毛泽东11月9日致电周恩来，阐述了“佳电”采取的基本立场，佳电“明确区分江南、江北部队，江南确定主力北移，以示让步。江北确定暂时请免调，说暂时乃给蒋以面子，说免调乃塞蒋之幻想”，佳电“称肺腑之言，乃暗示彼方如进攻，我方必自卫，而以鹬蚌渔人之说出之，亦请对外宣扬，以期停止彼之进攻”。11月30日，毛泽东又指出：“我之方针是表面和缓，实际抵抗，有软有硬，针锋相对。缓和所以争取群众，抵抗所以保卫自己，软所以给他面子，硬所以给他以恐怖。”
但是，蒋介石国民党的反共决心已下。12月8日，何应钦、白崇禧又发出“齐电”，宣称：“调防”是“军令”，必须执行，要求八路军、新四军迅即“遵令”，将黄河以南部队全部调赴黄河以北。9日，蒋介石发出手令，限长江以南的新四军12月31日前开到长江以北地区，黄河以南的八路军、新四军于翌年的1月30日前开到黄河以北地区。为了实现围歼新四军这一阴谋，蒋介石先后调集了7个师8万余众的兵力，调整了皖南指挥系统，选派上官云相为总指挥，统辖各军并作了严密部署。这些部队分别于1941年1月3日之前到达指定地点，修筑碉堡工事，形成了对皖南新四军的袋形包围夹击之势。
对处于危局的皖南新四军，毛泽东和中共中央十分关心。12月以后，皖南形势日益险恶。12月3日，毛泽东询问皖南新四军是否已作好应付突然事变的各项准备工作，并且要求项英回答下列各项问题：“一、军部及皖南部队被某方袭击时，是否有冲出包围避免重大损失的办法，其办法以向南打游击为有利，还是以向东会合陈毅为有利，渡江向北是否已绝对不可能。二、党内干部是否已有应付某方可能袭击的精神上的充分准备。三、皖南、江南地区各友军中，是否有坚持抗日同情我党的高级中级进步军官与进步部队，有突然事变时，是否有掩护我军或与我军一致行动的可能，我在附近友军中战线工作如何。四、某方在第三战区的意向如何，顾祝同等中央军态度如何，黄绍竑态度如何，东南局领导下的地方党是否有保存干部、蓄积力量，应付突然事变的精神和的实际上准备。”
12月16日，毛泽东电示刘少奇、陈毅等：皖南新四军务须迅速渡江。12月24日，毛泽东与朱德、王稼祥两次指示叶挺、项英，命令：“(一)你们必须准备于十二月底全部开动完毕。(二)希夷(叶挺字)率一部分须立即出发。(三)一切问题须于二十天内处理完毕。立即开始分批移动。否则一有战斗发生，非战斗人员与资财势必被打散。”同时严厉批评了项英在险境面前“动摇犹豫无办法无决心”的错误。
中共中央在12月26日给项英、周子昆、袁国平等的指示中指出：“你们在困难面前屡次向中央请示方针，但中央远在一年前即将方针给了你们，即向北发展，你们却始终借故不执行。”“现在又提出拖或走的问题，究竟你们主张的是什么，主张拖还是主张走，似此毫无定见，毫无方向，将来你们要吃大亏的。”并一再告诫项英：“不要对国民党存任何幻想，不要靠国民党帮助你们任何东西，把可能帮助的东西只当作意外之事，你们要有决心有办法冲破最黑暗最不利的环境，达到北移之目的，如有这种决心办法，则虽受损失，基本骨干仍保存，发展前途仍是光明的”。“在移动中如遇国民党向你们攻击，你们要有自卫的准备与决心。”
12月28日，中共中央在给项英的电报中，再次严厉地批评了他犹豫迟疑的态度，指出：若不迅速北移，必然遭到极大损失。皖南新四军北移，成为当时毛泽东特别关注的一件大事，他全力注视着皖南地区形势的变化，于12月29日、30日和1941年1月3日，连续就新四军北移的具体问题向南方局发出电报，探讨北移的行军方案。
在此期间，毛泽东还领导了为皖南新四军北移争取时间和条件的工作。12月18日，中共中央以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义致电国民政府军政部次长刘为章，要求将皖南新四军北移的时间，“暂缓移动时间至明春二月半”。12月25日，毛泽东致电周恩来，指示与蒋介石交涉：皖南新四军北移“须有两个月时间”；要求国民党军“不得包围，不得阻碍交通”；北岸由张云逸派人接防，“掩护渡江”。
