昆曲起源于江苏昆山地区的地方戏昆山腔，从昆山腔到昆曲名称的变化，伴随着这一地方清唱曲艺逐渐融入音乐、美术、表演等艺术表现手法，最终成为一种美轮美奂的舞台表演形式。对于这一过程，如今我们可以将其大致分为以音乐改良为主的“清工”时期和歌舞并重的“剧工”时期。而这两个时期只是表现形式不同，作为一种艺术形式，其核心在于演唱技法的形成。
“清工”是指演员并不化妆，只是配乐演唱的清唱，这极符合士大夫酒宴助兴的需要。这个是中国士大夫阶层的传统，就像我们熟悉的李白、白居易无不携带乐伎出游。中华民族拥有的这片土地上由于过于辽阔而使南北戏曲呈现出完全不同的风貌。当然今天我国各地仍有其地方戏，各戏种之间都有所了解，并互相借鉴。但在交通与通讯都是生活中很大问题的古代，各地剧种之间的差异是非常明显的，无论是在音乐、唱词、唱工还是表现内容上，南方与北方都截然不同。北方多平原，南方多山川湖泊，而长江和黄河从西向东流，又使东西呈现出既联系又不同的社会，使中华民族各地的语言、音乐、风俗习惯都呈现出完全不同的风貌。南宋时期，南北方处于不同的统治之下，汉族偏安于江南，北方辽、金、元先后统治，1279年，南宋最后一个皇帝在广东投海自尽，这块土地才又重新统一。在这期间，各地的音乐与曲目不断融合，从而形成了截然不同的南曲和北曲。
南曲是宋元时南方（长江以南，以温州、永嘉为中心）戏曲、散曲所用各种曲调的统称，大都源于唐宋大曲、北宋鼓子词、宋词、传踏、诸宫调等，及当时的一些南方民间曲调，盛行于元、明。用韵以南方（江浙一带）语音为准，有平上去入四声。音乐上用五声音阶，声调柔缓婉转，以箫笛等伴奏，明代初期亦用筝、琵琶等弦索乐器。宋元南戏和明清传奇都以南曲为主。北曲是宋元时期北方戏曲、散曲所用各种曲调的统称，同南曲相对，大都渊源于唐宋大曲、宋词、诸宫调和北方民间曲调，并吸收了金元兄弟民族的音乐综合发展而成。用韵以中州韵为准，无入声。音乐用七声音阶，声调遒劲朴实，以弹拨乐器伴奏，有“弦索调”之称。亦有用鼓、笛者。元杂剧都用北曲。最初南北曲的曲牌不能出现于同一套曲内。元中叶后，成规渐被打破。
昆曲的形成最初是受南戏的影响。元末时期，南戏传到江苏昆山地区后，与当地的语言与民间音乐相结合，逐渐形成了南戏的一种新唱法，即昆山腔。之后，由于个别演唱家精湛的演唱水平，使这种唱腔逐渐流行，这其中有被后世称为昆曲鼻祖的顾坚。顾坚号“风月散人”，昆山千灯人，精于南词，善作古赋。今天我们之所以可以知道这个人，是因为昆曲“曲圣”魏良辅在其《南词引正》一书中称其为昆山腔的创始人。在《南词引正》的记载中，魏良辅直接写的就是顾坚的名字。我们知道，在中国古代，无论是称呼还是写作，对于社会地位高的人都要称他的字，直呼其名是不礼貌的行为。魏良辅直呼其名说明顾坚应该是一个社会地位不高的歌者，而非注重清赏与雅玩的士大夫。此时，与昆山腔并存的南方戏曲还有江西的弋阳腔，浙江的余姚腔、海盐腔、杭州腔等。与其他各腔相比，昆山腔流行范围并不广，只是在吴中地区比较盛行，而这一地区在这个时间段对于中华民族来说却是非常重要的地区。我们知道，中华民族的地域范围在每个朝代都不同，但无论在哪一时期，对于中华民族来说重要的地区又有所不同，这表现在文化地位、经济地位和政治地位的差异。从南宋时中华民族被迫南迁开始，吴中地区已成为中华民族文化与经济的核心。明初时期，明代的四大才子唐伯虎、祝枝山、文征明、徐祯卿都出于这一地区。因此，昆曲一出生就具有了高贵的血统，但在初期，虽然包括四大才子在内的吴中文人对昆曲都十分推崇，但此时与它同属于南曲系统的弋阳腔、海盐腔、余姚腔都比它流传得广。尤其是弋阳腔，由于其语言属于北方方言的一支，因此从北京到福建、广东，从江苏、浙江再到云南、贵州，都属于弋阳腔盛行的范围，并在不同地区形成了不同的流派，构成了规模庞大的南曲系统，而昆山腔的流行范围连它的五分之一都不到。即使在昆曲的发源地江浙地区，昆山腔也远远不如多用官话唱腔的海盐腔流行。
