1994年3月4日，美国联邦调查局向克林顿的6名高级助手——白宫办公厅副主任伊基斯、总统高级顾问林赛、白宫联络主任吉兰、白宫法律顾问努斯鲍姆、克林顿的新闻秘书卡普托和希拉里的新闻秘书威廉斯，以及3名财政部官员发出传票，要求他们就克林顿夫妇是否曾派人“刺探”该局对白水事件进行调查的情况出庭作证。次日，白宫法律顾问、克林顿夫妇的密友伯纳德·努斯鲍姆突然提出辞职。
随后，希拉里与克林顿的密友，曾为“白水开发公司”和“麦迪逊担保银行”提供过业务帮助的财政部副部长哈贝尔，因涉嫌作伪证而被判刑坐监18个月。这是克林顿夫妇朋友中因白水案入狱的第一人，也是克林顿政府中因卷入白水案而判刑的首位最高官员。
白宫引起了骚动，共和党人紧追不舍，又向国会提出就白水案举行听证会的动议。一些民主党议员出于自身需要也纷纷表态同意此动议。参众两院最后表决通过了这一动议。
这年夏天，正当希拉里竭力向国会及全国公众游说推销她的全民医疗改革方案之时，国会众议院与参议院银行委员会开始举行白水案听证会。有29名白宫助理及克林顿政府的官员受到传讯或在国会的听证会上作证。虽然所有接受传讯或听证的人后来都证明并没有干什么错事，但它却对克林顿夫妇道德威信损伤极大。
据当时舆论界发表的民意测验显示，美国公众对克林顿的民意支持率跌落到就任以来的最低点，而认为克林顿夫妇在白水案中有“不道德或违法行为”的竟占62％。更有超过半数的选民认为克林顿夫妇在白水案调查中未说实话，认为他们的道德诚信有问题。
1994年6月，特别检察官罗伯特·菲斯克发表部分报告，断定福斯特的自杀与“白水门事件”没有关系，在白水与麦迪逊事件上，财政部与白宫的接触也没有犯罪行为。事情似乎有了转机。
接受调查
但共和党人岂肯罢休。此后推出更加强硬的肯尼斯·斯塔尔接任特别检察官，继续对“白水门事件”的调查。
白宫立即对斯塔尔的任命表示不满。一名白宫助理指出。斯塔尔是一位保守的共和党人。在宣布这项任命之前，他曾与状告克林顿总统性骚扰的前阿肯色州政府雇员葆拉·琼斯的律师有过接触，并正在考虑提出一个条款，以挑战克林顿提出的在任总统应该有民事司法特权的争辩。白宫方面担心，斯塔尔接任独立检察官后，会放手大肆查究白水案，使此案更加复杂，并无休止地拖延下去。
果然，在斯塔尔的大力追查下，“白水门事件”有关的案情接连曝光，先是司法部前副部长哈贝尔接受了特别检察官提出的两项指控——逃税和邮政舞弊行为。12月，斯塔尔对继任克林顿州长的阿肯色州州长吉姆·塔克提起诉讼，控告他从事类似“白水”丑闻的房地产投机生意。
斯塔尔还要求白宫马上交出与白水案有关的所有档案文件，包括希拉里在罗斯法律事务所工作时的法律账务记录。
斯塔尔之所以向白宫索要希拉里在罗斯法律事务所工作时的法律账务记录，是想以此作为突破口，彻底调查了解她当时作为阿肯色州州长夫人，在代表罗斯法律事务所与麦克道格的“麦迪逊担保银行”的业务时，是否有利益冲突和权钱交易，而且在“麦迪逊担保银行”被联邦政府关闭后的善后工作中到底起了些什么作用。
白宫方面的答复是，这些账务记录不知哪里去了，无法找到。
1995年7月18日，已成为国会多数党的共和党，在所控制的国会参议院成立特别调查委员会，由纽约州的共和党国会参议员达马托任主席，开始对白水案与福斯特之死举行听证会。
8月10日，由独立检察官斯塔尔组成的大陪审团认定克林顿夫妇当年在阿肯色州的合伙人麦克道格尔与他的妻子以及现任阿肯色州州长塔克，在当年“麦迪逊担保银行”的贷款业务中犯有银行欺诈罪，麦克道格尔夫妇先后被判刑入狱。克林顿入主白宫后接任州长的塔克被迫辞职，但由于身体状况原因而被判巨额罚款与监管在家。
10月26日，参议院白水案特别调查委员会向卷入此案的49名白宫助理与克林顿政府官员以及相关人士发出传票，要他们到国会接受质询与作证。希拉里本人亦多次被有关联邦机构约谈，要其解释说明有关白水案的一些问题。
1996年1月4日，当白宫突然宣布，希拉里在罗斯法律事务所时的账务记录在不见了两年之后在白宫三楼书房的一张桌子上被发现。希拉里的这些账务记录副本在神秘地失踪了两年后，又突然出现，《纽约时报》的专栏作家威廉姆·赛菲尔在1月8日的《纽约时报》上发表评论文章，对希拉里在罗斯法律事务所工作时账务记录失而复得过程提出种种疑问，并公开指称希拉里是个“天生的撒谎者”。
面对这些咄咄逼人的攻势，克林顿和希拉里使出浑身解数，加以反击，1月11日，克林顿召开记者会，斥责政敌利用“白水门事件”攻击他，称这些指责“与事实毫无关系”。针对赛菲尔的文章，克林顿愤怒地表示，如果不是有美国总统的公务在身，他真想打断这个专栏作家的鼻梁。在美国当代历史上，用如此愤怒的语言斥责作家的总统，杜鲁门是第一个，克林顿是第二个。
