周起元九月死于狱中，江苏及他家乡的官民没有不悲伤的。高攀龙、周宗建、周顺昌、缪昌期、黄尊素、李应升、周起元七人都遭到了逮捕，并死于狱中，史称“七君子”。
接着，魏忠贤又大肆杀戮东林党人，总计因东林党祸被害死及遭贬逐者达数百人之多。
7、《三朝要典》颠倒黑白
“臣等请求录集有关梃击、红丸、移宫三案的章疏，以公示天下，垂范万世。”天启六年（1626年）正月，在魏忠贤的支持下，首辅顾秉谦指示阉党杨所修、霍维华上书。
“准奏。”朱由校觉得三案真相如为天下人知晓，于皇家脸面不好看，将公开暴露祖皇和父皇的隔阂，公开郑贵妃、福王和父皇之间的矛盾，同时也会使自己背上不孝的罪名，显得自己的愚蠢，于是便赞同阉党歪曲史实，公开为三案翻案。
天启六年正月十四日，朱由校正式发布特谕，命开馆纂修《三朝要典》，最后为“三案”定性。他说：
朕认为君臣父子，是人际关系的大纲；慈孝敬忠，是古今共同遵守的规范。作为拥有国家的天子，认真践行这些纲常就会天下大治，丢掉了这些纲常就会天下大乱；作为臣子，顺从则正，悖逆则邪。自古迄今，没有能够改变的。然而，却有人乘宫廷变故的机会，就怀着倾危陷害的阴谋，离间朝廷父子骨肉，实是为了谋求个人的富贵功名，这些人其实就是乱臣贼子，可胜诛哉！我皇祖神宗显皇帝和父皇之间，原本父慈子孝，根本没有隔阂，而奸人王之寀、翟凤翀、何士晋、魏光绪、魏大中、张鹏云等，却借助梃击案以邀首功。我皇考光宗贞皇帝不幸只做了一月的天子就驾崩了，他完全是因为皇祖去世，因过度的悲伤而得病，他纯孝的名声本本更应该为天下知晓，然而奸人孙慎行、张问达、薛文周、张慎言、周希令、沈惟炳等，乃借助红丸案以挟私怨。父皇不幸驾崩后，父皇和我仍然是父慈子孝，正统相传，而奸人杨涟、左光斗、惠世扬、周朝瑞、周嘉谟、高攀龙等，又借移宫案以贪求拥戴定策的功劳。把父皇临终时的遗言忘到了九霄云外，把待封的李选侍视同寇仇。他们这样做，臣子的本分体现在哪里？！孝忠之义体现在哪里？！幸亏我没有听信他们的谗言，仰承父皇的先志，对皇妃皇妹恩礼有加。而那些守正的大臣们，那些凡是因三案被诬陷的人，都被我逐渐信任重用。如今嘉言得以施行，朝政肃清。特允准部院科道大臣们的请求，将三案中重要的圣旨和大臣们的正论，命令史臣编辑成书，颁行天下，使祖皇、父皇和我三朝的慈孝，灿然大明，使天下万世，再没有疑惑。其中的凡例体裁，都仿照《明伦大典》的故事，将于新春开馆纂修。卿等受到朕的委任，须要同心协力，研精殚思，采集周详，持议明核。凡是那些公论，一律都要订存。而那些群奸的邪说，也量行摘录，后面再加上史官的案语，以明是非真相。你们一定要不辜负朕的期望，早日完书，成书的那天，就取书名叫《三朝要典》，以仰慰皇祖、皇考的在天之灵，以体现朕弘扬皇祖、皇考的光明，继承他们功业的良苦用意。
“现在朕任命顾秉谦、丁绍轼、黄立极、冯铨担任编辑《三朝要典》的总裁官，任命施凤来、孟绍虞、杨景辰、姜逢元、曾楚卿担任副总裁官，任命徐绍吉、谢启光、余煌、朱继祚、张狲、华琪芳、吴孔嘉、吴士元、杨世芬为纂修官。”在下达诏书的同时，朱由校根据魏忠贤意见安排了《三朝要典》的编辑队伍。
顾秉谦，昆山（今江苏省）人。万历进士，累官礼部尚书右侍郎，天启元年（1621年）升礼部尚书，第二年魏忠贤掌权，他率先趋附，次年即入阁参机务，侍魏忠贤若奴仆，至此，魏忠贤气势更嚣张了。叶向高等被罢免后，他成为首辅，任《三朝要典》总裁。
黄立极，字中五，元城人，万历进士，天启年间授礼部尚书，兼东阁学士，不久担任首辅。
冯铨入阁后，阉党内部自相倾轧，顾秉谦乞休归。冯铨，涿州（今河北涿州）人，万历进士，历官户部尚书、武英殿大学士。朱由校的特谕发布后，《三朝要典》的纂修工作立即全面展开了。阉党想借此翻倒三案，打压东林党官员，奠定阉党的“千秋功业”，所以，对这项工作非常重视，不仅正副总裁和纂修官都挑选可靠的官员，对誊写人员也审查得很仔细，主要是防止倾向或同情东林党的官员混进来。
三月二十二日，阁臣兼总裁官顾秉谦等题请诰敕房办事官汪汝祥等数人承担《三朝要典》的誊写任务，魏忠贤等逐人审查后，觉得四人不合格，立即奏请朱由校降旨处分：“《三朝要典》乃传信万世，垂训将来，郑崇光受贿狼藉，见在追赃，周大成眇陋不堪，250久依门户，怎么能够阅读校对大典，给他们冠带闲住的处分。汪汝祥和汪澍，都是恶党汪文言的宗族，心术险邪，荧惑国是，招权纳贿，淆乱纪纲，不得久踞密勿要地，都给予削去官籍，追夺薪俸的处分。”
