熊廷弼一归就是七年。万历四十七年（1619年）三月，萨尔浒之战爆发，经略杨镐督四路大军进攻后金，三路丧师。这时朝廷任命熊廷弼为大理寺丞兼河南道御史，宣慰辽东。熊廷弼火速赶往北京，但明廷迟迟不发关防文书给他，直到六月，努尔哈赤攻占开原，明廷这才任命其为兵部右侍郎兼右佥都御史，统领辽东军政事务。七月，熊廷弼离京赴辽东。到十三站（今辽宁凌海市西北）时，他得知铁岭失守。当他进到辽阳城时，辽阳已半是空城，人心惶惶，一些官绅已经离去，道员和将领也已备好快马，准备出逃。熊廷弼果断地采取了一系列措施：以送走家眷、动摇人心的罪名将知州李尚皓逮捕下狱；斩逃将刘遇节、王文鼎、王捷，震慑欲逃者；对在开原和铁岭战斗中的殉难者举行公奠，鼓舞士气，从而使得军队和民心得以初步安定下来。但当时辽东的形势并不容乐观，辽东当时所部明军虽有数万，但“辽之军器一空如洗”，辽之“兵又皆无人统领”，战马不足且都很羸弱，民心军心都不稳定，同时探子又来报告说努尔哈赤要乘胜在攻破北关后向辽阳进军。形势危急，困难重重。面对这种形势，熊廷弼一再上疏，要求明廷补充兵源，调选将领，并发给军器和战马，同时处死犯有贪污罪的将领陈伦，并将其赃银没收，撤销了无能的纨绔子弟总兵李如桢，将他的职务由李怀信代替。他还适当收缩战线，将绝大部分原来防守沈阳的兵力调到辽阳，并大飨军士，准备行具干粮，假装出要出兵的样子。后金果然中了他的疑兵之计，没有立即出兵进攻辽阳。熊廷弼趁机抓紧时间对辽阳城的城防予以加固，在城外挖掘三道宽三丈、深二丈的壕沟并往其中灌入沙水，以阻止敌军前进。在这一基础上，熊廷弼又进一步采取措施。他与总兵贺世贤率领一千精兵，踏着冰雪，突然出现在已为努尔哈赤所占领的抚顺关，坐在马上，以马鞭对地形加以指点，大声地说什么地方可以扎营，什么地方可作埋伏，什么地方可以作战，还故意把这些说给后金的探子听，然后才取道返回。这一举措导致努尔哈赤以为熊廷弼要袭击他，便砍倒树来堵住山口，又搬运石头对山城、关隘等加以整修。这样，熊廷弼便赢得了时间对辽阳城大加整修。他将薄的地方加厚，低的地方加高，并在城西、北、东壕外增筑大堤，潴水。这样，两三个月之后，辽阳城的城防能力大为加强，整个辽阳城变成了一座空前高厚牢固的雄关险隘。这之后熊廷弼又进一步对辽阳城的防御纵深能力予以加强。在对辽东的地形加以分析之后，他认为努尔哈赤如要进攻辽阳，其出师之地必为抚顺关，奉集、沈阳和抚顺之间的距离都是六七十里的样子，互为犄角，完全可以控制抚顺。熊廷弼于是便于万历四十八年（1620年）四五月间，亲自督修沈阳、奉集城防，然后又部署兵力，命总兵官贺世贤率三万人守沈阳，柴国柱率兵二万守奉集。熊廷弼刚刚部署完毕，六月十二日，努尔哈赤就分兵两路分别向沈阳和奉集发动进攻，结果被贺、柴二部击退。八月，努尔哈赤再次以五六万的兵力向沈阳发起进攻，这次熊廷弼亲自督阵，后金的进攻再次失败。
