8月1日，中共中央在延安召开追悼平江惨案死难烈士大会。毛泽东在会上作了《用国法制裁反动分子》的报告，(收入《毛泽东选集》时，题目改为《必须制裁反动派》)。他说：在平江这个抗日的后方，新四军平江通讯处的负责同志涂正坤、罗梓铭被反动派杀死，“这件事非同小可，我们一定要反对，我们一定要抗议！”“现在国内流行一种秘密办法，叫做什么《限制异党活动办法》”，“这种办法就是破坏团结的种种罪恶行为的根源。我们今天开这个大会，就是为了继续抗战，继续团结，继续进步。为了这个，就要取消《限制异党活动办法》，就要制裁那些投降派、反动派，就要保护一切革命的同志、抗日的同志、抗日的人民。”
晋察冀抗日根据地军民游行示威，抗议国民党当局的反共分裂活动。从7月3日至8月25日，中共中央多次举行政治局会议，讨论国内外形势、特别是统一战线工作。毛泽东在会上说：“在国民党开始进步时(由内战转到抗战时)，全国团结统一空气高涨，妨碍统战开展的主要危险是关门主义。”“在国民党退步时(二月起)妨碍统战开展的危险，便是怕磨擦破坏统一战线。”“到磨擦到尖锐时的危险，可能最容易忘记同一性，易于忘记三民主义与统战策略。将来可能只顾磨擦忘记了统一性。目前党内要进行阶级教育。”
聂荣臻后来回忆：“当北方分局和晋察冀军区传达了党中央和毛泽东同志的指示后，一场轰轰烈烈的群众性反磨擦斗争，就在全边区展开了。”
八路军被迫进行还击的第一个目标，是从粉碎张荫梧的进攻开始。
8月上旬，乘八路军在艰苦环境中同围攻根据地的日军进行生死搏斗时，张荫梧又两次从背后袭击八路军，杀害八路军工作人员。八路军在反击中缴获张荫梧部下勾结日军共同向八路军进攻的密信，这种状况已使人忍无可忍。8月15日，朱德和彭德怀联名致电刘伯承等并报毛泽东、王稼祥，提出对河北国民党顽固派进行斗争的方针和部署，指出：对张荫梧这样的顽固分子要加以打击并全部歼灭之，这个意见得到中共中央的批准。刘伯承接电后，在8月24日一举将张荫梧部大部歼灭，27日又全歼他的残部，共歼4500余人，张荫梧只身逃跑。不久，在全国人民的压力下，蒋介石不得不将张荫梧撤职查办，这对国民党内顽固派的反共活动是一个沉重的打击。
正当中国国内磨擦迭起的时候，国际形势发生了重大变动。1939年9月1日，纳粹德国在先后占领奥地利、捷克斯洛伐克后，又向波兰大举进攻。9月3日，英、法对德宣战，第二次世界大战全面爆发。
国际形势的这种巨大变动对中国的抗战会产生怎样的影响呢？9月7日，《新华日报》发表了毛泽东所写的社论《国际新形势与我国抗战》。社论中说：帝国主义战争扩大这一新的国际形势可能对中国抗战产生有利的和不利的影响。“然而，最主要的是中国本身的问题。只要我们能始终坚持抗战到底国策，坚持内部团结，尤其是国共合作的方针，坚持力争全国进步的方针，那末，在有利的国际形势下，我们可以缩短时间，减少牺牲，而取得抗战的胜利，就是在更困难的形势下，我们同样可以而且一定能够克服一时困难，进而取得抗战的胜利。”
9月16日，毛泽东会见随同北路慰劳团来延安的中央社记者刘尊棋、《扫荡报》记者耿坚白和《新民报》记者张西洛。当记者问抗战的相持阶段是否到来时，他回答：“我以为，相持阶段是有条件地到来了。”当然，“说敌人的大规模战略进攻和我们的战略退却在一定条件下基本上已经停止，并不是说一切进攻的可能和一切退却的可能都没有了”。当记者问到所谓“限制异党”也就是各地磨擦的问题时，毛泽东激动起来了。他说：“共同抗日的党派就是友党，不是‘异党’。抗战中间有许多党派，党派的力量有大小，但是大家同在抗战，完全应该互相团结，而决不应该互相‘限制’”。“国民党、共产党，在政治上是有共同之点的，这就是抗日。所以现在是如何集中全力反日防日和反汪防汪的问题，而不是集中全力反共防共的问题。”
