教皇的选举制，极大地显示出为了确保罗马教会在基督教国家中永远处于核心地位，罗马教会为此进行斗争时表现出极大的弱点。
只有制定强大、持久、稳固的方针政策，罗马教皇才能统一所有的基督教国家，才能使这些国家保持和平的秩序，以此来实现教皇的野心。所以才学过人是教皇的首要素质；然后，教皇还要有能与其探讨教会各项政策的继承人；再次，即选举的过程和形式一定清晰明朗，不能轻易变更和不容置疑。然而，这些方面罗马教皇一件也没有做到。
不仅没有确定投票选举教皇的资格，甚至没有确定罗马帝国的皇帝和拜占庭帝国的皇帝在这个问题上是否具有发言权。教皇格雷哥里七世（1073-1085年），即伟大的政治家兼教皇希尔德布兰德，为了规范选举花费很多精力，只准许红衣主教拥有选举的权利，而皇帝的权限只是对教会给的公文决议作例行的批准。但他没有对继承人的选举问题做任何的规定。于是，红衣主教就开始争论谁才可以成为下一任的教皇，致使教皇的位置有一年多的时间处于空缺状态。
我们经常可以看到在16世纪以前，教皇的选举过程中缺乏严格规定所带来的后果。很早之前，就有过为了选举而发生争执的现象，甚至出现过两个或更多人声称自己是教皇的现象。当教会碰到此种情况的时候，就会忍着屈辱去请皇帝或别的局外的公证人来调解。另外，无论哪位伟大的教皇死后，他们的身后总是会留下很多问题，然后教会就处于群龙无首的状态，乱成一团。继位者有的是前任的冤家，上任后便开始大肆诋毁前人的功德，有的是早就在坟墓边徘徊的垂暮老人。
德意志王侯、统治英格兰的诺曼系、法国国王以及法兰西系的国王们因为教皇机构的这些弱点而有了可乘的机会。为了干预选举，他们使出了一切办法，争抢着要在罗马拉特兰教堂确立一个有利于自己的教皇。教皇在欧洲事务中的权威越大，越有地位，干预和争夺就愈发厉害。在此种情况下，难怪很多教皇都是老弱之辈，但有一点令人出乎意料，就是这些教皇中很多都是富有才学的人。
这一时期，出现了一位非常有趣而又精力充沛的教皇，三十八岁就有幸成为教皇，他就是英诺森三世（1198-1216年在位）。然而，他与他的继承者们经常和另外一个更加有趣的人物进行着激烈的斗争，他就是被称为“世界奇才”的皇帝弗里德里希二世。他和罗马教会的争斗是历史上的一个转折点。最后，罗马教会不仅打败了他，也摧毁了他的王朝，但是，罗马教会和教皇的威望也因为他而遭到了严重的破损，导致教会自身的腐朽衰落。
德意志皇帝亨利六世是弗里德里希的父亲，西西里诺曼王罗杰一世的女儿是他的母亲。1198年，年仅四岁的他就承袭了西西里王国，他的监护人是教皇英诺森三世。当时，诺曼人刚占领西西里，宫廷里有一半是东方人，很多都是受过高等教育的阿拉伯人。这个年轻的皇帝就是在这种气氛中成长起来，受到这些人的共同影响和教育。毋庸置疑，他们都竭尽所能用自己的思想去影响他。于是，弗里德里希学会了用穆斯林的观点观察基督教，还学会了用基督教的观点观察伊斯兰教的方法。但双重教育使他产生一个观点，这个观点在那个宗教信仰至上的年代是极其惊人的，他认为所有的宗教都是骗人的，都是一种欺诈行为。他对这种观点公开宣扬，他的悖教和亵渎神灵的言论都被记载了下来。
长大成人以后，他觉得自己和监护人有了冲突和对立。英诺森三世也越来越严格要求他。教皇还以各种条件横加干涉弗里德里希继承皇位的事情。教皇让他必须在德意志摆平异教，必须放弃南意大利和西西里的疆域，教皇害怕他的力量再次增大。此外，弗里德里希同意了德意志的主教们免除各种赋税的要求，但他并没有打算履行诺言。
教皇曾因自己的私利，诱使法兰西国王在法国展开了一场战争，血腥地镇压了沃尔多派，他竟然想让弗里德里希在德国也挑起战争。但是，与由于太过朴实虔诚而使教皇憎恶的沃尔多派教徒相比，弗里德里希是个更激进的异教徒，他完全没有镇压的热情。因此，在诺森三世让他组织十字军向耶路撒冷进军时，他虽然口头答应，却迟迟不肯行动。
当上皇帝的弗里德里希还是在西西里居住，作为居住地，他更喜欢在西西里生活，而不愿在德国。他根本不去履行对英诺森三世所做的各种承诺。教皇英诺森三世于1216年在愤懑中死去。