在巩固了辽阳的防御后，熊廷弼希图进一步进取。他早在万历四十七年（1619年）十一月，就提出对努尔哈赤实行“坐困转蹙”的战略设想，即把自己的军队分成四路，每路三万人，分别部署在叆阳、抚顺、柴河三岔河间，使每路均自成为一个能攻能守的战区，而各路之间又可以互相照应。各路组织机动部队，后金如有零星兵马南下扰边，就可以由这些机动部队将之消灭。而到了农忙季节时，各路则实行迭进互扰的战法，使后金的农耕工作无法进行，然后再相机或四路同时、或三路牵制一路进征。到泰昌元年（1620年）九月，熊廷弼已集结兵力13万，重100公斤以上的大炮数百门，重40公斤的大炮三千余门，百子炮以千计，战车4200余辆，火箭、铁箭42万余支，准备在冬季率军前往抚顺关呈威，而到第二年春天时，则会亲自率大军驻扎在抚顺，并逐渐向后金逼进。如果后金出兵，但不与熊廷弼的大军正面交锋的话，那么便派兵从清河、墁阳、宽奠等地出击，迭进互扰，疲惫对方，并软硬兼施，同时还采取招抚的办法，争取得到后金内部的响应。
但是，就在这种形势下，给事中姚宗文却在朝廷散布谣言，怂恿一些人对熊廷弼进行弹劾，一定要将熊廷弼除之才后快。御史冯三元、张修德和给事中魏应嘉等先后上疏弹劾熊廷弼。泰昌元年九月，熊廷弼被罢职，听候处理。十月，明廷任命袁应泰接替熊廷弼的职务经略辽东。天启元年（1621年）闰二月，朱童蒙视察熊廷弼经略保卫辽东的情况之后，向明廷作了奏报，奏疏中很多地方都提到了熊廷弼守辽的功劳。对此，熹宗虽然回答说“熊廷弼力保危城，功不可泯”，但最终并没有将熊廷弼职务恢复。天启元年（1621年）三月，沈阳、辽阳相继被后金攻占，袁应泰自杀身亡，明朝野为之震动。这时，人们才认识到“使廷弼在辽，当不至此”。熹宗决定再次起用熊廷弼，在敕谕中，其对熊廷弼守辽的功劳予以了充分的肯定，表示懊恨罢了他的官，并在最后诚恳地提出“勉为朕一出，筹画安攘”。接到敕谕后，熊廷弼十分感动。他当时身体有病，但在这种情况下，他还是拜过祖坊，告别官吏、乡亲，再次踏上了前往辽东的征程。
此时，辽东的形势比过去任何时候都更严峻。三岔河以东均被后金侵占，辽东军民，除部分结寨建堡自卫之外，其余死的死，降的降，逃的逃。五万多残兵败卒集结在宁前一带，四万人逃到了海岛或渡海到了登、莱，还有两万多人沦落朝鲜成为难民。河西人心惶惶，民众争相逃向关内。此外，兵源匮乏，广宁仅有残弱士兵千余人。四月，右参议王化贞被任命为辽东巡抚，他四方收集流亡人员，仅得万余人，且因战马匮乏，装备奇缺，根本不能与后金的猛烈进攻相抵抗。
在这种艰难的形势下，熊廷弼提出了“三方并进”策，以期收复辽东。这一策略又称“三方布置”策，即部署重兵，以广宁为基地，抗击后金，使其全部兵力受牵制；在天津、登、莱等地设置水军，以备将来向金、复、海、盖等地发起进攻；在辽东、天津、登、莱等地各设巡抚、总兵，经略驻山海关“节制三方，以一事权”。这个方略得到了熹宗的同意。接着，熊廷弼又提出，三方并进策要联络朝鲜，需派遣有谋略的大臣到朝鲜，组织流落到朝鲜的辽东军民，与朝鲜军合势，同登、莱等地的明军保持联系，构成复辽的又一方。这样，三方并进策实际上是四方并进。要实现这一方略，其基本要求是各方积极备战，“必使兵马、甲仗、炮车、刍糗等项一一齐备，正对者成一正对，策应者成一策应，然后约期并举，进足以战，退亦足以守”。这个复辽方略是积极而稳妥的，倘使这一战略能获得全面实施，即便明军不获大胜，但也不至于落得大败，而这一战略的实行的关键在于准备。
就当时的形势来说，熊廷弼是有时间进行准备的，这主要是后金自身也遇到了麻烦：首先，占领辽、沈后的后金内部矛盾不断激化，既有女真人对连年战争的不满，也有女真人和汉人的矛盾，对这些后金都需要进行重新调整和安置；其次，疆土扩大之后，就须分兵四下把守，想要对河西发动大规模的进攻，必须先征集兵员，做进一步的准备。
