把持内廷的同时，魏忠贤又把手伸向外廷。天启元年七月，沈榷入阁，魏忠贤即密与相结。沈榷曾任内书堂教习，魏忠贤对其执弟子礼。二人狼狈为奸，想方设法排挤阁臣刘一燝。天启二年（1622年）三月，刘一燝被迫去职。天启三年正月，魏忠贤援引顾秉谦、魏广徵进入内阁。顾秉谦为人庸劣无耻，魏广徵与魏忠贤是同乡，二人曲意奉承魏忠贤，就像奴仆一样。
随着魏忠贤权势的扩张，万历以来的“东林党”、邪党斗争的形势逐渐发生了变化。那些被“东林党”罢了官的人，纷纷投靠魏忠贤。蝇营蚊附，逐渐形成阉党。天启四年（1624年），给事中傅樾与魏忠贤的外甥傅应星结拜为兄弟，诬奏中书汪文言，并牵扯到左光斗、魏大中。结果，魏忠贤将汪文言下锦衣狱，并欲大行罗织“东林党”。但掌管锦衣卫镇抚狱的刘侨受首辅叶向高的指示，不愿给汪文言判罪。魏忠贤大怒，将刘侨撤职为民，而以亲信许显纯代替其职务。这时，御史李应升、刘廷佐，给事中霍守典、沈惟炳纷纷上疏指责魏忠贤不法事，但均遭其矫旨诘责。副都御史杨涟愤怒已极，遂于是年六月上弹劾魏忠贤二十四罪疏。文中罗列魏忠贤擅权祸国、打击异己等二十四大罪。指出其“积威所劫，致掖廷之中，但知有忠贤，不知有陛下：都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下”。要求对其加以严惩。疏上，魏忠贤大惧，急趋熹宗跟前哭诉，表示愿辞去东厂提督职务。熹宗令王体乾读杨涟奏疏，王体乾对疏中要害之语均不读，客氏又从旁剖析辩白，熹宗遂懵然不辨，慰留魏忠贤，而于次日下杨涟疏，严旨切责。此旨一下，举朝哗然，魏大中及给事中陈良训、许誉卿等70余人交章论劾魏忠贤，但熹宗皆不采纳。
魏忠贤既有熹宗作靠山，便日益嚣张，“欲尽杀异己者”。在不到半年的时间里，他及其党羽以各种借口先后杖辱、斥逐廷臣数十人。工部郎中万燝被杖死，阁臣叶向高、朱国祯等被逼逐，吏部尚书赵南星、侍郎陈于廷、御史高攀龙及杨涟、左光斗、魏大中等被罢黜，一时“正人去国，纷纷若振槁”。与此同时，魏忠贤大力提拔任用同党。以朱童蒙、郭允厚为太仆少卿，吕鹏云、孙杰为大理卿，重新起用霍维华、郭兴治为给事中。徐景濂、贾继春、杨维垣为御史。
而起徐兆魁、阮大铖等为爪牙，逐步编织出一个几乎垄断所有主要职位的黑网，自内阁、六部，至四方总督、巡抚，遍置死党，逐步掌握了朝廷内外大权。外廷文臣中，崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕五人为其出谋划策，号称“五虎”；武臣中田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元五人为其掌控军队，号称“五彪”；吏部尚书周应秋、太仆少卿曹钦程等，号称“十狗”。此外还有“十孩儿”、“四十孙”之号。
以魏忠贤为首的阉党控制了朝廷内外大权之后，随即展开了对政治反对派更大规模的迫害。顾秉谦、魏广徵编《缙绅便览》，把叶向高、赵南星、高攀龙、杨涟、左光斗等百余人目为邪党，而将黄克缵、贾继春、霍维华、崔呈秀等60余人统称正人，进呈给魏忠贤，以作为进退百官的依据。其他阉党则进有《点将录》、《天鉴录》、《同志录》等黑名单，把不阿附于魏忠贤的官员开列入内，统称为“东林党”人，并罗织罪名，逐一打击迫害。