从昆山腔的产生、流行到魏良辅等人对昆山腔的改造，其间约有二百年，但是早期昆山腔的发展非常缓慢，而且主要在昆山一带流行。
元代后期，南戏流经昆山一带，唱南戏的海盐腔在苏州地区影响很大，南戏的唱与昆山当地的语言和音乐相结合，或者说与昆山土腔相结合，在民间逐渐形成了唱南戏的一种新腔，这种新腔就被称为“昆山腔”。据现有资料考查，在这一时期内，昆山腔所唱演的南戏并不太多，而流传下来的南戏和新创作的南戏却不少，据上面所引的《南词引正》的一段话就可知，在南戏流布地区至少有昆山、海盐、余姚、杭州、弋阳等腔在唱演南戏。
但在这之后，昆山腔不断吸收其他腔的长处，改进自己的唱法，这其中吸收海盐腔的优点最多，从而形成了“流丽悠远”与“体局静好，以拍为之节”的唱腔风格。个别唱曲家精湛的唱曲水平，对早期昆山腔的提高也会起到一定的作用。如元末夏伯和的《青楼集》中记录的唱曲能手张四妈，审音知律，“北令词，即席成赋”，“旧曲其音不传者，皆能寻腔依韵唱之”。夏伯和写《青楼集》时曾在昆山见到她，那时张四妈已年逾六十，“两鬓如黧，容色尚润，风流谈谑，不减少年时也”。我们不知她唱南曲用海盐腔还是昆山腔，但她晚年在昆山对唱南曲的昆山腔会产生一定的影响。在这种兼收并蓄的发展过程中，昆曲完成了由地方戏到全国流行的雅乐的变迁。而为这个过程作出重要贡献的则是后来被业内人士称为曲圣的魏良辅，魏良辅通过对昆曲伴奏乐曲和唱腔的改造，创造了水磨调的演唱形式，使昆山腔由一地方流行的地方戏一跃而成为全国流行的昆曲。
魏良辅字尚泉，生于明弘治末年或正德年间，万历十三年（1585年）前后去世，住在太仓县城南关。魏良辅是出了名的戏痴，开始唱北曲，由于唱不过好友王友山，而奋发图强，十年不下楼，专心钻研南曲。明朝时太仓县内的南码头是当时全国最为繁忙的内陆码头之一，商业的发达吸引了大批戏曲音乐家，魏良辅就在此与他们交友，例如歌唱家张野塘、洞箫名家张梅谷、笛子演奏家谢林泉、作曲家过云适。他们在一起拂琴弄曲，搜集了很多天南地北的曲调，并吸收其中的长处改良昆山腔，从而琢磨出“尽洗乖声、别开堂奥、调用水磨、拍捱冷板”的昆山腔演唱技巧，俗称“水磨调”。水磨是古代打磨家具的一种技术，把硬木的家具放在锉槽里，加上水，然后慢慢地磨，古人将改良后的昆山腔称为水磨调就是强调它的精细和雅致。
在中国古代，唱曲的艺人被人看不起，甚至到了民国时期，很多家族都禁止子弟以戏曲为业，在那时，读书方是正业。正所谓“三百六十行，行行出状元”，人生在世，短短的几十年，从事自己喜欢的行业，并且用心钻研，方能在历史的河流中激起浪花。如今，我们很少能记起科举的状元、探花，但当我们谈到昆曲的时候，却不能不提起魏良辅。在经过十年的苦心钻研后，魏良辅在40岁时将自己的研究成果整理出书，这就是后来昆曲从业者必须要学习的《南词引正》。与今天动辄上千上万页的浩浩长卷相比，《南词引正》只有二十条，但无论在当年还是在以后，它都对昆曲的发展起到了重要的影响。曾任国子监的曹大章看到后主动为其写跋，称其“情正而调逸，思深而言婉，吾士大夫辈咸尚之”，并称赞魏良辅“善发宋元乐府之奥，其炼句之工，琢字之切，用腔之巧，盛于明时”。四大才子之一的文征明晚年时读到此书也是非常喜爱，抄录该书全文及曹大章的跋。可见此书在士大夫阶层中流传之广。那么，是怎么样的改变让当时并不流行的昆山腔在魏良辅手中一下变得悦耳动听呢？
