在宪宗在世时，官至太常寺寺丞的李孜省，贪赃枉法，不可一世。孝宗即位后第六天就将其谪戍边卫，不久又下令把他逮捕入狱，最后李孜省死于狱中。太监梁芳，是当时宪宗的朝内侍，很得万贵妃的欢心，遂“擅宠于内”，许多奸佞之徒纷纷攀附他而得以重用，其中有李孜省、妖僧继晓等。就在逐斥李孜省的当天，梁芳也被充南京净军，不久就被收监审查了。大学士万安自成化五年入内阁参赞机务，是个昏庸无能之人，却极爱搜索“房中术”，献给宪宗，以获其宠。
孝宗为太子时，对其丑行就有所闻，即位后，一日在宫中无意发现一箧奏疏，内容讲述“房中术”并且全部署名为“臣安进”。孝宗颇为恼怒，立即命太监怀恩拿着这些奏疏去内阁找到万安，指责他说：“大臣所应当做的事，就是这些吗？”万安当即羞愧难当，心惊胆战，孝宗命其立即致仕。
明宪宗比较信服于僧道，曾在成化年间三次开度，全国的僧尼道士就有50多万，这早已成为全社会一大痼疾。孝宗在即位后约一个月之中，就罢遣禅师、真人253人，佛子、法王、国师、喇嘛789人，不准他们居于寺院，全都发还本土，限在一月内全部赶出京城。同时他还命令拆毁一切私建、新建寺院。妖僧继晓，宪宗时曾被封为通元翊教广善国师，他引诱宪宗每日做佛事，在京城西市建大永昌寺，耗帑数十万，至使数百户人家流离失所。因作恶多端，成化二十一年（1485年）继晓被削职为民。孝宗登基两个月后，又将他逮捕弃市，这对奸臣与邪术是个大大的打击。
此外，明孝宗裁汰掉了一批冗余闲散的官员，仅传奉官就被罢免两千多人，并对触犯刑律的官员一一论处。同时，孝宗还重点整顿中下级官吏，采用革职、降职、降级、调转以及致仕等法，精简了大量行政官员，这一系列举措大大提高了办事效率。
重用贤人
在去邪妄、斥奸佞、革弊政的同时，孝宗还任用贤能之士，“让有贤能的人做臣辅，召为人正直、敢说的臣民，找对事、对人公正之人，杜绝奸臣”。在弘治统治时期，孝宗选拔了许多贤明之士入朝为官，参与国家的管理。“冰鉴则有王恕、彭韶；练达则有马文升、刘大夏；老成则有刘健、谢迁；文章则有王鏊、丘溶；刑宪则有闵珪、戴珊”。许多有才能的人云集在弘治年间，使得明朝在这一时期呈现出一派兴旺景象。
王恕，陕西三原人，为人正直敢言。当时有歌谣称赞他：“两京十二部，独有一王恕。”在宪宗时，王恕不仅没有实现自己的报国之志，而且志向不能如愿以偿，还被宪宗一怒之下赶回家中。孝宗继位后，立即将他召为吏部尚书，不久又加封为太子太保，一直到弘治六年（1493年）五月，始终任吏部尚书。王恕办事认真，从不舞弊，经他引荐的人才有彭韶、耿裕、何乔、周经、张悦、李敏、刘大夏、倪岳、章懋、戴珊等，皆为一代名臣。
马文升，湖广均州人，才智超群，且应变能力强。成化二十二年，由于受小人迫害，被调到南京。孝宗即位后，任命马文升为左都御史，不久，又命提督十二团营。弘治二年（1489年），再擢兵部尚书。此时因兵政久弛，西北等地暗暗图谋边塞，马文升严核诸将校，黜贪懦者30余人。奸人对他恨至极点，图谋于某天夜间将其害死。孝宗获悉，立即命锦衣卫去缉捕那些奸人，并派12个骑士对马文升加以保护。弘治十四年，马文升改任吏部尚书。在他为兵部尚书13年中，始终尽职于自己的事务，于屯田、马政、边备、守御诸多方面，为朝廷作出了许多建树。
刘大夏，湖广华容人，弘治二年（1489年）迁广东右布政使，由于吏部尚书王恕推荐，在弘治六年（1493年）擢右副都御史，治张秋河。对于民间的情况，他如实报告孝宗，使孝宗能真正体察民情。刘大夏于弘治十五年升任兵部尚书。
徐溥，江苏宜兴人，是景泰年间的老臣子。弘治初年，擢为文渊阁大学士，参赞机务，进礼部尚书。弘治五年（1492年），代刘吉为首辅，与刘健、李东阳、谢迁等同心辅政，匡正缺失。在徐溥任职的20多年中，政绩突出，并且为人老实、宽厚，深得孝宗的赏识。