1941年1月4日，在毛泽东和中央的严厉批评，一再督促下，叶挺、项英率领新四军军部、一个教导团、一个特务团和第一支队、第二支队、第三支队的各两个团，共9000余人，由泾县的云岭军部所在地出发，但这时国民党调集聚歼新四军的部署已经基本完成。1月6日，新四军到达茂林地区时，即遭到国民党军的包围和袭击。国民党军利用有利地形，布置重兵，计有新七师、四十师、十六师、五十二师、七十九师、一○二师、八十三师、一四五师和临时从苏南调来的六十五师、从太平调来的川军一四四师，以及从铜陵、繁昌调来的原为江防之用的两个炮兵旅，共8万余人。新四军被围后仓促应战，被迫自卫。
毛泽东获知新四军被围后，于1月7日即与朱德电示叶挺、项英：你们在茂林不宜久留，只要宣城、宁国一带情况明了后，即宜东进，乘国民党军布置未就，突过其包围线为有利。并将情况转告在重庆的周恩来，指示向国民党提出严重抗议。当时，项英动摇不定，当攻夺星潭受阻后，否定了叶挺坚决攻下星潭突围的主张，改令部队向西南方向行动，复又令向西北茂林方向突围，并不告而击，私自离队，使部队失去正常指挥。1月11日，毛泽东电示刘少奇、叶挺：叶挺等的领导是完全正确的，望全党全军服从叶等指挥，执行北移任务。
12日，中共中央明确决定：新四军皖南部队一切军事、政治行动均由叶军长、饶漱石二人负总责，一切行动决心由叶军长下。毛泽东再次指示叶挺等，速谋突围东进或北进。同时，毛泽东连续致电周恩来、叶剑英：新四军在茂林地区被国民党军队重重包围，有全军覆没之可能，望向国民党提出最严重交涉，即日撤围，放我东进北上，并向各方面呼吁，证明国民党有意破裂，促国民党改变方针。1月13日，中共中央以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义发表通电，抗议蒋介石包围皖南新四军的无耻行径。
途经茂林镇的新四军。但是，由于项英徘徊不进丧失了坚定突围的战机，而蒋介石决心扩大反共内战，一面诡称已电顾祝同查询真相，一面密令国民党部队切实执行已定的“一网打尽，生擒叶项”的计划。新四军部队英勇拼杀，奋战7昼夜，终因寡不敌众，弹尽粮绝。至14日，阵地完全被国民党军占领，除约2000人突围外，大部被俘、失散和牺牲。军长叶挺在依约前往和国民党谈判时被扣押，政治部主任袁国平牺牲，副军长项英、参谋长周子昆突围后不幸被叛徒杀害。
蒋介石在阴谋得逞后，得意忘形，于1月17日以国民政府军事委员会名义，宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，声称要将叶挺交付“军法审判”。同时，下令调集20万军队进攻新四军江北部队。国民党顽固派发动的第二次反共高潮达到了顶峰。
2、成功处理皖南事变
皖南事变发生后，毛泽东和中共中央当即向国民党提出严重抗议，并动员全党和各地的人民武装做好防止国民党顽固派更大规模的进攻和从政治上、军事上反击国民党顽固派猖狂挑衅的充分准备。针对蒋介石1月17日宣布新四军为“叛军”、取缔新四军番号的命令，毛泽东于1月20日以中共中央革命军事委员会名义，发布重新建立新四军的命令，任命陈毅为新四军代理军长，张云逸为副军长，刘少奇为政治委员，赖传珠为参谋长，邓子恢为政治部主任。并号召新四军全体指战员：“团结内部，协和军民，实行三民主义，遵循《总理遗嘱》，巩固并扩大民族统一战线，为保卫民族国家，坚持抗战到底，防止亲日派袭击而奋斗。”
突围出来的新四军一部。随后，新四军军部在苏北盐城成立，整编全军为7个师和7个独立旅，共9万多人，在大江南北坚持敌后抗战。毛泽东还以中央军委发言人对新华社记者发表谈话的形式，义正词严地驳斥了国民党对新四军和中国共产党的诬蔑，他指出：“此次皖南反共事变，酝酿已久。目前的发展，不过是全国性突然事变的开端而已。”“特别是1月17日的命令，包含着严重的政治意义。因为发令者敢于公开发此反革命命令，冒天下之大不韪，必已具有全面破裂和彻底投降的决心。”
