除了C语言编程之外，马化腾在技术上的另外一个强项是图形化界面的程序编写。
当时的计算机采用的是DOS程序，微软的Windows还没有诞生，马化腾能够在DOS系统下做出类似Windows的图形化界面。“当时国内还很少有人做这样的尝试，我在书上找到一些基本元素，然后在上面不断地搭建，形成了自己的图形化界面技术。”
到了大学四年级，学生们要到一家企业去毕业实习。马化腾去的是深圳黎明电脑网络有限公司，这是南方中国技术水平最高的计算机公司，它创办于1990年，是中国第一家以“电脑网络”命名的企业，在中国网络发展史上，它拥有四项显赫的纪录：最早的电脑网络通信系统集成公司、最早应用数字数据网络和帧中继技术的公司、最早在异步传输网络上实现图像、语音和数据综合传输应用的公司、中国证券电脑网络的首创者。它曾经是中国最大的电脑网络设计和主要建设单位，上海、深圳两个证券交易所的电脑网络交易系统便是由黎明网络设计完成的。20世纪90年代中期，中国的股票市场如火如荼，成了财富聚变的巨大游戏场，黎明公司也因此赚得盆满钵满。
在这里，22岁的马化腾做出了他一生中第一个真正意义上的产品。
这是一个图形化界面的股票行情分析系统，马化腾加入了技术分析、函数算法，甚至还自带了一套汉字输入法，他把自己在C语言和图形化界面上的特长统统发挥了出来，为了分析股票买卖双方的心理博弈过程，他还去学习了神经元的知识，以期能预测出股票未来的走向。这是一个看上去非常实用的股票分析软件，使用者可以形象地看到股票行情的波动情况，并进行波段分析。
在当时的股票热潮中，全国出现了难以计数的炒股软件，它们都宣称自己是看得见未来的“水晶球”，马化腾的产品正是其中之一，不过，由于其采用了非常独特而图形化的设计，所以，即便是在程序员云集的黎明公司，仍然让人眼睛一亮。公司找到这位实习生，提出要购买他的这套软件。马化腾咬咬牙，小心翼翼地开出了五万元的价格，这相当于当时大学毕业生三年的薪水，不料想，对方没有还价就一口答应了。
就这样，马化腾的大学四年生涯在一个软件交易中结束了。这四年，他没有担任过任何学生干部的工作，也没有竞选过任何的协会职务，在芸芸的学生中，他只是一个长相英俊、沉默安静、偶尔喜欢在计算机机房里捣捣蛋的理科乖乖生。没有任何迹象表明，他在管理和公共事务的处理上有出众的才能。