与此同时，他们还数兴大狱，其规模较大者有两次。第一次在天启五年（1625年），“东林党”人杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章六人被诬受贿，下镇抚司狱，备受酷刑，杨涟等五人死于狱中，顾大章自杀，史称“六君子”。第二次在天启六年（1626年）。是年二月，魏忠贤指示其党羽李永贞假造浙江太监李实奏本，逮捕前应天巡抚周起元和在江苏、浙江家中的高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄尊素、李应升七人。高攀龙投水自尽，周顺昌等六人均死于非刑，史称“七君子”。此外，阉党还派东厂番役四处侦探臣民隐事、民间戏语，凡被认为有触及魏忠贤的，一律逮捕入狱，甚至剥皮、割舌，杀人不可胜数，道路以目。为压制舆论，魏忠贤又以剿灭“东林党”人的名义，拆毁全国所有书院，禁止讲学。
在残酷镇压“东林党”的同时，阉党又全翻“梃击”、“红丸”、“移宫”
三案，对在三案发生时与阉党官僚争论过是非的官员一律予以惩处。为求名正言顺，他们又奏请熹宗同意，仿照嘉靖大礼议《明仑大典》体例纂修《三朝要典》，按照自己的意旨重新订立了三案是非。
“东林党”人被镇压后，魏忠贤的权势达到登峰造极的地步。“故天下风靡，章奏无巨细，辄颂忠贤”。所有奏疏，提及魏忠贤都称“厂臣”，而不提其名；内阁票旨，也必称“朕与厂臣”，没人敢提魏忠贤的名字。天启六年（1626年）六月，浙江巡抚潘汝祯为讨好魏忠贤，在西湖首建魏忠贤生祠。此后，全国各地纷纷效仿，上自封疆大吏，下至普通武夫、商人、奴仆、流氓都竞相建祠。
有些官员迎接魏忠贤塑像进祠，行五拜三叩大礼。而松江监生陆万龄甚至提出在京师国子监西面建魏忠贤生祠，以魏忠贤配享孔子。其奴颜婢膝之态，真令人不可思议！
魏忠贤的辉煌并没能持续太久，其政治生涯在天启七年（1627年）秋发生了巨变。这年八月，明熹宗死。其弟信王朱由检继立，是为崇祯帝。崇祯为信王时素知魏忠贤罪恶，因而其继位后，“东林党”人纷纷上疏弹劾魏忠贤。十一月初一，崇祯帝下令削去魏忠贤官职，贬往凤阳。初四日，又下令逮捕究治。魏忠贤途中闻讯，上吊自杀。十七日，客氏在浣衣局被笞杀。崇祯二年（1629年）三月，颁布《钦定逆案》，在朝阉党被或杀或罚，驱逐一空。
名家回眸
黄宗羲在《明儒学案》中曾这样说：“天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”“方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。”这明确地说明了东林党刚开始所提出的广开言路无非是流于口号了，“占山为王，清除异己”，这才是其本质，种种政争伎俩在他们得势之后就充分显露出来了。东林党虽然一时将非东林党打压下去，但非东林党人并不服气，他们很快就依附于阉党一起来弄东林党，东林党哪是对手？故，阉党的首领魏忠贤并不是像后人描述的那样，他只是当时政治派别中的一个，其他的也并不比魏忠贤强多少。
反间计
崇祯三年（1630年）八月，崇祯帝中后金反间计，冤杀名将袁崇焕。
袁崇焕（1584～1630），字自如，又字元素，祖籍广东东莞，自幼就喜欢读兵书，学习用兵之道。中进士后，他被任命为福建邵武知县。当时，袁崇焕虽然人在福建为官，却非常关心辽东的战况，常常和一些曾经在辽东当过兵的退役明军将士一起讨论辽东的地理情况和防御状况，希望自己有朝一日能够亲往辽东抗敌。
天启二年（1622年）正月，袁崇焕入京朝觐，被御史侯恂荐为兵部职方主事，负责镇守山海关。不久，他又先后升任山东按察司佥事和山海监军，成为明末安边靖国的一名勇将。