他说：“目前全国人民的紧急任务，在于以最大的警惕性，注视事变的发展，准备着对付任何黑暗的反动局面，绝对不能粗心大意。”接着，毛泽东提出了中国共产党关于解决皖南事变的12条严正要求。第一、悬崖勒马，停止挑衅；第二、取消1月17日的反动命令，并宣布自己是完全错了；第三、惩办皖南事变的祸首何应钦、顾祝同、上官云相三人；第四、恢复叶挺自由，继续充当新四军军长；第五、交还皖南新四军全部人枪；第六、抚恤皖南新四军全部伤亡将士；第七、撤退华中的“剿共”军；第八、平毁西北的封锁线；第九、释放全国一切被捕的爱国政治犯；第十、废止一党专政，实行民主政治；第十一、实行三民主义，服从《总理遗嘱》；第十二、逮捕各亲日派首领，交付国法审判。
最后，毛泽东指出：“他们已经杀了第一刀，这个伤痕是很深重的。他们如果还为前途着想，他们就应该自己出来医治这个伤痕。”他说：“如能实行以上十二条，则事态自然平复，我们共产党和全国人民，必不过为已甚。否则，‘吾恐季孙之忧，不在颛臾，而在萧墙之内’，反动派必然是搬起石头打他们自己的脚，那时我们就爱莫能助了。”
与此同时，按照毛泽东和中共中央的指示，周恩来等在重庆与国民党当局及蒋介石进行面对面的尖锐斗争，并利用各种方式揭露蒋介石的卖国反共行为，号召全国人民起来反对国民党的分裂、内战阴谋。这一切，使蒋介石成为众矢之的。
皖南事变将国共关系推向破裂的边缘。事变发生后，中国共产党内许多同志都认为，国共关系已经彻底破裂，要求全面发动军事攻势回击国民党。事实上，毛泽东在国民党发动皖南事变前，已经从种种迹象判明国民党即将发动大规模的反共战争，且“此次决裂即有和大资产阶级永久决裂之可能”。他当时提出“政治上进攻、军事上防御”和“政治与军事上同时进攻”两个反击方案，征询周恩来等同志的意见。
经过两天的深思熟虑，毛泽东比较明确地指示：“在此次反共高潮中，甚至以后相当长时期内，我们与蒋介石并不表示决裂”。“唯你们一切部署，应放在反共军必出动之判断上，放在最黑暗的局面上，丝毫不能动摇，以免上蒋的当。”皖南事变发生后，毛泽东极其愤慨，他连电各地军政首长，要他们做好反击国民党军的准备，但他始终没有下全面发动军事攻势回击蒋介石的命令。毛泽东认为，在中日矛盾仍然存在的前提下，还应力争不使统一战线破裂的前途。
1941年1月15日，毛泽东在中共中央政治局会议上发言指出：对于皖南事件，我们要实行全面的政治反攻，左派主张我们马上与国民党大打起来，我们不能实行这种政策。他最后确定，以其在事变前提出的第一方案，即“政治上取攻势，军事上取守势”作为中共中央对皖南事变的方针。在毛泽东的亲自带领下，中共中央及各分局利用各种方式揭露蒋介石集团的反共卖国行为，发动了一场声势浩大的政治攻势。
中国共产党的正义自卫立场，得到了各界人士、民主党派的支持，宋庆龄、柳亚子、何香凝、陈友仁等国民党左派，为皖南事变多次发起抗议活动。宋庆龄等分别致函致电蒋介石及国民党中央，谴责“剿共”内战，指出已“引起国人惶惑，招致友邦疑虑”，要求他们“慎守总理遗训”，“撤销剿共部署，解决联共方案，发展各种抗日实力，保障各种抗日党派。”各民主党派对国民党的行动表示不满和愤慨。章伯钧等同中共代表交换意见，准备成立民主联合会，团结各民主党派、无党派人士与中共合作，共同推进民主改革和反对内战。海外华侨也反对分裂。华侨领袖陈嘉庚、司徒美堂等致电国内，呼吁团结，反对蒋介石制造分裂。国际上，国民党顽固派的反共高潮，不仅为苏联所反对，美、英等国因为要中国继续抗战，也表示不满。各国使节纷纷往访国民党当局，施加压力，反对中国分裂。
中国共产党在政治上强有力的反击，国内外各界人士的呼声和压力，使国民党蒋介石陷于空前孤立的境地，不得不收敛反共活动。他们未敢发动进一步的反共战争。蒋介石被迫表示一切大小问题都可以通过谈判来解决，抗日民族统一战线的一次空前的危机得以缓解，国民党发动的第二次反共高潮最终被打退。
在毛泽东的领导下，中国共产党总结大革命和抗战时期正反两方面的经验教训，制定并坚持了巩固和发展抗日民族统一战线的正确的策略方针，从而使进步力量不断壮大，中间力量日益觉醒，顽固势力更加孤立。特别是1943年国民党掀起第三次反共高潮时，按照毛泽东的部署，中共中央采取了正确的策略方针，一方面陕甘宁边区军民在军事上严阵以待，同时又在政治上和舆论上对国民党顽固派的倒行逆施及时地予以揭露，使得第三次反共高潮还没有来得及全面发动，就被迅速制止。