刘健，河南洛阳人，成化时任少詹事，充东宫讲官，孝宗对其非常信任。
孝宗即位后，刘健进礼部右侍郎兼翰林学士，入内阁参机务，弘治十一年（1498年）为首辅。
谢迁，浙江余姚人，孝宗为太子时已充讲官，弘治年间，“与日讲，务积诚开帝意”。在厘革弊政上作出了一番成就。
李东阳，湖南茶陵人，弘治八年，与谢迁同日被录用，入内阁参赞机务。谢迁、刘健、李东阳三人对朝廷一片忠心，知无不言，言无不尽，他们的意见，孝宗多能采纳，并对他们非常尊敬，对刘健更是“呼为先生而不名”。时人评论他们三人为：“李公谋，刘公断，谢公尤侃侃。”
孝宗不仅重用贤臣，而且还提倡言论自由。孝宗一继位，立即就形成朝臣踊跃上书之局面，甚至太学生也可以提意见。孝宗登基不久，想在万岁山建棕棚，用以登高远眺。太学生虎臣获知后，上疏切谏，力陈不当。祭酒费阎担心自己受到牵连，便将虎臣绑在一棵树下。不久，虎臣便被传令到皇宫的左顺门听旨：
棕棚已毁。从此，虎臣也因此事在京城之中出了名。不久，孝宗又授他七品官，为云南知县。弘治十八年（1505年）二月，孝宗去世三个月前，还念念不忘告谕朝臣：“朕喜欢新的政事，喜欢听有建设性的意见。”弘治十八年（1505年）三月，户部主事李梦阳上疏揭发寿宁侯张鹤龄“将无赖招来，都是些贼民”。张皇后因其兄被纠劾，便与其母金夫人一同要求孝宗重处李梦阳。孝宗在逼不得已的情况下，将李梦阳关入大狱。但金夫人仍不满足，在孝宗面前哭哭啼啼，孝宗大怒，在法司送交的狱词上批道：“梦阳官复原职，多给三个月的俸禄。”几天后，孝宗夜游南宫，张鹤龄在旁侍酒，张皇后与金夫人也陪伴于侧。酒过三巡，皇后与金夫人离去更衣，孝宗单独召见张鹤龄，痛斥了他一番，最后以张鹤龄免冠叩头谢罪了事。李梦阳复职后，一天在路上遇见仇人张鹤龄，愤怒之下将他的二颗牙齿打掉了。张鹤龄又告到孝宗处，孝宗对此事不闻不问，也并不追究。明孝宗如此袒护正直敢言之朝臣，恐怕在整个中国封建王朝史中也不多见。
改良政治
与此同时，孝宗在政治方面也作了相应的改革。首先，重开经筵。经筵设于明初，当时无定制，正统初始为常制，每月的二、十二、二十二日三天，皇帝必亲临文华殿进讲。因宪宗皇帝整日沉溺于后宫之中，一遇春秋，就自动停止，因此经筵制度已形同虚设。孝宗登基不久，就接受朝臣杨守陈的建议，将经筵制度恢复了过来，而且常敦促讲官应直言不讳，不必顾忌。弘治九年（1496年）闰三月，少詹事王华日讲文华殿，他借唐朝李辅国与张后表里用事的故事影射李广取宠的状况，希望孝宗引以为戒。孝宗听后，亦深明其意，不但没有丝毫责怪之意，而且还设宴款待王华。在恢复经筵的同时，他还恢复了在英宗时已被破坏的一日三朝的规矩，以方便了解朝中之事，同时亦可及时地处理政事，可见孝宗对政事极为重视。其次，朝臣们还经常建议孝宗，注意节俭，体察民情，对灾民施予救济。这些都被孝宗一一采纳。弘治元年（1488年）三月，马文升上疏陈时政十五事，其中就有“节费以苏民困”。文中有“陛下量减一分，则民受一分之赐”一类语，孝宗一般都可以接受。弘治十四年（1501年）八月，大学士刘健等因军兴缺饷，上疏指责光禄司岁供增数十倍，“太仓的粮食已不多了，不够战士享用，而内府取入，一动便是四五十万”。同时，刘健还呼吁应当减其供奉到弘治元年的标准，万一有灾情出现，官府应当拿出财物来救济，同时减轻灾区的赋税。
另外，注重修边备，加强防备。自“土木堡之变”后，明代北部边防就废弛了，在成化年间，仍不见有任何改观。弘治朝，由于重用贤能之士，先后用余子俊、刘大夏、马文升为兵部尚书，因而使防务中的一些不利因素得以根除。余子俊于成化中期曾在延绥地区修筑边墙，成化二十一年（1485年），他总督大同、宣府军务，并在这两镇推行了廷绥边墙法。弘治初年，他为兵部尚书，针对北部边防曾系统地规划出一套总体防御计划。他认为，随着蒙古三大部之间力量的消长，防御重点应放在宣府、大同，并提出对边镇守将须实行每岁考核制度，建议建立以大同为中路，天城、阳和为东路，洪州城、宣府、大同左右卫、威远、平虏、井砰堡、朔州卫为西路的三路防御体系。孝宗认为计划不错，应立即执行。