不久，在兵部尚书孙承宗的大力支持下，袁崇焕在辽东修筑宁远城，恢复锦州、右屯等军事重镇，使明边防向前推进两百里，基本上收复了天启初年的失地。在此期间，他又采取以辽土养辽人、以辽人守辽土的政策，鼓励百姓重建家园，恢复生产。同时还注意整肃军队，号令严明，从而大大提高了军队的战斗力。由于治边有度，天启三年（1623年），袁崇焕被升任兵备副使，不久又升为右参政。
天启五年（1625年）十月，孙承宗因被魏忠贤排挤而离职，继任者高第实行收缩战略，将明在山海关以外的人众、器械等都撤入山海关，并要袁崇焕也退出宁远和前屯城，袁崇焕对此予以拒绝。
后金得知这一消息后，认为宁远孤悬一线于山海关外，有机可乘，于是便于明天启六年（1626年）和七年（1627年）两次向宁远发动进攻。但袁崇焕坚守宁远，将后金的两次进攻都打退了。袁崇焕本人因此成为晚明的中流砥柱，而后金军队的锐气却受到了严重的挫折。从此，锦宁防线巍然矗立在山海关外，牢不可破，令后金军队望而止步。为避免这一局面长久持续下去，皇太极决定避实击虚，绕开锦、宁，从山海关以西挥师入关，然后再见机行事。
明崇祯二年（1629年）十月，皇太极亲统大军向明朝发动进攻，并由此揭开了五次入关之役的序幕。由于崇祯二年干支纪年是己巳年，因此这一役在后金又被称为己巳之役，而明朝则将之称为“己巳虏变”。
十月二日，皇太极率大军从沈阳出发，在向导喀喇沁部布尔噶都台吉的指引下，经由已经降明的内蒙科尔沁、喀喇沁部向西行去，战争的矛头直指明边。十月二十日，当后金军队大军行至喀喇沁的青城时，大贝勒代善、三贝勒莽古尔泰面见皇太极，力主回师。但后来在岳托、阿济格等一批年轻贝勒的支持下，皇太极终于说服了代善和莽古尔泰，继续向明进兵。
十月底，皇太极指挥军队从蓟镇分三路突入明边，接连攻克汉儿庄、马兰营等边城，直扑遵化。十一月三日，遵化城陷，明巡抚王元雅自缢而死。此后金军一路疾进，经蓟州、三河、顺义、通州等地，直逼北京近郊。
这时袁崇焕已被升任为蓟辽督师，当得知后金军队的动向后，他便亲率大军入关勤王。十一月十六日，他和祖大寿率精骑进抵北京城下。十七日，后金军队到达距北京二十里处的牧马厂。二十日后，后金军队多次发起进攻，但均被袁崇焕率军击退，皇太极于是下令还营。在这千钧一发的时刻，袁崇焕千里驰援，率兵勤王，护卫北京，确实是忠心可鉴，但北京当时是京师重地，骤然被围，人心慌乱，于是谣言四起。由于袁崇焕早年曾假意与皇太极言和，再加上他这一次入关只想尽快赶到北京城下以保卫京城，因此尽管一路上都尾随金兵，但并没有寻找机会与后金军队接战。有人因此散布谣言说袁试图勾结后金，图谋不轨。崇祯帝听后也很是起疑，因此当袁崇焕以兵马疲顿为由请求让大军入城休息时，崇祯帝当即便表示了拒绝。
在这种情况下，皇太极又采取了反间计，而正是由于这一反间计的成功推行，最终导致崇祯帝自毁长城，处死袁崇焕。
后金军在刚刚到达北京城郊时曾俘获过两个明朝的太监：杨春和王德成。皇太极知道崇祯帝宠信宦官，便决定借助杨、王两个宦官来实行自己的反间计。从袁军阵前还营之后，皇太极便将副将高鸿中和参将鲍承先找了过来，并对他们面授机宜，这两人于是领命而去。回到营中后，他们故意坐在杨、王两太监睡觉的地方煞有介事地耳语说：“今天撤兵是大汗的计策。在撤兵前曾见大汗一个人骑着马向前行去，敌营中则有两个人前来面见大汗，他们商量了许久之后才离开，看来袁巡抚与大汗有密约，事情马上就会大功告成了。”太监杨春本来就醒着，高、鲍二人的谈话他自然都听到了耳朵里，并且还自以为是得到了重要情报。天聪三年（1629年）十一月二十九日，高、鲍二人又故意将杨春放走。杨回到北京后，便将“偷听”到的话密告崇祯帝，崇祯帝便于同年十二月一日，以“议饷”
