正统十二年（1447年），于谦接到父亲的丧报，回杭州奔丧，丧期未满，就被调做兵部右侍郎。第二年，他母亲去世，由于紧急的边务，他只得终止守丧，当年又奉命返回北京做兵部左侍郎，佐理部事。正统十四年（1449年）土木堡之变发生，兵部尚书邝茔扈驾阵亡。
就在皇帝被俘，群龙无首，一片混乱的时刻，负责居守的廊王也一筹莫展，大臣们更是“相看泪眼，竟无语凝噎”。待到同年八月十八日，皇太后孙氏召百官，确定了英宗朱祁镇的同父异母弟弟郕王朱祁钰的监国身份。
朱祁钰召群臣们商讨战守大计，竟有人提出要迁都南京，以避灾祸。幸亏时任兵部左侍郎代理部事的于谦坚决反对，并主张马上召集军队，誓死保卫京师，不然大明就要走上另一条路了。正如有人开玩笑说：也许南明就会早出现二百年。这也不是不可能变为事实。
因此说，于谦对于明朝，对于中国历史，甚至对于北京的发展都功不可没。
除了坚拒迁都之外，他还有几个顾全大局、应对变故的举措。
首先，就是拥立郕王朱祁钰为皇帝，即是景帝，年号景泰。这很容易让人联想到宋朝的“靖康之变”，当时也是在徽钦二帝被金掳去之后，高宗赵构即位，宋朝南渡，直到杭州，真是狼狈不堪。明朝难道又是历史重演？实则不然。毕竟朱祁钰不是赵构，大明也没有宋朝那么羸弱，顷刻之间就被一个异族打得落花流水，仓皇南逃，甚至被逼到皇帝差点蹈海的地步。景帝即位后，遥尊远在瓦剌的朱祁镇为太上皇。毕竟一个如此庞大的帝国，不能一日无君，否则大小事情谁来处理，国家怎能正常运转？这使得也先“挟天子以令诸侯”的小算盘落空。
接着就是清洗王振的余党。王振为很多大臣所痛恨，因以前有皇帝撑腰，朝臣们只能敢怒而不敢言。且这次皇帝的亲征正是他的调唆，才惹出了天大的祸事，朝臣们更是恨之入骨。因此，他死在乱军之中，他的同党、亲族的末日也就到了。
于谦辅助朱祁钰处置了这些不得人心的奸佞，平息了众怒，朝廷内部稳定。
后院不至于起火，大家就会同心协力，抵御外敌。于是于谦作为兵部尚书，开始着手北京的防卫工作。他征集粮饷，任用贤能的将领，增强城防。总之，在于谦的筹划下，逐步形成了一个依城为营，以战为守，分调援军，内外夹击的作战部署。一切准备就绪，只待与瓦剌军决战于北京城下。
北京城准备好了，于谦也准备好了。而也先怀揣的却是另一番心思，他以为捉住了朱祁镇，就可以奇货可居，于是用要挟的手段逼明朝议和。看看宋朝的历史就会知道，被动议和意味着什么，就是受制于人，就是要年年给人家好处。
于谦看透也先的野心，于是一句“社稷为重，君为轻”，孟子的话经于谦之口而出，是铮铮有声，粉碎了也先的白日梦，也为他种下了灾祸。
也先无计可施，决定对北京进行大举进攻。面对瓦剌的大兵压境，于谦身先士卒，身披甲胄，临阵督战，并下令将九门全部关闭，规定：“临阵将不顾军先退者，斩其将；军不顾将先退者，后队斩前队。”他以忠义报国的道理晓谕众将士，泪流满面，慷慨激昂，士兵士气高涨，誓与北京共存亡。
结果可想而知。也先敢犯“强汉”，虽不至于弄到“虽远必诛”的地步，但也在大明军民的共同抵御下，落得个惨败的下场。他带领军队，拥着明英宗仓皇出逃，于谦派兵追击，结果途中又大败瓦剌。是为“北京保卫战”。
