1989年，是马化腾考大学的一年。那年6月的中国发生了一场严重的政治动荡，高考在7月7日至9日如期举行，但是一切都笼罩在恐慌之中，几乎所有的家长都希望孩子能留在自己身边。所以那年，深圳高考考生的第一志愿大多填的是深圳大学。马化腾的高考分数是739分（满分900分），高出重点线100多分，按这个成绩本可以进北京的清华大学或上海的复旦大学。
因为深圳大学没有马化腾最感兴趣的天文系，所以，他退而求其次，进入了电子工程系的计算机专业。与他一起进这个专业的还有许晨晔和张志东。许晨晔还跟他分在了同一个寝室里。这个班共有36名学生，除了一个保送生，张志东的考分最高，马化腾成绩排第三。据讲授计算机汇编语言课程的胡庆彬老师回忆：“马化腾这一届是深圳大学历史上最优秀的一届，生源特别的好。他们这一个班，没有人挂过科——这是深圳大学之前、之后再也没有出现过的。马化腾等人很优秀，基础好，后来做出这样的事业我一点都不惊讶，就是不创办腾讯也会成为很优秀的人才。”
黄顺珍是马化腾的大学班主任，讲授的课程是计算机操作系统，从留存至今的成绩单上可知，马化腾那门课的考试成绩是86分，黄老师给了总评88分，而张志东的总评是全班最高的92分。黄顺珍讲述了两个细节：“作为班主任，我每周要到宿舍巡视一次，每次去，都会看到马化腾在看书或者做计算机操作，他和张志东等一些同学的家庭条件好，都自己配了电脑，而其他人都在聚堆聊天或者做其他的事。有一次，马化腾交上机实验报告，在写自己名字时，搞了一点小创意，他用软件为自己的姓‘马’设计了一个奔腾形状的字体，看上去很漂亮，然后在后面又手写了‘化腾’两个字，理工科学生很少有这样的创意，这让我直到现在也印象很深。”
与马化腾同一个寝室的许晨晔回忆说：“那个时候我跟他在一起，平时就是背英文单词，早上一起跑步，绕校园跑一圈。有一段时间，他还突然对气功发生过兴趣。”
深圳大学是一所1983年才成立的大学，几乎没有什么传统，它坐落在南山半岛，校园里大量种植了荔枝树，所以也被称为“荔园”。那时，校园外都是农田和几个错落筑建的农舍，马化腾和许晨晔在跑步的时候一定不会料到，二十多年后，他们能有机会在校园北面建一座三十九层高的腾讯大厦，从位于顶层的办公室可以日日俯瞰已经逝去的青春。
他们的另外一个同学陈一丹则考进了化学系。在大学期间，陈一丹变得非常活跃，他竞选上了化学系的学生会主席，还是校学生会委员会副主任。毕业典礼上，他被选为毕业生代表发言。“他讲得很激昂，好像毕业就是上前线一样。”马化腾说。
从二年级开始，马化腾把很多精力花在了C语言的学习上。这是1972年由美国的丹尼斯·雷切尔（Dennis Ritchie）设计发明的高级程序设计语言，它具有绘图能力强、可移植性好等优势，并具备很强的数据处理能力，是世界上流行、使用最广泛的程序设计语言之一，在操作系统和系统使用程序以及需要对硬件进行操作的场合，用C语言明显优于其它高级语言。马化腾日后对我说：“我们最终是靠C打天下的。”他还说：“在技术上，我的算法不是太强，那需要数学很强的人才可以，但是我做应用比较强，就是我知道如何把一个产品实现出来。”相对于马化腾，他的同班同学、“冬瓜”张志东则更精于算法。
马化腾在计算机上的天份，很快就呈现了出来。在大学里，对于所有学习编程的年轻人来说，公共计算机机房是较量技术的不二赛场，他们常常在一台计算机里编写一个病毒程序，将硬盘锁死，令别人无法启动，而自己则可以任意地打开，或者，有另外一个高手能够破译出别人设计的程序。这无疑是一件很酷的事情。在同学们的记忆中，马化腾是一个编写病毒程序的高手，“他经常把机房计算机的硬盘锁死，连管理员都打不开，后来只要一发生这样的情况，马化腾肯定是第一个被叫过去的‘嫌疑犯’”。