为由将袁崇焕、祖大寿等人召入皇宫，并当面就擅杀毛文龙和进京逗留不战两大“罪过”对袁崇焕进行指责，接着就将他逮捕下狱。不久之后，袁崇焕便被处以磔刑，冤死于西市。而祖大寿则在袁被捕以后惊惧异常，率辽兵溃逃出关。
皇太极并未在放走杨春后就马上向北京发动进攻，而是亲统军队向西行去，攻占了良乡（今北京房山境内）。当得知反间计已得手后他便又回到了北京城下，于十七日与明军在永定门外展开大战，该战中明大将满桂在阵前被斩，明总兵黑云龙和麻云也被生擒。不久，皇太极移师向东，一路上接连攻克永平、滦州、迁安等处，并分别派兵驻守。天聪四年（1630年）三月，皇太极率军出关北归。五月，明军收复遵、永等四城。
皇太极这次入关围京，挥师往来如入无人之境。尽管其原来想在北京东面建立根据地从而打开局面的设想未能实现，但袁崇焕却因其所设的反间计而冤死，对后金来讲，这无疑是一次重大胜利。
崇祯帝轻率疑臣，自毁长城，致使袁崇焕忠心报国却含恨九泉，明朝最终的灭亡，这不能不说是一个重要原因。
名家回眸
梁启超在《袁督师传》中说：“若夫以一身之言动、进退、生死，关系国家之安危、民族之隆替者，于古未始有之。有之，则袁督师其人也。”
大明帝国最后一块落井石
四川永宁宣抚司和贵州水西宣慰司两司所辖之地均为彝、苗等少数民族聚居区，坐落于四川和贵州两省交界的地方。旧制，彝族奢姓世袭永宁宣抚司一职。
洪武初年汤和、傅友德率兵平定四川后，仍沿用元朝制度，在这里设置永宁宣抚司，后又将之升迁为宣慰司，同时，明朝政府接受奢氏家族定期贡献的马匹及交纳的赋税和粮草。
万历初年，永宁宣慰使奢效忠去世，他和妻子奢世统没有儿子，而他的妾侍奢世续则生有一子奢崇周。按照彝族习惯，遇到这样的情况时，妻子和儿子均有继承权。于是为了争夺土司职位，双方发生了一场混战，后经明廷调解，规定奢世统、奢世续分地管辖，宣抚司的印符等奢崇周长大之后再由其继承。但奢世统不服，花费重金请得水西安国亨相助，而奢世续也不甘示弱，请得播州杨应龙出兵，结果双方又是一场混战。万历十八年（1590年），明廷正式下令任命奢崇周为永宁宣慰使。但时间不长，五年之后，奢崇周就被奢世统派人毒死了。明廷于是命令奢世统抚养长大的奢效忠的侄儿奢崇明继承宣抚使一职。在明政府的支持下，奢崇明得以在当地立稳脚跟，但他不思图报，反而与儿子奢寅生出异心，图谋反叛。
当时，辽沈一战，明军大败，辽阳、沈阳尽失。为了充实辽东兵源，明廷于是向全国各地征兵。奢崇明认为有机可乘，便上疏请求率兵三万赴援，并派其部将樊龙、樊虎率兵抵达重庆。樊龙要求发给每一士兵安家费二十两，明政府将之减至十七两，三万多兵力，饷银就要54万两之多。明廷当时财政已极度困难，无力筹措这笔兵饷，四川巡抚徐可求于是便对其兵力进行核点，认为这当中许多年老体弱的士兵可予以裁汰而不必付饷，结果到最后给其的兵饷只有四万两。
樊龙等于是便在九月十七日以兵饷不继为由发动叛乱，杀死包括巡抚、道府、总兵在内的20多名官员，控制了重庆。这之后，奢崇明自号“大梁”，并设置“丞相五府等官”，遵义、泸州、新都、内江等几十个州县卫所都先后被他领兵攻陷。十月，叛军进逼成都，整个四川为之震动。