“现在，《三朝要典》已经颁行天下，应该立即着手修订《光宗实录》。以前，陛下已经下过修订《光宗实录》的圣旨，迄今也未见完工。近来听说有不法之臣如广西副使曹学俭私自撰写《野史纪略》，以惑天下。倘若《要典》与《实录》评论不合，用语参差不齐，必将导致天下猜疑诽谤。”八月二十九日，都察院左副都御史刘廷元上疏说。由于明光宗朱常洛只在位一个月，时间很短，《光宗实录》的编纂比较容易，早在天启三年七月即告成进献，其中充满了东林党的观念。在阉党图谋翻案的过程中，朱由校曾于天启五年四月令修改《光宗实录》。但由于阉党的注意力一直集中在重纂一部能系统反映他们观点的“信史”上，故迟迟没有着手。“准奏！朕现在重申修订《光宗实录》的前旨。曹学俭私撰《野史纪略》，革职为民！所著《野史纪略》的书版一一追缴毁掉！”朱由校下令。
“《光宗实录》于十月十四日正式开馆重修，朕特别任命英国公张惟贤为《光宗实录》的监修官，内阁大学士黄立极、施风来、张瑞图、李国槽为总裁，礼部侍郎李康先、杨景辰、詹事府詹事孟绍虞、曾楚卿为副总裁，翰林院官余煌、朱继祚、陈仁锡、吴孔嘉、张士范、陈盟等为纂修官。”朱由校传旨。
“如今，《三朝要典》和《光宗实录》都已经完成，不再来点血腥，不足以震慑东林党人的不满情绪和将来企图重新翻案的图谋。如今，主要的东林党成员都已经被打倒，只有惠世扬这个刺儿头儿还在朝中，不妨拿他开刀，来庆祝《三朝要典》和《光宗实录》的完工！”魏忠贤决意以斩惠世扬的头颅为《三朝要典》和《光宗实录》画上句号。
惠世扬之所以被阉党的《三朝要典》列为移宫案的罪魁祸首，是因为在梃击案中，惠世扬坚决支持王之寀，主张穷究背后的主使郑国泰和郑贵妃；在移宫案中，惠世扬又站在杨涟一边，攻击李选侍意欲垂帘听政，他还检举方从哲的十条罪状、三条可杀的理由。
惠世扬上奏称：“方从哲独任七年宰相，妨碍贤良祸害国家，为第一条罪状。骄横愚钝，没有礼节，在皇帝去世处理事务时出现失误，为第二条罪状。在太子宫中发生梃击案，庇护奸党，为第三条罪状。随心所欲，破坏皇帝的诏书，为第四条罪状，纵容儿子杀人，蔑视法令、典章，为第五条罪状。阻挠、抑制言官，堵塞皇帝的耳目，为第六罪状。丢失城池违反法令，宽纵抚臣，为第七条罪状。马上督战，全军覆没，为第八条罪状。徇私骗上，使辅臣蒙羞，为第九条罪状。代征专卖税，侵蚀国家，殃及百姓，为第十条罪状。”
“贵妃请求封为皇后，举朝极力争辩，方从哲模棱两可，为第一件该杀的事。李选侍是郑氏亲近的人，凌辱圣母，致使圣母饮恨而死。方从哲接受了刘逊、李进忠所盗取的美珠，想封选侍为贵妃，又听任她长期居住乾清宫，为第二件该杀的事。崔文升用泄药254伤害先帝的身体，诸位大臣议论此事，方从哲想逃脱罪责，李可灼奉献毒药，方从哲还拟作赏赐，为第三件该杀的事。”
奏疏呈入，皇帝责备惠世杨轻率地诋毁人。
方从哲多次请求离去，皇帝都抚慰挽留。不久，张泼、袁化中、王允成等人接连弹劾方从哲，皇帝仍不听。当年冬天，给事中程注又弹劾方从哲，皇帝仍不听。方从哲六次上奏，极力请求离去。朱由校便任命他为中极殿大学士，赏赐银币、蟒衣，派遣行人护送他回乡。
天启二年二月，惠世扬再一次上奏《论宰辅沈綋交通客魏状》，这无异于直接将矛头指向客氏和魏忠贤。显然，惠世扬弹劾沈綋的目的还是为了打击客氏和魏忠贤。沈綋一向名声不好。朱常洛即位后，召沈綋为礼部尚书兼东阁大学士。沈綋与魏忠贤关系非同一般，他们是师生关系。他曾在内书堂教过宦官，魏忠贤、刘朝等都是他的弟子。沈綋到任后，密结魏、刘二人以为内援。当时魏忠贤等宦官，在宫内训练其他阉人，叫内操。真如当时有大臣说的：“长安（宫内）片土，成战场矣。”沈綋就曾推荐、招募所谓“材官勇士”二百余人。
所以，礼科给事中惠世扬弹劾沈綋说：“沈綋指使他的门客晏哗潜入大内，诱刘朝练兵，顿使圣明之朝，再见江彬之事。”刑部尚书王纪也弹劾沈綋与客氏、魏忠贤勾结的情况，直指沈纺为蔡京。
客氏和魏忠贤得知后非常愤怒，为了解救沈綋，到朱由校面前哭诉。
后来，魏忠贤就矫旨削去了王纪的官籍。
因为借攻击沈綋打击客氏和魏忠贤，惠世扬因此遭到魏忠贤党羽的诬陷，并将其编入东林《点将录》，冠以《水浒》人物绰号“霹雳火”，罗织罪名。
