刘吉善于投机，致使明孝宗对官员们弹劾刘吉的奏章不加理睬，庇护刘吉，而且对刘吉十分专宠，时常给他加官晋爵。于是有人暗地里给刘吉起了一个不雅的绰号——刘棉花，意思是越弹越发。刘吉知道这件事后心中十分不满，立即派人暗中查访，得知是个屡试不中的老举人起的，于是刘吉就上了一道奏章，建议凡是参加三次会试，而仍然不能选中的举人，以后的会试便不可以参加了。不过，这道禁令随着刘吉的被罢黜也就成了一纸空文。
弘治初期，孝宗很是信任刘吉，但随着时间的推移，他慢慢觉察到刘吉是个十分阴险的家伙，于是开始对刘吉感到憎恶，只是刘吉自己并不知道罢了。
弘治四年（1491年），明孝宗打算将张皇后的弟弟张延龄封为伯爵，按规定令刘吉撰写一份诰券。刘吉故意装出一副重礼制的样子，拒绝撰写，并说：
“吴、王两宫太后家，还有没受封的子弟，怎能先封张皇后家的，实是不便。只有先封了吴、王两宫太后家的子弟，才可封张皇后的弟弟。”这分明是刁难皇帝，故意用两宫太后来压制张皇后，明孝宗特别气愤，立即派内官到刘吉府中，讽令他退职还乡。刘吉见自己失宠，不得不上书引退。就这样，位居内阁十八年之久的刘吉被明孝宗赶出了内阁。
赐死荆王
明孝宗朱佑樘在位期间，对那些胡作非为的宦官、勋戚，不仅给予制裁，而且对同姓的亲王也铁面无私，丝毫不留情面。弘治五年（1492年），明孝宗就曾亲自下令逮捕了荆王朱见潚，并根据所犯的罪行，将其废为平民。第二年，也就是弘治六年（1493年），将又有不轨举动的朱见潚处死，为国为民铲除了一大后患。
朱见潚是荆宪王的长孙，靖王朱祁镐的长子，也是世袭王位的继承者。朱见潚有两位兄弟，大弟弟朱见溥是都梁王，小弟弟朱见澋被封为樊山王。朱见潚与朱见溥虽是一母所生的同胞兄弟，但他不学无术，是个心胸狭窄之人。他常常疑心母亲偏爱弟弟朱见溥，因而将这怨恨存记于心，而且随着时间的推移，这种怨恨之情不断升级，越来越严重，逐渐在朱见潚的脑海里深深地扎下了根，最后又发展到了无法克制的地步。终于有一天，他将自己的生身母亲软禁起来，不给饭吃，不给衣穿，毫无人性地加以虐待，没过几天，就将母亲活活地折磨死了。母亲死后，他不但没改掉恶习，也不醒悟，反而变本加厉，偷偷将母亲的灵柩运到荒郊野外，草草地埋了。
母亲被害后，第二个遇害的是弟弟朱见溥。他派人传口信给朱见溥，说是要在后花园会见朱见溥，共同商量家中之事。当朱见溥如约来到后花园时，趁朱见溥一不留神，朱见潚一下子将弟弟按倒在地，残酷地把他杀害了。
在朱见潚杀了弟弟朱见溥后，他的好色之面目便露了出来，他把欺凌的目标转移到同胞朱见溥的爱妃何氏身上。何氏生得漂亮，有着妩媚动人的眼睛，在朱见溥活着的时候朱见潚就对何氏心存歹意，总想据为己有。但由于有朱见溥在，加上这位爱妃与弟弟感情甚好，忠贞不渝，所以他一直不得施展其计，无法靠近这位美人。这次朱见溥被害后，朱见潚认为占有何氏的机会终于来了，于是他就派人去见何氏，故技重演，将何氏骗入自己府中，强行霸占了她。何氏失身于朱见潚后，整日愁眉苦脸，不吃不喝，只求速死。阴毒的朱见潚企图迫使她就范，肆意折磨她不让她死去。为此他一面派人监视何氏，不让她自杀，一方面又用强制的手段，派人给她灌米水，让她欲死不得。无奈何氏死意已决，没几个月，她就悲惨地离开了人世。
何氏死后不久，荆王朱见潚又发现茆氏生得娇美可爱，于是他就开始想办法把茆氏弄到手。茆氏是从弟朱见潭的爱妻，而朱见潭的母亲马氏治家很严，与儿媳茆氏从不分开，致使朱见潚每次都无法单独接近茆氏，只得败兴而归。于是焦躁不安的朱见潚开始迁怒于马氏，为了除掉马氏，他把一个莫须有的罪名扣在了马氏的头上，将马氏头发剃光，并用鞭子抽打她，逼她承认有罪。朱见潭在母亲被抓后曾几次到荆王府求情，都没有成功，反而激起了朱见潚的火气，被朱见潚抓了起来，用盛满土的袋子活活压死了。马氏得到儿子朱见潭惨死的消息后，自己也连痛带气而一命呜呼了。一下子死了两个眼中钉，荆王朱见潚就更加有恃无恐了，他忙派手下恶奴到都昌王府，将朱见潭的爱妻茆氏抢入府中，占为己有。