关于三案的总体看法，由于在天启五年四月霍维华上疏时已经定好调子，纂修人员的工作只不过是将有关章奏、圣旨删节编排，并按有关圣旨屡次申明的原则加些评论，所以工作进展得很快，到三月底，已基本编纂成书，顾秉谦等奏请朱由校御制序文，朱由校就命令阁臣拟稿进览。
“魏公公，我觉得《三朝要典》的内容还不够详细。我认为三案的根源，应追溯到东林党人争国本，要求立皇长子，反对明神宗三皇子并封。如果只从梃击案开始追论，是重其流而略其源，不利于把东林党从根上搞臭。”工部侍郎崔呈秀向魏忠贤进言。
“很好，你能否就此写一奏疏？”
“没问题，魏公公，您就瞧好儿吧。”
于是，崔呈秀于四月十七日呈上《三案本末》一疏，对万历中后期发生的东林党谏阻三王并封、妖书案和力请福王就国三事进行了系统的歪曲。凡是拥护明光宗朱常洛的朝臣，都遭到他的诋毁。“崔爱卿见识深远！”朱由校见到崔呈秀的奏疏，很高兴，下旨予以肯定，“这本辩妖书、三王并封、福王就国三事，本末昭然，都因为奸臣们巧立国本名色，厚诬皇祖，以驱逐辅臣，妄图追求富贵，实与三案中的诸奸臣一脉相贯。立即安排宣付史馆，在《三朝要典》的开始列其大概，以彰显皇祖和皇父的慈孝，不让奸党们继续盗窃虚名，混淆国是。”
“臣请求今后完全依照《三朝要典》判定是非，其他私人所撰书籍，都应该下令将它们毁绝。”四月十九日，工科给事中虞廷弼上疏。
“很好！依议施行！”朱由校非常赞同。
五月，《三朝要典》经过总裁官删润，装订成册，呈送御览。朱由校粗略览毕，下旨予以肯定，并命令再加修改，特别是关键之处，评论应再详明一些，“必须要剖决是非，炯昭后世之鉴，使三朝的大案，就好像在目前，邪正了然，这样就能做到万代不易”。
“传朕旨意，《三朝要典》修订完毕后，即抄成正本，选择吉日，举行进呈仪式！”朱由校又传口谕。
“陛下圣明！”众臣一齐跪倒称颂。
这样，经过阉党数月的辛劳，天启六年（1626年）六月，《三朝要典》终于出炉。该书从万历四十三年（1615年）写到天启元年（1621年），共二十四卷，开始时拟名《从信鸿编》，又称《三大政纪》。在明朝历史上，《三朝要典》是一部臭名昭著的“名著”。根据魏忠贤的意思，内阁首辅顾秉谦代熹宗朱由校写了“御制序”，使该书完全一副钦定的派头。
为了达到陷害东林党人的目的，顾秉谦、黄立极、冯铨等人纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击、红丸、移宫三大案的示谕奏疏档册，加上案语而成，中间许多地方都是混淆是非，颠倒真相。六月十九日，在皇极门内殿隆重举行《三朝要典》的进献仪式。“《三朝要典》完成，请陛下御览！”朱由校升御座后，顾秉谦等恭恭敬敬地将正本呈献上去。
“吾皇万岁万万岁！”百官都叩头称贺。
“很好！为编辑《三朝要典》，你们忙了半年，你们辛苦啦！
速将正本送到皇史宬收藏！”朱由校传旨。
“将《三朝要典》副本发到礼部刊刻，赐给百官，颁行天下！”第二天，朱由校传旨。
“比照《光宗实录》告成的前例，赏赐所有参与纂修《三朝要典》的工作人员！”六月二十六日，朱由校又一次传下圣命，这充分体现出他对《三朝要典》的重视。
事实上，《三朝要典》正式进献后，在刊刻过程中仍有增补改正。“《三朝要典》关系匪轻，乞请将刘光复前后的正论纂入。”崔呈秀见与他关系较好的刘光复在《三朝要典》中没有名字，便于闰六月十七日上疏。这个刘光复就是先前在明神宗出面调和郑贵妃与皇太子、众臣矛盾时出来拍马屁反受到处分的那个家伙。
“准奏！”朱由校予以批准。
最后，定稿的《三朝要典》，共二十四卷，始于万历四十三年，讫于天启六年，历万历、泰昌、天启三朝。内容包括梃击八卷，红丸八卷，移宫八卷。
前面有《要典原始》，记述了明神宗册立朱常洛为太子的过程。后面附载了天启六年三月，崔呈秀所上《三案本末》一疏。“臣等请求依照《明伦大典》事例，将《三朝要典》赐给朝中诸臣，颁行天下，并命令各省直接加以翻刻，广为传布。”八月，《三朝要典》刊刻印刷完毕，顾秉谦请旨。
“依议速行！”朱由校传旨。