元璋看皇太子过于仁慈，有一次在太子面前让人抬过一具尸骨，以刺激刺激太子，皇太子不胜悲蹙，连声哀叹不已。
朱元璋过了50岁以后，精力同以前相比差了很多，希望皇太子帮助处理政务，一来是分劳，二来可以使未来皇帝的办事能力得到训练，期望将来皇太子能成为像汉文帝之类的圣君。但是，就在洪武二十五年（1392年）四月，年仅38岁的皇太子朱标病死，朱元璋陷入了极度的悲哀和痛苦之中，几乎丢了性命。当他身体复原之后，头发、胡须全都花白了。
皇太子死后，在刘三吾等人的建议下，朱元璋立年仅16岁的嫡长孙朱允炆为皇太孙。
皇太孙嗣位
朱允炆生于洪武十年（1377年），其父为懿文太子朱标，母吕氏。“龙凤之资，天子之表”，“头骨方圆，燕领虎头”等是古人用来从相貌上描绘“真龙天子”的。朱允炆一生下来额颅就有缺陷，头盖骨又偏又歪。朱元璋一次摸着他的脑袋，叹气地说：“怎么像半边月亮呢？”但是天资聪颖的朱允炆学习刻苦，又受到良好的教育，所以才识过人，因此皇祖父渐渐地开始喜欢上他，并立他为皇位继承人。
当时朱元璋的儿子除皇太子以外，都被封了王，安排在全国各要害之地，目的是屏藩皇室。这些亲王既享有优厚的待遇，又握有重兵，特别是在北方边境地区的亲王，在与北元军队作战时还可以节制诸军。这些手握兵权的亲王都是朱允炆的叔父，人人都做着皇帝梦。所以，他们根本看不上朱允炆，没把他当回事。
洪武末年，问题的严重性已被朱元璋看在眼里。一天，朱元璋和朱允炆在一起聊天，朱元璋说：“备边抵御外侮，我交给你的皇叔们管，只要边境上没有战争，你就可以放心地做你的太子了。”不料朱允炆却说：“如果叔叔们有异心，谁来对付呢？”这出乎意料的一问竟让朱元璋沉默良久，最后才问：“你的意思怎样呢？”朱允炆回答：“以德争取他们的心，以礼约束他们的行，若无效就削弱他们的属地，再不行就只有更换他们的封地，兴兵讨伐是最后一条路。”朱元璋听后，默默地点了点头，觉得皇太孙更加成熟了。
为了使皇太孙得到锻炼，朱元璋常常让他学习法律，见习政务。朱允炆的才智在见习处理政事时得到了表现。当时朱元璋的统治十分严酷，而朱允炆处理政务则以宽大为本。他阅读《大明例律》，认为所订过于严苛，要求改订五条，这一建议受到了朱元璋的称赞。他说：“辅助教化才是申明刑法的目的，为了顺乎人情，应该修改涉及五伦的律例。”于是他便考《礼经》，参以历朝刑法，又改订了73条。朱允炆在参与处理一些刑狱中，更是表现出他机敏过人的地方。常州有子杀父一案，朱允炆认为是继母诬陷儿子，朱元璋不信，便拘拿了犯人的邻居、婢仆进行审问，果然朱允炆所断正确。原来，案中抱病多年的父亲死于庸医的错诊，继母素恨儿子，便力证为其子所杀。朱元璋说：“竟会是这样！刑法不可不慎呀。太孙不但仁德，而且明断。我可以无忧虑了。”还有一次，朱允炆怀疑被巡逻的士卒捉到的7个强盗中一人与其他人不同，一审问，果然，这是一家田主的儿子，6个佃客为盗，劫其同行，他本想去自首却先已被擒。朱元璋对此事很是惊奇，问道：“你从何处看出他的不同？”朱允炆回答道：“《周礼》中就谈到‘色听’，《尚书》中也写到‘陛貌有稽’，这个双目炯炯、视听端详的人当然不是强盗。”朱元璋感叹地说：“断狱者不可不读书呀！”