朱见潚残害了数条人命，却一直平安无事，因而更加肆无忌惮了。除了霸占他人妻妾外，他还时常纠集一些不法之徒，穿着便装，骑着马，四处游荡，骚扰、掠夺民宅，又远涉汉水，将别人的妻女抢来。面对社会上这个大公害，人们敢怒不敢言。然而在惧怕他的人当中，有一人正如坐针毡，他就是荆王朱见潚的小弟弟樊山王朱见澋。
在短短几个月的时间，朱见潚连续杀害了自己亲生母亲和两位弟弟，朱见澋见了心里极度恐慌，唯恐灾难再降到自己的头上，所以整日小心谨慎地打发日子，度日如年。这时有一个门客偷偷地向朱见澋进言说：“王爷整日提心吊胆，也不是个办法呀，我们何不将荆王朱见潚的所作所为密报当今皇上，对荆王的所作所为，皇上一定会作出公正的裁决，一定会治荆王的罪，到那时王爷您也不用谨小慎微了。”朱见澋听后心中一亮，于是偷偷地密告了荆王朱见潚的种种罪行。孝宗对荆王的种种罪行十分气愤，说：“在我大明宗室里竟然存在这种不仁不孝、残暴恶毒的人，真是天下的不幸。”于是立即将朱见潚传召进京。不久，朱见潚来到了京城。
孝宗皇帝接到朱见潚已来到京城的奏报后，马上下令对其进行审讯，命廷臣与他一起会审朱见潚。在审讯过程中，明孝宗根据樊山王的奏报详细地列举了荆王朱见潚的罪行。在证据面前，朱见潚承认了罪行。于是明孝宗立即下令将荆王朱见潚废为庶人，监禁到西内悔过。
然而，朱见潚还是没有丝毫悔改之意。他邪念屡出，伺机报复，对自己以往的过错，从不反省。才被废为庶人一年多，他就又不老实了，开始筹划陷害朱见澋。经过一段时间的酝酿之后，他给朱见澋凭空捏造罪名，上告孝宗皇帝说朱见澋与楚府的永安王有图谋不轨的举动。明孝宗见到奏章后，大为吃惊，立刻派遣官吏前去调查，结果完全是凭空捏造，樊山王与永安王根本没有谋反的迹象。
与此同时，樊山王朱见澋听说后十分气愤，于是再次向孝宗皇帝报告，说荆王朱见潚曾私自制造弓弩等兵器，这些都是朱见潚父子谋反的证据。为了弄清事情真相，明孝宗再次派遣官吏进行调查，经过调查，果然与樊山王朱见澋所奏的毫无两样。在封建社会谋反属于十恶不赦之罪，不是一般的罪名了，于是明孝宗处死了朱见潚，废除继承权，让朱见溥的儿子朱佑榈承袭了荆王的爵位。
名家回眸
谈迁在《国榷》中说：“太祖之后，有功劳的皇帝，谁不知道是成祖？有德行的皇帝，谁不知道是孝宗？”
明朝学者朱国桢曾说过：“三代以下，称贤主者，汉文帝、宋仁宗，与我明之孝宗皇帝。”这个评价对于明孝宗而言，确实很高。孝宗即位以后，展现出了与年龄不符的政治成熟度，在位期间罢黜奸佞刘吉、赐死荆王，表现了非凡的政治思想。
他以宫女之子，继九五之尊；虽经坎坷曲折，然无玩世不恭；以传奇人生，铸弘治中兴。
当代文学家、历史学家黄仁宇曾这样评价弘治一朝：
综观弘治一朝，其对明朝江山的巩固起到了一定的作用。明初洪武、永乐时期国力强盛，仁、宣亦能保持，但英宗“土木堡之变”后，国力日弱，宪宗又沉溺于后宫之中，以及对奸臣汪直的信任，导致政事、国运日渐衰退。直至弘治年间，国运得以振兴，许多弊政得以清除，社会经济迅速发展，边备得以加强，故有“弘治中兴”之美誉。
“弘治”巨着《大明会典》
弘治十五年（1502年），一部历时6年、洋洋180卷的《大明会典》修订而成。
时至弘治十年（1497年），大明王朝自朱元璋建立之后，已经走过了一百多年的历程。在这一百多年间，它的各项典章制度日趋完备，《宪纲》、《诸司职掌》、《御制官箴》等相继颁布，但这些典章制度还不够完善，并且也比较分散，没有形成一个完整的体系。在这种情况下，一项重大决定在明孝宗即位后十年应运而生。