希拉里一方面进行辩白，另一方面也做出了适当的反击。1月15日她公开表示，她本人根本不惧怕到参议院白水事件调查委员会作证，她愿意在公众面前为自己辩护，同找麻烦的参议员辩论。纽约的政治评论家莫森认为，美国从未有过第一夫人到参议院调查委员会来为自己声誉宣誓作证，“她这一招可以为自己扳回一些分数”。
1月9日下午，克林顿在白宫新闻发布会上指出，美国民众会根据调查了解事实真相并做出自己的判断。但作为总统，他也有个人感情，他不允许别人对他的夫人进行人身攻击。
为了回答舆论界关于账务记录的种种疑问，希拉里于1月中旬接受《新闻周刊》的采访，对白水案等有关问题进行了说明。1月15日出刊的《新闻周刊》发表了这次访谈的内容。希拉里在这次采访中指出：“根据我们所见的证据显示，罗斯法律事务所作为‘麦迪逊担保银行’的法人代表总共工作了15个月。在那15个月中，我平均每周为它仅工作一小时，我并不认为，在15个月中每周为其工作一个小时是蛮多的工作。”希拉里并表示，她确实不知道为什么她的那些法律账务记录会突然在白宫三楼的书房中被发现，她也从来没有翻看这些账务记录副本。这些账务记录副本一被白宫助理哈柏女士发现，她即要白宫律师将它们交给独立检察官。
1月22日，独立检察官斯塔尔向希拉里正式发出传票，要她向大陪审团作证，说明账务记录是否故意长期拖延不交给独立检察官。这是美国历史上第一个在位总统的夫人接受传票，这个消息一公布，不仅给白宫造成极大的震动，而且引起全美舆论与公众的关注。
1月26日，希拉里接受传票到联邦大陪审团作证。由于这是美国历史上第一位第一夫人出现在大陪审团面前答复问题，自然引起社会大众的广泛注目。
大陪审团由23位陪审员组成，其任务为调查希拉里过去在罗斯法律事务所任职时的法律记录与账册，是否曾被白宫人员蓄意隐匿以阻挠司法程序，致使调查迟迟没有进展。发问的主角是独立检察官斯塔尔。美国传媒指出，克林顿夫人并不是一个被调查的对象，而只是就有关事实提出说明。尽管贵为第一夫人，希拉里在联邦大陪审团面前，亦和平民一样履行公民的义务，郑重宣誓后开始发言作证。
历时四小时的听证，虽然是在秘密中进行的，对外不公开，律师和新闻记者都不得入场，进行的情况与内容只有在场人员知晓。希拉里对这次万方注目的作证，表现得非常从容镇定。就在作证的头一天，她还到新罕布什尔州为丈夫争取连任发表演说，积极拉票。1月26日，她身穿一件黑色大衣，冒着隆冬的寒风步入陪审团会场之前，十分从容地向新闻界说：“我愿尽一切可能和他们合作，以澄清事实真相。”
1996年1月15日出刊的《新闻周刊》在当期封面上以赫然大字写道：“圣者或是罪人？”显示人们对她两极化的评价。一些分析家认为，其实那笔房地产生意并没有什么了不起，但由于白宫在此案的调查中，有隐瞒事实真相、拖延阻挠国会调查之嫌，这涉及克林顿总统与夫人的诚信问题，就变得相当严重。
这一年是总统大选年。虽然离总统大选投票还有差不多10个月，但各州的初选已拉开序幕。克林顿三年多来的政绩在舆论界毁誉互见，但由于民主党与白宫发动大规模的电视广告攻势，宣传他执政以来的内政外交成绩，使民间对他的印象较佳。如果他与夫人在“诚信”上留有洗不清的阴影，对竞选连任前途十分不利，所以非得全力洗清不可。在这种背景下，希拉里不避责任，不惜以第一夫人之尊亲往联邦大陪审团接受史无前例的听证询问，所争者不仅是自身的清白，也兼及丈夫总统职位的保卫战。
在希拉里到联邦大陪审团作证之后，她的丈夫克林顿也应独立检察官的要求，分别在4月28日和7月7日，以现场录像的方式私下为白水案作证。这两次私下作证的录像带没有向新闻界与公众公开，只在调查陪审庭上播放。
松了一口气
1996年6月18日，参议院白水案特别调查委员会宣布完成对白水案的调查，其结果并没有发现总统夫妇在该案中有什么不法行为。另外，早在去年8月，众议院银行委员会由共和党众议员利奇主持的对白水案的调查，其结果亦显示克林顿夫妇在白水案中没有任何违法行为。但国会中的共和党议员与民主党议员，对克林顿夫妇的道德诚信问题有完全不同的看法与结论。
11月5日，在总统大选中，克林顿竞选连任成功。但斯塔尔对白水案的调查仍未终止。为此，克林顿在1992年竞选中的政治顾问卡维尔于11月24日宣布，他将发动一场要求罢免斯塔尔的运动，他抨击斯塔尔是一个与共和党右翼相勾结的党派工具。
1997年2月17日，斯塔尔突然宣布他准备在半年内辞去独立检察官一职，去加州一所大学的法学院任教。但几天后，他又改变了主意，说他将全力完成对白水案的调查。
4月22日，美国地区法院宣布再延长白水案大陪审团的调查，为期6个月，至当年11月7日结束。
实际上，最后两个月对白水案的调查已成为一场没有任何结果，没有人关心的闹剧。