霍诺里乌斯三世继承了教皇的位置，但他对这位皇帝也没有任何办法。后来，格雷哥里九世（1227年）当上了教皇，他下定决心，不管付出多大的代价也要让这个年轻的皇帝乖乖地听话。他不仅开除了弗里德里希二世的教籍，还使他不再享有任何宗教权力。然而，这些行径对充满阿拉伯色彩的西西里王朝来说，并没有什么了不起的。
教皇还痛斥这个皇帝的悖教和种种罪行，并写成一封公开信送到这个皇帝那里。后来，弗里德里希用一个更为有力的文件予以回击。欧洲的所有王侯都收到了他写的公文，公文中明确讲到教皇和王侯之间的争端，也提到教皇企图统治整个欧洲的狼子野心，并对这种做法作出了有力的抨击。他建议王侯们一定要联合起来抵抗教皇，并提醒王侯们对教会的财产要特别注意。
当这枚致命的导弹发射出去后，弗里德里希决心实现他12年前作出的承诺，召集十字军东征。这便是第六次十字军远征（1228年）。
但这次东征可以说是一场闹剧。弗里德里希二世抵达埃及，与苏丹会晤并与他探讨国家大事。因为这两位绅士对基督教都心存怀疑，所以这次会谈进行得很融洽，他们彼此交换了相似的观点，签署了一个互利的商业协议，将耶路撒冷交给弗里德里希的事情得到了哈里发的同意。十字军的这次东征是一种新型的、通过私人交涉而完成的远征，既没有在战场上拼杀，也没有出现“喜极而泣”的情况。这次十字军远征的行动是令人惊叹的，他们的领袖是一个被开除教籍的人，因此他的耶路撒冷国王加冕礼是纯粹世俗的，自己取下圣坛上的皇冠戴在头上，因为所有的教士都躲着他。在他返回意大利后，把那些侵入他领地的教皇军队赶了出去，不仅如此，还让教皇恢复他的教籍。王侯对教皇采取这样的举措，百姓已经不会再反对了，因为那个时代已经过去了。
格雷哥里九世于1239年又一次挑起与弗里德里希的斗争，教会再次开除了弗里德里希的教籍，使教皇权威受到严重损害的辱骂闹剧又一次上演了。后来，英诺森四世继承了格雷哥里九世的位置，但这场论战并没有停息。于是弗里德里希又写了一封信，信中大肆抨击教皇的所作所为，对主教们的傲慢和违教行为大加斥责，还将当时种种贪污腐败的现象都归罪于教士们的贪婪和骄奢。他还对王侯们说，必须没收教会的所有财产，这样才能重振教会的名声。这一建议，一直在王侯们的脑海里萦绕。
我们在此不详细地介绍弗里德里希的晚年生活了。他一生的各种逸事还没有他日常的一段生活有意义。如果将他在西西里的王宫中的生活片段拼凑在一块，就可见一斑了。他喜欢一切美丽的东西，对生活方式也很讲究。有人说他放荡不羁。但他的确是一个喜欢探究、富有好奇心的人。他把犹太教、基督教以及穆斯林的哲学家召集在他的宫廷里；他费尽心思地用撒拉森的文化去影响意大利人的心智；基督教的研究者之所以接触了阿拉伯数字和代数，都归功于他的引见。有一位叫麦克尔·斯科特的哲学家住在他的宫中，不仅翻译了亚里士多德的很多着作，还翻译了阿拉伯哲学家阿韦芳埃斯（科尔瓦多人）对这些着作的评价。
1224年，那不勒斯大学就是在弗里德里希的帮助下创建起来的，还扩大了勒诺大学（最古老的大学之一）的医学院。
他开办了一个动物园，留下了一本关于放鹰的书，从这可以看出他曾经细致地观察过鸟类的生活。此外，他还是最早一批用意大利文写诗歌的意大利人之一，可以说，他的宫廷是意大利诗歌的发源地。有人称他为“第一个近代人”。这一称号恰当地体现出他在知识方面是超然并且没有偏见的。
当法国国王的权力日渐增长，又与教皇发生冲突时，教皇的权力也开始急剧下降。弗里德里希二世在位的时候，德意志已陷入了分裂。
法国国王继霍亨施陶芬朝成了教皇的支持者、护卫者以及竞争者。一连几代教皇，都支持法兰西君主。法国亲王们得到了罗马的支持和帮助，建立了西西里和那不勒斯王国，为此，法兰西国王看到了恢复查理曼帝国的希望曙光。德意志的霍亨施陶芬朝的末代皇帝弗里德里希逝世后，因为没人继承王位，1273年，推选哈布斯堡家族的鲁道夫为皇帝，结束了虚君时代。后来，拉特兰宫的政策开始在德法之间摇摆不定了，以相继任职的各教皇的好恶为转移。在东方，1261年，希腊人从拉丁皇帝那里夺回了君士坦丁堡，迈克尔·帕莱奥洛古斯——迈克尔八世是新王朝的缔造者。他多次假意和教皇和解，最后，和罗马教皇彻底脱离。又因为亚洲拉丁各个王国的陷落，教皇在东方的势力就渐渐消退了。