明孝宗于弘治十年（1497年）三月初六日，给少傅兼太子太傅吏部尚书谨身殿大学士徐溥、太子太保礼部尚书兼武英殿大学士刘健、礼部右侍郎兼翰林院侍读学士李东阳、詹事府詹事兼翰林院侍读学士谢迁分别下了一道命令，在命令中他以“朕嗣丕绪，以君万邦，远稽古典，近守祖宗成法，夙夜祗惧，罔敢违越。唯我太祖高皇帝创业定制，所以为子孙计者至矣。御制之书连篇累牍，宏纲众目，极大而精，随制随改，靡有宁岁。迨我太宗文皇帝继正大统，益弘远图。列圣相承，至于皇考，皆因时制宜，或损或益，盖有不得不然者，期不失乎圣祖之意而已。顾其条贯散见于简册卷牍之间凡百，有司艰于考据，下至阊里，或未悉知。皇祖英宗睿皇帝尝有志纂述，事弗克”为理由，令徐溥、刘健、李东阳等人“编稽国史，以本朝官职、制度为纲，事物、名数、仪文、等级为目，一以祖宗旧制为主，而凡损益同异，据事系年，汇列于后，梓而为书，以成一代之典”，“各殚心力，详录而谨书之，务使文质适中，事理兼备，行诸今而无弊，传诸后而可征”，即让徐溥、刘健、李东阳等人编一部关于明朝典章制度方面的书。为了明确这部书的编写责任，明孝宗又任命吏部尚书谨身殿大学士徐溥、礼部尚书兼武英殿大学士刘健、礼部右侍郎兼翰林院侍读学士李东阳为总裁官，太常寺卿兼翰林院侍讲学士程敏政、翰林院侍读学士王鏊、翰林院侍读学士杨守耻为副总裁官，负责编写这部典籍。
总裁官徐溥领命后又以“奉敕纂修书籍，必须继自宸衷，赐以名目，使中外有司晓然知圣意所在，纂修者有所依据，承行者易于遵奉”为理由，上奏孝宗皇帝，请求给这部书赐一个书名，明孝宗非常高兴地答应了，立即下令定书名为《大明会典》。
徐溥、刘健、李东阳在明孝宗的授意下，组织了一大批官员开始编纂《大明会典》，他们以洪武二十六年（1393年）颁布的《诸司职掌》为主要资料，又参考了《皇明祖训》、《大诰》、《大明集礼》、《大明令》、《洪武礼仪定式》等典章制度方面的书籍，以吏、户、礼、兵、刑、工六部作为全书的总纲，分别对明朝各行政机构的职责、事例、沿革加以记述。他们针对明朝实行两京制，又将南京的行政机构附在北京同一行政机构之后，不单列出加以叙述，对南京与北京名称前后不一致的行政机构，则详述它的建立与变革情况。在各纂修官一致努力下，这部历时6年、共计180卷的《大明会典》于弘治十五年（1502年）编撰完成。
明孝宗于弘治十五年（1502年）十二月十一日，在奉先殿隆重举行了《大明会典》的进呈仪式，明孝宗亲自接见负责修纂《大明会典》的总裁官徐溥、刘健、李东阳和副总裁官程敏政、王鏊、杨守址。随后，他又在礼部召开盛大的宴会，招待刘健、徐溥、李东阳等人，并命英国公张辅作陪。宴会结束后，明孝宗和他们又进行了亲切交谈。
同一天，明孝宗为《大明会典》写了一篇序言。在这篇序言里，他首先指出：从古至今，帝王君临天下，必定有一代的典制。在唐虞尧舜时代，这种典制比较完备，是后世所赶不上的，而从秦以后的汉、唐、宋典制则不甚完善，“因陋就简，杂以人为而未尽天理”。接着，谈到对明代典制的制定曾作出过贡献的明太祖、明太宗，继而表明他修纂《大明会典》的原因。
与此同时，明孝宗还对《大明会典》给予了很高的评价。他在序言里写道：
“朕翻看之，见提纲要领，条目清晰，如日月之丽天，群星分布，我大明朝廷有百余年的典制，看看今世，却没有留下遗憾。”并进一步说如果以后的明朝各代“世守之，不迁于异说，不急于近利”，那么长此以往明朝的大业定能繁荣稳定，可以并唐虞，轶三代。
在明代典章制度的建立过程中，《大明会典》占据着很重要的地位。之后明孝宗又下令工部将它刻版刊行，昭示天下。
名家回眸
明史专家孟森说：“明之一代立法创制，皆在太祖之世。至孝宗朝，始有修明之举。”
《大明会典》不仅是记述明代典章制度的重要史书，而且是一部记载明代基本法律制度，特别是行政法规的珍贵文献。它是当时百司必参阅之书，也是后世研究明史特别是明代典章制度的重要典籍。
对研究明代中央和地方政府的机构与职掌、官吏的任免、文书制度、少数民族地区的管理、行政管理和监督、农业、手工业、商业和土地制度、赋税、户役、财政等经济政策，以及天文、历法、习俗、文教等，提供了比较集中的材料，是研究明代典章制度的重要资料。