洪武三十一年（1398年）闰五月十七日，朱元璋和大臣们议政之后，自觉十分疲倦，便躺在后宫的床上休息。没想到，他这一睡就再也没有醒过来，时年71岁。
朱元璋虽然死得很突然，却早已立下了遗嘱。遗嘱是这样写的：“我担当皇帝重任，乃上天意志。三十一年来，格外小心，不敢懈怠，希望能给老百姓带来好处。无奈我出身寒微，不具备圣人那博大的才智，虽然做了些事情，但还有许多没考虑周到。我担心精力日渐衰微，很怕一些事情没有办妥。现在我就要离开人世，想起经历过的，也没有什么感到遗憾的事了。皇太孙允炆，性情宽厚，处世聪敏，讲究孝道，众望所归，应当继承皇位，文武大臣要同心协力辅佐他。在封地的诸王，得到我去世的消息，不必来京城，应当管好各自的封地。各王所属的文臣武将，都要听朝廷安排。”
洪武三十一年（1398年）闰五月十八日，21岁的朱允炆继承了皇位，改次年为建文元年，史称建文帝。
朱棣受封
史家常把历朝皇帝描写成非凡之人，那其实都是文人笔墨的渲染。出生在战火纷飞年代的成祖文皇帝朱棣，幼时其父朱元璋很少有精力去管教他。直到至正二十七年（1367年），朱元璋才正式给儿子取了名字。
那一年的旧历十二月二十五日，应天城内的太庙大殿里供品丰盛，香火缭绕，吴王朱元璋为爱子举行的命名仪式即将开始。曾经横笛牛背的朱元璋，经过几番争战，消灭了所有对手，完全有条件做一个称孤道寡的皇帝了。所以，他要在登基之前，光宗耀祖，给儿子取名字。朱元璋在太庙文中写道：“维子之生，父命以名。典礼所重，古今皆然。仰承先德，自举兵以来，渡江生子七人。令长子命名曰标，次曰樉、曰棡、曰棣、曰、曰桢、曰榑，从孙一人曰炜（后更名守谦），敢告知之。”从此时开始，8岁的朱棣和他的兄弟们才有了正式的名字。
第二年（1368年），明朝在应天城辞旧迎新的爆竹声中诞生。
戊申年（1368年）正月四日，朱元璋即皇帝位，国号明，改元洪武。刘基领命奉册室，马氏被立为皇后，世子标被立为皇太子。朱标同几个兄弟在登基和册封仪式完成之后一起去拜贺母后马氏，然后众兄弟再拜贺长兄太子朱标。在一片礼乐声中，由二哥朱樉代表大家致贺词：“小弟樉兹遇长兄皇太子荣膺宝册，不胜忻忭之至，谨率诸弟诣殿下称贺。”从这时起，朱标同他那些亲兄弟有了明确的身份之别，只是这种区别在当时还不明显。到了洪武三年（1370年），朱元璋分封诸王，朱标同其兄弟们的身份明显地有了不同。
洪武三年（1370年）四月初三，朱元璋在奉天殿和华盖殿宴请群臣，商议分封诸子为王的事宜。朱元璋对群臣说道：“我亲率师旅，以靖大难，靠皇天眷佑，才得平定海内。然而天下之大，必树藩屏，上卫国家，下安生民。现在诸子都已成年，应该封他们以爵号，镇守各地。这并非我私庇自己的儿子，而是遵循古代先哲王的榜样，为救国家长治久安。”“陛下封建诸王，以卫宗社，天下万世之公议。”群臣异口同声地响应。
但是，朱元璋感到于功臣之前先封诸子还是多说一说道理为好，于是接着说：