博尼法斯八世于1294年成为新一任的教皇。他是一个意大利人，对法国有着很深的敌视情绪，在他身上，我们可以看出罗马伟大传统的意识和使命感。他曾一度独断专行。他在1300年主持了大庆典，很多朝圣者聚在罗马。
“流入教皇财库的金钱如此之多，他的两个助手只能用耙子来收集圣彼得墓上堆积的献礼。”然而，这个庆典的胜利只是表面上的。博尼法斯和法国国王于1302年发生了冲突。他刚要开除法国国王的教籍，就被纪尧姆·德·诺加雷出其不意地在自己的阿纳尼宫殿里逮捕了。这个法国国王的代理人冲进宫殿，闯进教皇的卧室，教皇惊慌失措（此时的教皇捧着十字架在床上躺着），对他进行大肆的威胁和侮辱。过了大约一两天，镇上的人民放了教皇，教皇返回罗马。但后来又遭到阿西尼家族的某些成员的逮捕，又一次沦为阶下囚。过了几周，老人由于惊吓、幻想破灭，在囚禁中死去了。
阿纳尼人十分憎恨诺加雷侮辱教皇的暴行，于是他们起来反抗并释放了博尼法斯。当然，他们反抗的原因之一是阿纳尼是教皇的故乡。
有一点值得我们注意，即法国国王对待基督教教皇的粗暴行为，得到了法国人们的同意。在法国国王采取此种行动前，曾召开了法国的三级会议，即有贵族、教会和平民参与的会议，并得到他们的赞成。意大利、德意志以及英格兰的人们对随意处理这个教皇都没有异议。可以看出，人们对基督教的观念已经完全失去了信心。
罗马教廷在14世纪中一直没有恢复它道义上的威严。博尼法斯八世死后，由法国国王菲利普选定的法国人克勒芒五世担任教皇。他把教廷设在阿维尼翁镇，他未曾去过罗马。虽然这个镇属于法国的领地，但当时是属于罗马教皇教区，却不属于法国管制，后面的几任教皇也全在这里居住，到了1377年，格雷哥里十一世当上教皇，这才得以回到罗马梵蒂冈宫。红衣主教的很多人都是法国人，他们的社会关系和各种习惯都在阿维尼翁扎下根。
1378年，格雷哥里十一世去世，选举意大利人乌尔班六世为教皇，红衣主教不同意他当教皇，并宣称无效。他们另选了克勒芒七世为教皇，并让他和罗马教皇对抗，这就是历史上所谓的“教皇分裂”。神圣罗马帝国、英格兰、匈牙利、波兰和欧洲北部诸国的君王都反对法兰西的势力而拥护罗马教皇。与之对抗的教皇则在阿维尼翁居住，支持他的有法国国王及同盟者苏格兰国王、葡萄牙、西班牙以及部分德意志王侯。两边的教皇都把对方的信徒开除出教，并诅咒他们。
欧洲人民在这样的境况中为了自己去思考宗教问题，是很正常的。
在前面我们提到了多明我会和方济各会，这两个教派也只是基督教世界中正在崛起的很多新兴的宗教中的两个代表。这些教派站在自己的角度反对或者支持教会。尽管教会对方济各会曾使用过一点暴力，但仍然对方济各会和多名我会加以同化和利用。不过其他的教派却没有这么幸运，教会表明消灭和批评的态度。有一个人曾多次直言不讳的对教会的无知和教士的腐败加以批评，这个人就是牛津大学教士威克利夫（1320-1384年）。他召集那些贫苦的牧师，成立了威克利夫派，并在英格兰的大街小巷传授他的观念。他把《圣经》译成了英文，一心只想着让人们更方便地评判教会以及辨别他和教会之间的是非曲直。与圣多名我派和圣方济各比起来，他更有能力，也更有学问。
在人民中间，他有很多的信徒，而在上层社会中，他还有很多地位高的支持者。虽然罗马教会痛恨他，并下令拘禁他，可他到去世时都还是一个自由人。
但将天主教会引向毁灭的腐朽、邪恶的势力，却没有让他的尸骨在坟墓中得到安宁。根据康1415年士坦茨宗教会议的一项条约，他的遗骸被掘出焚毁。
1428年，根据罗马教皇马丁五世的命令，弗莱明主教执行了这项行动。这种亵渎神圣的举动，是教会的正式行动，而不是某一个狂妄者的冲动。