由于记者问到共产党对待所谓磨擦的态度，毛泽东回答：“我可以率直地告诉你们，我们根本反对抗日党派之间那种互相对消力量的磨擦。但是，任何方面的横逆如果一定要来，如果欺人太甚，如果实行压迫，那末，共产党就必须用严正的态度对待之。这态度就是：人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人。但我们是站在严格的自卫立场上的，任何共产党员不许超过自卫原则。”在这一年的早些时候，毛泽东已经提出“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”这个原则，但那是在内部讲的，这一次是通过答三位记者问的形式第一次向全国公开宣布中国共产党的这种态度，同时说明这是站在严格的自卫立场上的。
谈话最后，毛泽东把中共中央在七七宣言中提出的三大政治口号用更简洁的语言来表达，就是：坚持抗战，反对投降；坚持团结，反对分裂；坚持进步，反对倒退。这三大政治口号，成为中国共产党在抗战中期的基本口号，在全国产生广泛的影响，帮助许多人清醒地认识到国内政治局势中正在步步上升的严重危机和分清是非的标准。
几天后，毛泽东再次见到来延安访问的老朋友、美国记者斯诺。斯诺一开始就讲到，他在重庆访问国民党一个将军，那个将军说：现在没有什么统一战线的问题，中国只有一个合法的党——国民党，一个合法的政府——国民政府，“边区政府”都是完全非法的，终究必被取消。他在西安又访问另一个将军，也是这样说：中国除国民党外，再没有其他合法的党了，共产党在与蒋委员长表示一致之后已不复存在，因此，现在是没有什么统一战线的问题的。1939年10月，毛泽东会见重访延安的美国记者斯诺。毛泽东回答说：“中国早已有实际上的统一战线，在大多数人民的心中、口中、文字中、行动中，已也有了名义上的统一战线。”“别的政治集团怎么讲，我不知道，说到共产党，那末，从它诞生的一天起，它就是一个独立的政党，从来也没有过一天半天一小时或者一分钟放弃过它的独立性，从来也没有向什么个人或什么集团或什么党派屈服过。要共产党屈服，这大概是比上天还要困难些吧。”
当谈到抗日和民主的关系时，毛泽东说：从抗战以来，国民党政策上的变化是不打内战而打日本了，但在民主民生方面，还是没有什么变化，依旧是国民党一党专政、独裁。“这种独裁引起了全国的不满，非得变更一下不可。”“现在全国人民都很着急，中国不改革政治，不实现民主，不但不能打败日本，而且一定要亡国的。”
在这个时期中，毛泽东还会见了率全国慰劳总会北路慰问团到延安访问的南北总团团长、国民党元老张继，北路团长贺衷寒、副团长王右瑜，国民党军骑兵第二军军长何柱国，着名抗日将领、东北挺进军总司令马占山，以及来自各国的友人，向他们广泛介绍了中国共产党坚持团结抗战的决心和诚意，这对争取各方面的同情和合作有重要作用。
10月10日，毛泽东在指示中再次向全党强调指出：“我党各级领导机关和全体同志，应该提高对当前时局的警觉性，用全力从思想上、政治上、组织上巩固我们的党、巩固我们党所领导的军队和政权，以准备对付可能的危害中国革命的突然事变，使党和革命在可能的突然事变中不致遭受意外的损失。”