从此，客氏和魏忠贤都将惠世扬视为眼中钉，肉中刺，必欲除之而后快。
天启四年（1624年），阉党给事中傅木魁交结魏忠贤的外甥傅应星为兄弟，上书诬告原王安的门客中书舍人汪文言，并且连及左光斗、魏大中。汪文言被投进镇抚司监狱，并将被大行罗织罪名。天启五年，惠世杨陈词，为已入狱的汪文言辩解，这无疑又一次捅了马蜂窝。
天启五年九月，刚正不阿的惠世扬被扯进杨涟案中，朱由校命逮捕来京究治。
天启六年正月到达北京后，先由镇抚司审过，然后转交刑部，由三法司会审。
审讯由刑部尚书徐兆魁和左都御史周应秋主持，他们都是魏党党羽，只想把惠世扬奚落一番，然后定个死罪。
惠世扬被带进设在城隍庙的审判厅。
“你曾说邵辅忠是小人，现在看来真是小人吗？”人一带进来，掌河南道御史徐扬先就抢先问。
“你们见他高明，以为是君子，而我惠世扬愚昧，所以认为他是小人！”
周应秋问：“你说徐大化、孙杰是不是好人？”
惠世扬答：“是好人！”
周应秋又问：“那你为什么参劾他们？”
惠世扬坦然回答：“这正是犯官愚笨之处，犯官罪既该死，情愿赴死！”
周应秋、徐兆魁、徐扬先等不问正事，只想戏弄戏弄惠世扬以取笑。不想惠世扬不屈不挠，话中带刺，倒把他们讥嘲一番。“将惠世扬重责二十五大板！”他们不由得勃然大怒，喝令衙役开打。惠世扬顿时肉开骨露，几乎命赴黄泉。
打完之后，也不再审问，将惠世扬又关进监狱之中，周应秋、徐兆魁、徐扬先几个人便讨论判决书的写法。后来，三法司将拟定256的判决书奏上，内中将惠世扬牵扯进移宫案，判处死刑。
“准奏！”朱由校批准了三法司的判决。
“不要将惠世扬立即执行死刑，这未免也太便宜了他。我留着他还有更大的用处！如今，《三朝要典》和《光宗实录》还未完全修成，等到《三朝要典》和《光宗实录》修成，再削惠世扬之首，以布告天下，为三案定案，这样，更能扩大舆论的声势！”魏忠贤对判决也很满意，但他不想立即处死惠世扬，而是想猫抓老鼠一般玩死这个跑不掉的死对手。
“明日，将惠世扬、方震孺弃市处死！”天启七年（1627）某晚，惠世扬获悉将被弃市处决，就同难友方震孺在狱中慷慨悲歌，以示抗议。
“熹宗生子，大赦天下！惠世扬、方震孺准予释放！”天明，忽然又得到这样的喜讯，大刺头儿惠世扬和方震孺等获释，幸免于难，恐惧和惊喜的情绪使他们激动地流下了眼泪。
《三朝要典》修成时，三案中的主要人物，在《三朝要典》修成以前已经被定罪。《三朝要典》于是又开列出了许多从属人物，都应逮狱治罪。
然而，魏忠贤万万想不到的是，第二年，年仅23岁的天启皇帝朱由校猝死，其18岁的弟弟崇祯皇帝朱由检继位，朝政重新又翻了回来，魏忠贤也被处死，魏忠贤这一庞大计划没能实现，三案中的从属人物终于侥幸免于杀身之祸。
8、魏忠贤专权时期的民变
自天启初年，四川永宁宣抚使奢崇明、贵州水西土目安邦彦起兵叛乱以后，西南地区就陷入战乱之中，长期不能平定，和辽东战场一样也需要大量兵饷支撑，而明廷却无法充分而及时地供应。尽管兵饷严重不足，一些工程却仍在进行，其中以明光宗陵寝庆陵最为急务。
明代吏治在天启以前，本已经腐败至极。现在，朱由校又拼命向各地勒索钱财，规定地方官吏征收田赋不及分数者为不合格，缺额严重的都要受惩处。地方官没有办法，只得拼命压榨小民。民贫兵饥，严重影响了社会稳定。民变和兵变不时发生。天启二年发生了徐鸿儒起义，虽然数月被镇压下去，但山东等地并未彻底安定下来。余部数百人，到天启四年八月还在邹县、泗州一带举事。其他地方也时有农民起义发生。
天启三年六月泉州钱会起义。十二月陕西韩成刘买得起义。天启四年正月长兴吴野樵起义。四月，龙华会在江淮一带发动起义。七月，广州发生民变。
天启六年五月六日，京城突然一声巨响，从东北方至京城西南角，灰气涌起，天崩地陷，京城变成了一个黑暗世界。尤其是火药库所在的王恭厂一带，房屋倒塌一万余间，男女死亡近三千人，衣服飘到西山之颠。正在乾清宫的朱由校被吓得魂不附体，急忙逃到建极殿避难。皇三子因此受惊，不久即死去。这就是被称为“世界三大谜之一”的北京王恭厂大爆炸。
一时间，财政拮据，士兵哗变、农民起义不断，明王朝陷入了四面楚歌！