双方都在为进一步的较量做准备，关键是谁的准备工作做得更好。
天启元年（1621年）六月初六，明廷升熊廷弼“兵部尚书兼都察院右副都御史驻扎山海经略辽东等处军务”，同时，还升任登州道按察使陶朗先为登、莱巡抚，与早已任命的天津巡抚毕自严、广宁巡抚王化贞一起，构成了三方并进策的领导中枢。熊廷弼任职后，为实现其“三方并进”战略，进行了精心的准备，这些准备工作主要包括以下四步：首先，请求兵部负责抽选各镇精兵20余万，工、户二部筹措器械、粮饷；其次，请求对在辽有一定威望的刘国缙、佟卜年、洪敷教等人予以任用，以收归辽人之心；再次，调遣工匠，购买钢铁，砍伐树木，制造战车、大炮等；最后，天津，尤其是登、莱两地巡抚积极进行准备，同时，出使朝鲜的使者也已准备就绪。
但是，熊廷弼的“三方并进”策，在执行伊始就不顺利：请调之兵迟迟不至，更严重的是广宁巡抚王化贞轻敌，并未将熊的计划付诸实行。
王化贞不懂军事，不为进攻做实际的准备工作，不整顿军队，而是将收复辽、沈的希望寄托在叛将李永芳的内应和蒙古虎敦兔憨的出兵上，认为努尔哈赤的防御力量薄弱，并无久居辽阳的打算，若在此时潜师讨伐，必能战胜他。他于是便一再地向后金发动进攻。他派毛文龙袭取镇江，过早地将三方并进的战略意图暴露了出来，使辽南四卫反努尔哈赤的势力遭受重大损失。熊廷弼对王化贞的这种做法表示反对，这样便导致经抚之间的矛盾。而当时的兵部尚书张鹤鸣和首辅叶向高却大力支持王化贞，甚至到了对其言听计从的地步。熊廷弼无法节制王化贞，从各地调来的援军，张鹤鸣不通过经略便自行调遣。熊廷弼询问情况，张鹤鸣竟对之不予理睬。王化贞手下兵将多达十四万之众，而作为经略的熊廷弼身边却只有兵士五千名。熊廷弼要权无权，要兵无兵，因此非常恼火，动辄言语激愤。朝中的官僚大多反对熊廷弼，而支持王化贞，甚至还想将熊廷弼的经略之职撤除掉。这样，三方并进之策的想法便落空了。
这样，明与后金在准备战争上所作的较量便以明的失败告终了，接踵而来的便必然是战场上的失败了。
天启二年（1622年）正月，努尔哈赤调遣兵马五万，分三路进攻河西。二十日，后金军队渡过了辽河。接着，努尔哈赤向西平堡发起了总攻，明守将罗一贵顽强抵抗，重创后金军队，但终因寡不敌众，没有援兵而落败，最后罗一贵以身殉职，西平堡则被后金攻陷。
当后金军围攻西平堡时，熊廷弼令守卫镇武堡的刘渠对之增援，但王化贞却在听说西平被围的消息后，轻率地采纳了游击孙得功的撤掉广宁、阊阳的守兵的建议，以孙得功为先锋，会合刘渠部的明军前往增援。努尔哈赤分兵一部在平洋桥对明军的援军予以迎击。孙得功实际早已投降后金，两军甫一交锋，他便在阵脚大喊：“兵败了！”并率先打马逃跑。明军因此阵后大乱，刘渠、祁秉忠先后被杀，三万明军全军覆没。
逃回广宁后，孙得功马上便将府库及火药库封起来，并扬言要捉住王化贞，并投降后金。王化贞狼狈逃出广宁，在大陵河遇到了熊廷弼。王化贞还想前往宁远、前屯进行防守，熊廷弼说：“晚了，你要是不撤广宁的守兵，不会有今天这个样子。”他把自己所部的五千明军交给王化贞殿后，然后便撤向了山海关。而实际上，努尔哈赤是在两天之后才进抵广宁的。