到这年快要结束的时候，国内的政治局势越来越坏，已是“山雨欲来风满楼”，蒋介石越来越倾向于用军事手段向中国共产党进攻。11月1日，他在日记中写道：“中国共产党之跋扈嚣张，全无国家民族观念，只知乘机扩张势力，今后必益加甚。叛乱之期，当不在远。”实际上是，蒋介石使用军事手段向共产党进攻的日期“当不在远”了。是月12日至20日，国民党召开五届六中全会，实际上确定了要以军事反共来代替政治溶共的方针，并制定《处理异党问题实施方案》，日益恶化的形势使毛泽东十分焦虑。
他清醒地看到：一场共产党人原来不希望看到的相当规模的武装冲突也许已难以避免。11月14日，他在陕甘宁边区党代表大会上的政治报告中谈到：“我们的团结是有条件的”，“假使把你的头割掉了，还讲什么团结啦？”“所以我们讲团结，在必要斗争的时候我们还要斗争，有了斗争也就会有团结。”11月中下旬，中共中央政治局听取出席国民参政会一届四次会议及华北地区斗争情况的汇报。汇报中谈到在当时国内外形势影响下，大资产阶级发生了严重的动摇，但在重庆的中产阶级，包括一些国民党元老却反对内战，“他们表现很活跃，敢于讲话”。在华北坚持抗战的国民党将领也发出“再打内战就完了”的呼声。这些，对毛泽东进一步考虑如何处理反磨擦问题也有启发。
为了准备对付国民党内顽固分子的进攻，毛泽东越来越注意到必须争取中间势力。这在他的统一战线思想中，是一个新的重要内容。
他还特别强调要“大量吸收知识分子”，在12月1日为中共中央起草的《关于吸收知识分子的决定》中呼吁：“全党同志必须认识，对于知识分子的正确的政策，是革命胜利的重要条件之一。我们党在土地革命时期，许多地方许多军队对于知识分子的不正确态度，今后决不应重复；而无产阶级自己的知识分子的造成，也决不能离开利用社会原有知识分子的帮助。中央盼望各级党委和全党同志，严重地注意这个问题。”
在毛泽东和中共中央领导下，各抗日根据地的军民都加强了反顽工作，严防突发事件，做好了反对国民党集团对中共抗日根据地的骚扰。
国民党蒋介石集团无视中国共产党的呼吁和警告，不但继续对共产党实行政治压迫和军事磨擦，而且变本加厉，愈演愈烈，进而发动了大规模的武装进攻，掀起第一次反共高潮。
在这次反共高潮中，国民党军队的进攻主要集中在三个地区：中共中央所在地陕甘宁边区、晋西地区和八路军所在地太行山地区。1939年12月，蒋介石命令包围陕甘宁边区的胡宗南部向边区进犯，先后侵占八路军驻防的恂邑、淳化、正宁、宁县、镇原5座县城和边境的16个区、48个乡。国民党绥德专区专员何绍南，也组织了绥德、清涧、吴堡三县保安队，攻打八路军，煽动叛乱，迫害根据地军政干部和人民群众，扰乱陕甘宁边区。
12月初，在蒋介石授意下，山西军阀阎锡山集中6个军的兵力，由陈长捷指挥，突然进攻驻防晋西隰县、孝义地区的中国共产党领导的抗日决死队第二纵队和八路军晋西独立支队，破坏永和、石楼、洪洞、蒲县等6个县抗日民主政权，残杀共产党干部和八路军伤病员数十人。接着，晋西北阎锡山的两个军在赵承绶指挥下进攻抗日决死队第四纵队，提出饿死、困死八路军，消灭彭八旅(即一二○师彭绍辉三五八旅)。驻晋东南的阎军孙楚、金宪章部，也配合蒋介石军队由南北两面夹攻上党地区的抗日决死队第一、第三纵队及附近的八路军，摧毁阳城、晋城、浮山、高平、长治、陵川、沁水等7个县的抗日民主政权和抗日救亡团体，屠杀、逮捕共产党员和进步人士近2000人。同年冬和1940年初，国民党九十七军朱怀冰部和六十九军石友三部向平汉路附近的八路军进攻。被打退后，朱怀冰配合庞炳勋、张荫梧等部分三路大举进攻太行山区，矛头直指八路军总部。石友三部亦从冀南配合日军进攻八路军。国民党把反共战线从陕西伸到山东，长达两千里，势头凶猛，气焰十分嚣张。