北京保卫战，在明朝历史上乃至中国历史上都占有重要的地位。它不仅确保了都城北京的安全，避免了宋朝南渡悲剧的再次发生，也粉碎了也先图谋中原的企图，此后蒙古很难再次组织起大规模的武力入侵行动。同时，北京作为抵抗蒙古的最为重要的堡垒依然发挥着重要的作用，并形成了以北京为中心，以宣府、大同、居庸关为屏障的整体防御体系，有效地抵御了蒙古军队的侵扰，确保了内地人民正常的生产生活。这一切不能不说是于谦的功劳。
名家回眸
张廷玉在《明史》中有对于谦最激动人心的赞美：“忠心义烈，与日月争光！”
着名历史学家黄仁宇曾这样评价于谦：于谦乃一介书生，竟能在国家危难之际，挺身而出，且能“挽狂澜于既倒”，从中可见中国读书人的绝好品质，修身、齐家、治国、平天下，以天下为己任，有此精忠报国之人，国家何愁不兴旺发达。只是世事难料，风云突变间，已换了人间，而于谦，这一代文臣武将，却以不世之功，死在王朝政治的刀锋之下。
夺门之变
南宋“靖康之变”的那一页历史还历历在目，不知身在瓦剌军营的英宗朱祁镇面对自己的处境，作何感想。是否在感叹自己的命运时，也想起了那两位与自己际遇相同，惨死在金人手中的宋徽宗和钦宗父子，为自己的生命犯愁；或者还想着“出师未捷身先死”，以满襟的热泪怀念着或者抱怨着太监“王先生”；又或者眼睁睁看着弟弟朱祁钰继位，而感叹“无限江山，别时容易见时难”。
无论他自己如何感叹，也先倒是对他不错，很优待他，也尊重他。直到“北京保卫战”，也先大败，朱祁镇失去了利用价值，成了也先的一个包袱，于是迫不及待地想将其送还。
这就遭遇一个尴尬局面，如果朱祁镇回来，这朱祁钰哪里放？宋朝的高宗赵构想到了这一点，因此岳飞没能迎回徽钦二宗，反送了自己的性命。此时朱祁钰也面临了这一抉择，但他毕竟不是赵构，在大臣们坚持要迎回英宗时，于谦说：“天位已定，宁复有他！固理当速奉迎，万一彼果怀诈，我有词矣。”因此景帝疑虑顿消，其实于谦对迎回朱祁镇是否会夺皇位的问题并不是十分关心，他说“社稷为重，君为轻”的意思就是谁当皇帝都一样，只要对天下社稷有益就可以。因此他在朱祁镇被迎回之后的政治斗争中显得很平淡。
英宗朱祁镇在外担惊受怕了一年之后，回到故国，兄弟二人相拥痛哭。朱祁镇倒也懂得深浅，这帝位经过一番“授受”与“推逊”，朱祁钰继续做他的皇帝，而哥哥朱祁镇被软禁在了南宫，不许百官谒见。仅此而已，朱祁钰对皇兄倒是没有太过分，相比于过去为了皇位，兄弟间自相残杀的案例，这已经很不错了。虽然昔日君王朱祁镇的日子相对来说苦了些，却是自己将江山玩丢了。
这其间还发生了一件大事，本来在景帝朱祁钰继位之前，为了稳定政局，已经册立了朱祁镇的长子朱见溶为太子，后来景帝想让自己的子孙们在这个皇位上千秋万代地坐下去，于是废原太子，立己子。结果第二年这个新立的太子竟无福享受父亲的好意，一病不起，死了。太子之位又成了问题。
景泰八年（1457年）元旦，朱祁钰病倒，他再无子可立。这时朝廷里的阴谋家们开始了自己的活动。武清侯石亨与都督张軏、太监曹吉祥等密谋发动政变，拥英宗复辟，以邀赏功。一月十六日夜，徐有贞、石亨等引军千余人潜入长安门，急奔南宫，毁墙破门而入，扶英宗登辇，自东华门入宫，升奉天殿。这就是“夺门之变”。
早晨大臣上朝的时候，突然间君主就易了位，而此时的朱祁钰听到哥哥复辟，竟连声大叫“好！好！”是悲？是恨？还是悲恨相续？不得而知。总之，他被移到了西宫，一个月后神秘死去，时年三十岁。