用魏良辅《南词引正》里的话来说，他的改革主要是三个方面，即字清了、腔纯了、板正了。音乐是语言的艺术，很多人为了表达感情，会用快慢、高低等声音的变化来演唱，即在声音、韵律和声调三者之间变化。昆曲是建在吴语基础上的，在当时只流行在江浙地区，于是魏良辅放弃了依赖吴语演唱昆山腔的传统，而是采用了使用更为广泛的中州韵来演唱。中州韵以北方语音为基础，最早使用中州韵的是元代的北曲。元明以来许多剧种都继承了这个字音传统，但又都参酌本地语音加以变化发展。
南曲发展较晚，与北曲相比，很多南曲在唱的时候常常会改变字的音，从而不能清楚表达词的意思，不能完整地表达词义曲情。我们知道汉字有四个声调，也就是小学生经常学的“一声平、二声扬、三声拐弯、四声降”，每个声调又各有阴阳之分。魏良辅的第一项改革就是规定了每种声调字的唱法，总的来说去声应高唱，上声应低唱，平声和入声又应酌其高低，不可弄混。在同一声调中，阴声高唱，阳声低唱。例如“诗”字为阴平，那么就要唱高平调，单长音。“时”字为阳平，唱时要低，或者渐次上升。
规定了字音唱法后，魏良辅又规范了不同声调可用的口法，即腔调，例如平声字的叠腔、上声字的嚯腔和去声字的豁腔。同时，规定每个字唱时字头、字腹与字尾该如何处理，即每种发音的字开口、闭口与中间该如何唱。在行腔上没有那么多技巧，不耍腔，不花腔，不柔腔，少哻腔。依字行腔使唱曲从曲牌规定中解放出来，使原本凝固的曲牌规律有了发展变化的空间。从戏剧情节来说，有了自由的编排空间；演唱技巧服从于词义曲情，有利于人物形象的塑造和演出的效果。
魏良辅对昆山腔的改造，伴奏乐器的改良也是相当重要的。据《寄畅园闻歌记》，跟随魏良辅一起改革昆山腔的，还有苏州张梅谷，善吹洞箫，以箫从曲；昆山谢林泉，善擫管，以管从曲。而在无锡的陈梦萱、顾渭宾、吕起渭也以箫管闻名。在无锡，魏良辅的学生潘荆南唱曲也必借箫管和，一时在曲界竞相传习。后来，明潘之恒在《弯啸小品》卷二《叙曲》中曾说起当时昆腔乐师：“秦之箫，许之管，冯之笙，张之三弦，其子以提琴鸣，传于杨氏。如杨之摘阮，陆之 筝，刘之琵琶，皆能和曲之微，而令悠长婉转以率顿挫也。”明徐渭《南词叙录》也曾说“今昆山以笛、管、笙、琵按节而唱南曲”。在魏良辅改革昆山腔时，伴奏乐器已得到很大程度的发展，在笛、管、笙、琵琶、鼓板外，又增加了箫、三弦、提琴、阮、筝，彻底改变了弦索配南曲的“方底圆盖”的现象。这样一个比较齐全的管弦乐器的组合，无疑更能使昆山新腔发挥“悠长婉转”、“转音若丝”的特点。
总的来说，魏良辅的改革确定了昆曲“调用水磨、拍捱冷板”的基本格调和基本技巧，同时使格调和技巧的出发点放到字的层面，而不同于以前曲的层面，这一对细节的追求却使昆曲的境界大为放大，编剧有了更为充分的表达手段，歌者有了更为多样的表现技术，各自有了自由的空间，昆曲的表达不再是粗俗不堪的小曲，而是可以回味辗转细品的雅乐。
新的昆山腔很快就得到了上流社会的认可，临水花厅、茶阁都与昆山腔搭上了关系，选楼而赏曲、因曲而建楼，昆山腔与建筑艺术一起构成了明朝文人的精神生活的依托。而吟诗唱词的唐宋风情此时被寄托在这一唱三叹的水磨调之中，魏良辅和他的弟子们成为名人雅士的座上宾。明朝文学巨匠、秦淮八艳中最出名的柳如是的丈夫钱谦益说：“时称昆山腔者，皆祖魏良辅。”钱谦益后来经历了明朝灭亡，作为前朝重臣，妓女出身的柳如是要求丈夫与她一起投水自尽，以报前朝之恩泽，可这个老头子说水凉不跳，并将跳到水里的柳如是拉了上来，但这是后话。作为当时文坛最负盛名的文学巨匠说的话仍是可信的。