“先王封建，所以庇民。周天子就是这样做的，所以行之久远。秦始皇很快便致亡国，就是因为废而不行。汉、晋以来，莫不皆然。其间有治有乱，那就要看他们各自做得如何了。”诸臣对这事仍然没有反对意见，便这么决定了封藩之事。
随后，封建诸王诏由当时的文章高手王讳拟制。诏书曰：“朕荷天地百神之灵，祖宗之福，起自布衣，艰难创业。惟时将帅用命，遂致十有六年，混一四海。
功成治定，以应正统。考诸古昔帝王，既有天下，子居嫡长者，必正位储贰。若其众子，则皆分茅胙土，封以正爵，使长幼分明，内外之势巩固。朕今有子十人，前岁已立长子为皇太子。爰以今岁四月初七日，封第二子为秦王、第三子为晋王、第四子为燕王、第五子为吴王、第六子为楚王、第七子为齐王、第八子为潭王、第九子为赵王、第十子为鲁王、侄孙为靖江王，皆授以册宝，设置相傅官属。凡诸礼典，已有定制。于戏！众建藩辅，所以广磐石之安；大封土疆，所以眷亲友之厚。
古今通谊，朕何敢私？尚赖中外臣邻，相与维持，弼成政化。故兹诏示，成使闻知。”
诏书下，准备举行分封仪式。四月初七，奉天大殿内，在晨钟响过三下之后全场一片庄严肃穆。仪式执事人各司其职，隆重的封藩仪式开始了。
身着九章冕服的朱棣，同即将受封的诸王一起，在引礼官带领下走进奉天门的东门，到奉天殿门前跪了下来。诸王在宣判官宣读完朱元璋封藩诏后，依次进入殿内接受金册和金宝。首先是朱樉，然后是朱棡，第三个便是朱棣了。
奉天殿内按照固定程式举行着庄严的仪式。朱棣在一阵礼乐声中走到御座前——上面是父皇，父皇身旁是长兄太子。读册官跪下来宣读金册上的文字：
“昔君天下者，必建屏翰。然居位受福，国于一方，并简在帝心。第四子棣，今封你燕王，永镇北平，绝非易事。朕起农民，与群雄并驱，艰苦百端，志在奉天地、享神只。张皇师旅，伐罪吊民，时刻弗怠，以成大业。如今你有封国，当恪守礼敬，仁政爱民。体朕训言，尚其慎之。”宣读完毕，左丞相李善长将金册、金宝一一捧到朱棣手中。他庄重地接过来，交给身旁的内侍，俯身下拜。
在一片礼乐声中，朱棣在引礼官带领下走出奉天门，开始了燕王的生涯。这时朱棣还不到10岁。
叔侄争权
朱元璋生性多疑，经常对功臣宿将加倍提防，不料在儿子身上出了问题。
洪武年间，朱元璋的24个儿子被分封到全国各地，以“夹辅王室”镇守西北的9个藩王，还经常典兵出镇，参加明初对北元的防御与征讨。其中，声势最大的是宁、晋、燕三王。宁王带甲八万，晋、燕二王可以节制大将军冯胜、傅友德，燕王甚至可节制沿边士马。
明朝中央很早就有人认识到了分封藩王的弊端。洪武九年，翰林院训导叶伯巨即以西汉“七国之乱”、西晋“八王之乱”的历史教训提醒朱元璋，要他注意“分封逾制，祸患立生”的危险，建议他在诸王没有作乱之前先控制他们的疆域，裁减他们的兵力，但朱元璋没有采纳。洪武二十五年，太子朱标病亡，朱元璋立长孙朱允炆为皇太孙。太祖治国严酷，威撼中外，太孙则以宽大仁慈得到人们的爱戴，唯独诸王仗着叔父的身份，常常不遵从太子命令。朱元璋在晚年对诸王势力膨胀、形成的尾大不掉之势已有所察觉，所以，朱元璋死时，因恐诸王争权，遂在遗诏中禁止诸王至京奉丧。