正月二十六日，熊廷弼入山海关，接着王化贞等也退入关内。这样，山海关外的整个辽东便都落到了后金的手中。辽东的失守主要责任在于王化贞，支持王化贞的叶向高和张鹤鸣也难逃罪责，但身为经略的熊廷弼在辽西危难之际，竟意气用事，匆忙后退，他对辽东的失陷也是有责任的。
天启二年（1622年）二月，明廷罢免熊廷弼的职务，要其听候处理。四月，熊廷弼被判处死刑。
名家回眸
历史学者阎崇年认为：熊廷弼第一次巡佐辽东有功，第二次有方，第三次则有功有过。他虽被委以重任，其三方布阵的构思也曾经被认同，而实际上根本无法实施，即使没有王化贞扯后腿，广宁（今辽宁北宁市）之失也是必然的结果。当时广宁虽然失守，但后金军尚未到达广宁，仅有叛将孙得功哗变，“守御之具甚备，即贼至城下，未必可攻而入也”。以熊廷弼在军中威信，又有一支可靠的兵马，应是可镇压乱兵。再者，即使广宁确定已不可守，如王化贞所言，守卫宁前（宁远、前屯），后金兵力有限，无力深入，整个辽东也未必沦陷。但熊廷弼只是看王化贞闹笑话，将物资一律烧毁，引导数十万军民退守山海关，却没有进行最后的广宁保卫战，于是金兵不费一兵一卒占领辽东，成为后来魏党杀熊廷弼的一大口实。
魏忠贤乱政
明朝宦官为害，在中国历史上是数一数二的。而在这些臭名昭着的宦官中，魏忠贤是最有名的。
魏忠贤（1568～1627），河间府肃宁县人，初名进忠，号完吾。天启二年（1623年），熹宗赐名“忠贤”。魏忠贤自幼狡黠无赖，目不识丁，“然亦有胆力，能决断，顾猜狠自用，喜事尚谀。”娶妻冯氏，生一女。因在一次赌博中输掉，为赌徒污辱，他一气之下自宫，改姓名为李进忠。
万历十七年（1589年），魏忠贤被选入宫，隶司礼监掌东厂太监孙暹手下，洒扫供役，不久即攀附调至甲字库，以后又通过巴结太监魏朝当上熹宗生母王才人的典膳。魏朝为司礼监掌印太监王安手下，多次在王安面前夸奖魏忠贤。王安也很善待他。熹宗的乳母客氏是定兴人侯二的妻子，18岁入宫，两年后丧夫。与魏朝私下相好。魏忠贤入宫后，客氏遂疏远魏朝而亲近魏忠贤，关系非同一般。熹宗即位后，客氏被封为奉圣夫人，魏忠贤也自惜薪司升任司礼监秉笔太监兼提督宝和三殿。魏忠贤不识字，按理是不能进入司礼监的，因为客氏鼎力相助，才得以如愿。
魏忠贤进入司礼监后，即开始设法夺权。掌印太监王安是光宗朱常洛东宫旧侍，熹宗初立，他和诸大臣同受顾命，为人刚直不屈。天启元年（1621年）八月，魏忠贤指使给事中霍维华弹劾王安专权，客氏从中附和。熹宗不究真假，下诏革去王安职务，贬为南海子净军。魏忠贤怕有反复，又命王安得罪太监刘朝为南海子提督，将王安谋杀。王安死后，魏忠贤势力日益膨胀，引用司礼监王体乾及李永贞、石无雅、涂文浦等为羽翼，宫中无人敢置一言。天启三年十二月，魏忠贤兼掌东厂，权力更大，加上有客氏做内援，权势日益显赫。
熹宗生性好玩，魏忠贤便投其所好，“日导帝为倡优声伎，狗马射猎”。
他又劝熹宗挑选宦官300人，手持龙旗，列从在左；令宫女300人，手持凤旗，列队在右，大搞内操。从此，紫禁城内锣鼓喧天，廷臣上疏谏止，都被拒绝。明熹宗还天性机巧，喜欢木工油漆之事，经常自操斧锯凿削，其本领一般的能工巧匠都赶不上。熹宗从早到晚制作器具，“成而喜，喜不久而弃，弃而又成，不厌也。”每逢熹宗干活最起劲的时候，魏忠贤便有意奏事，弄得熹宗很烦，就说：
“我已经全交给你了，你等好自为之。”魏忠贤因此把持了内廷，为所欲为。