胡宗南军队对陕甘宁边区发动进攻后，朱德、彭德怀等于1939年12月25日通电全国，反对枪口对内进攻边区。12月27日，毛泽东对延安《新中华报》记者发表谈话，警告国民党反共顽固派要“收敛一点，不要太横行霸道了”。八路军总部根据中共中央军委的“为了粉碎国民党的反共阴谋，巩固陕甘宁边区和加强河防，并准备应付突然事变，我之戒备兵力应有必要的调动”的指示，并派王震率八路军三五九旅从华北敌后回师陕甘宁边区，协同萧劲光、谭政领导的边区留守部队，给予进犯的国民党军以有力的还击。国民党虽曾侵占边区关中、陇东分区的5座县城，但八路军胜利地平息了绥德行政专员何绍南的叛乱，驱逐了绥德分区5县的国民党官吏，使绥德、米脂、佳县、吴堡、清涧一带的50万人民获得解放，把陕甘宁边区和晋绥抗日根据地连成一片。
晋西事变发生后，毛泽东连续向八路军总部、一二○师和中共晋西南区委发出指示，指出这将是牵动华北全局关系全党的重大斗争。晋西南、晋西北两区为华北与西北间的枢纽，若投降派掌握上述地区，是很危险的。因此，胜利地进行这一斗争，保持山西抗日根据地在我手中，保持华北与西北的联系，是目前的中心问题。毛泽东指出，我们的方针是：坚决反击阎的进攻，力争抗战派的胜利。并具体做出粉碎顽军进攻的军事部署。同时，电令罗贵波、彭绍辉率所属部队接迎决死第二纵队和八路军晋西支队，命令一二○师主力由冀中星夜赶回晋西北，支援反顽斗争。
根据毛泽东和中央军委的指示，中国共产党领导的山西新军在“拥阎讨逆，打倒汉奸”的统一战线口号下，以防御姿态反击围攻的阎锡山旧军。晋西抗日决死第二纵队和八路军晋西支队苦战数旬，予进犯的阎军重大打击，随后转移到晋西北抗日根据地。在八路军一二○师主力协同下，决死第二、第四纵队全部肃清了晋西北国民党顽固派军队，而后，抗日决死第二、第四纵队经过整顿编入八路军。晋东南的抗日决死第一纵队，在陈赓率领的八路军一二九师三八六旅配合下，集中力量对国民党顽军中最反动的孙楚部，予以严重打击。决死第三纵队除被反动军官拉走3个团外，其他部队仍坚持斗争，而后打破阎军多次阻击，与决死第一纵队会合，正式编入八路军。至此，阎锡山发动的反共军事进攻被彻底粉碎。
在太行区，八路军冀中、冀南和冀鲁豫部共17个团，由宋任穷、程子华统一指挥，于2月9日发起冀南战役，反击通敌反共之石友三部，至18日，石部溃逃，共毙伤俘石部2800多人。3月4日至11日，又发起卫(河)东战役，毙伤俘石友三部3600多人，石军败退河南民权以东陇海路两侧，八路军完全控制了冀南地区。在平汉路西，3月5日，八路军一二九师和晋察冀部队13个团，在朱德、彭德怀和刘伯承、邓小平指挥下，发动磁(县)、武(安)、涉(县)、林(县)战役，反击屡次进犯、破坏抗战的朱怀冰部。战至8日，消灭朱怀冰部万余人，朱怀冰率残部两千人南逃。
这样，至1940年春，国民党内顽固派发动的这场反共高潮已无法支持下去，接近偃旗息鼓。