谈迁在《国榷》中充分肯定了景帝的功绩：“太祖之后，有功劳的皇帝，谁不知道是成祖？有德行的皇帝，谁不知道是孝宗？然而，还有一个景帝。土木堡之变发生后，如果没有景帝，我们都会沦为异族统治下的奴仆了。景帝的德行有哪些？一个是他善于知人，一个是他懂得安民。”这“知人”指的就是用贤臣于谦。
但是这位好皇帝最终没有被葬到自己修建的皇陵之中，直到天顺八年英宗朱祁镇驾崩以后，已经更名为朱见深的宪宗朱见濬继位后，没有记恨叔叔废掉自己太子之位之事，而是念叔叔朱祁钰当年的功绩，以亲王之礼葬景帝于北京西山。
后来明史专家吴晗称赞景帝是一位难得的好皇帝，并且曾与郑振铎一起在西山找到了景帝墓，加以修葺，辟成公园供人纪念。
确实，景帝临危受命，在国家危急关头登上皇位，领导了一场抵抗蒙古入侵的北京保卫战，保障了内地居民的安居乐业，有功于社稷。且他的年代还为后人奉献了一个风华绝代的名字——景泰蓝。当我们看着那精美的工艺品，是否还会想起这位葬在西山的皇帝，一位以景泰为年号的皇帝？
景帝死了，英宗继续他的执政生涯，改年号为天顺。他在复辟当天，就把拥立朱祁钰的于谦等人逮捕，不久这位功臣便以谋逆罪被处以极刑。于谦的党人也一一被杀、谪戍、罢官。山明水秀的杭州西湖西南岸的三台山下，一块净土埋忠骨，一身清白留在了人间。
朱祁镇也做了几件颇为史家所赞赏的好事。一是释放建庶人。建庶人是建文帝次子朱文圭。1402年，明成祖攻入南京之后，建文帝及其长子朱文奎不知所终，次子朱文圭则被朱棣幽禁起来，称为“建庶人”。到英宗天顺年间，建庶人已经在长期的幽禁岁月中从两岁幼童长为五十多岁的老翁了。大概由于也曾经历过长期被囚的生活，朱祁镇突然有一天想起了这位远房叔叔，动了恻隐之心，将其释放。他身边的人担心放出建庶人会出变故，他倒很有气度，说：“有天命者，任自为之。”大概是经历了人生的大磨难，朱祁镇对人生倒是有了一份豁达，可惜这份豁达一旦与皇位有关，便不堪一击了。释放建庶人一事还是受到百官和百姓们的真心赞叹，也算是给五十多年前的纠纷做了一份补卷。
还有一件事，就是废除殉葬制度。明太祖死的时候，许多宫人陪葬。自此之后，成祖、仁宗、宣宗、代宗去世都以宫妃殉葬。其实这是一个非常残酷的制度，朱祁镇临终前遗诏停止殉葬。此后明代各帝都遵从这个遗诏，不再以宫妃殉葬。
朱祁镇复辞后又当了八年皇帝。《明史》称英宗在位期间，“无甚稗政（坏政策）”。但英宗并不能阻止大明王朝逐渐走向衰落的趋势。到他儿子宪宗的时候，一切看起来就更糟了。
名家回眸
许文继、陈时龙在《正说明朝十六帝》中对朱祁镇有一个很有趣的总结：“英宗在位二十二年，被俘北居一年，南宫幽居七年，又于景泰八年乘景帝病重，在武清侯石亨、左都御史杨善以及副都御史徐有贞、太监曹吉祥等人的拥戴下复登皇位，真可谓经历了天上人间的剧烈变化。在这期间他宠信过一些人，重用过一些人，惩处过一些人。他宠信的人，有的断送了他，比如王振；他重用的人，有的对他产生威胁，比如石亨和曹吉祥；他惩处的人，有的明知其对社稷有功，却不得不如此，比如于谦。总之，任用非人，是他作为一个皇帝的最大失败之处，同时也在某种程度上决定了其跌宕起伏的悲剧命运。”
景帝虽在位时间短但也不是没有功劳的。谈迁在《国榷》中充分肯定了景帝的功绩：“太祖之后，有功劳的皇帝，谁不知道是成祖？
有德行的皇帝，谁不知道是孝宗？然而，还有一个景帝。土木堡之变发生后，如果没有景帝，我们都会沦为异族统治下的奴仆了。景帝的德行有哪些？一个是他善于知人，一个是他懂得安民。”