余子俊病逝于弘治二年（1489年）二月，马文升继任兵部尚书，一直到弘治十四年（1501年）十月，余子俊防守的策略被继续实施。马文升调任吏部尚书后，刘大夏继任，继续维护边备以守为主的方针。孝宗曾认为应效法明成祖以进攻取代防御，事实上，就当时实力而言已不可能。想维护北部边防的安宁，刘大夏认为就应当采取防御为主的方针。
罢黜刘吉
弘治四年（1491年），明孝宗讽令刘吉致仕。
在明朝历史上，明孝宗是一个善于纳谏的好皇帝，但有时他也会被那些善于曲意奉承、欺上瞒下的奸佞之臣迷惑。如对内阁大学士刘吉，尽管科道官们一再上疏进行弹劾，孝宗皇帝却被他伪装起来的面孔所蒙骗，迟迟不肯将他罢除，究其因就是一时没看清他的真面孔。
明孝宗即位时，阁臣共有三人，那便是首辅万安、次辅刘吉，以及入阁不久的尹直。尹直是万安的朋友，一向和万安相互勾结、营私舞弊。成化二十三年（1487年）十月，万安被罢黜后，他因受牵连在十一月被解除职务。由于万安和尹直被罢官，魏璋立即把这事报告了刘吉，并上奏给孝宗皇帝，弹劾汤鼐和刘概二人，将他们说成是妖言惑众，诽谤朝廷之人，不久刘吉也来到明孝宗面前进谗言陷害汤鼐。听了魏璋和刘吉二人的汇报，孝宗皇帝一怒之下，下令将刘概、汤鼐二人逮捕入狱，随后又把庶吉士邹智投入狱中，用以酷刑，严加拷问。
汤鼐一案虽然瞒过了明孝宗，但大臣中的有识之士却看得一清二楚，明白刘吉这是为了报复言官而策划的。大理寺评事夏鍭上疏孝宗皇帝说：“庶吉士邹智、主事李文祥、御史汤鼐等人都是被诬陷的，是内阁大学士刘吉利用陛下对他的信任、重用，胆大妄为一手策划的冤狱。刘吉的罪过，陛下难道不知道吗？实际上比万安、尹直的罪，小不了多少。”可是这篇奏章却被孝宗皇帝留中了。夏鍭见好久没有回音，于是称病辞官回家。
刘吉早就觉察到了在同科道官的斗争中，自己的首辅地位不太稳固。为了使自己稳坐首辅宝座，他将策略调整了一番，一方面开始拉拢人心，如允许科道官员越级升迁，他还向宪宗提出了建议，对一些弹劾他的言官表面上予以谅解。另一方面对曾经与他作对的官员，继续予以打击。弘治元年（1488年）四月，右庶子张升上疏孝宗皇帝说：“当初，纷纷递交奏章的科道群臣，弹劾刘吉、万安、尹直，在这三人中，只有刘吉得以留任，万安与尹直先后被罢了官，所以他提出科道官员可以越级升迁的建议。就从刘吉提出此议之后，科道便再无人弹劾刘吉了，而且，这些大臣，不懂是非，全都附和他。唐朝李林甫口蜜腹剑，南宋贾似道擅自钳制言论，刘吉的为人，便是将李、贾二人的品德集于一身。请陛下上应天意，尽快将刘吉罢除，以消灾难。”同时，他还历数了刘吉盛纳姬妾、收受贿赂、纵子作恶、恣意淫乐、攀附万喜、夺情起官等十大罪状。对此，刘吉怀恨于心，再次授意魏璋弹劾张升，张升便被贬为南京工部员外郎。孝宗皇帝又一次被刘吉欺骗。
刘吉想尽办法讨孝宗皇帝的欢心，只是为了稳坐首辅的宝座。当时新入阁的徐溥、刘健都非常能干，常常提出一些利国利民的建议，针对此，为获取明孝宗的好感，身为首辅的刘吉开始效仿他们，竟找一些无关紧要的事情上奏。弘治二年（1489年）二月，明孝宗因为天气久旱，想让阁臣布置，由儒臣们撰文祈雨。
刘吉得到消息后便大做文章，上疏辩论道：“最近有奸臣沿用李孜省、邓常恩的道术，月华宫刚刚完事，要天下雨，不需要祈求，愿改用别的方式，否则万一招来横祸，实在不好。”明孝宗见他说得不无道理，所以就打消了命儒臣撰文祈雨的念头。从此以后，刘吉便常常将“小心翼翼”之类的话，挂在嘴边。不仅如此，刘吉还经常在别人的奏章上署上自己的名字，蒙蔽明孝宗。